BARROSO, C. X. Gastrópodes prosobrânquios marinhos de fundos rasos do Brasil: composição e padrões biogeográficos. 2014. 148 f. Tese (Doutorado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Geovane Uchoa (geovane@ufc.br) on 2016-08-25T12:40:34Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_cxbarroso.pdf: 7041666 bytes, checksum: a2ceb0818de0b89f30589ef61287f94f (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2016-08-29T18:51:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_cxbarroso.pdf: 7041666 bytes, checksum: a2ceb0818de0b89f30589ef61287f94f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-29T18:51:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_cxbarroso.pdf: 7041666 bytes, checksum: a2ceb0818de0b89f30589ef61287f94f (MD5) Previous issue date: 2014

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-06-04T12:46:02Z No. of bitstreams: 1 2012_GuilhermeRamalhoChagasCataldiSantoro.pdf: 1986295 bytes, checksum: b2d51eb846d7775155fa2df9b1c813d7 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2012-06-05T20:08:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_GuilhermeRamalhoChagasCataldiSantoro.pdf: 1986295 bytes, checksum: b2d51eb846d7775155fa2df9b1c813d7 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-05T20:08:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_GuilhermeRamalhoChagasCataldiSantoro.pdf: 1986295 bytes, checksum: b2d51eb846d7775155fa2df9b1c813d7 (MD5) / O cerrado é altamente ameaçado e entender como comunidades naturais reagem à perda de áreas e isolamento é essencial para tomar medidas para sua conservação. Grande parte do conhecimento empírico sobre o isolamento de áreas e seus efeitos nas comunidades naturais provém do modelo da Teoria de Biogeografia de Ilhas (TBI). A TBI utiliza a ecologia de populações e a genética para explicar como a distância do continente e o tamanho de ilhas se combinam para regular a taxa de extinção e migração em ilhas e seus efeitos sobre a diversidade, sendo a extinção mais relevante que a migração no equilíbrio da riqueza nas ilhas continentais. Fragmentos isolados tendem a perder espécies com a diminuição da área e da migração. Por outro lado, tendem a apresentar maior abundância de algumas espécies que áreas contínuas. O incremento da abundância, a perda de riqueza e o aumento do nicho realizado pelas espécies nas ilhas é conhecido como relaxamento ecológico. Lagartos foram utilizados no presente trabalho para testar algumas premissas da biogeografia de ilhas em cinco ilhas artificiais e cinco margens do reservatório da UHE de Serra da Mesa. Foram avaliadas a associação dos lagartos com os recursos, as diferenças entre abundância e riqueza entre ilhas e margens, bem como uma análise temporal da perda de espécies nas ilhas após dez anos de isolamento. As diferenças entre ilhas e margens não foram significativas, mas as ilhas apresentaram números absolutos de riqueza e abundância menores. Quatro espécies foram extintas das ilhas e duas na comunidade regional. Ocorreram mudanças significativas na abundância e riqueza nas ilhas após dez anos de isolamento. Certas espécies foram selecionadas negativamente, mas não ocorreu compensação de densidade ou o ajuste da relação espécie-área. Um maior tempo de isolamento das ilhas pode fixar padrões ainda não encontrados, pois a comunidade de lagartos das ilhas estudadas aparenta ainda estar se ajustando aos efeitos do isolamento recente. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Cerrado is a highly threatened biome and understand the responses of natural communities to area loss and isolation is essential to conservation measurements. Most of the empirical knowledge about isolation and their effects on natural communities came from the Theory of Island Biogeography (TIB). TIB uses population ecology and genetics to explain how mainland distance and islands size regulate the extinction and migration rates, affecting diversity. In land bridge islands, extinction is more relevant then migration for richness balance. Isolated fragments tend to lose species with the reduction of area and migration. On other hand, they tend to have higher abundance of some species than continuous areas. This increase in abundance, richness loss , and the increase of the realized niche by species on islands are known as ecological release. Herein, lizards were used to test some of the assumptions of island biogeography, in five islands and five mainland areas at the Serra da Mesa hydroelectric power plant. We evaluated the lizards association with habitat resources, abundance and richness differences between islands and mainland, and account for a temporal analysis of species loss on island after ten years of isolation. There was no significant difference between island and mainland, but islands showed less richness and abundance on absolute numbers than mainland. Four species were extinct from islands and two from the regional fauna. There were significant changes in abundance and richness on island after ten years of isolation. Certain species were negatively selected, but density compensation or adjustment in species-area relation did not occur. The increasing in time isolation may show future patterns there are not yet fixed, because the lizard community of island apparently are still adjusting to the recent isolation.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-12-09T10:28:37Z No. of bitstreams: 1 2012_CarolinaCatiaSchaffer.pdf: 11255908 bytes, checksum: b289c0346364ad40da6b3b781aee08b2 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-12-13T12:13:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_CarolinaCatiaSchaffer.pdf: 11255908 bytes, checksum: b289c0346364ad40da6b3b781aee08b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-13T12:13:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_CarolinaCatiaSchaffer.pdf: 11255908 bytes, checksum: b289c0346364ad40da6b3b781aee08b2 (MD5) / Capítulo 1, O gênero Arachis tem atualmente 80 espécies descritas, sendo 47 delas consideradas endêmicas da flora brasileira. Diante da velocidade de modificação dos ecossistemas, associada à baixa capacidade de dispersão natural das sementes, é relevante mapear a ocorrência das espécies para ampliar o conhecimento do espaço ecológico adequado para estabelecimento e permanência das populações, e aprimorar os estudos de conservação in situ dessas espécies. Os Sistemas de Informação Geográfica e os modelos de distribuição potencial ao associar dados de ocorrência em campo com variáveis ambientais indicam os locais de ocorrência de espécies e auxiliam no mapeamento de áreas potenciais. Foram utilizados 1.541 pontos de ocorrência extraídos do Catalog oi Arachis Germplasm Collection e de coletas recentes da Embrapa. A distribuição das espécies abrange todo o território brasileiro, a exceção dos estados do Amapá, Amazonas, e Roraima, com pontos distribuídos ao longo das rodovias e estradas o que caracteriza a presença do homem na dispersão dessas espécies. Cerca de 56% das espécies estão localizadas no Planalto Central Brasileiro, área de predomínio do bioma Cerrado e de influência das bacias hidrográficas do Paraguai, Paraná, Tocantins-Araguaia e São Francisco. Os mapas com as projeções das áreas com potencial de ocorrência gerados a partir da modelagem com os algoritmos GARP e SVM, foram avaliados conforme os valores de curva ROC e apresentaram valores AUC > 0.85 indicando modelos fiéis com adequabilidade de ocorrência das espécies de Arachis. Independente das incertezas dos modelos, trabalhos com modelagem auxiliam na aproximação da extensão das áreas potenciais de ocorrência. O uso de sistemas de informação geográfica se mostrou útil para delimitação da amplitude de ocorrência biogeográfica do gênero e para o estabelecimento de novas áreas de coletas. / Capítulo 2, O Brasil, um dos países mais biodiversos do mundo, apresenta representantes das 9 secções taxonómicas formais do gênero Arachis. As 65 espécies encontradas no território brasileiro são utilizadas sobretudo para melhoramento genético do amendoim comum, cobertura do solo, agricultura familiar e paisagismo urbano. Distribuídas em sua maioria no Brasil central, as áreas de ocorrência de Arachis estão sob forte influência antrópica, sujeitas a ameaças de depauperamento de suas populações. Diante da velocidade de modificação dos ecossistemas brasileiros, associada à baixa capacidade de dispersão natural das sementes, é relevante analisar a presença e o potencial de ocorrência de espécies dentro das Unidades de Conservação de Proteção Integral para ampliar o conhecimento do espaço ecológico adequado para estabelecimento e permanência das populações, e aprimorar a possibilidade de conservação in situ de espécies. A conservação in situ é influenciada pela criação e gestão de áreas protegidas e entorno e pela conservação dos recursos naturais, principalmente através dos sistemas de Unidades de Conservação e pelas leis que os estabelecem. Foram utilizados 1.539 pontos de ocorrência, extraídos do "Catalog of Arachis Germplasm Collection" e de coletas recentes da Embrapa, para gerar mapas de distribuição e proximidade com Unidades de Conservação de Proteção Integral e mapas de modelos com potencial de ocorrência nessas unidades. A proximidade dos pontos presenciais com as unidades foi avaliada em quatro categorias, a partir das Zonas de Amortecimento instituídas em lei: 1-Dentro da UC; 2-Muito próxima (até 500m de raio); 3- Próximo (de 500 a 3.000m); 4-Pouco próximo (de 3.000 a lO.OOOm). Da avaliação dos mapas de distribuição foram localizados 5 pontos Dentro das Unidades de Conservação, 10 pontos Muito Próximos, 58 pontos Próximos, e 130 pontos Pouco Próximos, indicando que somente 13% do total da amostra está localizada dentro e/ou no entorno das áreas de Unidades de Conservação de Proteção Integral. Quando estipulado um limite de corte superior a 80% de probabilidade de ocorrência para o modelo, e quando este é sobreposto aos mapas das unidades, estima-se que 21,6 milhões de hectares das áreas de Unidades de Conservação são áreas potenciais para ocorrência de espécies do gênero. Quando este limite é reduzido a 100km de raio em volta dos pontos de ocorrência, o tamanho da área potencial cai para 14,2 milhões. Independente das incertezas dos modelos, trabalhos com modelagem e com sistemas de informação geográfica auxiliam na estipulação de presença e ocorrência potencial de espécies em Unidades de Conservação de Proteção Integral. Além disso, essas ferramentas aliadas à criação de novas áreas protegidas e ao conhecimento sobre sua flora e fauna se mostram úteis no processo de desenvolvimento de estratégias de conservação in situ das espécies de Arachis e para a manutenção de seus recursos genéticos. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The genus Arachis has currently 80 described species, 47 of them endemic to the Brazilian flora. Given the speed of change of ecosystems, associated with low natural dispersal ability of seeds, it is important to map the occurring areas of species to understand the ecological space suitable for establishment and persistence of populations, and enhance the studies of in situ conservation of these species. Geographic Information Systems and models of potential distribution by associating occurrence data with environmental variables indicate the locations of species occurrence and assist in the mapping of potential areas. We used 1.541 occurrence points extracted from the "Catalog of Arachis Germplasm Collection" and recent collections from Embrapa. The species distribution covers the entire Brazilian territory, except the states of Amapá, Amazonas and Roraima, with points distributed along the highways which characterizes the presence of man in the dispersion of these species. About 56% of the species are located in the Brazilian central plateau, an area of the predominantly savannah and influence of Paraguay, Paraná, Tocantins-Araguaia and São Francisco rivers basins. The maps with projections of potential areas of occurrence generated from the model with GARP and SVM algorithms were evaluated according to the values of ROC curve, showed AUC > 0.85 indicating faithful models of Arachis species occurrence. Regardless model uncertainties, studies with modeling help approximation the extent of potential occurrence areas. The use of geographic information systems proved useful for defining the genus range of biogeo graphical occurrence and to establishment of new collection areas. / Brazil, one of the most biodiverse country in the world, has representatives of nine formal taxonomic sections of the genus Arachis. The 65 species found in Brazil are mainly used in research for genetic improvement of peanut, in the processes of soil cover, as a component of agricultre and urban landscaping. Distributed mostly in central Brazil, the areas of Arachis occurrence are under strong anthropogenic influence, under the threat of depletion of their populations. Given the speed of change in the Brazilian ecosystems associated with a low capacity for seeds dispersal, it is important to analyze the presence and potential occurrence of species within the Integral Protection Conservation Units to expand the knowledge on the ecological space suitable for the establishment and permanence of populations and enhance the possibility of in situ conservation of species. In situ conservation is influenced by the creation and management of protected areas and conservation of environment and natural resources, mainly through the systems of conservation laws and by establishing them. We used 1.539 occurrence points drawn from the "Catalog of Arachis Germplasm Collection" and recent collections of Embrapa, to generate distribution maps and proximity to the Conservation Units and maps of models with the potential to occur in these units. The proximity of the face points to the units was evaluated in four categories, from the Buffer Zone established by law: 1- Inside Protected Areas, 2-Very close (up to 500m radius), 3-Nearby (500 to 3.000m) 4-Remotely Close (3.000 to 10.000m). Evaluating the distribution maps located 5 points inside Protected Areas, 10 points Very close, 58 points Nearby, and 130 points Remotely Close, indicating that only 13% of the total sample is located within and / or around the areas of Integral Protection Conservation Units. When we set a cut-off limit higher than 80% probability of occurrence for the model, and when this is superimposed on maps of the Protected Areas, it is estimated that 21.6 million hectares of areas of conservation are potential areas for the occurrence of Arachis species. When this limit is reduced to 100km radius around the points of occurrence, the size of the potential drops to 14.2 million hectares. Regardless of the uncertainties of the models, studies with modeling and geographic information systems assist in the provision of presence and potential occurrence of species in Integral Protection Conservation Units. Moreover, these tools together with the creation of new protected areas and the knowledge on its flora and fauna prove helpful in the process of developing strategies for in situ conservation of Arachis species and the maintenance of their genetic resources.

Orientador: Jacques M. E. Vielliard / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-23T04:44:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mendes_SergioLucena_D.pdf: 8806938 bytes, checksum: e20e709aab600c447098c96054c7b7f4 (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: O presente estudo apresenta uma revisão dos dados disponíveis na literatura dos últimos 20 anos sobre taxonomia de Callithrix do grupo jacchus, discutindo a validade dos seguintes taxa e as relações filogenéticas entre eles: allrita, flaviceps, geoffroyi, jacchus, kuhlii e penicillata. Reunindo informações dispersas na literatura e novos dados de campo, é apresentada uma listagem atualizada de localidades de ocorrência destes taxa. Sobrepondo-se estas localidades a um mapa das principais regiões fito ecológicas brasileiras, estima-se o tamanho da área de distribuição de cada taxon, suas afinidades às formações vegetais e seu padrão de distribuição. As evidências disponíveis sugerem que os seis taxa de Callithrix estudados são espécies válidas, pois tratam-se de entidades discretas, diferenciáveis morfológica e geograficamente. As variações encontradas dentro de cada taxon parecem predominantemente relacionadas a polimorfismos populacionais. Com base em caracteres morfológicos, genéticos, biogeográficos e vocais pode-se subdividir o grupo jacchus em dois subgrupos monofiléticos: aurita (aurita eflaviceps) ejacchus (geoffroyi, jacchus, kuhlii e penicillata). Os taxa de Callithrix do grupo jacchlls são tipicamente parapátricos, em geral sucedendo-se geograficamente em zonas de transições fito ecológicas, onde ocorrem hibridações. As zonas de hibridação aparentemente são estreitas, sugerindo a existência de mecanismos que restringem o fluxo gênico entre os taxa. A distribuição geográfica dos taxa aurita, flaviceps, geoffroyi e kuhlii restringem-se, basicamente, à região da mata atlântica. Na região dos cerrados predomina penicillata e na caatinga predomina jacchlls. Este último também habita a mata atlântica nordestina. O único taxon do grupo jacchus que não ocorre, naturalmente, na mata atlântica costeira parece ser penicillata. Foram gravadas vocalizações de longo alcance (canto) de Callithrix do grupo jacchus em seu ambiente natural, com a finalidade de comparar os padrões vocais dos seis taxa, em busca de caracteres capazes de diferenciá-los. As vocalizações foram analisadas em sonógrafo digital e tratadas estatisticamente através de análises de variância. As análises sonoras demonstraram que cada um dos seis taxa pode ser diferenciado com base na estrutura dos seus cantos, principalmente utilizando-se a primeira nota, ou sílaba. As vocalizações apoiam a divisão do grupo jacchus em dois subgrupos (aurita e jacchus). Dentro de cada subgrupo há parâmetros relacionados à duração e freqüência das notas capazes de diferenciar todos os taxa. As diferenças nos parâmetros acústicos entre os taxa do subgrupo jacchus não estão claramente relacionadas às supostas distâncias filo genéticas inferidas com base em dados morfológicos. É possível que essas diferenças tenham relação com a história de contato biogeográfico entre esses taxa, sendo reforçadas como mecanismos de reconhecimento populacional e isolamento reprodutivo. As vocalizações de híbridos e vocalizações de um espécime criado sem contato acústico com seu próprio taxon sugerem que há um forte componente genético na estrutura dos sinais de comunicação sonora de Callithrix. Os resultados deste estudo indicam que a vocalização é um caráter comportamental que pode ser usado para suplementar técnicas tradicionais de taxonomia de Callithrichidae, mas deve ser usada com cautela no tratamento de filogenias / Abstract: This study presents a revision of the taxonomic data for marmosets of the Callithrix acchus group based on publications over the last 20 years, and discusses the validity and phylogeny of the following taxa: aurita, flaviceps, geoffroyi, jacchus, kuhlii, and penicillata. A revised list of localities where these taxa occur is provided on the basis of information derived trom the literature along with new field data. The distribution of each taxon, its affinity to different vegetation formations, and the distribution patterns were examined by plotting alI localities on a map of Brazilian vegetation types. The available data indicate that the six Callithrix taxa studied are valid species, because they are discrete entities with identifiable morphologies and distinct geographic distributions. The variability within each taxon appears to be related to population polymorphism. On the basis of morphological, genetic, biogeographic, and vocal characters, the jacchus group can be separated into two monophyletic subgroups, aurita (aurita and flaviceps) and jacchlls (geoffroyi,jacchus, kuhlii, and penicillata) The taxa of the jacchlls group are typically parapatric, generally replacing each other geographically in zones of ecological transition, where hybridization occurs. The hybridization zones appear to be narrow, suggesting the action of mechanisms that limit the flux of genes between populations. The distribution of aurita, jlaviceps, geoffroyi, and kuhlii are restricted, basically, to the Atlantic Forest region of eastern Brazil. The taxon that predominates in the Cerrado region is penicillata, and in the Caatinga region is jacchus. The latter also lives in the Northeastern Brazilian Atlantic Forest, and penicillata appears to be the only taxon of the jacchus group that does not occur naturally in the coastal Atlantic Forest. The long calls of the six taxa in the jacchus group were recorded in the field, and their vocal structures were compared. The acoustic parameters were analyzed with a digital sonograph, and treated statistically using analysis of variance (ANOVA). The acoustic analysis demonstrated that it is possible to differentiate each taxon on the basis of its long call structure, using principally the first note of the call. The vocal structure corroborates the division of the jacchus group into two subgroups (allrita andjacchus). There are temporal and ftequency parameters within each subgroup that can differentiate all taxa. The acoustic differences between the taxa of the subgroup jacchus are not clearly related to the supposed phylogenetic distances based on morphological data. It is possible that the vocal differences are related to the biogeographic history of the taxa in contact zones. Vocal divergence can be a result of selection pressures on the segregation of populations operating as a mechanism of reproductive isolation. The vocal structure of hybrids and of a specimen reared without acoustic contact with ts own taxon suggest a strong genetic role in the structure of vocal cornrnunication in Callithrix. This study suggests that vocal signals are characters that can supplement the traditional techniques used in deciphering the taxonomy of Callitrichidae, but must be used with care in phylogenetic applications / Doutorado / Doutor em Ciências Biológicas

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-02-13T19:42:33Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao_Eduardo_Schultz_Final_211116.pdf: 5180741 bytes, checksum: 798ff78f4f1ec22fe591a1a17b5d3040 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T19:42:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_Eduardo_Schultz_Final_211116.pdf: 5180741 bytes, checksum: 798ff78f4f1ec22fe591a1a17b5d3040 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-06-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Abstract. Sistematics and Biogeography of the Automolus infuscatus complex (Aves:Furnariidae): Testing diversification hypotheses to the Neotropic. Recent revisions of the avian neotropical genus Automolus and the Furnariidae family pointed to the paraphyly of A. infuscatus and revealed a species complex comprising A. infuscatus, A.ochrolaemus, A. paraensis, A. leucophthalmus, A. lammi and A. subulatus, the latter historically classified in the genus Hyloctistes. The detailed knowledge of the taxonomy, geographic distribution, phylogenetic relationship and divergence times of a taxon allows to explore its evolutionary history and test different scenarios of diversification. Different biogeographical hipotheses were proposed to explain the patterns of distribution found in the neotropical lowland forests biota, where the species of the complex inhabit. These hypotheses, generally, relate lineages diversification to the geological evolution of the landscape and cycles of forestry expansion and retraction associated with climatic variations. In this context, we inferred the phylogenetic relationships, divergence times and biogeography of the A. infuscatus complex seeking to unveil the cryptic diversity within the complex and reveal its evolutionary history. To do that we sequenced two mitochondrial (ND2 and cytb) and three nuclear markers (G3PDH, ACO, Fib7) comprising 302 individuals belonging to all species in the complex and most described subspecies. Our analysis support the paraphyly of A. infuscatus, indicating the existing of at least two distinct clades not closely related. The remaining species were all recovered as monophyletic. Notwithstanding, a well structured intraspecific diversity was found with 19 lineages suggesting a great cryptic diversity within the described species. A. subulatus was recovered within the complex, corroborating its positioning inside the genus. The patterns of distribution encountered match with known distribution patterns of neotropical lowland birds. In spite of the high congruence between distributions of different lineages, with several sister lineages currently separated by the same barriers, the temporal incongruence between divergences of lineages co-separated by the same barriers reveals a complex evolutionary history. While older events might be related with the emergence of barriers such as the Andes and major amazonian rivers, younger events suggest dispersal after the consolidation of those barriers. Our analysis suggest that the complex had its origin around 6 million years (Ma) and inhabited Western Amazonia in Late Miocene-Early Pliocene. Considering the riparian habit of species in its sister clade, the rise and early diversifications of the complex may be related to the establishment of terra firme forests as it changed form a floodplain to a fluvial system. / Recentes revisões do gênero de aves neotropicais Automolus e da família Furnariidae indicaram a parafilia de A. infuscatus e revelaram um complexo de espécies englobando A. infuscatus, A.ochrolaemus, A. paraensis, A. leucophthalmus, A. lammi e A. subulatus, o último historicamente classificado no gênero Hyloctistes. O conhecimento detalhado da taxonomia, distribuição geográfica, relação filogenética e idade das divergências de um táxon possibilita explorar sua história evolutiva e testar diferentes cenários de diversificação. Diferentes hipóteses biogeográficas foram propostas para explicar os padrões de distribuição encontrados na biota das florestas de terras baixas neotropicais, onde as espécies do complexo habitam. Essas hipóteses, em geral, relacionam a diversificação das linhagens à evolução geológica da paisagem e à ciclos de expansão e retração florestal associados à variações climáticas. Nesse contexto, inferimos as relações filogenéticas, tempos de divergência e biogeografia do complexo A. infuscatus buscando desvendar a diversidade críptica dentro do complexo e revelar sua história evolutiva. Para isso sequenciamos dois marcadores mitocondriais (ND2 e cytb) e três nucleares (ACO, G3PDH e Fib7) compreendendo 302 indivíduos pertencentes a todas as espécies do complexo e a maioria das subespécies descritas. Nossas análises suportam a parafilia de A. infuscatus, indicando a existência de pelo menos dois clados distintos não relacionados proximamente. As demais espécies foram recuperadas como monofiléticas. No entanto, uma diversidade intraespecífica bem estruturada foi encontrada com 19 linhagens sugerindo uma grande diversidade críptica dentro das espécies descritas. A. subulatus foi recuperado dentro do complexo, corroborando sua manutenção no gênero. Os padrões de distribuição das linhagens encontradas combinam com padrões de distribuições conhecidos para aves de florestas de terras baixas neotropicais. Apesar de alta congruência entre distribuições de diferentes linhagens, com diversas linhagens irmãs separadas atualmente pelas mesmas barreiras, a incongruência temporal entre as divergências de linhagens coseparadas pelas mesmas barreiras revela uma história evolutiva complexa. Enquanto eventos mais antigos podem estar relacionados com o surgimento de barreiras como os Andes e os grandes rios amazônicos, diversos eventos mais recentes sugerem dispersão após a consolidação dessas barreiras. Nossas análises sugerem que o complexo teve sua origem a cerca de 6 milhões de anos (Ma) e que habitava o oeste amazônico entre o Mioceno superior e o início do Plioceno. Considerando o hábito ripário das espécies do clado irmão, o surgimento e as primeiras diversificações do complexo podem estar relacionadas ao estabelecimento de florestas de terra firme na região conforme ela mudava de uma planície de inundação para um sistema fluvial.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-02-15T19:41:46Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao defessa mestrado - JMRO _versao 2_.pdf: 2923504 bytes, checksum: add68dc893f4fb5ec76fb266b66de6e7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-15T19:41:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao defessa mestrado - JMRO _versao 2_.pdf: 2923504 bytes, checksum: add68dc893f4fb5ec76fb266b66de6e7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-07-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The birds besides being one of the most representative taxonomic groups of the Amazon, are not yet known aspects related with its the distribution and ecological and historical factors that can determine it. In general, to model their distribution are used climatic and environmental variables depending on the scale, that can not clearly explain its distribution. Thus, the aim of this study was to determine how models based on three different approaches, predict the spatial distribution of species of Amazonian birds in areas with different biogeographic characteristics. First was made species distribution models using layers of polygons of Amazon Birds endemism areas and distribution of flooded environments. Later, were built models with climate and topography variables, using the mathematical algorithm of maximum entropy (MAXENT). There were no significant differences between the two approaches to Topaza pyra, Rhegmatorhina gymnops, Touit huetii, Lophotriccus galeatus and Knipoleugus orenocensis and could not identify a pattern to identify in general which the predictions were the most likely. It was found that for T. pyra, R. gymnops and T. huetii models made with areas of endemism (MAE) were more likely than models with abiotic variables (MVA). In turn, the abiotic variables models (MVA) were more likely than endemism areas models (MAE) for L. galeatus, T. pyra, R. melanosticta and Knipolegus orenocensis. In general all models showed high performance values, and only for Heliodoxa schreibersii and Synallaxis propinqua the failure rate was higher than the sensitivity. We conclude that in general none of the two approaches were more likely than the other. Still you need to understand how they interact the two approaches in traditional sets models, extending the analysis to other species and achieve greater quantity and quality of data and environmental information to make more accurate and reliable inferences about the predictions of distribution and draw definitive conclusions. / As aves são um dos grupos taxonômicos mais representativos da Amazônia, porém, ainda são pouco conhecidos aspectos da sua distribuição e fatores ecológicos e históricos que a determinam. Geralmente, para modelar a distribuição, são usadas variáveis climáticas e topográficas em diferentes escalas que prevem ou não sua ocorrencia. Sendo assim, o objetivo do presente estudo foi gerar os melhores mapas preditivos para aves amazônicas, comparando e testando as previsões com duas abordagens, afim de auxiliar estudos futuros com ferramentas mais apropriadas para construir modelos de distribuição. Primeiro foram feitos modelos de distribuição utilizando camadas de polígonos das áreas de endemismo. Posteriormente, foram construídos modelos com variáveis do clima e topografía, utilizando o algoritmo matemático MAXENT. Não existiram diferenças significativas entre as abordagens para Topaza pyra, Rhegmatorhina gymnops, Touit huetii, Lophotriccus galeatus e Knipoleugus orenocensis e não foi identificado um padrão geral. Foi encontrado que para T. pyra, R. gymnops e T. huetii os modelos feitos com áreas de endemismo (MAE) foram mais acertados que os modelos com variáveis abiótias (MVA). Por sua vez, os modelos com variáveis abióticas (MVA) foram mais acertados que os modelos de áreas de endemismo (MAE) para, L. galeatus, T. pyra, R. melanosticta e Knipolegus orinoicensis. Em geral todos os modelos mostraram altos valores de desempenho, e apenas para Heliodoxa schreibersii e Synallaxis propinqua a taxa de omissão foi mais alta que a sensitividade. Conclui-se que em geral nenhuma das duas abordagens foi mais acertada. Mesmo assim é preciso entender como interagem as duas abordagens em modelos tradicionais, estender as análises para outras espécies e obter maior quantidade e qualidade de dados e informação ambiental para fazer inferências mais precisas e confiáveis sobre as previsões da distribuição e obter conclusões definitivas

Fregata magnificens (Fregatidae) é uma ave marinha que se reproduz em ilhas costeiras e oceânicas do Atlântico, desde a Flórida até o sul do Brasil, e do Pacífico, desde a Baixa Califórnia até o Equador, incluindo as Ilhas Galápagos. Apesar da grande capacidade de voo, as fragatas tendem a permanecer durante todo o ano nas proximidades das colônias reprodutivas, voando em velocidades lentas, mas varrendo uma grande área. Em aves marinhas, há um paradoxo aparente entre sua elevada capacidade de dispersão e uma aparente filopatria, o que tem levantado uma série de questões sobre estrutura populacional e história evolutiva. A fim de investigar tais aspectos, foram utilizadas amostras de DNA genômico de 156 indivíduos de F. magnificens pertencentes a oito populações do Atlântico Ocidental, das quais seis brasileiras (Moleques do Sul-SC, Arquipélagos de Currais-PR, Alcatrazes-SP, Cagarras-RJ, Ilha de Cabo Frio-RJ e Abrolhos-BA), uma da Guiana Francesa (Ilha Grand Connétable) e uma caribenha (Barbuda). Foram amplificados oito marcadores de microssatélites, e 1227 pb de dois genes do mtDNA (ND2 e CytB). As sequências de mtDNA foram alinhadas com outras de outras nove colônias reprodutivas depositadas no GenBank, incluindo Galápagos, diversas ilhas do Caribe e Panamá (n=282). As populações brasileiras apresentaram um único haplótipo comum a todas as amostras brasileiras, exceto por um indivíduo de Abrolhos, e compartilhado com Grand Connétable. Uma análise de variância molecular (AMOVA) mostrou que boa parte da variação genética encontra-se entre grupos oceânicos de populações (CT=0,83; FCT=0,49), e análises par a par evidenciaram um isolamento genético entre as populações brasileiras e caribenhas, enquanto Grand Connétable ocupou uma posição intermediária. Para os microssatélites, uma análise Bayesiana de estruturação populacional (STRUCTURE) sugeriu a ocorrência de dois “clusters” genéticos. O primeiro está um associado a Barbuda e, em menor grau, a Grand Connétable, enquanto o outro está associado às populações brasileiras. Uma estimativa de migração recente (BayesAss) detectou conexões desde Abrolhos e Moleques do Sul para outras ilhas brasileiras (exceto entre si), e de Abrolhos pra Grand Connétable. Estimativas demográficas sugerem um tamanho populacional reduzido para as populações brasileiras (NE médio= 353) comparado a Barbuda e Grand Connétable. A separação entre as populações brasileiras e as demais teria ocorrido há cerca de 3.000 anos. A maior diversidade genética para as populações do Caribe (incluindo Grand Connétable) para ambos os marcadores pode estar associado com uma colonização recente do Brasil. Embora pareça existir alguma conexão entre Grand Connéctale e o Brasil (especialmente através da população de Abrolhos), ela é insuficiente para eliminar completamente a estruturação genética entre essas regiões. O padrão predominante de ventos, associado também às correntes marinhas que afetam a costa da América do Sul parecem bastante importantes para explicar os principais achados de estrutura genética evidenciados nos nossos dados. / Fregata magnificens (Fregatidae) is a seabird breeding in coastal and oceanic islands of the Atlantic, from Florida to southern Brazil, and the Pacific, from Baja California to Ecuador, including the Galapagos Islands. Despite a great capability of flight, this species tend to remain around the breeding colonies throughout the year, flying at slow speed, but covering a wide area. In seabirds, there is an apparent paradox between a high dispersal ability and an apparent philopatry, which has raised a number of questions about population structure and evolutionary history. In order to investigate these questions, we used samples of genomic DNA from 156 individuals of F. magnificens belonging to eight populations of the Occidental Atlantic, including six Brazilian archipelagos (Moleques do Sul-SC, Currais-PR, Alcatrazes-SP, Cagarras–RJ, Cabo Frio Island-RJ, and Abrolhos-BA), one in French Guyana (Grand Connétable Island) and one in the Caribbean (Barbuda). We amplified eight microsatellite markers and 1227bp from two mtDNA genes (ND2 and CytB). MtDNA sequences were aligned with others from nine breeding colonies deposited in GenBank, including the Galapagos, several Caribbean islands and Panama (n=282). Brazilian populations had a single haplotype common to all Brazilian samples, except for a single individual from Abrolhos, and shared with Grand Connétable. A molecular analysis of variance (AMOVA) showed that a large portion of the genetic variation is found between oceanic groups of populations (CT=0.83; FCT=0.49), and pairwise analysis evidenced genetic isolation between Brazilian and Caribbean populations, while Grand Connétable fell in an intermediate position. For microsatellites, a Bayasian analysis of population structure (STRUCTURE) suggested the occurrence of two genetic clusters. The first is associated to Barbuda and, to a lesser degree, to Grand Connétable, while the other is associated to the Brazilian populations. Estimates of recent migration (BayesAss) detected connections from Abrolhos and Moleques do Sul to other Brazilian Islands (except between each other), and from Abrolhos to Grand Connétable. Demographic estimates suggest a reduced population size for the Brazilian populations (average NE=353) compared to Barbuda and Grand Connétable. Separation between the Brazilian populations and the others would have occurred by 3,000 years ago. The higher genetic diversity for the Caribbean populations (including Grand Connétable) for both markers may be associated with a recent colonization of Brazil. Despite there seems to exist some connection between Grand Connétable and Brazil (especially Abrolhos), this is insufficient to fully eliminate the genetic structure between these regions. The predominant wind pattern, also associated with the marine currents affecting South American coast seem very important to explain the major findings of genetic structure evidenced in our data.

A comunidade bacteriana aquática foi estudada quanto à composição, biomassa e à atividade de consumo de carbono (perfil de consumo potencial de substratos orgânicos através de Ecoplates Biolog™) ao longo de diferentes escalas espaciais e temporais em 26 lagoas costeiras do sul do Brasil. Com o objetivo de investigar a influência de distintos padrões temporais e espaciais na dinâmica da comunidade, investigou-se i) a variação da composição da comunidade bacteriana (CCB) e de seus atributos funcionais (AF) em função de efeitos exclusivos do ambiente, do espaço, do tempo, ou de todos os fatores na Lagoa Mangueira; ii) os padrões espaciais de distribuição da diversidade beta bacteriana aquática e os fatores influenciando tais variações ao longo de 25 lagoas com diferentes graus de conectividade, no Sistema do rio Tramandaí; e iii) a dinâmica temporal da composição e biomassa bacteriana ao longo de um distúrbio provocado por frentes frias na Lagoa Mangueira. Dessa forma, três perguntas principais foram compostas: i) há variação da composição da comunidade bacteriana (CCB) e de seus atributos funcionais (AF) em função de efeitos exclusivos do ambiente, do espaço, do tempo, ou de todos os fatores? ii) a diversidade beta bacteriana aquática apresenta padrão de distribuição aninhado ou turnover e quais processos influenciam tais padrões? iii) a composição e biomassa da comunidade bacteriana muda em resposta a distúrbios de curta duração ocorridos pela entrada de frente fria polar? Como resultados consistentes observaram-se que: i) a CCB e seus AF variam temporal e espacialmente, sendo sua distribuição explicada principalmente pelos filtros ambientais (speciessorting) e pela distância espacial, respectivamente; ii) a diversidade beta bacteriana entre e dentro das lagoas é principalmente o resultado da substituição de espécies (turnover), sendo que a relação entre a diversidade beta bacteriana e a heterogeneidade ambiental entre as lagoas parece ser resultado de species-sorting, enquanto que dentro das lagoas pode ser o resultado do efeito de massa, devido à alta conectividade e dispersão dentro das lagoas; iii) a comunidade bacteriana em termos de biomassa apresenta-se resiliente ao distúrbio, enquanto que a composição da comunidade apresenta-se resistente ao distúrbio provocado por frente fria. Assim, esta tese contribui no incremento de discussões acerca dos padrões ecológicos da comunidade bacteriana entre múltiplas escalas espaciais e temporais, mostrando que a menor escala de heterogeneidade bacteriana detectada pode estar positivamente relacionada ao tamanho do lago. Além disso a comunidade apresenta distintas respostas de estabilidade em termos composicionais e biomassa em eventos que causam distúrbios ao sistema. Finalmente, esse estudo conseguiu verificar variação espacial e temporal da comunidade bacteriana entre multiplas escalas no sistema aquático, em resposta às variações nas características ambientais nas diferentes escalas estudadas. Portanto, esse estudo identifica a resposta bacteriana aos distintos padrões espaciais e temporais, e quais mecanismos influenciam a comunidade bacteriana, evidenciando a importância em se considerar múltiplas escalas para a compreensão da biogeografia microbiana e a sua habilidade de responder a perturbações. / The aquatic bacterial community was studied in terms of composition, biomass and carbon consumption activity (physiological profile - Ecoplate) over different spatial and temporal scales in 26 coastal lagoons in southern Brazil. In order to investigate the influence of different spatial and temporal patterns in community dynamics, we investigated i) the variation of the bacterial community composition (CBB) and its functional traits (FT) as a function of exclusive effects of the environment, of the space, of the time, or of all the factors in Lake Mangueira; ii) the patterns of distribution of the aquatic bacterial beta diversity and the factors influencing such variations along 25 lakes with different degrees of connectivity in the Tramandaí River System; and iii) temporal dynamics of bacterial composition and biomass along a disturbance provoked by cold fronts in Lake Mangueira. In this way, three mainly questions were made: i) is there variation in the BCC and its FT as a function of the sole purpose of environment, of space, time, or all of the factors? ii) Does aquatic bacterial beta diversity presents a nested pattern of distribution or turnover and which processes influence these patterns? iii) Do the composition and biomass of the bacterial community change in response to short-term disturbs due to the polar cold front event? As a consistent result, it was observed that: i) the BCC and its FT varied temporally and spatially, and its distribution is explained mainly by environmental filters (species-sorting) and spatial distance, respectively; ii) the bacterial beta diversity between and within lake is primarily the result of species turnover, and the bacterial beta diversity-environmental heterogeneity relationship (BDEHR) among lakes appears to result from species-sorting, while withinlake the beta diversity should be a result of the mass effect, due to the high connectivity and dispersion within-lake; iii) the bacterial community, in terms of biomass is resilient to the disturbance, whereas the bacterial composition is resistant to the disturbance. Thus, this thesis contributes in increasing discussions about the ecological patterns of the bacterial community between multiple scales showing that the smaller scale of bacterial heterogeneity detected can be positively related to the lake size. In addition, the community presents distinct stability responses in terms of composition and biomass over events that cause disturbances to the system. This study was able to verify spatial and temporal variation of the bacterial community among multiple scales in the aquatic system, in response to different environmental factors among the multiple scales studied. Therefore, this study identified the bacterial response to the different spatial and temporal patterns, and the mechanisms that influence the bacterial community, evidencing the importance in considering multiple scales for the understanding of microbial biogeography and its ability to respond to disturbs.

Com o objetivo de descrever a composição florística e avaliar a estrutura das comunidades de trepadeiras e os fatores ambientais que influenciam sua distribuição em escalas locais, foram realizadas análises qualitativas e quantitativas em um mosaico de ambientes florestais na região subtropical do Brasil. O estudo foi desenvolvido em um remanescente florestal com cerca de 100 ha que recobre as encostas de um morro granítico e está situado na porção centro-oeste do Rio Grande do Sul, no município de Guaíba. A área compreende quatro ambientes com fisionomias florestais distintas, dois deles situados na borda e, os outros dois, no interior. Os ambientes de borda se diferenciam principalmente pelo tipo de formação campestre do entorno em: borda com campo limpo e borda com campo rupestre, enquanto que os ambientes de interior apresentam distintas condições de drenagem: interior mal drenado e interior bem drenado. Para a análise biogeográfica, a partir da lista de espécies obtida no levantamento florístico, foram registradas a presença e ausência das mesmas em três áreas gradualmente mais distantes da área de estudo, ao longo de quatro linhas de expansão divergentes: nordeste, noroeste, centro-oeste e sudoeste. Já a variação das comunidades nos quatro ambientes característicos da área de estudo foi avaliada através da amostragem de 0,24 ha, com seis parcelas alocadas em cada ambiente. A flora total do remanescente compreendeu oitenta e duas espécies de trepadeiras, distribuídas em cinquenta e cinco gêneros e trinta e três famílias. O grande número de espécies compartilhadas com as linhas de expansão tropicais, em detrimento das subtropicais e temperadas, mostra que, mesmo situada fora dos trópicos, em uma região de transição climática e biogeográfica, a área de estudo apresenta muitos elementos de origem tropical. Quanto à distribuição nos quatro ambientes, as comunidades ocorrentes na borda e no interior se diferenciaram em relação à composição, riqueza , abundância e à proporção de indivíduos em cada modo de ascensão. Além disso, a borda e o interior demonstraram ser internamente heterogêneos, principalmente quanto à composição. As características químicas e disponibilidade de água do solo, a luminosidade e o tipo de ecótono nas áreas de borda se mostraram importantes fatores na diferenciação de comunidades de trepadeiras em escalas locais.

Orientador: Adler Guilherme Viadana / Banca: Helmut Troppmair / Banca: Mário de Biasi / Resumo: Esta é uma pesquisa Biogeográfica que utilizou três técnicas simplificadas para fazer o mapeamento da vegetação original de parte do setor nordeste do estado de São Paulo. As técnicas usadas nesta pesquisa são: " a obtenção e análise dos dados através da interpretação das Toponímias; " a leitura de antigos relatos de viagens e " aferição dos dados em Trabalho de Campo. O objetivo da pesquisa é o de salientar que através de tais técnicas é possível obter bons resultados ao estudar a vegetação original de um lugar. / Abstract: This is a Biogeography research which has used three simplyfieds tecnics to make a map of the original vegetation from one of the northeast parts from São Paulo State. The tecnics used in this research are: " obtainment and data analyzis through that toponymy's interpretation ; " the reading of the old travel reports and " checking datas in the work field. The objective of this research is emphasize that through such tecnics it is possible to obtain good results at estudy the original vegetation of a place. / Mestre