Cette thèse a pour objet l'amélioration des possibilités de contrôle et d'adaptation des outils informatiques par des biologistes à travers une réflexion sur la flexibilité logicielle, la programmation par l'utilisateur et les démarches de conception participative. Le manque de flexibilité des outils disponibles limite souvent leur utilité. La solution la plus connue à ce problème est la programmation. Mais comment donner accès à cette discipline complexe à ceux des biologistes qui n'ont pas le temps d'apprendre ? Nous précisons d'abord la problématique programmation et interaction. Nous réfléchissons ensuite à la question de la flexibilité logicielle et complétons l'idée de programmation par l'utilisateur par celle de participation à la conception, deux manières de donner un contrôle sur le logiciel. Parallèlement à cette réflexion, nous avons mené des études de terrains et organisé des ateliers de conception avec des biologistes permettant à l'utilisateur de participer activement à la conception d'un logiciel. Nous avons observé que ce n'est pas tant l'écriture de code, que la construction de tout un logiciel qui pose problème. L'idée d'application programmable permet à l'utilisateur d'effectuer son travail sans avoir à programmer, tout en fournissant un accès guidé mais total au code. Pour les biologistes désirant apprendre la programmation, un tel environnement constitue un support d'apprentissage adapté comportant des exemples centrés sur leur domaine. Un prototype, biok, a été réalisé comportant des composants pour l'analyse de séquences comme un éditeur d'alignement ou un outil d'affichage de courbes. L'éditeur d'alignement fonctionne comme un tableur, et dispose d'un mécanisme programmable d'étiquettage graphique pour visualiser des propriétés biologiques. L'architecture de cet environnement repose sur la notion d'objet graphique, permettant la composition d'objets biologiques par des formules, l'accès structuré au code de l'application.