Une distribution nationale de moustiquaires imprégnées d'insecticide à longue durée d'action à destination des populations vulnérables du Niger a été effectuée fin 2005. Déjà montrée lors d'études pilotes à l'échelle du village, l'efficacité de cet outil dans le contrôle du paludisme restait à évaluer à l'occasion de vastes programmes opérationnels qui se multiplient en Afrique. Peu d'études des populations de vecteurs ont été publiées dans ce cadre. Nous avons mis en place un suivi entomologique au niveau de sites sentinelles répartis dans la zone Sahélienne du Niger, ayant couvert trois saisons de transmission, dont une avant intervention considérée comme période contrôle. Les paramètres entomologiques de la transmission ont été déterminés pour An. gambiae s.l., et la distribution spatiale des deux principaux vecteurs, An. gambiae et An. arabiensis, a été précisée. Le suivi temporel a mis en évidence une baisse globale du niveau de transmission de P. falciparum, probablement entrainée par la forte hausse d'utilisation de moustiquaires imprégnées. Cependant la hausse de la résistance des populations aux pyréthrinoïdes semble avoir été rapidement amorcée faisant craindre à moyen terme une perte d'efficacité de cet outil central des stratégies de lutte contre le paludisme. L'étude de la structure génétique des populations d'An. gambiae et d'An. arabiensis à l'aide de marqueurs microsatellites a montré une homogénéité génétique dans l'espace, entre les villages, même séparés par plusieurs centaines de kilomètres, ainsi que dans le temps, entre la saison de transmission 2005 contrôle et la saison 2006 après distribution. Ces résultats ont suggéré qu'au cours de la première année d'intervention, la couverture en moustiquaires imprégnées atteinte n'a pas eu d'effet de masse suffisant pour entrainer une baisse de la diversité génétique ou une modification des fréquences alléliques des populations. La faible différenciation spatiale observée pourrait être expliquée par des échanges de gènes importants à l'intérieur de la zone d'étude, hypothèse appuyée par l'expansion rapide de la mutation kdr dans l'ensemble des sites où An. gambiae est présent. L'évaluation rigoureuse de tels programmes de contrôle permettra d'améliorer les outils de contrôle et par exemple de préserver l'efficacité des pyréthrinoïdes, seule classe d'insecticides actuellement disponible pour l'imprégnation des moustiquaires.