La popularité des réseaux informatiques et d'Internet s'accompagne d'un essor des applications communicantes et de la multiplication des protocoles dont le fonctionnement est plus ou moins compliqué, ce qui implique également des performances différentes en termes de robustesse. Un premier objectif de cette thèse est d'approfondir plus en détails la robustesse de protocoles s'illustrant par d'extraordinaires performances empiriques tels que les botnets. Différents protocoles employés par les botnets sont donc modélisés dans cette thèse. Par ailleurs, l'essor et la diversité des protocoles s'accompagnent d'un manque de spécification volontaire ou non que la rétro-ingénierie tente de retrouver. Une première phase essentielle est notamment de découvrir les types de messages. La technique mise en \oe uvre dans cette étude s'appuie sur les machines à vecteurs de supports tout en ayant au préalable spécifié de nouvelles représentations des messages dont la complexité de calcul est très réduite par rapport aux autres techniques existantes. Enfin, il existe généralement un grand nombre d'applications distinctes pour un même protocole et identifier précisément le logiciel ou le type d'équipement utilisé (marque, version) est un atout essentiel dans plusieurs domaines tels que la supervision ou la sécurité des réseaux. S'appuyant uniquement sur les types de messages, le comportement d'un équipement, c'est-à-dire la manière dont il interagit avec les autres, est une information très avantageuse lorsqu'elle est couplée avec les délais entre les messages. Enfin, la grammaire d'un protocole connu permet de construire les arbres syntaxiques des messages, dont le contenu et la structure sémantiquement riche, avaient peu été étudiés jusqu'à maintenant dans le cadre de l'identification des équipements.