La gestion des ressources génétiques animales domestiques est aujourd'hui au cœur d'une actualité renouvelée. La gestion de tels biens communs territorialisés repose sur des dispositifs coopératifs impliquant un nombre croissant d'acteurs. Se pose alors la question des modes de pilotage de ces dispositifs et des crises de la coopération qui peuvent les fragiliser, véritables enjeux pour le maintien de la biodiversité. Au travers de l'analyse des dispositifs de sélection des races ovines laitières locales des Pyrénées-Atlantiques, cette thèse vise à montrer l'intérêt d'une approche multi-niveaux de la coopération autour de biens communs. Nous proposons de considérer les biens communs non comme donnés mais comme résultant d'un processus de conception. Ainsi une approche généalogique retraçant l'évolution des formes de coopération autour de ces biens nous permet de construire quatre régimes de coopération (communautaire, entrepreneurial, intensif et découplé) dont les dynamiques expliquent en partie les tensions actuelles autour des ressources concernées. Nous montrons ensuite l'importance d'étudier ces dispositifs non par les intentions des managers mais par les effets et les usages inattendus de leur instrumentation technique, scientifique et gestionnaire. Leur étude fine questionne l'universalité des modèles scientifiques et techniques, souvent considérés comme neutres par leurs concepteurs. Mais la coopération autour de biens communs nécessite aussi la gestion de la qualification collective de ces biens impliquant les usagers, activité dont l'importance est souvent minimisée par les gestionnaires de ces dispositifs. L'étude des instruments utilisés dans les activités de qualification des animaux permet de dépasser les controverses et dichotomies entre formes de connaissances, et de réfuter le mythe d'un régime scientifique pur de production de connaissances sur les animaux. Nous proposons enfin une analyse du marché des biens et des services produits par ces dispositifs, montrant l'inexistence d'un marché auto-régulateur des ressources génétiques. L'important est donc de gérer la diffusion de ces ressources pour maintenir la légitimité des dispositifs. Ce travail permet de mieux comprendre le rôle de l'instrumentation dans la coopération pour la production de biens communs territorialisés. Il s'agit alors de concevoir une instrumentation favorisant les apprentissages et la gestion de la diversité des points de vue.

L’information génétique est rarement appréhendée directement par le droit, bien que certaines catégories du droit de la propriété intellectuelle, telles que le brevet d’invention ou le certificat d’obtention végétale, en soient des réceptacles privilégiés. De plus, si les Etats ont réaffirmé leur souveraineté sur les ressources génétiques dans le cadre de la Convention sur la diversité biologique et du Protocole de Nagoya, il en résulte un principe de partage juste et équitable des avantages entre fournisseurs et utilisateurs, qui a favorisé la reconnaissance d’un nouveau bien : l’information génétique. Effectivement, selon une approche néocapitaliste de la conservation, la maîtrise de l’information génétique constitue un levier pour la conservation de la biodiversité et un rééquilibrage des relations Nord/Sud. Toutefois, la propriété de la ressource physique s’est révélée déterminante dans les échanges afin de contrôler l’accès à l’information génétique à travers les utilités de la chose.Ce principe d’accès et de partage des avantages entérine un lien spécial entre l’information et son support biologique en ce sens que l’information génétique étudiée par le chercheur demeure le fruit d’un territoire, voire d’un travail de conservation ancestrale d’agriculteurs ou de communautés locales. Il s’agit donc d’une forme atypique de dépendance entre l’information génétique et l’origine géographique de la ressource, devant être articulée avec les droits de propriété intellectuelle qui ne peuvent poursuivre la seule logique de l’innovation, au risque de contourner les engagements internationaux en matière d’accès et de partage des avantages. Par ailleurs, un partage juste et équitable des avantages se comprend largement et n’est pas circonscrit aux avantages découlant du dépôt d’un titre de propriété intellectuelle. La révolution numérique connue par les activités de biotechnologie au travers notamment de la bio-informatique permet la création de nouvelles valeurs, souvent non-appropriables mais largement réservées par les pays du Nord, et auquel l’accès se révèle indispensable dans une véritable perspective de développement des capacités de recherche au Sud. En effet, au-delà des avantages monétaires et du transfert de technologie, ces avantages non monétaires sont essentiels afin de perpétuer les objectifs initiaux de la Convention sur la diversité biologique, malmenés par l’évolution des techniques. Pourtant, le règlement de l’Union européenne du 16 avril 2014 relatif aux mesures concernant le respect par les utilisateurs dans l'Union du protocole de Nagoya sur l'accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation et de la loi française pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages du 8 août 2016 peinent à lancer une véritable dynamique de partage autour des pratiques de recherche actuelles, dans un contexte où l’accès au message porté par une séquence d’ADN peut être obtenu indépendamment de la ressource biologique, notamment grâce aux bases de données de bio-informatique ou à la biologie de synthèse. Au-delà du constat réalisé dans cette étude, il est temps de réfléchir à la construction d’une nouvelle forme de gouvernance, englobant l’information génétique au format numérique et répondant aux questions nouvelles soulevées par le big data, ainsi que les pratiques de data mining. L’idée d’un commun contractuel équitable, sur le modèle du Traité international sur les ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture, nous paraît constituer un enjeu du futur pour une certaine survie des principes de la Convention sur la diversité biologique. / Genetic information is rarely dealt with directly by law, although certain categories of intellectual property law, such as a patent or a plant variety certificate, are privileged receptacles. Moreover, if the states reaffirmed their sovereignty over genetic resources under the Convention on Biological Diversity and the Nagoya Protocol, the result is a principle of fair and equitable sharing of benefits between providers and users, which promoted the recognition of a new good: genetic information. Indeed, using a neocapitalist approach to conservation, mastery of genetic information is a lever for the conservation of biodiversity and a rebalancing of North / South relations. However, the property of the material resource has proved to be a determining trading factor in order to gain control access towards genetic information through its utilities.This principle of access and benefit-sharing enshrines a special link between information and its biological support in the sense that the genetic information studied by the researcher remains a local product or even a work of ancestral preservation by the Farmers or local communities. It is therefore an atypical form of dependence between genetic information and the geographical origin of the resource, that needs to be hinged with intellectual property rights. The latter is unable to solely pursue the logic of innovation without running the risk to bypass the commitments made by the international community on benefits access and sharing. Moreover, a Fair and Equitable sharing of benefits has to be taken broadly and is in no way limited to the benefits ensuing the filing of an IP. The digital revolution experienced by biotechnology activities, especially through Bioinformatics, allows the creation of new values which are mainly non-appropriable although reserved to a very large extent by Northern countries and to which access is essential in a genuine Development of research capacity in the Southern Countries. Indeed, beyond the financial benefits and the technology transfer opportunities, these non-monetary benefits are essentials in order to perpetuate the original goals which are battered by techonological developments. Yet the European Union Regulation of the 16 April 2014 on measures concerning user compliance in the Union with the Nagoya Protocol on access to genetic resources and the fair and equitable sharing of benefits arising from their use and the French Law for the Recovery of Biodiversity, Nature and Landscapes of August 8, 2016 are struggling to trigger and ensure a real dynamic of sharing around modern research practices, in a context where access to the message carried by a DNA sequence can be obtained independently of the biological resource, in particular through bioinformatics databases or synthetic biology.Beyond the findings of this study, it is time to reflect on the construction of a new form of governance, encompassing genetic information in digital format and responding to new questions raised by big data, as well as data mining. The idea of an equitable contractual common good, modeled on the International Treaty on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture, seems to us to be a future issue for a certain survival of the principles of the Convention on Biodiversity.