Le nombre de virus détectés chez les chauves-souris est en augmentation, la plupart étant des virus à ARN. L'identification chez différentes espèces de chauves-souris, de virus ayant été responsables d'épidémies voire de pandémies chez l'homme (coronavirus agent du SRAS, virus Nipah et Hendra, filovirus Ebola et Marburg) a fait prendre conscience du risque que peuvent présenter ces animaux pour la santé humaine, ainsi que des possibilités réelles d'émergence de nouvelles pathologies dans les années futures. Ce travail avait donc pour objectifs: (i) d'identifier et caractériser les virus circulant au sein des populations de chauves-souris d'Afrique Centrale et (ii) d'explorer et d'identifier des déterminants bioécologiques, qui pourraient expliquer la richesse virale observée chez certaines espèces de chauves-souris rencontrées en Afrique tropicale forestière. A partir d'un total de 3472 individus testés, représentant 16 espèces provenant du Gabon, de la République du Congo et de la République Centrafricaine, nous avons confirmé la présence du virus Marburg chez les roussettes d'Egypte (Rousettus aegyptiacus) au Gabon, et mis en évidence des séquences virales de paramyxovirus très proches de virus zoonotiques émergents (les virus Nipah et Hendra) et réémergents (virus des oreillons) chez des chauves-souris frugivores. Des séquences de nouveaux coronavirus, flavivirus et paramyxovirus ont été également identifiées. Par ailleurs, la fragmentation de l'aire de distribution et le type de gîte ont été identifiés comme des déterminants de la richesse virale chez 15 espèces de chauves-souris d'Afrique Centrale. Les chauves-souris en Afrique Centrale seraient donc des réservoirs de virus apparentés à des virus pathogènes pour l'homme. Ces animaux pourraient donc être à l'origine de l'émergence des encéphalites à hénipavirus en Afrique et de la réémergence de certaines maladies humaines comme les oreillons, la rougeole. Des recherches futures s'orienteront vers la poursuite de la caracterisation génétique des virus détectés chez les chauves-souris d'Afrique Centrale et la détermination du risque zoonotique associé à ces virus. Des études écologiques seront également réalisées pour identifier les facteurs de risque d'émeregence des virus de chauves-souris potentiellement pathogènes pour l'homme. / The number of viruses détected in bats is growing, the most common are RNA viruses. The identification in different bat species of viruses that cause major epidemics or pandemics in human such as SARS coronavirus, Nipah and Henda viruses, the filoviruses Ebola and Marburg has raised awareness of potential risk that these animals may present to human health, as well as real possibilities of development of new diseases in future years. This work had two objectives: (i) to identify and characterize the viruses circulating in populations of bats in Central Africa and (ii) to explore and identify bioecological factors that could explain the viral richness observed in some bats species seen in tropical Africa forest. From 3472 individuals tested accounting for 16 species from Gabon, Congo and the Central African Republic, we established the presence of Marburg virus in Egyptian fruit bats (Rousettus aegyptiacus) in Gabon and identified viral sequences of paramyxoviruses close related to emerging and re-emerging zoonotic paramyxoviruses (Nipah virus, Hendra viruses and mumps virus) in fruit bats. Sequences of novel coronaviruses, paramyxoviruses and flaviviruses have also beenidentified. Moreover, the fragmentation of the range and roost type have been identified as determinants of viral richness in 15 bats species of Central Africa. Bats in Central Africa thus would be reservoirs of viruses related to viruses pathogenic for humans. These animals would lead to the emergence of encephalitis Henipavirus in Africa and the reemergence of certain human diseases such as mumps, measles. Further research will be conducted to continue the genetic characterization of viruses detected from bats in Central Africa and to determine the zoonotic risk associated with these viruses. Ecological studies will also be performed to identify the risk factors for the emergence of bats viruses potentially pathogenic for humans.