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Robuster Entwurf und statistische Modellierung für Bildsensoren mit hochparalleler analoger Bildverarbeitungseinheit

Graupner, Achim 22 April 2013 (has links) (PDF)
Die gemeinsame Integration von Bildsensor und analoger hochparalleler Verarbeitungseinheit stellt eine Möglichkeit zur Realisierung von leistungsfähigen ein-chip Bildaufnahmesystemen dar. Die vorliegende Arbeit liefert Beiträge zum systematischen Entwurf von derartigen Systemen und analysiert bekannte und neuartige Schaltungstechniken bezüglich ihrer Eignung für deren Implementierung. Anhand des vom Autor mitentwickelten CMOS-Bildsensors mit hochparalleler analoger Bildverarbeitungseinheit werden die vorgestellten Methoden und Schaltungstechniken demonstriert. Die Problematik beim Entwurf hochparalleler analoger Systeme besteht in der im Vergleich zu digitalen Systemen geringen Automatisierbarkeit. Es ist kein top-down-Entwurf möglich, da nicht jede beliebige Funktion mit beliebiger Genauigkeit realisierbar ist. Um die jeweilige Genauigkeit der Funktionsblöcke bei der Analyse des hochparallelen Systems berücksichtigen zu können, sind rechenaufwendige Simulationen nötig. Um diesen Rechenaufwand zu senken, wird vorgeschlagen, für die Simulation des Gesamtsystems einen angepaßten Simulator und für die Analyse der schaltungstechnischen Realisierung der Funktionsblöcke konventionelleWerkzeuge für elektrische Netzwerke zu verwenden. Die beiden Simulationsdomänen werden mit Hilfe von numerischen Verhaltensmodellen verbunden. Durch diese Trennung wird die Simulation des Gesamtsystems als Bestandteil des Entwurfsflusses praktikabel. Für die Bewertung, inwieweit die zufälligen Schwankungen der Bauelementeparameter das Verhalten von Baublöcken beeinflussen, wird die Varianzanalyse als Alternative zur konventionellen Monte-Carlo-Analyse vorgeschlagen. Die Varianzanalyse ist wesentlich weniger rechenaufwendig und liefert genaue Resultate für alle Schaltungseigenschaften mit hinreichend glatten Parameterabhängigkeiten, wenn die Bauelementeparameter als normalverteilt und statistisch unabhängig angenommen werden können. Sie hat darüberhinaus den Vorteil, das Schaltungsverständnis für den Entwerfer zu erhöhen, da sofort die Bauelementeparameter mit dem größten Einfluß auf das Schaltungsverhalten identifiziert werden können. Der Vergleich verschiedener Schaltungstechniken hat gezeigt, daß zeitdiskrete wertkontinuierliche Verfahren, bei denen die Information als Strom repräsentiert wird, für die Realisierung von hochparallelen analogen Systemen besonders geeignet sind. Als besonderer Vorteil ist die weitestgehende Unabhängigkeit des Verhaltens derartiger Schaltungen von Bauelementeparametern hervorzuheben.Weitere Schaltungstechniken, deren Verhalten von zufälligen Parameterabweichungen nur wenig beeinflußt werden, sind in einer Taxonomie zusammengefaßt. Es wurde ein CMOS-Bildsensor mit hochparalleler analoger Bildverarbeitungseinheit und digitaler Ausgabe realisiert. Der current-mode-Bildsensor ist separat von der Verarbeitungseinheit angeordnet. Es wurden vier verschiedene Realisierungsmöglichkeiten untersucht und eine konventionelle integrierende voltage-mode Pixelzelle mit nachfolgendem differentiellen Spannungs- Strom-Wandler realisiert. Das Rechenfeld ist für die räumliche Faltung oder lineare Transformation von Bilddaten mit digital bereitzustellenden Koeffizienten ausgelegt. Dessen Operation basiert auf einer bit-weisen analogen Verarbeitung. Der Schaltkreis wurde erfolgreich getestet. Die nachgewiesene Bildqualität deckt sich in guter Näherung mit den bei der Simulation des Gesamtsystems getroffenen Vorhersagen / The joined implementation of an image sensor and a highly parallel analog processing unit is an advantageous approach for realizing efficient single-chip vision systems. This thesis proposes a design flow for the development of such systems. Moreover known and novel circuit techniques are analysed with respect for their suitability for the implementation of highly parallel systems. The presented methodologies and circuit techniques are demonstrated at the example of a CMOS image sensor with an embedded highly parallel analog image processing unit in whose design the author was involved. One of the major problems in designing highly parallel analog circuits is the low automation compared to the design of digital circuits. As not every function can be realized with arbitrary accuracy top-down-design is not feasible. So, when analysing the system behaviour the respective precision of each function block has to be considered. As this is a very demanding task in terms of computing power, it is proposed to use a dedicated tool for the simulation of the system and conventional network analysis tools for the inspection of the circuit realizations. Both simulation domains are combined by means of numerical behavioural models. By using separate tools system-simulations of highly parallel analog systems as a part of the design flow become practicable. Variance analysis basing on parameter sensitivities is proposed as an alternative to the conventional Monte-Carlo-analysis for investigating the influence of random device parameter variations on the system behaviour. Variance analysis requires much less computational effort while providing accurate results for all circuit properties with sufficiently smooth parameter dependencies if the random parameters can be assumed normally distributed and statistically independent. Additionally, variance analysis increases the designer’s knowledge about the circuit, as the device parameters with the highest influence on the circuit performance can immediately be identified. The comparison of various circuit techniques has shown, that sampled-time continuous-valued current-mode principles are the best choice for realizing highly parallel analog systems. A distinctive advantage of such circuits is their almost independence from device parameters. A selection of further circuit techniques with low sensitivity to random device parameter variations are summarized in a taxonomy. A CMOS image sensor with embedded highly parallel analog image processing unit has been implemented. The image sensor provides a current-mode output and is arranged separate from the processing unit. Four different possibilities for realizing an image sensor have been analysed. A conventional integrating voltage-mode pixel cell with a succeeding differential voltage- to-current-converter has been selected. The processing unit is designed for performing spatial convolution and linear transformation with externally provided digital kernels. It operates in bit-wise analog manner. The chip has been tested successfully. The measured image quality in good approximation corresponds with the estimations made with system simulations.
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Parallel distributed-memory particle methods for acquisition-rate segmentation and uncertainty quantifications of large fluorescence microscopy images

Afshar, Yaser 08 November 2016 (has links) (PDF)
Modern fluorescence microscopy modalities, such as light-sheet microscopy, are capable of acquiring large three-dimensional images at high data rate. This creates a bottleneck in computational processing and analysis of the acquired images, as the rate of acquisition outpaces the speed of processing. Moreover, images can be so large that they do not fit the main memory of a single computer. Another issue is the information loss during image acquisition due to limitations of the optical imaging systems. Analysis of the acquired images may, therefore, find multiple solutions (or no solution) due to imaging noise, blurring, and other uncertainties introduced during image acquisition. In this thesis, we address the computational processing time and memory issues by developing a distributed parallel algorithm for segmentation of large fluorescence-microscopy images. The method is based on the versatile Discrete Region Competition (Cardinale et al., 2012) algorithm, which has previously proven useful in microscopy image segmentation. The present distributed implementation decomposes the input image into smaller sub-images that are distributed across multiple computers. Using network communication, the computers orchestrate the collective solving of the global segmentation problem. This not only enables segmentation of large images (we test images of up to 10^10 pixels) but also accelerates segmentation to match the time scale of image acquisition. Such acquisition-rate image segmentation is a prerequisite for the smart microscopes of the future and enables online data inspection and interactive experiments. Second, we estimate the segmentation uncertainty on large images that do not fit the main memory of a single computer. We there- fore develop a distributed parallel algorithm for efficient Markov- chain Monte Carlo Discrete Region Sampling (Cardinale, 2013). The parallel algorithm provides a measure of segmentation uncertainty in a statistically unbiased way. It approximates the posterior probability densities over the high-dimensional space of segmentations around the previously found segmentation. / Moderne Fluoreszenzmikroskopie, wie zum Beispiel Lichtblattmikroskopie, erlauben die Aufnahme hochaufgelöster, 3-dimensionaler Bilder. Dies führt zu einen Engpass bei der Bearbeitung und Analyse der aufgenommenen Bilder, da die Aufnahmerate die Datenverarbeitungsrate übersteigt. Zusätzlich können diese Bilder so groß sein, dass sie die Speicherkapazität eines einzelnen Computers überschreiten. Hinzu kommt der aus Limitierungen des optischen Abbildungssystems resultierende Informationsverlust während der Bildaufnahme. Bildrauschen, Unschärfe und andere Messunsicherheiten können dazu führen, dass Analysealgorithmen möglicherweise mehrere oder keine Lösung für Bildverarbeitungsaufgaben finden. Im Rahmen der vorliegenden Arbeit entwickeln wir einen verteilten, parallelen Algorithmus für die Segmentierung von speicherintensiven Fluoreszenzmikroskopie-Bildern. Diese Methode basiert auf dem vielseitigen "Discrete Region Competition" Algorithmus (Cardinale et al., 2012), der sich bereits in anderen Anwendungen als nützlich für die Segmentierung von Mikroskopie-Bildern erwiesen hat. Das hier präsentierte Verfahren unterteilt das Eingangsbild in kleinere Unterbilder, welche auf die Speicher mehrerer Computer verteilt werden. Die Koordinierung des globalen Segmentierungsproblems wird durch die Benutzung von Netzwerkkommunikation erreicht. Dies erlaubt die Segmentierung von sehr großen Bildern, wobei wir die Anwendung des Algorithmus auf Bildern mit bis zu 10^10 Pixeln demonstrieren. Zusätzlich wird die Segmentierungsgeschwindigkeit erhöht und damit vergleichbar mit der Aufnahmerate des Mikroskops. Dies ist eine Grundvoraussetzung für die intelligenten Mikroskope der Zukunft, und es erlaubt die Online-Betrachtung der aufgenommenen Daten, sowie interaktive Experimente. Wir bestimmen die Unsicherheit des Segmentierungsalgorithmus bei der Anwendung auf Bilder, deren Größe den Speicher eines einzelnen Computers übersteigen. Dazu entwickeln wir einen verteilten, parallelen Algorithmus für effizientes Markov-chain Monte Carlo "Discrete Region Sampling" (Cardinale, 2013). Dieser Algorithmus quantifiziert die Segmentierungsunsicherheit statistisch erwartungstreu. Dazu wird die A-posteriori-Wahrscheinlichkeitsdichte über den hochdimensionalen Raum der Segmentierungen in der Umgebung der zuvor gefundenen Segmentierung approximiert.

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