La tuberculose (TB) est une maladie mortelle qui frappe en grande partie les pays en développement. Près d’un quart de la population serait touché par la TB dans sa forme active ou latente. L’émergence de la résistance bactérienne rend ce problème de santé publique encore plus important. Certaines souches multirésistantes (MDR-TB) et extensivement résistantes (XDR- TB) sont en circulation dans certaines zones géographiques plus à risque. En collaboration avec l’Institut Pasteur de Madagascar, les objectifs de ce travail étaient premièrement de brosser le portrait global des mutations résistance aux antituberculeux circulant à Madagascar, et deuxièmement, d’effectuer une analyse comparative entre une méthode de séquençage ciblée (Deeplex—MycTB) et une méthode de séquençage du génome complet pour l’antibiogramme génotypique de la TB. L’analyse a été réalisée avec des souches MDR-TB ainsi que des souches sensibles aux antituberculeux en provenance de Madagascar. Les outils bio-informatiques Mykrobe et Clockwork ainsi que le test de séquençage ciblé Deeplex Myc- TB® ont été utilisés. Nos résultats ont permis de dresser la liste exhaustive des mutations de résistance circulantes à Madagascar entre 2012 et 2021 en plus d’évaluer la performance relative de deux méthodes de séquençage pour l’antibiogramme génotypique. / Tuberculosis (TB) is a deadly disease predominantly affecting developing countries. Close to one quarter of the population would be affected by TB in its active or latent form. The emergence of bacterial resistance has made this public health issue even more important. Multi-drug resistant (MDR-TB) and extensively drug resistant (XDR-TB) strains are circulating in some high-risk areas. With the collaboration with the Institute Pasteur of Madagascar, the goals of this project was first to describe the drug resistance mutations circulating in Madagascar, and second, to perform a comparative analysis between a targeted sequencing method (Deeplex—MycTB) and a whole genome sequencing method for TB genotypic drug susceptibility testing methods. Our analyses generated the comprehensive list of circulating resistance mutations in Madagascar between 2012 and 2021 and allowed to evaluate the relative performance of two sequencing methods for genotypic drug susceptibility testing.