Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T16:58:43Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 194250 bytes, checksum: 6d7313a6318deaf0efe83ed3c782f7ea (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T16:58:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 194250 bytes, checksum: 6d7313a6318deaf0efe83ed3c782f7ea (MD5) Previous issue date: 2005-07-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O feijão é um alimento protéico amplamente consumido pela população brasileira. O Brasil ocupa a posição de maior produtor e consumidor mundial de feijão com produtividade média em torno de 700 Kg/ha. A cultura do feijão tem potencial para produzir acima de 4000 Kg/ha. Apesar de alta, a produção brasileira ainda sofre grandes prejuízos em virtude da indisponibilidade e inacessibilidade de uma tecnologia de plantio e manejo, cultivo em solos de baixa fertilidade, que exigem adubação, além da suscetibilidade de cultivares a diversas pragas e doenças, que constituem os principais fatores para a baixa produtividade nacional. Das estratégias utilizadas para minimizar as perdas na produção, o melhoramento genético do feijoeiro, visando à obtenção de cultivares de interesse econômico, tem se destacado, pois a utilização de tais cultivares é eficiente, segura e acessível a produtores. Atualmente, os programas de melhoramento têm sido grandemente auxiliados pelo uso de técnicas envolvendo marcadores moleculares. Marcadores microssatélites são constituídos de motivos que podem variar de 1 a 6 nucleotídeos repetidos em tandem. São de herança codominate e multialélica, apresentam um elevado conteúdo de informação e são altamente polimórficos. Os marcadores microssatélites são amplificados pela técnica de PCR utilizando pares de primers específicos e são tecnicamente simples desde que existam primers disponíveis. Além disso, a amplificação dos fragmentos de DNA é bastante reprodutível. No mapa genético integrado da espécie, foram posicionados 115 marcadores microssatélites já desenvolvidos. Foi identificado um marcador microssatélite localizado a 7,6 cM associado a um gene de resistência à mancha-angular, e outro localizado dentro da região do terceiro intron do gene que confere resistência ao crestamento bacteriano. O presente trabalho teve como objetivo a construção de primers microssatélites para fornecer ferramentas que auxiliem o desenvolvimento de programas de melhoramento do feijoeiro-comum. Foram seqüenciados fragmentos obtidos de bibliotecas enriquecidas para repetições CCA, AT e GGC. As seqüências foram analisadas e os primers foram desenhados a partir das regiões flanqueadoras dos microssatélites. A análise das seqüências foi realizada com o auxílio dos programas SeqMan 3.57 (DNASTAR, Madison, WI, EUA) e SSRIT (http://www.gramene.org/). Os primers microssatélites foram desenhados com auxílio dos programas Primer3 (http://frodo.wi.mit.edu/cgi- bin/primer3/primer3_www.cgi) e PrimerSelect 3.1 (DNASTAR, Madison, WI, EUA). Os primers que geraram produtos de amplificação nos cultivares Ouro Negro e AND 277, foram utilizados para a validação em 28 variedades diferentes da espécie Phaseolus vulgaris. Algumas dessas variedades são mesoamericanas e outras são andinas. Foram desenhados 34 pares de primers, dos quais 25 se mostraram viáveis quando analisados pelo programa PrimerSelect 3.1. Destes 25, apenas três mostraram-se polimórficos entre as variedades testadas. Foi também determinado o conteúdo de informação de polimorfismo (PIC) para tais primers. Pretende-se, em trabalhos futuros, construir novas bibliotecas para a obtenção de novos primers microssatélites. / Common bean is a popular high-protein food consumed by the Brazilian population. Brazil ranks first worldwide as producer and consumer of common bean with a mean produtivity of around 700 Kg/ha. The crop would have the potential to produce over 4000 Kg/ha. Despite the high production in Brazil, the output is still severely cut back by the lack of available and accessible planting and management technologies, cultivation on low-fertility soils that require fertilization, besides the susceptibility of cultivars to diverse pests and diseases which altogether represent the main factors for the low national productivity. Among the strategies used to mitigate production losses the genetic improvement of common bean, aiming at the establishment of cultivars of economical interest is worth mentioning, since the use of these cultivars is effective, safe and acessible for producers. In the recent past improvement programs have made considerable headway by using techniques that involve molecular markers. Microsatellite markers consist of motifs that can vary from 1 to 6 tandem repeated nucleotides. They have codominate and multiallelic heritability, a high information content and are highly polymorphic. Microsatellite markers are amplified by the PCR technique using specific primer pairs and are xitechically simple if primers are avaliable. Besides, the amplification of the DNA fragments is quite repeatable. One hundred and fifteeen developed microsatellite markers were allocated in the integrated genetic map of the species. One microsatellite marker was identified at 7.6 cM associated to a gene of leaf spot resistance and another one in the region of the third intron of the gene that confers resistance against common bacterial blight. The present study had the objective of constructing microsatellite primers to provide tools that support the developement of common bean improvement programs. Fragments obtained from libraries enriched for the repeats CCA, AT and GGC were sequenced. The sequences were analyzed and the primers designed based on the flanking regions of the microsatellites. The sequence analysis was performed on software SeqMan 3.57 (DNASTAR, Madison, WI, EUA) and SSRIT (http://www.gramene.org/). The primer microsatellites were designed using software Primer3 (http://frodo.wi.mit.edu/cgi- bin/primer3/primer3_www.cgi) and PrimerSelect 3.1 (DNASTAR, Madison, WI, EUA). The primers that generated amplification products in the cultivars Ouro Negro and AND 277 were used to validate 28 different varieties of the species Phaseolus vulgaris. Some of these varieties are Mesoamerican and others Andean. Of the 34 designed primer pairs that were analyzed by PrimerSelect 3.1, twenty-five were viable. Only three of the 25 presented polmorphism among the tested varieties. The polymorphism information content (PIC) for these primers was also determined. New libraries for the establishment of new microsatellite primers are to be constructed in future studies.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-24T13:20:12Z No. of bitstreams: 1 chyntia_c_d_acosta_ioc_bcm_0014_2010.pdf: 6762215 bytes, checksum: eeda2289ddbc51f6797d64ab1bcdbead (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-24T13:20:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 chyntia_c_d_acosta_ioc_bcm_0014_2010.pdf: 6762215 bytes, checksum: eeda2289ddbc51f6797d64ab1bcdbead (MD5) Previous issue date: 2010 / CNPq Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud-Universidad Nacional de Asunción (IICS-UNA) / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A tuberculose (TB) é uma importante causa de mortalidade, sendo Mycobacterium tuberculosis (Mtb) o agente etiológico. Globalmente a família “Latin American- Mediterranean” (LAM) é responsável por aproximadamente 15% dos casos de TB. Dentro desta família, recentemente foi descrito um novo polimorfismo caracterizado por uma deleção de 26,3 kb e designado como LSP RDRio. Esta linhagem é freqüente (30%) no Rio de Janeiro e dados preliminares sugerem que cepas pertencentes a este genótipo apresentam maior virulência. Neste contexto, é de grande importância avaliar a distribuição e transmissibilidade deste genótipo em nível regional e global. O presente estudo descritivo teve como objetivo, primeiramente, estudar a variabilidade genética entre isolados de Mtb do Paraguai, da Argentina e da Venezuela pelas técnicas de Spoligotyping e MIRU-VNTR 12loci, países onde existe pouca informação sobre a presença e natureza de genótipos de Mtb. Outro foco abordado foi o estudo da família LAM, que alberga genótipos de grande importância em nível regional. Para detectar esta família recentemente foi descrito um novo marcador genético que implica o estudo da presença do SNP Ag85C (G103A) por PCR-RFLP. Este marcador pode servir como complemento ao método de Spoligotyping, para ajudar a classificar certos spoligotypes mal definidos ou convergentes. O mesmo pode também constituir uma alternativa rápida e simples para detectar isolados LAM, o que pode ser de grande importância para países de menos recursos. Finalmente, estudamos a freqüência da linhagem RDRio ao analisarmos além da presença do LSP RDRio, outros marcadores para esta linhagem como a deleção de RD174, a presença de 2 cópias alélicas no MIRU 2 e 1 cópia no MIRU 40 e genótipo LAM. Quanto ao primeiro objetivo, foi observada uma distribuição ampla diferença nas famílias de spoligotyping, de acordo com a região estudada. A maior taxa de agrupamentos de isolados observou-se na população de isolados venezuelanos, sugerindo um processo de transmissão contínua ou introdução de algumas linhagens muito tempo atrás. Quanto ao segundo objetivo, foi observado um comportamento variado do SNP Ag85C em referência ao seu papel como marcador da família LAM. Nos isolados paraguaios e venezuelanos houve um grau significativo de concordância com os resultados de spoligotyping enquanto nos pacientes argentinos houve baixa concordância. A relação entre a presença do SNP Ag85C (G103A) e o genótipo LAM, entretanto deve ser melhor estudada. Finalmente, foi observada a presença da linhagem RDRio nos três países, com maior frequência na Venezuela. A baixa freqüência no Paraguai chama a atenção e deve ser mais bem estudada. As características genéticas da linhagem RDRio, salvo poucas exceções, estiveram presentes nos isolados dos três países estudados. Após construção de árvores tipo MST com base nos spoligotypes, observamos, como previsto, a família LAM9 como nodo central que contem a linhagem RDRio e do qual derivam os outros subtipos da família LAM. No entanto, os agrupamentos dos isolados RDRio nos MST de MIRU-VNTR devem ser melhor estudados. Concluindo, no presente estudo descrevemos os genótipos circulantes de Mtb nos três países estudados. Os resultados geraram perguntas interessantes que devem ser abordados no futuro. / Tuberculosis (TB) still remains an important cause of death and its etiological agent is Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Globally the “Latin American-Mediterranean” (LAM) accounts for 15% of the TB cases. Within this family, recently a new Long Sequence Polymorphism has been described, characterized by a 26,3kb deletion and assigned as RDRio-LSP. Currently this lineage constitutes the predominant clade (30%) of TB cases in Rio de Janeiro, and preliminary studies suggest that strains belonging to this genotype present enhanced virulence. Consequently it is of considerable importance to evaluate the distribution and the transmissibility of this genotype regionally as well as globally. The present descriptive study had three main objectives, starting with the study of the genetic variability of the Mtb strains of three Latin-American countries, Paraguay, Argentina, and Venezuela, with little information about the presence and nature of Mtb genotypes; by using spoligotyping and MIRU-VNTR 12 loci. The other focus was on the LAM family, which regionally is of extreme importance. To detect this family recently a new genetic marker has been described, which involves the detection of the SNP Ag85C (G103A) by PCR-RFLP. This marker allows classifying ill defined spoligopatterns or convergent spoligopatterns and it constitutes a simple and fast method, thus an important alternative in low resource countries. Finally our third goal was to study the prevalence of the RDRio lineage by analyzing the RDRio-LSP as well as other markers like the deletion of RD174, 2 allelic copies in MIRU 2 and 1 in MIRU 40, as well as LAM genotype. Regarding the first objective, the population structure obtained by spoligotyping varied considerably according to the geographical location.The highest clustering rate was detected within strains from Venezuela. As for the second objective, we observed a variable behavior of the SNP Ag85C as a marker for the LAM family. Both in strains from Paraguay and Venezuela, the marker had a significant concordance when compared with spoligotyping results. Nevertheless within Argentinean strains, the opposite was observed. Thus, the relationship between the presence of the Ag85C (G103A) SNP and the LAM genotype must be further studied. As for the third objective, we observed the presence of the RDRio lineage within the three countries, but with the highest prevalence in Venezuela. The low prevalence observed within Paraguayan strains deserves more studies. The genetic characteristics of the RDRio lineage were present within the RDRio strains of the three countries, with some few exceptions. Expectedly the construction of MST trees allowed us to observe a central node of the LAM9 family that contained the RDRio lineage and of which other sub-types of the LAM family derived. The nodes observed within the MST based on MIRU, must be further analyzed. In conclusion, we managed to describe the genotypes circulating within the three studied countries. From the results obtained, interesting questions were posed that should be analyzed in the future.