Memoria para optar al Título Profesional de Bioquímico / El último gran evento migratorio llevado a cabo por las poblaciones humanas fue la colonización de las islas de la Polinesia. Esta travesía, realizada a través de la mayor extensión de océano de la superficie terrestre, fue un hecho que necesitó de una gran planificación para sobrellevar las grandes distancias entre las islas. Para comprender cabalmente estos flujos migratorios se hace necesario establecer el contexto espacio-temporal en que este proceso fue llevado a cabo. En cada una de las áreas de investigación, el modelo de estudio se presenta como un factor determinante a la hora de obtener información útil y sin sesgos. En este trabajo se ha propuesto a Broussonetia papyrifera o la morera de papel, como un modelo de estudio apropiado para dilucidar las rutas migratorias del hombre en la Polinesia debido a su gran importancia cultural, económica y política en Asia y en Oceanía. B. papyrifera ha estado ligada al hombre desde el comienzo de sus viajes y ha sido propagada en Polinesia mediante reproducción vegetativa. Con el advenimiento de técnicas moleculares capaces de identificar cambios a nivel de la secuencia de DNA, surgieron una serie de herramientas biológicas de alta resolución. Los ISSR son un tipo de marcador molecular dominante, el cual utiliza las repeticiones de nucleótidos del genoma para informar los cambios que suceden. Entre sus ventajas están su alta reproducibilidad, bajo costo y la posibilidad de utilizarlos sin conocer la secuencia de DNA blanco. La propuesta de este trabajo es determinar la diversidad genética de B. papyrifera como modelo de estudio en Asia y Polinesia para establecer los posibles movimientos migratorios sucedidos en la Polinesia mediante métodos de agrupamiento y herramientas estadísticas basadas en distancia. Para este trabajo fue necesario montar y optimizar la técnica de ISSR, lo cual permitió contar con un perfil genético de datos para distintos individuos provenientes de 3 poblaciones de Asia y 6 islas de la Polinesia. Esta información fue organizada en una matriz binaria de presencia-ausencia de bandas para ser analizada mediante un dendrograma utilizando los algoritmos neighbor-joining y UPGMA. Se generó una matriz de distancia genética y geográfica la cual fue analizada utilizando la prueba de Mantel. Para explorar la similitud de poblaciones se realizó un análisis de coordenadas principales (PCoA). El montaje y la optimización de la técnica ISSR permitió obtener perfiles genéticos de alta resolución, intensidad y con un alto número de bandas para 83 muestras de distintas localidades de Asia y Polinesia. Los dendrogramas obtenidos agruparon en distintas ramas las 3 poblaciones de Asia y diferenciaron dos grupos de individuos de Hawái; sin embargo, no diferenciaron las poblaciones de individuos provenientes de Polinesia. La prueba de Mantel mostró una correlación entre las diferencias genéticas entre las poblaciones y su localización geográfica en el contexto global de Asia-Polinesia; sin embargo, dentro de la región asiática como en Polinesia no se encontró una correlación. El análisis de coordenadas principales (PCoA) confirmó la separación de los individuos de Asia y la subdivisión de Hawái en dos grupos, aunque no fue capaz de distinguir las poblaciones de Polinesia. La técnica molecular ISSR resultó útil para diferenciar las distintas poblaciones asiáticas y separar éstas de las localidades de Polinesia. Sin embargo, la capacidad de discriminación de bandas obtenida mediante esta técnica no permitió resolver totalmente las poblaciones polinésicas. A pesar de esto, los estudios realizados con el marcador molecular ISSR entregaron información valiosa acerca de las diferencias entre poblaciones de Asia y Polinesia y la subdivisión de Hawái, complementando la información entregada por marcadores SSR, de DNA de cloroplastos e ITS / The last major migration event conducted by human populations was the colonization of the islands of Polynesia. This trip, made through the largest area of surface ocean, was an event that required planning to overcome the great distances between islands. To fully understand these flows is necessary to establish the spatial and temporal context in which this process was conducted. In each of the areas of research, the study model is presented as a determining factor in obtaining useful and unbiased information. This paper has proposed Broussonetia papyrifera or paper mulberry, as a model to elucidate the migratory routes in Polynesia due to its cultural, economic and political importance in Asia and Oceania. B. papyrifera has been linked to man since the beginning of his trip and has been propagated in Polynesia by vegetative reproduction. With the advent of molecular techniques able to identify subtle changes in the DNA sequence, a series of high-resolution biological tools emerged. ISSR (Inter-Simple Sequence Repeats) are dominant markers, which uses nucleotide repeats in the genome to report changes that occur. Among its advantages are its high reproducibility, low cost and the possibility to use them prior knowledge the target DNA sequence. The purpose of this study is to determine the genetic diversity of B. papyrifera as a study model in Asia and Polynesia to establish potential migration occurred in Polynesia by clustering methods and statistical tools based on distance. For this work it was necessary to set up and optimize ISSR technique, which allowed us to have a genetic profile data for different individuals from 3 populations of Asia and 6 islands of Polynesia. This information was organized into a binary presence-absence matrix and analyzed using the neighbor-joining and UPGMA algorithms to build a dendrogram. An array of genetic and geographic distance was generated and analyzed by a Mantel Test. To explore the population similarity, a Principal Coordinates Analysis (PCoA) was performed. ISSR Installation and optimization allowed to obtain genetic profiles of high resolution, intensity and number of bands for 83 samples from different Asian and Polynesian locations. Three Asian populations were grouped into 3 different branches and two Hawaiian groups were differentiated, however Polynesian populations were not differentiated. The Mantel Test showed a correlation between genetic distance and geographic location for populations in the global context of Asia and Polynesia, nevertheless within the Asian and Polynesian region, no correlation was found. The Principal Coordinates Analysis (PCoA) confirmed the separation of Asian individuals and the Hawaiian subdivision into two groups, but was unable to distinguish the Polynesian populations. ISSR molecular marker proved usefulness to differentiate the different Asian populations and separate them from the Polynesian samples. Nevertheless, the discrimination of bands obtained by this technique did not resolve the Polynesian populations. Despite this, studies with ISSR molecular marker gave valuable information about the differences between populations of Asia and Polynesia, and allow to identify the Hawaiian subdivision, complementing the information provided by SSR markers, chloroplast DNA and ITS / FONDECYT

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:04:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Introdução: A distonia de torção primária (DTP) de início precoce é uma doença de herança autossômica dominante, com penetrância estimada entre 30 e 40 por cento, sendo que a maioria dos casos se inicia na primeira década de vida. Caracteristicamente, inicia-se em um dos membros e tende a generalizar-se. A deleção GAG no DYT1 é a única mutação até hoje identificada nestes casos. Estima-se que a mesma seja encontrada em cerca de dois terços dos casos de DTP com fenótipo clássico, mas existe um certo grau de heterogeneidade genética, onde mutações neste gene não são encontradas. Entre judeus asquenazitas, cerca de 90 por cento dos casos advêm de um único evento mutagênico ocorrido há cerca de 350 anos, uma mutação fundadora. A mesma mutação já foi descrita em pacientes das mais variadas etnias, mas na literatura não há dados suficientes que nos permitam afirmar se estas mutações são frutos de eventos independentes, o que seria um indício de que este sítio do DYT1 é particularmente propenso a mutações. No Brasil ainda não há relatos publicados que confirmem a presença desta mutação entre pacientes com DTP de início precoce. Objetivos: investigar a presença da deleção GAG no DM em pacientes brasileiros com DTP de início precoce e, através da análise de haplótipos ligados à mutação em pacientes de origens diferentes, verificar se este sítio no DM é propenso a mutações. Pacientes e métodos: 14 probandos brasileiros com DTP de início precoce foram investigados para a deleção GAG no DM através de cromatografia desnaturante de alta performance. Quando disponíveis, familiares destes pacientes também foram investigados. Para a pesquisa de haplótipos relacionados à mutação, fizemos genotipagem utilizando marcadores polimórficos próximos do gene. Foram avaliados vinte e oito indivíduos positivos para a mutação, de famílias diferentes e origens étnicas diversas. Resultados: dentre os 14 probandos brasileiros, 1 foi positivo para a mutação e a investigação de familiares revelou mais dois membros positivos para a mesma. A análise dos haplótipos de 28 pacientes revelou pelo menos 12 tipos diferentes. alguns compartilhados por indivíduos de mesma origem étnica, outros compartilhados por indivíduos de etnias diferentes. A análise dos haplótipos nos permitiu identificar uma mutação nova na família de brasileiros. Conclusões: a deleção GAG no DYT1 é encontrada entre brasileiros com DTP de início precoce. Em nosso meio também existe heterogeneidade genética, onde casos com fenótipo típico não apresentam esta mutação. A análise dos haplótipos identificou uma mutação nova e pelo menos 12 haplótipos diferentes num grupo de 28 pacientes, sugerindo que este sítio no DYT1 é particularmente propenso a mutações. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:38:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_5776_VOLPI 2012_Filogeografia Stenella longirostris_PPGBT_CEUNES_oficial_PROTEGIDO.pdf: 2949344 bytes, checksum: fa95887e37083748152e7197a8a96914 (MD5) Previous issue date: 2012-02-28 / Cetáceo. Marcadores genéticos. Genética de populações.

Orientador : Edi Lucia Sartorato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-02T16:44:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Braganca_WelbeOliveira_M.pdf: 5963364 bytes, checksum: bfc4d02101133b82c4e26b87ba00ecd6 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Mendel, pelo pioneirismo em oito anos de pesquisa com cruzamentos de ervilhas, é considerado o pai da Genética, porém, quando foi eleito abade, em 1868, encerrou precocemente sua carreira. Seus excepcionais manuscritos permaneceram esquecidos por mais de 30 anos. Quando William Sutton e Theodor Boveri estabeleceram a localização dos genes nos cromossomos, as conclusões póstumas de Mendel receberam a devida relevância científica (HAUSMANN, 2000), derrubando conceitos arcaicos, os quais preconizavam que a transmissão hereditária se dava pela mistura de humores, mais precisamente pelo sangue (MIYAJIMA, 2001). A análise do DNA revolucionou o campo da Biologia da identificação. A necessidade de pequenas quantidades de tecido, a estabilidade do DNA e o alto grau de precisão das análises químicas contribuíram para a evolução da tipagem do DNA. O uso das análises do DNA está alterando rapidamente a maneira como a tipagem genética é conduzida em casos de paternidade, estupro e homicídios, na avaliação de desastres em massa, no estudo de caça, reprodução e população de animais, nas análises médicas e na disputa de patentes (Budowle, 2000). Para serem efetivas, as técnicas desenvolvidas por laboratórios especializados devem ser padronizadas para serem prontamente usadas. A quantidade e a qualidade limitada das amostras biológicas forenses exigem que os métodos de tipagem do DNA sejam sensíveis. Os protocolos tendem a ser poupados de passos desnecessários e otimizados. O tempo e os custos devem ser reduzidos, e a confiabilidade e sensibilidade maximizadas (Budowle, 2000). Este trabalho teve como objetivo desenvolver, otimizar procedimentos e correlacionar técnicas encontradas na literatura que puderam ser adaptadas e se mostraram úteis para tipar amostras referenciais, estando em boas condições para os testes de paternidade, bem como amostras achadas nas cenas dos crimes que foram expostas ao meio ambiente. Devido à demanda por técnicas de análise confiáveis, as práticas e os procedimentos usados nos estudos forenses podem guiar os cientistas em outras disciplinas no desenvolvimento e emprego de metodologias válidas e confiáveis. Buscamos também nesse trabalho, avaliar e comparar os diferentes métodos para verificação de paternidade e sua validade para cada tipo de material biológico estudado, propondo uma metodologia padrão para testes de paternidade em cada tipo específico de tecido, avaliando os diferentes métodos de extração de DNA propostos na literatura, procurando adaptá-los e otimizá-los, além de desenvolver novos métodos, fornecendo importantes ferramentas para a crescente área científica da biologia forense / Abstract: Mendel, for his pioneer work in eight years of research with crossings of peas, is considered the father of Genetic, however, when elected abbot, in 1868, he contained his early career. His exceptional manuscripts were forgotten for more than 30 years. When William Sutton and Theodor Boveri established the location of the genes in the chromosomes, the posthumous conclusions of Mendel received the due scientific relevance, overthrowing archaic concepts, which extolled that the hereditary transmission occurred for the mixture of humors, more precisely for the blood. The analysis of DNA revolutionized the field of Biology of identification. The need of small amounts of biological samples, the stability of DNA and the high degree of precision of the chemical analyses contributed to the evolution of the typing of DNA. The use of the analyses of DNA is altering the way quickly as the genetic typing is driven in cases of paternity, rape and homicides, in the evaluation of disasters in mass, in the hunting studies, reproduction and population of animals, in the medical analyses and in the dispute of patents. To be effective, the techniques developed by specialized laboratories should be standardized to be used. The limited amount and quality of the forensic biological samples demand that the methods of typing of DNA to be sensitive. The protocols tend to be saved of necessary steps and optimized. The time and the costs should be reduced, and the reliability and sensibility maximized. This work had as objective develop, optimize procedures and to correlate techniques found in the literature that could be adapted and were shown useful for typing referential samples, being in good conditions for the tests of paternity, as well as samples found in the scenes of the crimes that were exposed to the environment. Due to the demand for reliable analysis techniques, the practices and the procedures used in the forensic studies can guide the scientists in other disciplines in the development and use of valid and reliable methodologies. We also looked for in this work, to evaluate and to compare the different methods for verification of paternity and its validity for each type of studied biological material, proposing a methodology pattern for tests of paternity in each specific type of fabric, evaluating the different methods of extraction of DNA proposed in the literature, trying to adapt them and to optimize them, besides developing new methods, supplying important tools for to the growing scientific area of the forensic biology / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientadores: Ricardo Ribeiro Rodrigues, Luis Eduardo Aranha Camargo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T21:30:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Penha_AlessandradosSantos_D.pdf: 2371831 bytes, checksum: a332d590f5baf18468a2a50c8618c74f (MD5) Previous issue date: 2004 / Doutorado

Con la finalidad de contribuir a los programas de mejoramiento genético para camélidos sudamericanos, se buscó determinar la variabilidad genética y el nivel de endogamia de dos rebaños de reproducción de alpacas (Vicugna pacos) huacayas blancas de reciente formación, pertenecientes al Centro Piloto de Mejoramiento Genético Munay Paqocha y el Fundo Itita, de la Sociedad Peruana de Criadores de Alpacas y Llamas (SPAR)-Puno; así como realizar su genotipificación e identificación de marcadores STR útiles para la determinación de pruebas de paternidad y parentesco. Se evaluaron 10 marcadores STR a partir de sangre y folículos pilosos de 183 individuos colectados al azar. El total de la población presentó un alto nivel de variabilidad alélica, y alelos exclusivos entre poblaciones con frecuencias menores al 1,5%, en los loci LCA37, LCA90, LCA5, VOLP92, YWLL36, YWLL44 y YWLL08. En este estudio se propone el uso de tres marcadores adicionales, VOLP92, LCA94, LCA90, para los análisis de variabilidad genética en alpacas. Los valores de FIS (0,016), y FST (0,003) reflejaron bajo niveles de endogamia. El rebaño del Fundo Itita presentó una mayor Ho (0,858) respecto a la He (0,848), mientras que por el contrario el rebaño del Centro Munay Paqocha presentó un menor valor de la Ho (0,815) respecto a la He (0,848), con una tendencia al déficit de heterocigotos. Los 10 marcadores presentaron una probabilidad de exclusión de parentesco adecuada, con un valor superior al 99,9%, cuando se conoce el genotipo de ambos padres, y un poder de discriminación mayor a 0,90. Además, se alcanzó un valor PEC de 0,999 considerando solo los marcadores YWLL08, YWLL44, LCA37, YWLL36, LCA8; siendo YWLL08 el de mayor valor (0,885). La prueba de filiación permitió detectar mayores errores de asignación de maternidad (13,04%) y paternidad (30,4%) en el rebaño del Fundo Itita, respecto al Munay Paqocha con errores de designación de maternidad de 7,69% y de paternidad de 17,95%, concluyendo que este centro posee un mejor registro de empadres. Palabras clave: STR, camélidos sudamericanos, heterocigosidad, coeficiente de endogamia, probabilidad de exclusión

La papa, es el cultivo no cereal más importante del mundo con una producción mundial que ha alcanzado los 329 millones de toneladas anuales. A pesar de la enorme importancia de este cultivo, aún se desconocen aspectos sobre la genética de muchas de sus características cualitativas y cuantitativas. El mapa UHD (> 10 000 AFLPs) de Solanum tuberosum, ha sido una herramienta de gran utilidad para el proyecto de secuenciamiento del genoma de la papa, que se enfocó inicialmente en el individuo RH89-039-16. Sin embargo, debido a su heterocigocidad se optó por una línea doble monohaploide de la especie S. phureja (DM1-3516R44), para lo cual fue necesario la construcción de novo de un mapa genético. Con la finalidad de identificar cambios en la estructura genómica de estos dos individuos, se analizaron 74 marcadores microsatélites cartografiados previamente en DM1-3516R44, lográndose integrar 62 loci microsatélite en el mapa UHD de RH89-039-16. La comparación de los mapas genéticos de RH89-039-16 y DM1-3516R44 reveló la existencia de colinealidad en grandes fragmentos de los cromosomas II, V y VI, mientras que los cromosomas I, IV, X y XII presentan diferencias en cuanto al contenido de ciertos marcadores. Los cromosomas VII y IX muestran la presencia de rearreglos cromosómicos que podrían ser inversiones o translocaciones, además la presencia de loci duplicados en los cromosomas VIII, I y II, indicaría la ocurrencia de eventos de duplicación intra e intercromosómica. Sin embargo para verificar tales cambios es necesario cartografiar más microsatélites y saturar la zona cromosómica de interés. -- Palabras clave: Papa, marcador molecular, microsatélite, cartografía genética, mapa UHD, colinealidad. / -- Potato is the most important non-grain food crop in the world, with production in 2009 reaching 330 million tons. Despite the importance of the potato in the world, the genetics of many important qualitative and quantitative agronomic traits are poorly understood. The UHD map (>10 000 AFLP markers) of Solanum tuberosum, was a great tool for the Potato Genome Sequencing Project (clon RH89-039-16). However due to the high heterozygosity of RH89-039-16, it was decided to sequence the S.phureja doubled monoploid clone, DM1-3 516R44, for which it was necessary the de novo construction of a genetic map. Microsatellites markers mapped in DM was mapped in the UHD map, with two purposes, integrate microsatellites in the UHD map, and identify changes in the chromosomal organization of Solanum tuberosum (RH89-039-16) and Solanum phureja (DM1-3516R44), by comparison of their genetic maps. The aligment of microsatellites of RH89-039-16 and DM1-3516R44 maps along chromosomes has shown the existence of collinearity in the chromosomes II, V and VI, while the chromosomes I, IV, X and XII has shown differences in content of some markers. The chromosomes VII y IX has shown the presence of chromosomal rearrangements that could be inversions or translocations, further the presence of duplicated loci in chromosomes VIII, I and II might indicate that of intra- and interchromosomal duplications have occurred. However in order to verify these alterations would be necessary mapping more microsatellite markers and saturate the chromosomal region of interest. -- Key words: potato, molecular marker, microsatellite, genetic mapping, UHD map, collinearity

La merluza peruana Merluccius gayi peruanus es una especie demersal con una gran importancia económica, necesariamente se deben hacer investigaciones de este tipo con la finalidad de conocer mejor al recurso para poder así tener mejores parámetros y facilitar su mejor aprovechamiento. De la merluza peruana, se posee escasa información acerca del componente genético poblacional. Debido a la carencia de esta información, el objetivo del presente trabajo fue caracterizar genéticamente las poblacionales de Merluccius gayi peruanus (periodo mayo, 2002) usando marcadores nucleares intrónicos: AldoC1 (AldolasaC intron 1), CK7 (Creatin Kinasa intron 7), GH5 (Hormona de Crecimiento intron 5) y Microsatélites (Mmer-hk9b). Las estrategias que se emplearon fueron EPIC-PCR y amplificación cruzada. El análisis estadístico realizado en la presente investigación demostró que las poblaciones estudiadas, de merluza constituyen una sola unidad poblacional. Palabras Claves: Optimización, PCR, marcador microsatélite, marcador EPICs, Merluccius gayi peruanus. / ---Peruvian hake Merluccius gayi peruanus is a demersal species of great economic importance, necessarily must make such research in order to better understand the resource and to have better parameters and facilitate the best use. For the Peruvian hake, it has little information about the population genetic component. Due to the lack of this information, the purpose of this study was to characterize genetically the population of Merluccius gayi peruanus (period May, 2002) using intronic nuclear markers: AldoC1 (AldolasaC intron 1), CK7 (Creatine kinase intron 7), GH5 ( Growth hormone intron 5) and microsatellites (MMER-hk9b). The strategies used were EPIC-PCR and cross-amplification. The statistical analysis in this investigation showed that the populations studied, as a single hake population structure.

Visando avaliar a extensão da diversidade genética do povo gaúcho, e com isso resgatar parte de sua história, foi realizado um estudo envolvendo 547 indivíduos, sendo 278 Nativos Americanos (Guarani e Kaingang) e 269 provenientes de populações miscigenadas do Rio Grande do Sul (RS). Foram estudados marcadores uniparentais de herança materna e paterna utilizando os seguintes sistemas: a) seqüenciamento da região hipervariável I (HVS I) do DNA mitocondrial (mtDNA), determinação de RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphisms) e mini-seqüenciamento da porção codificadora, envolvendo os quatro principais haplogrupos mitocondriais ameríndios (A, B, C e D); b) sete polimorfismos de base única (SNPs) (DYS199, M242, M9, 92R7, sY81, M19 e RPS4Y711), uma inserção Alu (YAP) e onze microssatélites (DYS19, DYS389 I, DYS389 II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439 e DYS385a/b), todos localizados na região não recombinante do cromossomo Y. Além desses marcadores uniparentais, foram obtidos dados para 16 microssatélites do cromossomo X (DXS1001, DXS1047, DXS1060, DXS1068, DXS1073, DXS1106, DXS1214, DXS1226, DXS1227, DXS8051, DXS8055, DXS986, DXS987, DXS990, DXS991 e DXS993).Analisaram-se 200 Guarani de três parcialidades (Ñandeva, Kaiowá e M’Byá) e 78 Kaingang do Paraná e Rio Grande do Sul, visando identificar diferenças entre as duas tribos, que possam ter ocorrido ao longo do processo histórico. Dezenove linhagens mitocondriais foram detectadas e estas mostraram distribuição diferenciada. A dinâmica de mestiçagem que ocorreu com os Guarani e Kaingang ao longo do tempo foi diversa. O ingresso de genes não-nativos entre as comunidades Guarani foi marcadamente restrito a homens não-ameríndios, enquanto entre os Kaingang há evidências diretas de introdução através do lado materno. Este estudo permitiu desvendar detalhes até então não conhecidos sobre estas duas populações nativas do Rio Grande do Sul, para a história do Estado e para a formação das populações gaúchas atuais. Já os estudos de populações não-indígenas (N=225) revelaram 94% dos cromossomos no RS como tendo origem européia, 4% ameríndia e 2% africana. Ao levar em consideração as distintas populações aqui investigadas, as quais diferem significativamente em histórias demográficas e de mistura, constatou-se que na Serra 100% das patrilinhagens são de origem européia, enquanto no Pampa há uma parcela decontribuição ameríndia (8%) e africana (4%), embora a maior parte seja de cromossomos Y europeus. Os microssatélites (STR) dos cromossomos X e Y foram tipados apenas para a amostra do Pampa: para os Y-STRs (N=89), 81 haplótipos foram identificados, dos quais 74 deles (91%) são únicos. Comparando-se estes dados com outros previamente publicados para portugueses, espanhóis, italianos, alemães, africanos e outras populações brasileiras, observou-se a importante contribuição de ibéricos, particularmente de espanhóis, na atual formação masculina do Pampa. Para os X-STRs (N=70) o número de alelos variou de 1 a 14 e os níveis de heterozigosidade entre 0.5565 e 0.8817. Nenhum haplótipo foi encontrado mais de uma vez, indicando que existe uma grande diversidade no Pampa gaúcho. Com relação aos resultados obtidos para o mtDNA, no RS como um todo (N=225) foram identificadas matrilinhagens européias (63%), ameríndias (30%) e africanas (7%). Porém, da mesma forma que para as patrilinhagens, a distribuição destas variou de acordo com a região estudada. Na Serra 97% dos haplogrupos mitocondriais são característicos de populações européias e apenas 3% têm origem ameríndia. Já no Pampa 51%, 38% e 11% das linhagens mitocondriais têm, respectivamente, origem ameríndia, européia e africana. Considerando-se apenas as linhagens de origem ameríndia, verificou-se que estão assim distribuídas: A – 30%, B – 31%, C – 31% e D – 8%. A marcante diferença nas distribuições destes haplogrupos, quando comparadas com os Guarani bem como com outros resultados, apontaram para a idéia de que outros grupos nativos (principalmente os Charrua), através de suas mulheres, teriam contribuído de maneira marcante para a formação das populações gaúchas contemporâneas. Foi possível verificar ainda que o legado ameríndio (Charrua e Guarani), tão marcadamente presente na cultura gaúcha tradicional, também pode ser visto em nível genômico, num exemplo extraordinário de continuidade genética e cultural entre populações nativas e miscigenadas. / To evaluate the extension of Gaucho genetic diversity of the Gauchos, and retrieve part of their history, a study with 547 individuals, of which 278 were Native Americans (Guarani and Kaingang) and 269 admixed from the state of Rio Grande do Sul, was carried out. Uniparental markers, of maternal and paternal inheritance, were studied by using the following systems: a) Mitochondrial DNA (mtDNA) Hypervariable Sequence I sequencing (HVS I), RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms) determinatins and minisequencing of the coding region, involving the four major mitochondrial Amerindian haplogroups (A, B, C and D); b) seven Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) (DYS199, M242, M9, 92R7, sY81, M19 and RPS4Y711), one Alu insertion (YAP) and eleven microsatellites (DYS19, DYS389 I, DYS389 II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439 and DYS385a/b), all of them located in the nonrecombining region of the Y chromosome (NRY). In addition to these uniparental markers, data for 16 microsatellites of the X chromosome were obtained ((DXS1001, DXS1047, DXS1060, DXS1068, DXS1073, DXS1106, DXS1214, DXS1226, DXS1227, DXS8051, DXS8055, DXS986, DXS987, DXS990, DXS991 and DXS993). Two hundred Guarani of three partialities (Ñandeva, Kaiowá e M’Byá) and 78 Kaingang from Paraná and Rio Grande do Sul were analyzed, aiming to identify differences between the two tribes, that might have occurred during their long historical process. Nineteen mitochondrial lineages were detected and these showed a distinct distribution. The admixture dynamics that occurred along the time with the Guarani and Kaingang was diverse. The introduction of non-native genes in Guarani communities was markedly restricted to non-Amerindian males, while among the Kaingang there are direct evidences of introduction by the maternal side. This study allowed to reveal details that, until now ,were not known about these two Rio Grande do Sul native populations, which had contributed to the state’s history and the formation of the contemporary Gaucho population. The studies with non-native populations (N=225) revealed that 94% of the Y chromosomes have European, 4% Amerindian and 2% African origins. When considering the distinct populations here investigated, which significantly differ in their demographic and admixture histories, it was detected that in the Serra 100% of the patrilineages haveEuropean origin, while in the Pampa there is a fraction of Amerindian (8%) and African (4%) contributions, although the majority is of European origin. The microsatellites (STRs) X and Y were typed only in the Pampa sample: 81 haplotypes were identified for the Y-STRs (N=89), of which 74 (91%) are unique. Comparing these data with previously published results from Portuguese, Spanish, Italian, German, African and other Brazilian populations, it is noteworthy the major contribution of Iberian, particularly the Spaniards, in the present male fraction of the Pampa. For the X-STRs (N=70) the number of alleles varied from 1 to 14 and the levels of heterozygosity varied between 0.5565 and 0.8817. No haplotype was found more than once, indicating that there is a great diversity in the Gaucho. When considering the mtDNA data, in the RS as a whole (N=225) European (63%), Amerindian (30%) and African (7%) matrilineages were identified. But in the same way as in the patrilineages, their distribution has much variation according to the studied region. In the Serra 97% of the mitochondrial haplogroups are typical of European populations and only 3% have Amerindian origin. On the other hand, in the Pampa 51%, 38% and 11% of the mitochondrial lineages have Amerindian, European and African origins, respectively. When only Amerindian origin lineages were considered, it was verified that they are distributed as follows: A – 30%, B – 31%, C – 31% and D – 8%. The marked difference in these haplogroups’ distributions, when compared to Guarani and other results, pointed to the idea that other native groups (particularly the Charrua), should have contributed, through their women, to the formation of the contemporary Gaucho populations. It was also possible to verify that the Amerindian legacy (Guarani and Charrua), so markedly present in the traditional Gaucho culture, can also be seen at the genomic level, in an extraordinary example of genetic and cultural continuity between native and admixed populations

Desde o final dos anos 80, o estudo de marcadores de DNA tem contribuído enormemente para um melhor entendimento de questões antropológicas. Atualmente, duas questões têm sido debatidas fortemente: a primeira envolve o modelo de origem dos humanos modernos e a possível assimilação de linhagens arcaicas pelas populações de Homo sapiens saídas da África. A segunda envolve o tempo e o modo do povoamento das Américas, o último continente a ser colonizado pelos humanos. Foi realizado um estudo envolvendo o seqüenciamento de 50 locos autossômicos em uma amostra de 12 indígenas americanos, totalizando cerca de 50.000 pares de bases de seqüência por indivíduo. Os dados foram analisados juntamente com seqüências já publicadas oriundas de indivíduos africanos e asiáticos. Usando computação bayesiana aproximada e simulações de coalescência, foi estimada diretamente, pela primeira vez, a probabilidade relativa de três modelos de evolução humana. Um modelo de origem africana com substituição obteve a maior probabilidade relativa (98%), muito superior àquela de modelos de assimilação ou de evolução multirregional. O cenário evolutivo sugerido pode explicar não apenas a ancestralidade recente do DNA mitocondrial e do cromossomo Y, como também a existência de linhagens antigas em locos autossômicos. Quanto ao povoamento das Américas, os dados indicaram a ausência de um efeito de gargalo-de-garrafa forte e sugerem um tempo recente de povoamento, de até 13.350 anos atrás. Para obter um cenário mais refinado para o povoamento das Américas, foram seqüenciados 53 genomas mitocondriais completos de indivíduos nativos americanos pertencentes aos cinco haplogrupos mitocondriais principais (A-D, X), que foram analisados juntamente com 191 genomas disponíveis em bancos de dados públicos. Os resultados indicaram um povoamento após o último máximo glacial há aproximadamente 18.000 anos atrás, associados a uma forte expansão populacional (100 vezes) com uma entrada no continente pela costa do Pacífico.Os dois conjuntos de dados sugerem fortemente a ausência de um efeito fundador marcante durante a colonização das Américas e o povoamento do continente após o último máximo glacial. As discrepâncias entre as duas datas obtidas para a entrada nas Américas podem indicar os efeitos de uma segunda migração, mas a explicação mais simplesenvolveria fatores como desenho amostral e incertezas vinculadas a alguns dos parâmetros utilizados. / Since the end of the 80s, the study of DNA markers has contributed enormously to a better understanding of anthropological questions. Currently, two issues have been hotly debated: the first involves a model for the origin of modern humans, and the possible assimilation of archaic lineages by Homo sapiens populations which had left Africa. The second involves the time and mode of the peopling of the Americas, the last continent colonized by humans. A study involving the sequencing of 50 autosomal loci was performed in a sample of 12 American Indians, totaling about 50,000 base pairs per individual. These data were analyzed in conjunction with previously published sequences from African and Asian individuals. Using approximate Bayesian computation and coalescent simulations, the relative probability of three models of human evolution was assessed for the first time. A model of African origin with replacement received the highest relative probability (98%), much higher than that associated to assimilation or multiregional models. The favored evolutionary scenario can explain not only the recent ancestry for mitochondrial DNA and the Y chromosome, but also the existence of deep lineages in autosomal loci. Regarding the peopling of the Americas, the data indicate the lack of a bottleneck effect and suggest a recent time for its settlement, up to 13,350 years ago. To obtain a more accurate scenario for the peopling of the Americas, 53 mitochondrial genomes from Native American individuals belonging to the five main mitochondrial haplogroups (A-D, X) were sequenced and were analyzed together with 191 genomes available in public databases. The analysis indicated a peopling of the continent after the last glacial maximum at approximately 18,000 years ago, associated to a strong population expansion (100 fold), and with an entry in the continent through the Pacific coast. Both datasets strongly suggest the nonexistence of a marked founder effect during the settlement of the Americas and the peopling of the continent after the last glacial maximum. The discrepancies between the two calculated times for the entry in the continent could reflect the effects of a secondary migration, but the simplest explanation would be related to factors such as sampling design and to uncertainties intrinsic to some of the parameters.