La vertiente occidental de los Andes peruanos es un ecosistema árido y rico en flora endémica, actualmente amenazada por la industria y expansión urbana. Se caracteriza por una flora de cactáceas y arbustos caducifolios, entre estos últimos se encuentra Orthopterygium huaucui (A. Gray) Hemsley, una Anacardiaceae endémica de género monotípico, que habita la vertiente occidental en forma de matorrales dispersos en laderas rocosas a lo largo de 500 km de la costa central y cuyas especies más próximas pertenecen al género Amphipterygium (presente en México y Centroamérica) con la cual existe una disyunción de más de 3500 km. Con la finalidad de determinar 1) La estructura poblacional de O. huaucui, 2) su posición filogenética en la tribu Rhoeae de la familia Anacardiaceae y 3) el tiempo de origen de O. huaucui en la familia, se realizó una filocronología bayesiana de la familia calibrada con cinco registros fósiles y se evaluó la diversidad genética. Para ambos objetivos se emplearon los marcadores TrnL, Rps16 (intrones plastidiales) e ITS (nuclear), utilizados en estudios filogenéticos y filogeográficos en vegetales. Se extrajo ADN de material fresco de 54 individuos de O. huaucui abarcando la distribución conocida, se secuenciaron ambas hebras y se editaron manualmente. Asimismo, fueron descargadas secuencias disponibles en GenBank de otras Anacardiaceae. La disyunción entre Orthopterygium y su género hermano Amphipterygium resultó entre 16,52 y 14,82 millones de años, entre ambos se halló una distancia genética similar a linajes con una mayor diversificación; mientras que, no se detectaron mutaciones intraespecíficas en Orthopterygium. Este último resultado respondería a una baja dispersión y/o baja tasa mutacional, en vista de estudios ecológicos y moleculares realizados. Sin embargo, siendo la ausencia de mutaciones en marcadores nucleares un patrón común en especies recientes no obstante el origen miocénico detectado en Orthopterygium, podría tratarse de un linaje afectado por un severo cuello de botella genético. Más aun tratándose del único representante del género, Orthopterygium huaucui sería el resultado de un proceso migratorio de una especie ancestral desde el hemisferio norte de América, a través de un Itsmo de Panamá ya formado, que aprovechó la aridez de la vertiente, cuyas características se han mantenido por más de 15 millones de años, para su establecimiento. / Peruvian western slopes of the Andes are an arid ecosystem rich in endemic flora currently threatened by industrial and urban expansion. It is characterized by a flora of cacti and deciduous shrubs. Orthopterygium huaucui (A. Gray) Hemsley is an endemic monotypic genus of Anacardiaceae family which inhabits this ecosystem as scattered thickets on rocky slopes along 500 km of the central coast and whose closest species belonging to the genus Amphipterygium (found in Mexico and Central America). Between those two genera there is a disjunction of more than 3500 km. In order to determine 1) the population structure of O. huaucui, 2) the phylogenetic position of O. huaucui within the tribe Rhoeae of the Anacardiaceae family and 3) the divergence time of O. huaucui within Anacardiaceae, we performed a Bayesian phylochronology calibrated with five fossil records and determined the genetic diversity. To get these aims we sequenced TrnL, Rps16 (plastid introns) and ITS (nuclear) markers broadly used in plant phylogenetic and phylogeographic studies. We extracted DNA from 51 individuals of O. huaucui, we amplified the three regions by PCR, we sequenced each one and edited manually. We downloaded sequences of other anacardiacean species available in GenBank. The disjunction between Orthopterygium and Amphipterygium resulted in 16,52 and 14,82 million years and a genetic distance between these two species was similar to lineages with greater diversification; whereas no intraspecific mutations were detected in Orthopterygium. This result would respond to a low dispersion or low mutation rate in view of ecological and molecular studies. In spite of the fact that the absence of mutations in nuclear markers is a common pattern in recent species and the Miocenic origin of Orthopterygium, we propose that this species was affected by a severe genetic bottleneck. Moreover, by considering as the single representative of the genus, Orthopterygium huaucui would be the result of an ancestral species migration from the northern hemisphere which has got the western slopes, an arid ecosystem for more than 15 million years, through a well-established Panama isthmus. / Tesis

La caballa Scomber japonicus (Perciformes: Scombridae) es una especie pelágica de gran importancia económica en el Perú y en varios países alrededor del mundo. A pesar de su importancia, no se han reportado estudios concernientes a la genética de poblaciones en esta especie en el Perú. Por este motivo, el objetivo de la presente tesis fue evaluar la estructuración genética de caballa en el mar peruano. Se utilizó la Región Hipervariable I (Dominio ETAS) de la Región Control Mitocondrial junto a cinco marcadores microsatélites. El análisis del marcador mitocondrial evidenció una escasa diferenciación genética entre las poblaciones estudiadas y que el recurso atravesó un proceso de expansión poblacional en el pasado. De los marcadores microsatélites solamente el locus SJT18 fue útil para el análisis genético-poblacional debido a que los cuatro marcadores restantes tuvieron serios problemas de efecto stuttering (bandas tartamudas). Este locus, al igual que el marcador mitocondrial, sugirió una escasa diferenciación entre las poblaciones. Se concluye que la caballa peruana comprende una sola unidad panmíctica lo cual refuerza la hipótesis de un único stock pesquero. / Tesis

La concha de abanico (Argopecten purpuratus) es un molusco bivalvo de importancia económica para el Perú, debido a su alto valor nutritivo y su amplia aceptación en los mercados de Estados Unidos, Japón y Europa. En el Perú, no se han realizado estudios a nivel genético poblacional en esta especie, existiendo solamente estudios morfométricos, cuyas variaciones estarían ligadas a cambios en la variabilidad genética del recurso (Cisneros et al., 2008). Además, existen pocos marcadores microsatélites reportados, los cuales son los marcadores moleculares más adecuados para evaluar la diversidad genética de una especie. El objetivo del presente estudio fue detectar microsatélites trinucleótidos “CAT” del genoma de A. purpuratus para lo cual se utilizó el método de librerías genómicas enriquecidas. Se optimizó un protocolo para extracción de DNA Genómico de alta calidad a partir de la gónada masculina y utilizando como buffer de lisis TNES-urea. Asimismo, se construyó una librería genómica enriquecida utilizando esferas magnéticas lo que permitió obtener un elevado porcentaje de clones positivos (65 80%). Finalmente, se obtuvo DNA plasmídico de alta calidad cuyo secuenciamiento servirá para diseñar cebadores que permitan evaluar el polimorfismo de los microsatélites. Palabras clave: concha de abanico, Argopecten purpuratus, librerías genómicas enriquecidas, microsatélites, polimorfismo. / --- The Peruvian scallop (Argopecten purpuratus) is an economically important bivalve in Peru due to its high nutritional qualities and its wide acceptance in the markets of United States, Japan and Europe. In Peru, there have not been studies of this resource at the population genetic level and there are only morphometric studies, one of those reports that variations at this level could be linked to the genetic variability of the resource (Cisneros et al., 2008). In addition, there are only few microsatellite markers reported, this molecular markers are the best to assess the genetic diversity. Due to this reason, the aim of this study was to detected trinucleotide microsatellites with the motif "CAT" from the genome of A. purpuratus using enriched genomic libraries. High quality DNA extraction from the male gonad with TNES-urea lysis buffer was optimized. Furthermore, the enriched genomic libraries constructed using magnetic beads allowed identification of a high percentage of positive clones (65-80%). Finally, the sequencing of the high quality plasmid DNA obtained will enable primers design for the evaluation of the microsatellites polymorphism. Keywords: Peruvian scallop, Argopecten purpuratus, enriched genomic libraries, microsatellite, polymorphism. / Tesis

Los toritos de 12-15 meses en sistemas de cría bajo condiciones extensivas, son tan eficientes como los toros de 2 años, su desempeño exitoso en la primera temporada de apareamientos depende de la calidad y cantidad del semen. Existe variabilidad para la edad de inicio de la pubertad, entre y dentro de razas. Sería importante incluir en programas de selección genética a la precocidad sexual, mediante mediciones fenotípicas, evaluaciones genéticas y marcadores genéticos. Estos últimos permitirían detectar tempranamente aquellos animales sexualmente precoces y además mejorar las evaluaciones genéticas cuantitativas tradicionales. Se establecieron los siguientes objetivos de trabajo: 1) Describir la variable fenotípica pubertad en machos bovinos en las condiciones de los sistemas pastoriles en la Argentina. 2) Estudiar la asociación entre marcadores genéticos y caracteres fenotípicos relacionados con la precocidad sexual en el macho bovino. Las definiciones de pubertad consideradas en este estudio fueron: a) Cuando el eyaculado de los toritos presenta una concentración de 50 x 106 de espermatozoides por mililitro y 10% de motilidad lineal (Wolf y col., 1965); b) Momento en el cual el perímetro escrotal ha alcanzado los 27,9 ± 0,2 cm, independientemente de la raza y el peso vivo (Lunstra y col., 1978). Se emplearon para un análisis retrospectivo los registros históricos de las evaluaciones anuales de precocidad sexual de 1269 toritos Angus de una cabaña. Con un segundo grupo de 286 toritos Angus, se realizaron las determinaciones experimentales para describir el aspecto fenotípico de la pubertad en sistemas de producción característicos de la Argentina y realizar los estudios de asociación con los marcadores genéticos Se analizaron: a) Las diferencias para edad, peso vivo y perímetro escrotal estimadas al momento de la pubertad; b) las correlaciones entre edad a la pubertad, edad de la madre, peso a los 300 días y perímetro escrotal a la pubertad; c) las correlaciones entre edad a la pubertad, peso al destete y perímetro escrotal al destete y d) las diferencias en el cálculo de las edades a la pubertad establecidas acorde a las definiciones consideradas. Para los estudios de asociación entre marcadores genéticos y caracteres de pubertad sexual, se seleccionaron 4 polimorfismos de nucleótido simple o SNPs, localizados en 3 genes candidatos: dos SNPs en GNRHR, uno en LHR y uno en IGF1. Para su genotipificación se utilizó la tecnología de pirosecuenciación. La asociación entre variables fenotípicas y genotipos fue determinada mediante un modelo lineal mixto. Como resultado del presente trabajo de tesis se arribó a las siguientes conclusiones: La concentración espermática no sería la principal variable limitante segun la definición propuesta por Wolf y col. (1965), mientras que la motilidad espermática parecería ser la variable critica. Existe variabilidad entre la progenie de las distintas líneas genéticas respecto a edad y perímetro escrotal al inicio de la pubertad, lo que permite seleccionar genéticamente por precocidad sexual. El perímetro escrotal al destete podría usarse para seleccionar por precocidad sexual debido a la existencia de una correlación fenotípica negativa edad de pubertad. El perimetro escrotal podría usarse como un buen predictor de la pubertad en toritos recriados en sistemas pastoriles. El SNP IGF1SnaBI estuvo significativamente asociado con edad a la pubertad determinada a partir de los 28 cm de perímetro escrotal.

Los marcadores de ADN son útiles en la identificación de genes y sus variantes que puedan influir en la predisposición genética a desarrollar una determinada enfermedad. Las personas con ciertos polimorfismos en múltiples genes pueden ser susceptibles a la diabetes; sin embargo, estudios realizados en otros países han demostrado que los polimorfismos Pro12Ala del gen PPAR-γ2 y el 174G/C del gen IL-6 cumplen un rol importante en el desarrollo de esta enfermedad y podrían ser considerados como genes candidatos en el diagnóstico molecular temprano de la Diabetes Mellitus tipo II (DM-II) en una población peruana; con el objetivo de evitar complicaciones de la Diabetes como retinopatías, daño renal, daños en el SNC, entre otros. De acuerdo a las cifras oficiales del Ministerio de Salud, en nuestro país existen más de 86,000 pacientes diabéticos y 2 de cada 10 adultos mayores sufren este mal; motivo por el cual vimos la necesidad de realizar este estudio. Objetivo: 1. Determinar las frecuencias genotípicas y alélicas de los genes PPAR-γ2- Pro12Ala y IL-6- 174G/C y 2. Establecer la asociación del polimorfismo de los genes PPAR-γ2- Pro12Ala y IL-6- 174G/C, con la Diabetes. Participantes: Muestras del Banco de Muestras del Laboratorio de Biología Molecular del CIBN. Materiales y métodos: A una muestra poblacional de Lima de 100 muestras, 50 muestras control y 50 muestras de pacientes con DM-II, se realizó extracción del ADN genómico, análisis del polimorfismo Pro12Ala de PPAR-γ2 y 174G/C de IL-6 mediante PCR/RFLP. Resultados: Las distribuciones de los genotipos del gen PPAR-γ2 en los grupos de casos y controles estuvieron de acuerdo con la hipótesis del equilibrio de Hardy-Weinberg; sin embargo, las frecuencias genotípicas del gen IL-6 no cumplieron con esta condición de equilibrio. Palabras clave: Diabetes Mellitus II, SNP, PPAR-γ2, IL-6, PCR-RFLP.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / La Enfermedad de Chagas, o tripanosomiasis americana, es causada por el parásito protozoario intracelular Trypanosoma cruzi, transmitido por insectos vectores pertenecientes al orden Hemíptera, familia Reduviidae, género Triatoma. Se estima que en la actualidad hay aproximadamente quince millones de personas infectadas por T. cruzi en Latino América, incluido Chile. En nuestro país, la zona endémica se extiende desde la Región de Arica y Parinacota (XV) hasta la Región del Libertador General Bernardo O’Higgins (VI), siendo consideradas hiperendémicas las regiones de Atacama (III) y Coquimbo (IV). Vectores triatominos procedentes de las distintas regiones podrían ser portadores de diferentes clones de T. cruzi debido, posiblemente, a un proceso de selección de clones del parásito que triatominos de las distintas zonas geográficas podrían albergar. Este hecho favorecería la aparición de diferencias genéticas entre los clones, estructurándose así distintas poblaciones de T. cruzi en vectores de regiones diferentes. Actualmente, las poblaciones de T. cruzi se agrupan en seis unidades de tipificación discreta (DTUs) o linajes, denominados TcI, TcII, TcIII, TcIV, TcV y TcVI, los cuales se podrían comportar de un modo distinto en el hospedero humano, como ya se ha sugerido respecto de su infectividad. Con el fin de aportar información al conocimiento de la estructura poblacional de T. cruzi, el objetivo de este trabajo fue identificar y caracterizar genotípicamente los clones del parásito presentes en el contenido intestinal de vectores Triatoma infestans provenientes de tres regiones endémicas de Chile. Se utilizaron métodos de genética de poblaciones y tres marcadores microsatélites para analizar 109 muestras de poblaciones de T. cruzi obtenidas de 21, 62 y 26 triatominos, provenientes de las regiones de Atacama (III), Valparaíso (V) y Metropolitana (RM), respectivamente. Estos triatominos fueron colectados por el Programa de Erradicación de la Infestación Domiciliaria de T. infestans, llevado a cabo por el Ministerio de Salud de Chile durante el periodo 2005-2007. El 56,8% de las poblaciones de T. cruzi analizadas estaba compuesto por uno (33%) o dos clones (23,8%) y, estas últimas fueron mayoritarias entre las muestras multiclonales. Respecto del linaje, los más frecuentemente detectados fueron TcI y TcIII, en el total de muestras analizadas. Ademas, los resultados obtenidos en este estudio indicaron que las poblaciones de T. cruzi presentes en triatominos de las tres regiones de Chile eran genéticamente diferentes en base a sus frecuencias alélicas. Así, los resultados de este trabajo sugieren que el ciclo de transmisión de T. cruzi y el intercambio genético entre sus poblaciones se habría limitado posiblemente por una disminución de su tamaño poblacional debido al Programa de Erradicación de la Infestación Domiciliaria de T. infestans / FONDECYT N° 1070837

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Coorientador: Rafael Medeiros de Oliveira Silva / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Angélica Simone Cravo Pereira / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: O objetivo deste estudo foram realizar associação genômica ampla (GWAS) e predição genômica utilizando haplótipos como marcadores genéticos para o perfil de ácidos graxos da gordura intramuscular do músculo Longissimus dorsi em bovinos Nelore. Foram utilizados dados de 963 machos da raça Nelore terminados em confinamento, provenientes de fazendas que integram três programas de melhoramento genético. O grupo de contemporâneo foi formado por animais nascidos na mesma fazenda e safra, e do mesmo grupo de manejo ao sobreano. Para a determinação do perfil de ácidos graxos foi utilizado para a extração dos lipídeos o método Folch e para a metilação o método Kramer. Para a genotipagem foi utilizado um painel com mais de 777.000 SNPs do BovineHD BeadChip (High-Density Bovine BeadChip) da Illumina. O controle de qualidade foi feito considerando MAF < 0,05 e Call rate < 90%. Após o CQ, 469.981 SNPs permaneceram nas análises. A imputação dos "missing" e o "phasing" do genótipo foram realizados utilizando o software FImpute. A definição dos blocos de haplótipos foi realizada baseada no desequilíbrio de ligação utilizando o software HaploView. No capítulo 2 as análises estatísticas incorporando as informações dos haplótipos foram realizadas utilizando o software ASREML implementando o método REML. O modelo incluiu efeitos fixos do grupo contemporâneo (62 níveis), haplótipo (regressão linear no número de cópias) e idade ao abate como covariável linear. Os valores de p foram ajustados pelo ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study were genome-wide association (GWAS) and genomic prediction using haplotypes approach for fatty acid profile of intramuscular fat of longissimus dorsi muscle in Nellore cattle. The investigated dataset contained records from 963 Nellore bulls, finished in feedlot (90 days) and slaughter with about two years old. Meat samples of Longissimus dorsi muscle, between the 12th and 13th ribs of the left half-carcasses, were taken to measure the fatty acids (FAs). FAs were quantified by gas chromatography (GC-2010 Plus - Shimadzu AOC 20i autoinjector) using SP-2560 capillary column (100 m x 0.25 mm diameter with 0.02 mm thickness, Supelco, Bellefonte, PA). The animals were genotyped using the high-density SNP panel (BovineHD BeadChip assay 777k, Illumina Inc., San Diego, CA). Those SNP markers with minor allele frequency less than 0.05, call rate less than 90%, monomorphic, located on sex chromosomes, and those with unknown position were removed from the analysis. After genomic quality control, 469,981 SNPs and 892 animals were available for the analyses. Missing genotypes were imputed and genotypes were phased to haplotypes using FImpute software. Haplotype blocks were defined based on linkage disequilibrium using HaploView software. In chapter 2, statistical analyzes incorporating the haplotype information were performed using ASREML software implementing the REML method. The model included fixed effects of the contemporary group (62 levels), haplotype (linear r... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Señala que en la práctica forense son utilizados los marcadores del tipo STR por su gran poder discriminativo para identificar genéticamente a personas involucradas en un proceso judicial, en el Perú actualmente se utilizan un mínimo de 20 STRs de acuerdo a las recomendaciones del CODIS. En el presente estudio se caracterizaron 21 marcadores STR autosómicos del kit Globalfiler express, en una población peruana mestiza con aplicación a la práctica forense. Las frecuencias alélicas absolutas fueron estimadas en 300 individuos no emparentados provenientes de diferentes provincias del Perú. Con los datos obtenidos se realizó un análisis de los parámetros estadísticos forenses como el poder de discriminación (PD), poder de exclusión (PE), contenido de información polimórfica (PIC), heterocigosidad observada (Ho) y heterocigosidad esperada (He). Todos los loci estudiados estuvieron en equilibrio de Hardy-Weinberg, tras aplicar la corrección de Bonferroni a los marcadores D10S1248 y D2S1338. El marcador SE33 resulto el más polimórfico con un índice de 90.95%, mientras que el menor índice se registró en el marcador D22S1045 con el 50.71%. La población peruana presento alelos que no se observan en la población hispana, entre estos alelos tenemos al 29.2 y 35.2 del marcador D21S11, alelos 17, 25.3 y 49.2 en el marcador FGA, el alelo 15 en el marcador D5S818, el alelo 11 en el marcador D3S1358, el alelo 18 en el marcador D10S1248, los alelos 17.2, 19.2 y 23 en el marcador SE33. Asimismo, existen algunos alelos que se observaron en la población hispana y no se registraron en la población peruana como los alelos 11, 12 y 17.3 en el marcador vWA, los alelos 24.2, 28.2, 33 y 35 en el marcador D21S11. El poder de discriminación total fue mayor a 99.99999% y el poder de exclusión total fue de 99.99997%. Existe diferencia de 2.9357% entre las frecuencias alélicas absolutas de la población mestiza peruana y la población hispana, esta diferencia es significativa en los cálculos probabilísticos de vínculos biológicos y en la identificación genética. / Tesis

Orientador: Henrique Nunes de [UNESP] Oliveira / Coorientador: Camila Urbano Braz / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Resumo: Com o avanço dos estudos em genética e da tecnologia aplicada à genotipagem de marcadores moleculares, a identificação de polimorfismos associados às características de interesse econômico se tornou mais acessível, possibilitando a sua utilização aumentar a acurácia de modelos de predição do mérito genético dos animais. Esse avanço também possibilitou aumentar a acurácia dos estudos para identificação de QTLs para características de interesse econômico. Entretanto, os marcadores comumente utilizados para tal fim são os SNPs, que por serem bi-alélicos podem não ser muito eficientes na identificação dos QTLs. Os haplótipos, multi-alélicos, apresentam maior possibilidade de estarem em desequilíbrios de ligação (DL) com os QTLs. Dessa forma, objetivou-se no presente trabalho identificar o melhor método de construção de haplótipos para utilização em estudos de detecção de QTLs, a partir da comparação dos três métodos mais comumente utilizados para este fim. Foram utilizadas três populações simuladas representando características com três diferentes valores de herdabilidade, para as quais foram armazenados os dados fenotípicos, genotípicos e de pedigree dos 6.000 animais da população mais recente: Pop1 com herdabilidade baixa (0,10); Pop2 com herdabilidade moderada (0,25); e, Pop3 com herdabilidade alta (0,35). Os genomas simulados consistiram de 750.000 marcadores do tipo SNP, e 750 QTLs, com dois a quatro alelos, dispostos aleatoriamente em 29 cromossomos com tamanho total de 2.3... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: With the advancement of genetic studies and the technology applied to the genotyping of molecular markers, the identification of polymorphisms associated with the characteristics of economic interest became more accessible, allowing its use to increase the accuracy of prediction models of the genetic merit of the animals. This advance also made it possible to increase the accuracy of studies to identify QTLs for characteristics of economic interest. However, the commonly used markers for this purpose are SNPs, which because they are bi-allelic may not be very efficient in identifying QTLs. The haplotypes, multi-allelic, are more likely to be in linkage disequilibrium (LD) with QTLs. Thus, the objective of this work was to identify the best haplotype construction method for use in QTLs detection studies, by comparing the three methods most commonly used for this purpose. Three simulated populations representing characteristics with three different heritability values were used for which the phenotypic, genotypic and pedigree data of the 6,000 animals were stored: Pop1 with low heritability (0.10); Pop2 with moderate heritability (0.25); and, Pop3 with high heritability (0.35). The simulated genomes consisted of 750,000 SNP-type markers, and 750 QTLs, with two to four alleles, arranged randomly on 29 chromosomes with a total size of 2,333 centimorgans (cM). From the simulation the SNPs whose frequency of the lowest allele was less than 0.1 were eliminated, leaving 576,027, 577,... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Dilermando Perecin / Coorientador: Carlos Alberto Mathias Azania / Banca: Janete Apparecida Desiderio / Banca: Robinson Luiz de Campos Machado Pitelli / Banca: Marcos Antonio Kuva / Banca: Paula Macedo Nobile / Resumo: A elevada produção de cana-de-açúcar no Brasil é resultado do adequado manejo usado no campo com a cultura, e quando não adequado causa perdas significativas em produtividade. Dentre os tratos culturais, está o manejo das plantas daninhas, as quais são plantas indesejáveis as culturas. Entre as plantas daninhas, o capim-camalote (Rottboellia cochinchinensis) destaca-se como planta de difícil controle. Esse difícil controle está associado ao reduzido número de herbicidas registrados e seletivos a cultura da cana-de-açúcar, à variabilidade genética presente nas plantas daninhas, característica intrínseca a elas, e também a dormência das sementes e o vigor das plantas. Mediante a dificuldade do controle químico observada pelos produtores elaborou-se a hipótese de que isso pode ser devido a existência de biótipos entre e dentro das diferentes populações infestantes de canaviais que respondem de forma diferente aos tratamentos com herbicidas. Para verificar esta hipótese o presente trabalho teve como objetivo estudar a variabilidade genética em plantas de Rottboellia cochinchinensis em três populações (municípios de Igarapava, Mococa e Piracicaba) do Estado de São Paulo, utilizando-se da técnica AFLP. Foram também avaliadas a aplicação de herbicidas em pós-emergência das plantas e a análise citogenética. Nos três locais foram realizadas coletas de folhas no terço superior da plantas e sementes, em áreas de produção comercial de cana-de-açúcar. Para a caracterização molecular seis iniciadores foram utilizados com o marcador AFLP, em 10 indivíduos por população (30 indivíduos no total), com base na presença (1) e ausência (0) de bandas, no ano de 2012. Para a sensibilidade à herbicidas o experimento foi instalado em vasos com capacidade para 20 L, em delineamento inteiramente casualizado. Os tratamentos... / Abstract: The Brazilian high sugarcane production comes from adequate management techniques, which when non-properly used may cause significant yield losses. The weed control is one of these crop practices; such technique consists of eliminating unwelcome plants from farming areas. Among weed species, itchgrass (Rottboellia cochinchinensis) can be highlighted as one of the plants difficult to be controlled. This fact may be associated to a reduced number of selective herbicides registered for sugarcane crop, weed genetic variability, seed dormancy and plant vigor. By means of the difficult chemical control faced by farmers, we have drawn up a hypothesis that such fact might be related to the existence of varied biotypes between and within the different weed populations in sugarcane fields, responding distinctly to herbicide applications. To check this hypothesis, we aimed to study the genetic variability of Rottboellia cochinchinensis (itchgrass) from three different populations (in the cities of Igarapava, Mococa and Piracicaba) in São Paulo State, Brazil, and using AFLP technique. Moreover, post-emergence application and cytogenetics were tested. Upper third leaf and seed samples were collected from the three locations, in areas of sugarcane commercial production. For molecular characterization, six primers were used with the AFLP marker, using 10 plants per population (30 in total), based on band presence (1) and absence (0) in the year of 2012. A completely randomized experiment was set to evaluate herbicide responses, using 20-L pots. Chemical treatments were performed by the herbicides: ametryn (3,000 g ha-1) - T1; isoxaflutole (135 g ha-1) - T2; ametryn (300 g ha-1)+isoxaflutole (135 g ha-1) T3; isoxaflutole (135 g ha-1)+clomazone (1200 g ha-1) T4; amicarbazone (1400 g ha-1) - T5; ametryn (3,000 g ha-1)+trifloxysulfuron-sodium (22.5 g ha-1) - T6; glyphosate (2,160 g ha-1) - T7; MSMA (2,880 g ha-1) - T8 and ametryn ... / Doutor