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Inferências filogenéticas do gênero Oxymycterus (Cricetidae:Sigmodontinae) de algumas localidades do Sul do Brasil, com base em sequências de DNA mitocondrial

Peçanha, Willian Thomaz January 2015 (has links)
Orientador : Prof. Dr. Tales Renato O. de Freitas / Co-orientadora : Profª Drª Iris Hass / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 27/03/2015 / Inclui referências / Área de concentração / Resumo: O gênero Oxymycterus possui uma taxonomia bastante confusa, sendo relativamente mal entendido os reais limites entre as espécies, suas relações filogenéticas, distribuição e história natural. Algumas de suas espécies possuem ampla distribuição geográfica, ocorrendo em mais de uma formação fitofisionômica ou em mesmos biomas, geralmente em simpatria com congêneres de "distribuição restrita". Neste contexto, o presente estudo teve por objetivo investigar a variabilidade haplotípica de gênero Oxymycterus no Brasil Meridional (Estados do PR, SC e RS), através do sequenciamento do gene mitocondrial citocromo b (cyt b) de 181 espécimes, utilizando também sequencias disponíveis em banco de dados públicos (Genbank) como referencia, com o intuito de investigar as potenciais espécies existentes na Região Sul. Apesar de a literatura relatar quatro táxons para o Sul do Brasil, a análise filogenética Bayesiana revelou a existência predominante de duas espécies na região (O. nasutus e O. aff. quaestor) e a inédita extensão de ocorrência de um táxon cuja distribuição na Mata Atlântica restringia-se até então a região Sudeste (O. dasytrichus). A inferência Bayesiana também revelou possíveis erros de informações depositadas em banco de dados, levando a conflitos de identificação de uma amostra entre O. delator e O. amazonicus, e identificando potencialmente uma espécie nova registrada para regiões de Cerrado no Oeste do Estado do Paraná. Ainda de acordo com os resultados obtidos, O. nasutus e o "O. quaestor'' são linhagens com marcada estruturação interna. Oxymycterus nasutus formou clados distintos, dentre eles, dois grupos exclusivos que pertencem ao Planalto Meridional e a Planície Costeira/RS. A linhagem de O. quaestor possui distribuição somente no Planalto Meridional, e também apresentou marcada divisão em dois clados, indicando a possível existência de espécies crípticas dentro deste grupo, cuja divergência genética superou a média interespecífica do gênero (> 6%). Essa informação é forte evidência de uma potencial espécie nova no Sul do Brasil, que ainda necessita revisão de caracteres morfológicos comparativos às demais linhagens próximas para robusta definição. Palavras-Chave: Akodontini, Citocromo b, Filogenia Molecular, Sequenciamento / Abstract: Quite confusing taxonomy, being relatively misunderstood over the limits between species, phylogenetic relationships, and the natural history and distribution of the group, some species of Oxymycterus have wide geographical distribution, occurring in more than one phytophysiognomic training or same biomes, usually with sympatric congeners "restricted distribution". In this context, the present study aimed to investigate the haplotype variability Oxymycterus kind in southern Brazil (PR, SC and RS states), by sequencing the mitochondrial cytochrome b gene (cyt b) of 181 specimens, also using sequences available in public database (Genbank) as a reference, in order to investigate the potential species existing in the South. Although the literature report four taxa for the South Brazil, the Bayesian phylogenetic analysis revealed the existence of two predominant species in the region (O. nasutus and O. aff. quaestor) and the unprecedented extent of occurrence of a taxon whose distribution in the Atlantic Forest was restricted so far to Southeast (O. dasytrichus). The Bayesian inference also revealed possible error information deposited in the database, leading conflicts to identifying a sample of between O. delator and O. amazonicus, and potentially identifying a new recorded species to savannah regions in the west of Paraná. Also according to the results obtained, O. nasutus and "O. quaestor'' are markedly lines with internal structure. Oxymycterus nasutus formed distinct clades, including two exclusive groups belonging to the Southern Plateau and the Coastal Plain. The strain of O. quaestor has distribution only in the southern Plateau, and also showed marked division into two clades, indicating the possible existence of cryptic species within this group, whose genetic divergence exceeded interspecific average gender (> 6%). This information is strong evidence of a potential new species in southern Brazil, which still requires review of comparative morphological characters of other lineages to allow robust species definition. Keywords: Akodontini, Cytochrome b, molecular phylogeny, Sequencing.
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Análise proteômica de bactérias simbióticas fixadoras de nitrogênio de interesse agronômico

Gomes, Douglas Fabiano January 2014 (has links)
Orientadora : Profª Drª Lygia Vitória Galli-Terasawa / Co-orientadora : Drª Mariangela Hungria / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 24/11/2014 / Inclui referências / Área de concentração / Resumo: A fixação biológica do nitrogênio (FBN) desempenha um papel fundamental na incorporação do nitrogênio na biosfera, principalmente através da simbiose entre bactérias fixadoras de nitrogênio, comumente denominadas de rizóbios, e plantas leguminosas. Na agricultura, a utilização de bactérias competitivas, tolerantes a condições de estresse e eficientes na fixação do nitrogênio tem promovido redução de custos, aumento da produtividade e benefícios ao meio ambiente, características que fizeram da FBN um dos pilares da sustentabilidade agrícola. Neste contexto, identificar os fatores que conferem tais qualidades a determinadas estirpes de rizóbios é necessário para o melhor entendimento e o aproveitamento do processo simbiótico de fixação do nitrogênio. Com esse objetivo, duas estirpes com elevada eficiência em fixar nitrogênio e capazes de tolerar estresses comuns a regiões tropicais, como altas temperaturas, Rhizobium freirei PRF 81 e Bradyrhizobium diazoefficiens CPAC 7, foram caracterizadas com o auxílio de ferramentas da genômica funcional. R. freirei é simbionte do feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.) e B. diazoefficiens da soja (Glycine max (L.) Merr). Através da eletroforese bidimensional (2-DE) seguida da espectrometria de massas foram obtidos os mapas proteômicos, identificando, para cada estirpe, 115 proteínas. Nos dois estudos, as proteínas relacionadas com as atividades metabólicas foram as mais numerosas, refletindo diretamente na elevada competitividade apresentada por essas estirpes. Proteínas importantes para o estabelecimento da simbiose e relacionadas à tolerância a condições de estresse, sobretudo as mais comumente encontradas em regiões tropicais, também foram evidenciadas. Diversas proteínas hipotéticas identificadas no mapa proteômico da estirpe CPAC 7 tiveram suas prováveis funções atribuídas por meio de ferramentas de bioinformática. Outras, com pouca ou nenhuma informação disponível, tiveram a expressão de seus respectivos genes avaliada por PCR quantitativo em tempo real (RT-qPCR) na presença do flavonoide genisteína, um composto liberado pelas raízes das plantas hospedeiras capaz de induzir o estabelecimento da simbiose. Entre os genes analisados, seis apresentaram indução significativa, incluindo o gene para a proteína Blr0227 de B. diazoefficiens, que participa da biossíntese de poli-beta-hidroxibutirato (PHB), um composto que pode estar relacionado com a elevada competitividade apresentada por essa estirpe. Os resultados alcançados com a combinação da análise proteômica, bioinformática e o estudo da expressão de genes para proteínas hipotéticas geraram novas informações sobre as propriedades dos microssimbiontes estudados. Palavras-chave: Rhizobium freirei, Bradyrhizobium diazoefficiens, proteômica, RT-qPCR, estresses ambientais, proteínas hipotéticas. / Abstract: Biological nitrogen fixation (BNF) has an outstanding role in the nitrogen incorporation on the biosphere, mainly by the symbiosis between N2-fixing bacteria, which are frequently referred to as rhizobia, and leguminous plants. In agriculture, the use of bacteria highly competitive, tolerant to stressful conditions and efficient in nitrogen fixation contributes to the improvement of food production, to decrease the input costs and to mitigate environmental degradation, features that include BNF as one of the pillars of the sustentability. In this sense, highlighting the factors that confer such qualities to rhizobial strains is required to better understand and maximize the nitrogen fixation process. With this aim, two strains efficient in fixing nitrogen and tolerant to different stressing conditions, Rhizobium freirei PRF 81 and Bradyrhizobium diazoefficiens CPAC 7, were studied by functional genomic tools. R. freirei is a symbiont of common bean (Phaseolus vulgaris L.) and B. diazoefficiens of soybean (Glycine max (L.) Merr.). The proteomic reference maps were obtained by two-dimensional electrophoresis (2-DE) and mass spectrometry, and allowed the identification, for each strain, of 115 proteins. In both strains, proteins related to the metabolism were the most abundant, reflecting the metabolic plasticity showed by these strains. Important determinants to the symbiosis establishment and to the tolerance of adverse conditions, especially those experienced in tropical regions, were also detected. Several hypothetical proteins identified in the CPAC 7 proteomic map had their putative functions attributed by the use of bioinformatics tools. Others, with few or without available information, had their coding-genes analysed by real time quantitative PCR (RT-qPCR) in response to one nodulation-inducing molecule, the flavonoid genistein. Among these genes, six were significantly up-regulated, including the protein codding-gene blr0227 that is envolvet with poly-beta-hydroxybutirate (PHB) biosynthesis, which might be related to the bacteria competitiveness. The results obtained by the combination of proteomics analysis, bioinformatics and gene-expression assays resulted in new information about the microssymbionts properties. Keywords: Rhizobium freirei, Bradyrhizobium diazoefficiens, proteomics, RTqPCR, environmental stress, hypothetical proteins.
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Fungos endofíticos de citros no controle biológico de Phyllosticta citricarpa

Jung, Luiz Fernando January 2012 (has links)
Orientadora : Profª Drª Vanessa Kava-Cordeiro / Co-orientadora : Profª Drª Chirlei Glienke / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 30/05/2012 / Inclui referências / Área de concentração / Resumo: A citricultura brasileira é responsável por grande parte da produção mundial de citros. Entre as doenças que acometem a produção destaca-se a Mancha Preta dos Citros (MPC). Esta patologia vegetal de difícil controle é provocada pelo fungo Phyllosticta citricarpa (McAlpine) Van der Aa. Apesar de não deteriorar o conteúdo interno, o patógeno induz o aparecimento de lesões na casca do fruto, o que acarreta recusa para o comércio in natura e em casos mais severos promove a queda prematura dos frutos, reduzindo a produtividade. Restrições fitossanitárias impostas pelos países importadores acarretam a rejeição de cargas inteiras de frutos com sintomas, ocasionando grandes prejuízos aos países produtores. Devido aos problemas ambientais e de saúde, muitos fungicidas utilizados na agricultura vem sendo removidos do mercado, o que cria uma necessidade da substituição alternativa destes agroquímicos para o controle de pragas e patógenos. Neste contexto, a utilização de microrganismos no controle biológico e na bioprospecção de produtos naturais aparece como uma ciência promissora. Microrganismos endofíticos tem se destacado pelo crescente número de novos compostos bioativos obtidos a partir do seu estudo. O uso de microrganismos endofíticos isolados de citros com ação antagônica a P. citricarpa possui oportuno potencial na bioprospecção de compostos para o controle da MPC. Fungos endofíticos de citros foram testados em laboratório quanto ao antagonismo à P. citricarpa. De 68 morfotipos isolados, 6 apresentaram-se promissores em teste de cultura pareada. Em teste de metabólitos voláteis, o isolado LGMF1254 apresentou os melhores resultados. Este fungo foi capaz de causar inibição no diâmetro de colônia de P. citricarpa em 60%, pela produção de metabólitos voláteis. Os voláteis deste fungo também inibiram em 100% a formação de picnídios do fitopatógeno em ensaio com folhas cítricas. Em testes com frutos cítricos em condições controladas, os voláteis não inibiram o aparecimento de lesões em frutos oriundos de regiões com alta incidência da doença. Por outro lado, em teste com indução de lesões em frutos cítricos em condições controladas, houve diminuição em 26% no diâmetro médio das lesões de MPC. Tal resultado é de grande importância uma vez que a exposição de frutos pós-colheita a um composto volátil é de fácil operacionalização, especialmente em frutos destinados a exportação. Este é o primeiro relato de um composto volátil produzido por um fungo endofítico de citros com ação antagonista a Phyllosticta citricarpa. Palavras chave: Phyllosticta citricarpa, metabólitos voláteis, Mancha Preta dos Citros, antagonismo / Abstract: The Brazilian citrus industry is responsible for much of the world production of citrus. Among the diseases affecting this production, there is the Citrus Black Spot (CBS). This plant pathology, which is difficult to control, is caused by the fungus Phyllosticta citricarpa (McAlpine) Van der Aa. Although there is no damage in the internal contents, the pathogen induces the appearance of lesions on the fruit skin, which leads to refusal to trade in natura, and in severe cases promotes the premature fall of fruit, reducing productivity. Phytosanitary restrictions imposed by importing countries lead to the rejection of entire loads of fruit with symptoms, causing great losses to producing countries. Due to environmental and health problems, many fungicides used in agriculture have been removed from the market, which generates a necessity of alternative replacement of chemicals to control pests and pathogens. In this context, the use of microorganisms for the biological control and biopanning of natural products appears as a promising science. Endophytic microorganisms have been highlighted by the growing number of new bioactive compounds obtained from these studies. The use of endophytic microorganisms isolated from citrus with antagonistic action against P. citricarpa has appropriate potential of biopanning of the compounds for the control of the CBS. Endophytic fungi isolated from citrus were tested in the laboratory on the antagonism to P. citricarpa. Of 68 endophytic fungi isolated from citrus, 6 showed to be promising in paired culture test. In test of volatile metabolites, the isolate LGMF1254 showed the best results. This fungus was able to cause inhibition in colony diameter of P. citricarpa by 60%, by the production of volatile metabolites. The volatiles of this fungus also inhibited by 100% the formation of pycnidia of the pathogen in citrus leaves essays. In tests with citrus fruit under controlled conditions, the volatiles did not inhibit the appearance of lesions on fruit from regions with high incidence of the disease. On the other hand, in test with lesion induction in citrus under controlled conditions there was 26% decrease of mean diameter of lesions of the CBS. This result is of great importance, since the exposure of postharvest the volatile compound is an easy operation, particularly in fruit intended for export. This is the first report of an endophytic fungal volatile compound with the antagonist action against Phyllosticta citricarpa. Keywords: Phyllosticta citricarpa, volatile compounds, Citrus Black Spot, antagonism
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Síndrome metabólica : investigação da associação entre seus fatores de risco isolados e polimorfismos genéticos

Tureck, Luciane Viater January 2015 (has links)
Orientadora : Profª Drª Lupe Furtado Alle / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 19/03/2015 / Inclui referências / Área de concentração / Resumo: A síndrome metabólica (SMet) compreende vários distúrbios endócrinos cujas vias contribuem para o aparecimento de doenças cardiovasculares (primeira causa de morte no mundo), o que a torna alvo de pesquisas e políticas de saúde pública. Identificar seus fatores de suscetibilidade é importante para a melhor compreensão da doença, possibilitando assim a aplicação de medidas de prevenção e tratamento mais eficientes. Por se tratar de uma doença complexa, são muitos os contribuintes para sua ocorrência, dentre estes, os fatores genéticos, que ganham destaque dadas as significativas taxas de recorrência familial da mesma. O presente trabalho analisou a influência de oito SNPs (single nucleotide polymorphism), localizados em genes cujos produtos participam de vias do metabolismo energético (ADIPOQ, ADBR2, ADBR3, GHRL, HSD11B1, PLIN4), sobre componentes isolados da SMet, compostos por parâmetros antropométricos (índice de massa corporal (IMC), razão cintura estatura, composição corporal), bioquímicos (glicemia em jejum, insulina, HDL-C, LDL-C, TG, CT, adiponectina), e de imagem (espessura da camada de gordura visceral, espessura médio intimal da carótida), em uma amostra populacional, aparentemente saudável de trabalhadores da Universidade Federal do Paraná. As medidas antropométricas, bioquímicas e de imagem foram obtidas por métodos padronizados e seguindo protocolos adequados. Os SNPs foram genotipados pelo ensaio de discriminação alélica TaqMan (Applied Biosystems). As análises estatísticas incluíram a contagem direta dos genótipos, cálculo de frequência alélica, comparação de médias (parâmetros com distribuição paramétrica foram comparados por teste T, enquanto dados com distribuição não paramétrica foram comparados por teste Mann Whitney), análise de regressão múltipla e correlação de Spearman. Todos os SNPs investigados apresentaram associação com componentes isolados da SMet. Os parâmetros bioquímicos: LDL-C e CT apresentaram associação com o polimorfismo 276G>T do gene ADIPOQ exclusivamente em homens; enquanto que o polimorfismo rs8887 do gene PLIN4 apresentou associação com estes mesmos parâmetros somente em mulheres, sendo que em homens este mesmo SNP foi associado aos níveis de TG. A glicemia foi associada ao polimorfismo rs12086634 do gene HSD11B1, e ao polimorfismo Arg16Argdo gene ADBR2 somente entre as mulheres que compuseram o estudo, enquanto que entre os homens este parâmetro bioquímico foi associado ao polimorfismo Gln27Glu também do gene ADBR2. Os níveis de HDL-C foram associados ao polimorfismo rs846910 do gene HSD11B1 entre as mulheres, enquanto que este mesmo parâmetro foi associado ao polimorfismo Trp64Trp do gene ADBR3 em homens. Entre os fatores antropométricos e de imagem analisados, os níveis massa magra e IMC foram influenciados pelo polimorfismo Arg16Argdo gene ADBR2 apenas nas mulheres, enquanto que a variação Gln27Glu do mesmo gene foi associada à espessura médio intimal da carótida em ambos os sexos. O polimorfismo Trp64Trp do gene ADBR3 foi associado à espessura médio intimal da carótida somente em homens. O polimorfismo L72M do gene GHRL não apresentou associação dependente de gênero, sendo associado aos níveis de HDLC na amostra geral. Verificamos que as associações entre os parâmetros de risco que compõem a SMet e os SNPs investigados foram marcadamente dependentes do gênero, sendo que estudos futuros são necessários para avaliar a possível influência dos hormônios sexuais na modulação das relações observadas. Palavras chave: Síndrome metabólica, parâmetros antropométricos, parâmetros bioquímicos, parâmetros de imagem, polimorfismos genéticos, associação, gênero. / Abstract: Metabolic syndrome (MetS) comprises several endocrine disorders that contribute to the onset of cardiovascular disease (the leading cause of death in the world), making it the subject of research and public health policies. Identifying your susceptibility factors is important for a better understanding of the disease, thus enabling the implementation of prevention measures and treatment more effective. Because it is a complex disease, many factors contribute to its development, among them, the genetic factors that are highlighted given the significant familial recurrence rates. This study examined the influence of eight SNPs (single nucleotide polymorphism), located in genes whose products participate in energy metabolism pathways (ADIPOQ, ADRB2, ADRB3, GHRL, HSD11B1, PLIN4) on MetS individual components, composed of anthropometric parameters (body mass index (BMI), waist height ratio, body composition), biochemical (fasting glucose, insulin, HDL-C, LDL-C, TG, TC, adiponectin), and image (thickness of visceral fat layer, mean intimal thickness of the carotid), in a population sample, workers apparently healthy of the Federal University of Paraná. The anthropometric, biochemical, and imaging measures were obtained by standard methods, following appropriate protocols. SNPs were genotyped by TaqMan allelic discrimination assay (Applied Biosystems). The statistical analysis included the direct counting of genotypes, allele frequency calculation, comparison of means (parameters with parametric distribution were compared by t test, while data with non-parametric distribution were compared by Mann Whitney test), multiple regression analysis and Spearman correlation. All investigated SNPs were associated with isolates MetS components. The biochemical parameters: LDL-C and TC were associated with the ADIPOQ 276G>T polymorphism exclusively in men; while the PLIN4 rs8887 polymorphism was associated with the same parameters only in women, and in men this SNP was associated with TG levels. Blood glucose was associated with the HSD11B1 rs12086634 polymorphism and the ADRB2 Arg16Arg polymorphism, only among women who composed the study. Among men this biochemical parameter was associated with ADRB2 Gln27Glu polymorphism. HDL-C levels were associated with HSD11B1 rs846910 polymorphism among women, while the same parameter was associated with ADRB3 Trp64Trp polymorphism in men. Between anthropometric and image factors analyzed, the lean mass and BMI were influenced by ADRB2 Arg16Arg polymorphism only in women, while the Gln27Glu variation of the same gene was associated with carotid artery intima-media thickness in both sexes. The ADRB3 Trp64Trp polymorphism was associated with carotid artery intima-media thickness in men only. The GHRL L72M polymorphism showed no gender dependent association, being associated with HDL-C levels in the general sample. The associations between the MetS risk parameters and the investigated SNPs were markedly gender dependent. Future studies are needed to evaluate the possible sex hormone influence on the modulation of the observed relationships. Key words: Metabolic syndrome, anthropometric, biochemical, imaging parameters, genetic polymorphisms, association, gender.
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Perfil genômico dos tumores adrenais pediátricos

Ribeiro, Raul Correa January 2014 (has links)
Orientador : Prof. Dr. Gerard P. Zambetti / Co-orientadora : Profª. Drª. Enilze Maria de Souza F. Ribeiro / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 21/11/2014 / Inclui referências / Área de concentração / Resumo: Os tipos histológicos e localizações dos tumores diagnosticados em pacientes portadores de mutação hereditária no gene TP53 são semelhantes aos encontrados nos pacientes com mutação esporádica no TP53. Entretanto, os pacientes com mutação hereditária tendem a desenvolver os tumores mais precocemente. O tecido adrenocortical é aparentemente muito mais sensível à perda da atividade da proteína p53, especialmente nos primeiros anos de vida quando comparado ao córtex adrenal adulto. Em adição, mais de 50% dos tumores do córtex adrenal (TCA) de crianças apresentam algum tipo de mutação no TP53. Células de TCA com mutação no TP53 apresentam mais perdas e ganhos de cromossomos do que TCA sem mutação no TP53. Acredita-se que a mutação isolada no gene TP53 é insuficiente para o desenvolvimento tumoral, sendo necessário contribuições de outros fatores genéticos e/ou ambientais para o inicio da tumorigênese. Carcinoma adrenocortical pediátrico (CCA) é um tumor raro, maligno, e com prognóstico reservado. O objetivo deste trabalho foi analisar 37 TCAs de crianças pelo sequenciamento genômico completo, sequenciamento do exoma e/ou sequenciamento do transcriptoma. O critério de seleção dos TCAs (carcinomas e adenomas) considerou a distribuição dos diferentes tipos histológicos (benigno e maligno), presença ou ausência de mutação no gene TP53, TCAs com a mutação TP53 R337H, ou outras mutações no gene TP53 com elevada penetrância. A perda de heterozigose (LOH) do braço curto do cromossomo 11 (ch11p) ocorreu em 91% dos casos, e em todos os casos analisados a perda foi do cromossomo materno. O gene IGF-2, localizado dentro de um conjunto de genes sob controle de imprinting no ch11p, apresentou elevada expressão em 100% dos tumores analisados. Mutações no gene TP53 em combinação com LOH do cromossomo 17 (ch17) foi observado em 28/37 casos de TCAs (76%), quando comparado com TCAs que apresentaram o p53 selvagem. LOH dos cromossomos ch11p e ch17 ocorreu no início da tumorigênese, sugerindo serem estes eventos iniciadores da formação tumoral. Outras alterações genéticas encontradas nos TCAs incluem mutações somáticas recorrentes nos genes ATRX, CTNNB1, e integração do virus herpes humano-6 (HHV6) na região telomérica do ch11p. O pior prognóstico foi identificado nos pacientes com CCAs que apresentaram mutações no TP53 e ATRX associadas a outras anormalidades genômicas, incluindo as variações estruturais complexas. No conjunto, estes resultados demonstram o caráter, a ordem temporal e o possível significado prognóstico de alterações genéticas fundamentais nos TCAs pediátricos, como também delinearam uma proposta de modelo da tumorigênese no córtex adrenal do grupo pediátrico. Palavras-chave: Tumor de córtex adrenal; criança; genoma; TP53; mutação. / Abstract: The spectrum of tumors in patients with TP53 germline mutation is similar to that found in sporadic tumors, but inherited tumors tend to develop much earlier. The adrenocortical tissue of younger children are highly sensitive to the loss of p53 activity, much more than the adult adrenal cortex, and over 50% of the adrenocortical tumours (ACT) of children have some kind of TP53 mutation. ACT cells with TP53 mutations exhibit more deletions and gains of chromosomes than ACTs without TP53 mutation. It is believed that cells with TP53 mutations to undergo transformation require contributions from environmental contaminants and / or other mutations to initiate tumorigenesis. Pediatric adrenocortical carcinoma is a rare malignancy with poor prognosis. Here we analyzed 37 childhood ACTs by whole genome, whole exome and/or transcriptome sequencing. The criteria for selecting ACTs (carcinomas and adenomas) considered the well-known distribution of different ACT types, including benign and malignant tumors, presence or absence of mutations in the TP53 gene, and also ACTs with the TP53 R337H mutation or other mutation in the TP53 gene with higher penetrance. Loss of heterozygosity (LOH) of chromosome 11p occurred in 91% of ACTs and all informative cases selected against the maternal chromosome. IGF2, which is located within a cluster of imprinted genes on chromosome 11p, was overexpressed in 100% of the tumors. TP53 mutations and chromosome 17 LOH with selection against wild-type TP53 were observed in 28 ACT cases (76%). Copy neutral- LOH of chromosomes 11p and 17 occurred early during tumorigenesis, suggestive of tumor driver events. Additional genetic alterations included recurrent somatic mutations in ATRX and CTNNB1, as well as integration of human herpesvirus-6 (HHV6) in the telomeric region of chromosome 11p. A very poor outcome was predicted by concomitant TP53 and ATRX mutations and associated genomic abnormalities, including massive structural variations and a high background mutation rate. Collectively, these findings demonstrate the nature, timing and potential prognostic significance of key genetic alterations in pediatric ACT and outline a hypothetical model of pediatric adrenocortical tumorigenesis. Keywords: Adrenocortical tumour; children; genome, TP53; mutation.
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Polimorfismos dos genes do citocromo P450, da glutationa S-transferase e do supressor de tumor TP53 em populações sul-americanas e em pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica e câncer de pulmão

Gaspar, Pedro de Abreu January 2002 (has links)
Resumo não disponível
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Evolução molecular Darwiniana nas proteínas relacionadas à patogênese (PRs) em plantas

Scherer, Nicole de Miranda January 2002 (has links)
Um total de 201 seqüências de DNA, de 50 espécies pertencentes a 32 gêneros e 12 famílias, foi investigado através do método da máxima verossimilhança para identificar, nas proteínas respectivas, possíveis códons nos quais estivesse ocorrendo seleção positiva. Foram considerados 15 tipos de proteínas relacionadas à patogênese (PR1-PR15), quanto a 14 modelos diferentes de seleção. Tanto quanto se possa avaliar, não há qualquer estudo disponível na literatura que tenha examinado de maneira homogênea tal número de seqüências de forma tão abrangente. / A total of 210 DNA sequences from 50 species belonging to 32 genera and 12 families was investigated by the maximum likelihood method to identify, in the respective proteins, possible codons in which positive selection would be occurring. Fifteen types of pathogenesis related proteins (PR1 – PR15) were considered in conection with 14 different selection models. As far as can be ascertained, there is no study in the literature which had examined in a homogeneous and comprehensive way such a number of sequences.
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Polimorfismos dos genes do citocromo P450, da glutationa S-transferase e do supressor de tumor TP53 em populações sul-americanas e em pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica e câncer de pulmão

Gaspar, Pedro de Abreu January 2002 (has links)
Resumo não disponível
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Análise da influência de polimorfismos no gene do receptor de estrógenos sobre os níveis lipídicos e aterosclerose na população de Porto Alegre

Almeida, Silvana de January 2001 (has links)
Resumo não disponível.
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Estudo da influência da variabilidade em genes de apolipoproteínas sobre níveis lipídicos e parâmetros de massa e gordura corporal na população de Porto Alegre

Fiegenbaum, Marilu January 2001 (has links)
Apolipoproteínas constituem a parte proteica das lipoproteínas e de uma maneira geral desempenham papéis como proporcionar estabilidade estrutural, solubilizar lipídeos altamente hidrofóbicos, servir como ligantes a receptores ou agir como co-fatores para enzimas envolvidas no metabolismo. Diversos estudos têm mostrado que a variabilidade dos genes que codificam estas proteínas podem influenciar os níveis lipídicos em diversas populações. A variabilidade da apo A-IV também foi associada com variáveis antropométricas. Nesta investigação foram analisados 8 RFLPs nos genes das apolipoproteínas C-I (HpaI), C-II (AvaII), C-III (SacI, FokI e MspI) e A-IV (XbaI, HinfI e PvuII). A amostra foi composta por 391 indivíduos caucasóides de Porto Alegre (RS) e dados sobre hábitos de vida, dosagens lipídicas e medidas antropométricas foram obtidas para cada indivíduo. Os fragmentos de interesse de cada gene foram amplificados por PCR e os genótipos foram identificados por eletroforese em géis de agarose ou poliacrilamida corados com brometo de etídio. / Apolipoproteins constitute the protein fraction of lipoproteins. In general, these proteins provide structural stability, solubilize hydrophobic lipids, function as receptor ligands, and act as cofactors to metabolic enzymes. Investigations providing evidences about the influence of the genetic variability of these proteins on lipid levels in different populations have been published. The apo A-IV genetic variability is also associated with anthopomentric variables. In the present investigation, we have analysed 8 RFLPs in the apolipoproteins C-I (HpaI), C-II (AvaII), C-III (SacI, FokI, and MspI), and A-IV genes (XbaI, HinfII, and PvuII). The sample was composed by 391 unrelated Caucasian individuals from Porto Alegre (RS). Data about lifestyle, lipid levels and anthropometric measures were obtained for each individual. The specific sequences of each gene were amplified by PCR and genotypes were identified after electrophoresis of the digested DNA fragments on agarose or polyacrylamide gels stained with ethidium bromide and visualized under UV light.

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