Identifica los linajes de Mycobacterium tuberculosis (MTB) en la región Callao mediante el uso de la metodología MIRU-VNTR. El estudio comprende 133 muestras de DNA obtenidas a partir de aislamientos de MTB en medio sólido Löwenstein - Jensen (LJ). Utiliza 24 MIRU-VNTR para la genotipificación de MTB. Los resultados reportan un alto poder discriminatorio de este método con un HGDI de 0.995. El linaje LAM es el más prevalente (51.1 %), seguido por Haarlem (18.8 %), el linaje asiático Beijing (8.3 %), el linaje Uganda se identificó en el 6% y los linajes T y S se observaron con un 2.3 % y 0.8 %, respectivamente. Identifica como Orphans (huérfanos) un 8.3 % de las cepas analizadas. La región Callao muestra una gran diversidad de linajes; así como, la presencia de patrones huérfanos endémicos. Esta información permite reconocer los linajes que se encuentran circulando en toda la región, así mismo su posible relación con multidrogorresistencia, lo cual será de gran utilidad al sector salud, para establecer programas de control y prevención oportuna de casos de tuberculosis. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Manifiesta que la Pasteurella multocida es considerada uno de los principales agentes causales de cuadros infecciosos neumónicos en alpacas y este es una de las principales causas de muertes en crías de alpacas. Con la reciente secuenciación del genoma de P. multocida UNMSM aislado de alpaca con neumonía y la disponibilidad de los genomas completos P. mutocida 3480 y Pm70 ha sido posible realizar un análisis genómico comparativo. Se llevó a cabo en primer lugar la caracterización del genoma P. multocida UNMSM conformado por un cromosoma circular de 2, 420,516 pb del cual fueron predichos 2396 CDSs, de estas 2062 son asignadas a una función. P. multocida UNMSM es una cepa toxigénica de serotipo A ya que se identificó la toxina PMT y el gen hyaD. El 94% del genoma P. multocida UNMSM esta compartido con las cepas P. multocida 3480 y Pm70. P. multocida UNMSM presenta una región específica de 156.3 kb con 215 secuencias codificantes con un gran número de proteínas hipotéticas y proteínas relacionadas a fago que procederían de otros microorganismos asociados a neumonía y que aún estarían por elucidar su función en la patogénesis. Dentro de los genes core se identificaron proteínas de membrana externa consideradas proteínas inmunogénicas, entre estos plpE, PfhB2, OmpA, TbpA, HgbA, Pcp y P6; se identificó además el clúster de genes de la biosíntesis de la cápsula hexABCD y el clúster de genes requeridos para la biosíntesis del core interno de la cápsula de lipopolisacáridos waaA, opsX, kdkA y kdtX. Además se sugiere que la proteína de membrana externa, OmpH estaría sometido a un proceso de diversificación debido a su interacción con el sistema inmune del huésped. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Los ramnolípidos son una clase de biosurfactantes que presentan una gran variedad de aplicaciones, y entre las más importantes se encuentra el proceso de biorremediación mediante biodegradación y desintoxicación de efluentes industriales y en la eliminación de contaminantes de los suelos. El presente estudio se enfoca en la optimización de algunas fuentes inorgánicas para la producción de ramnolípidos por Pseudomonas aeruginosa 6K-11. En primer lugar se determinó la fuente óptima de nitrógeno, fósforo, calcio y hierro; siendo los compuestos de nitrato de sodio (NaNO3), Fosfato monopotásico (KH2PO4), Cloruro de calcio (CaCl2) y Sulfato de hierro (FeSO4), para cada fuente respectivamente. Posteriormente, el proceso para la producción de ramnolípidos fue optimizado usando el diseño experimental Box- Behnken. Los factores a tomar en cuenta fueron la proporción C/N, la proporción C/P, concentración de la fuente de calcio y la concentración de la fuente de hierro. La máxima producción de ramnolípidos fue 35,124 g/L después de 168 horas de fermentación con la proporción C/N de NaNO3 de 21,172, la proporción C/P de KH2PO4 de 16,279, 0,046 g/L de CaCl2 y 0,003 g/L de FeSO4. Los resultados de la presente investigación sugieren que la limitación nitrógeno y fósforo generan un mejor rendimiento de ramnolípidos, así como la aplicación de diseños experimentales es muy eficaz para determinar las condiciones óptimas de bioprocesos. / Tesis

La enzima 5,10-metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) cataliza la conversión de la 5,10-metilentetrahidrofolato a 5-metiltetrahidrofolato, esta enzima es un intermediario entre el ciclo del folato y el ciclo de la remetilación del aminoácido homocisteina a metionina. Una mutación puntual C677T en el gen de esta enzima trae como consecuencia el cambio del aminoácido Ala por Val, lo cual conlleva a la formación de una enzima termolábil que finalmente se evidencia con un incremento en los niveles de homocisteina en sangre. Se ha documentado la relación de niveles altos de homocisteina y el incremento de la presión arterial y su posible relación a enfermedades coronarias e hipertensión. La determinación del polimorfismo C677T de la MTHFR, tiene índices muy variados en las distintas poblaciones y regiones del mundo. Estimar las frecuencias de este polimorfismo en nuestro país, permitiría al especialista determinar posibles poblaciones en riesgo a estas enfermedades asociadas, como preeclapmsia. Se extrajo muestras de sangre venosa de 92 gestantes del Instituto Materno Perinatal San Bartolomé Herrera (Lima-Perú). Se encontraron 32 gestantes CC (34.8%), 44 gestantes CT (47.8%), y por último 16 gestantes TT (17.2 %). Se encontró una frecuencia de 58.7 % y 41.3% para el alelo C y T respectivamente. Se estimó que la muestra estudiada se encuentra en Equilibrio de Hardy-Weinberg (X2 =0.0022) y que los valores de las frecuencias genotípicas y alélicas se encuentran de acorde a los publicados por otras investigaciones en nuestro país y la región sudamericana. Aun cuando la relación del alelo mutado T y el desarrollo de hipertensión no ha sido demostrada en nuestro país, el monitoreo y la incidencia del polimorfismo C677T y estudios tipo caso-control nos permitiría tener más evidencias sobre esta posible relación en nuestra población. / Tesis

Realiza un análisis pangenómico y filogenómico para estudiar la diversidad genómica de esta bacteria y determinar si las cepas de distintos hospederos y enfermedades contienen diferencias en cuanto a contenido genético. Según el análisis, Pasteurella multocida posee un pangenoma abierto de 4881 genes y un genoma core de 1205 genes (25%). El genoma accesorio y único (75%) contienen mayormente secuencias profago y proteínas de función desconocida, junto con la alta presencia de recombinación en el genoma core (45%) son los principales generadores de diversidad mediante transferencia horizontal de genes y recombinación homóloga. El análisis filogenómico del genoma core y pangenoma muestra el agrupamiento de cepas asociadas a enfermedades específicas sugiriendo una especialización en esta bacteria con presencia de genes de manera diferencial en cepas asociadas a enfermedades como septicemia hemorrágica, cólera aviar, pasteurelosis neumónica y relacionados a infecciones en humanos. Las cepas de P. multocida asociadas a cólera aviar poseen operones relacionados a metabolismo de carbohidratos como L-fucosa, D-alosa, citrato, L-arabinosa, tagatosa y galactitol, en tanto que cepas asociadas a infecciones neumónicas presentan un operón de trehalosa, las cepas asociadas a septicemia hemorrágica poseen genes de biosíntesis de ipopolisacáridos, adherencia celular y defensa a macrófagos, y algunas cepas relacionadas a humanos carecen de conjuntos de genes asociados principalmente a transporte y metabolismo de carbohidratos. Estas diferencias en contenido y función genética pueden ser responsables de la variada patogénesis de P. multocida relacionado con la colonización e invasión en los primeros momentos de la infección. / Tesis

Describe los cambios transcripcionales ocurridos durante los estadios tempranos del desarrollo de P. adpsersus con el fin de identificar genes involucrados en su desarrollo normal. Así a partir de secuenciación del ARN de individuos pre-metamórficos (3 días post eclosión, dpe), metamórficos (40 dpe) y post-metamórficos (60 dpe), y obtención de supertranscriptomas, se realizó el análisis de expresión diferencial de transcriptos para seleccionar aquellos sobreexpresados en cada estadio. Se observó un perfil de expresión similar entre estadíos de desarrollo de 40 y 60 dpe, mientras que para 3 dpe ocurren procesos de sobreexpresión y subexpresión génica. Por otro lado, el mayor número de transcriptos sobreexpresados se registró, en la comparación por pares, en la etapa pre-metamórfica de 3 dpe (n=344), seguido por la etapa de post metamorfosis a 60 dpe (n=144), y la de menor número durante la etapa final de la metamorfosis a 40 dpe (p<0.001, fold change = 4); mientras que el mayor número de términos ontológicos se obtuvo a partir de transcriptos obtenidos durante larvas de 3 dpe (n=429), seguido por 60 dpe (n=120), y el menor número durante 40 dpe (n=2). Finalmente, se registraron 33, 0 y 2 genes relacionados con el desarrollo en los individuos de 3, 40 y 60 dpe respectivamente, los cuales estarían involucrados en la formación del sistema nervioso, sistema óseo, sistema circulatorio, tejido cardíaco, tejido pancreático, tejido muscular, diferenciación de células epiteliales, hematopoyesis, vías de señalización, etc. La lista de genes reportada en esta tesis podría servir como posibles marcadores para realizar monitoreo durante desarrollo de P. adspersus, disminuyendo así, la alta tasa de mortalidad de larvas debido a fallos en la formación de órganos vitales y anormalidades en el desarrollo que afectaría a la calidad de la producción. / Tesis

Señala que en la práctica forense son utilizados los marcadores del tipo STR por su gran poder discriminativo para identificar genéticamente a personas involucradas en un proceso judicial, en el Perú actualmente se utilizan un mínimo de 20 STRs de acuerdo a las recomendaciones del CODIS. En el presente estudio se caracterizaron 21 marcadores STR autosómicos del kit Globalfiler express, en una población peruana mestiza con aplicación a la práctica forense. Las frecuencias alélicas absolutas fueron estimadas en 300 individuos no emparentados provenientes de diferentes provincias del Perú. Con los datos obtenidos se realizó un análisis de los parámetros estadísticos forenses como el poder de discriminación (PD), poder de exclusión (PE), contenido de información polimórfica (PIC), heterocigosidad observada (Ho) y heterocigosidad esperada (He). Todos los loci estudiados estuvieron en equilibrio de Hardy-Weinberg, tras aplicar la corrección de Bonferroni a los marcadores D10S1248 y D2S1338. El marcador SE33 resulto el más polimórfico con un índice de 90.95%, mientras que el menor índice se registró en el marcador D22S1045 con el 50.71%. La población peruana presento alelos que no se observan en la población hispana, entre estos alelos tenemos al 29.2 y 35.2 del marcador D21S11, alelos 17, 25.3 y 49.2 en el marcador FGA, el alelo 15 en el marcador D5S818, el alelo 11 en el marcador D3S1358, el alelo 18 en el marcador D10S1248, los alelos 17.2, 19.2 y 23 en el marcador SE33. Asimismo, existen algunos alelos que se observaron en la población hispana y no se registraron en la población peruana como los alelos 11, 12 y 17.3 en el marcador vWA, los alelos 24.2, 28.2, 33 y 35 en el marcador D21S11. El poder de discriminación total fue mayor a 99.99999% y el poder de exclusión total fue de 99.99997%. Existe diferencia de 2.9357% entre las frecuencias alélicas absolutas de la población mestiza peruana y la población hispana, esta diferencia es significativa en los cálculos probabilísticos de vínculos biológicos y en la identificación genética. / Tesis

Evalúa el efecto inmunomodulador del fucoidan de Lessonia trabeculata en un modelo murino. Se trataron ratones por vía oral con fucoidan de L.trabeculata y se inmunizaron con glóbulos rojos de carnero (GRC). Un grupo de ratones recibió una dosis de 5 y otro, de 10 mg/kg p.c. Se emplearon 2 grupos controles: uno fue tratado con fucoidan de Fucus vesiculosus a la dosis de 5 mg/kg p.c. y otro, con solución salina (0.9%). En los 4 grupos se evaluó tanto la respuesta inmune primaria, como la secundaria. Concluidos los tratamientos se extrajeron los macrófagos peritoneales para evaluar parámetros de la inmunidad innata; Especies reactivas de oxígeno (ERO), especies reactivas de nitrógeno (ERN) y fagocitosis; y parámetros de la inmunidad humoral: presencia de anticuerpos hemaglutinantes (IgM) y opsonizantes (IgG). Los resultados obtenidos para los citados parámetros fueron contrastados con la presencia de mRNA transcripcional para IL-4, IL-5, IL-6 e IL-10 en esplenocitos. Adicionalmente se determinó la presencia de IL-10 sérico por ELISA. Los resultados indican que el fucoidan puede aumentar la producción de ERO en la respuesta inmune primaria (RIP), no detectándose diferencias en la respuesta inmune secundaria (RIS). La producción de ERN aumentó de forma dosis dependiente en la RIP y RIS. La fagocitosis mediada por anticuerpos en la RIS aumentó significativamente solo en el grupo tratado con fucoidan de L. trabeculata con dosis 10 mg/kg p.c. También se observó que la expresión transcripcional de IL-4, IL-5, IL-6 e IL-10 por esplenocitos fue modulada y dependiente del tratamiento, dosis y tipo de respuesta inmune. En contraste, no se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre L.trabeculata y F.vesiculosus, y dosis en la producción de hemaglutininas anti-GRC, ni en la concentración de IL-10 en suero. Se concluye que el tratamiento con fucoidan de L. trabeculata por vía oral en ratones inmunizados posee capacidad de estimular diferentes parámetros inmunes como la producción de ERO y ERN, fagocitosis mediada por anticuerpos y expresión transcripcional de IL-4, IL-5, IL-6 e IL-10. / Tesis

Los caracteres morfológicos han sido tradicionalmente la clave para clasificar y distinguir a los seres vivos, en los últimos años la adición de herramientas moleculares ha logrado precisar y afinar aún más la identificación de los organismos. Sin embargo, en algunos grupos se ha observado que los marcadores de secuencia llegan al límite de resolución impidiendo una clara distinción entre taxa, como es el caso para algunas especies de moluscos terrestes del género Megalobulimus que no presentan claridad de discriminación al ser analizadas mediante marcadores de secuencias. Siendo éste un recurso de interés comercial para el Perú, la importancia de discernir correctamente estas especies y reconstruir sus relaciones filogenéticas ahonda más allá del tema académico, ya que aporta a su correcto aprovechamiento y a la protección de la biodiversidad del país, por lo que se propone emplear marcadores altamente polimórficos como los ISSR en este género. Se utilizaron 69 individuos pertenientes a seis taxa, de 12 provincias y seis regiones del Perú. Se evaluaron 13 marcadores del tipo ISSR, de los cuales seis resultaron muy variables (SAS1 fue el más variable). Para dar soporte a la reproducibilidad de la técnica y confiabilidad de los resultados, todos los procedimientos fueron ejecutados por duplicado con el 10% de las muestras, obteniendo el mismo resultado. En el análisis interespecifico de Megalobulimus se obtuvieron 166 sitios informativos, con un valor PIC (Contenido de Información Polimórfica) de 0.36 a 0.46 y valores de Rp (Poder de resolución de las bandas) de 9.6 a 23.1 discriminando fehacientemente a seis especies. Las especies M. capillaceus y M. florezi no son discriminables con marcadores de secuencia clásicos (COI, 16S rRNA), sin embargo, mostraron perfiles electroforéticos claramente diferenciables, soportado por valores estadísticos. En M. popelairianus sensu lato se revelaron dos perfiles quedando inequívocamente discriminada la variedad ´thammianus’ de la especie M. popelairianus, tanto a nivel cualitativo como cuantitativo. Si bien Martens (1876) reportó a ‘thammianus’ como una variación de M. popelairianus, las diferencias encontradas entre los perfiles ISSR de estos dos grupos es comparable a lo encontrado entre otras especies del género como M. carrikeri y M. lichtensteini diferenciables tanto morfológicamente como con marcadores de secuencia. / Tesis

Identifica y valida polimorfismos de nucleótidos únicos (SNP) en tres genes, dos de los cuales codifican para proteínas funcionales (EDAR y HOXC13) y uno para proteína estructural (KRT31) en fibra y, evalúa su posible asociación con el diámetro de fibra de alpaca. Un total de 96 alpacas reproductoras no emparentadas fueron elegidas a partir de la evaluación fenotípica mediante los principales indicadores raciales y textiles de un total de 800 alpacas. El análisis de diversidad genética basada en genotipificación de 10 microsatelites (YWLL08, YWLL29, YWLL36, YWLL40, YWLL44, LCA05, LCA08, LCA19, LCA37, LCA66) reporta un total de 128 alelos con niveles de variabilidad genética elevada y baja consanguinidad (HE>0.68, FIS0.3), los genes EDAR y KRT31 mostraron niveles de consanguinidad baja (FIS<0.02) en contraste con el gen HOXC13 (FIS = 0.108). Un análisis de asociación genética entre marcadores SNP de los genes EDAR, HOXC13, KRT31 y diámetro de fibra mediante regresión múltiple bajo modelo aditivo indican que no se detectó asociación con dicho carácter. / Tesis