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Diversidad genética y estructura poblacional de seis especies de caracoles comestibles (Megalobulimus) endémicos de la Amazonía revelada por marcadores ISSR

Aguirre Ruelas, Paola Janet January 2018 (has links)
Los caracteres morfológicos han sido tradicionalmente la clave para clasificar y distinguir a los seres vivos, en los últimos años la adición de herramientas moleculares ha logrado precisar y afinar aún más la identificación de los organismos. Sin embargo, en algunos grupos se ha observado que los marcadores de secuencia llegan al límite de resolución impidiendo una clara distinción entre taxa, como es el caso para algunas especies de moluscos terrestes del género Megalobulimus que no presentan claridad de discriminación al ser analizadas mediante marcadores de secuencias. Siendo éste un recurso de interés comercial para el Perú, la importancia de discernir correctamente estas especies y reconstruir sus relaciones filogenéticas ahonda más allá del tema académico, ya que aporta a su correcto aprovechamiento y a la protección de la biodiversidad del país, por lo que se propone emplear marcadores altamente polimórficos como los ISSR en este género. Se utilizaron 69 individuos pertenientes a seis taxa, de 12 provincias y seis regiones del Perú. Se evaluaron 13 marcadores del tipo ISSR, de los cuales seis resultaron muy variables (SAS1 fue el más variable). Para dar soporte a la reproducibilidad de la técnica y confiabilidad de los resultados, todos los procedimientos fueron ejecutados por duplicado con el 10% de las muestras, obteniendo el mismo resultado. En el análisis interespecifico de Megalobulimus se obtuvieron 166 sitios informativos, con un valor PIC (Contenido de Información Polimórfica) de 0.36 a 0.46 y valores de Rp (Poder de resolución de las bandas) de 9.6 a 23.1 discriminando fehacientemente a seis especies. Las especies M. capillaceus y M. florezi no son discriminables con marcadores de secuencia clásicos (COI, 16S rRNA), sin embargo, mostraron perfiles electroforéticos claramente diferenciables, soportado por valores estadísticos. En M. popelairianus sensu lato se revelaron dos perfiles quedando inequívocamente discriminada la variedad ´thammianus’ de la especie M. popelairianus, tanto a nivel cualitativo como cuantitativo. Si bien Martens (1876) reportó a ‘thammianus’ como una variación de M. popelairianus, las diferencias encontradas entre los perfiles ISSR de estos dos grupos es comparable a lo encontrado entre otras especies del género como M. carrikeri y M. lichtensteini diferenciables tanto morfológicamente como con marcadores de secuencia. / Tesis
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Ayudando a descifrar el enigma taxonómico, el código de barras de ADN de Megalobulimus spp. (Mollusca, Gastropoda) del departamento de San Martín - Perú

Congrains Castillo, Carlos January 2010 (has links)
Dentro de la gama de especies de la selva peruana, se encuentran caracoles terrestres de la familia Megalobulimidae (Mollusca, Gastropoda), entre las que destacan Megalobulimus popelairianus, Megalobulimus huascari y Megalobulimus capillaceus, que tienen importancia económica por las propiedades nutricionales de su carne y cosméticas de su baba. Este trabajo tuvo por objetivo principal desarrollar perfiles de ADN de los Megalobulimidae de San Martín, que hagan posible su reconocimiento a nivel específico y estudiar su salud genético poblacional mediante la diversidad genética, todo ello para garantizar su uso sustentable y eventualmente certificar a estas especies en el biocomercio peruano. Se evaluaron 65 muestras biológicas que fueron colectadas en septiembre de 2007 y enero, febrero y marzo de 2008. Se realizó la extracción de ADN con el método del CTAB y cloroformo, alcohol-isoamílico a partir de tejido muscular de pie. Se amplificaron y secuenciaron regiones de los genes rRNA y Citrocromo C oxidasa subunidad I (COI) del genoma mitocondrial con primers internos y universales, respectivamente. Las secuencias de ADN fueron alineadas, caracterizadas, se determinó la calidad de los datos, distancias genéticas, diversidad genética, se realizó la reconstrucción filogenética con NJ, MP, ML e BI y se analizaron los perfiles de ADN. La tasa de éxito de amplificación del COI fue inferior a la del rRNA. Sorprendentemente, las 31 secuencias de ADN de M. capillaceus no mostraron ninguna variante genética. Los ejemplares de difícil identificación entre M. huascari y M. popelairianus (rotulados como Megalobulimus spp.) mostraron bajos valores de divergencia genética (menores al 2%) con M. huascari, además que formaron grupos monofiléticos estadísticamente bien sustentados con el gen COI con todos los métodos utilizados. Las filogenias con el rRNA fueron poco concluyentes y variaron según las metodologías. Los datos combinados de ambos genes arrojaron árboles filogenéticos no resueltos. La carencia de diversidad genética de M. capillaceus, que muy probablemente haya sido producida por la sobreexplotación, pone en riesgo su supervivencia como especie. / Among the great variety of species from the Peruvian Amazon forest are the land snails of the family Megalobulimidae (Mollusca, Gastropoda), among them are Megalobulimus popelairianus, Megalobulimus huascari y Megalobulimus capillaceus, that have economic importance for both the nutritional properties of their meat and cosmetic properties of their slime. The main goal of this research was to develop DNA profiles of the Megalobulimidae land snails from San Martin, to allow their recognition at specific level, and to study their population genetic health through the genetic diversity, in order to guarantee their sustainable use and eventually to certify these species in Peruvian biotrade. The biological samples were collected in September of 2007 and January, February and March of 2008. The total DNA extraction was carried out by a CTAB protocol, with chloroform-isoamílic alcohol, from foot muscle tissue of 65 snails. Fragments of the genes rRNA and Cytochrome C oxidase subunit I (COI) of the mitochondrial genome were amplified and sequenced, using internal and universal primers, respectively. DNA sequences were aligned, characterized, determined the data quality, genetic distances, genetic diversity; the phylogenetic reconstruction was performed with NJ, MP, ML and BI; DNA profiles were analyzed. COI amplification rate was lower than the rRNA one. Surprisingly, the 31 DNA sequences of M. capillaceus did not show any genetic variant. Low values of genetic divergence (lower than 2%) between M. huascari and Megalobulimus spp. in both genes were found, besides, they were in a monophyletic group, with robust statistical support for the COI marker. 16S rRNA phylogenies were inconclusive and varied according to the methodologies. The combined data showed unresolved phylograms. M. capillaceus did not show genetic diversity, probably as a result of over hunting, which could threaten its survival as a species.
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Ayudando a descifrar el enigma taxonómico, el código de barras de ADN de Megalobulimus spp. (Mollusca, Gastropoda) del departamento de San Martín - Perú

Congrains Castillo, Carlos January 2010 (has links)
Dentro de la gama de especies de la selva peruana, se encuentran caracoles terrestres de la familia Megalobulimidae (Mollusca, Gastropoda), entre las que destacan Megalobulimus popelairianus, Megalobulimus huascari y Megalobulimus capillaceus, que tienen importancia económica por las propiedades nutricionales de su carne y cosméticas de su baba. Este trabajo tuvo por objetivo principal desarrollar perfiles de ADN de los Megalobulimidae de San Martín, que hagan posible su reconocimiento a nivel específico y estudiar su salud genético poblacional mediante la diversidad genética, todo ello para garantizar su uso sustentable y eventualmente certificar a estas especies en el biocomercio peruano. Se evaluaron 65 muestras biológicas que fueron colectadas en septiembre de 2007 y enero, febrero y marzo de 2008. Se realizó la extracción de ADN con el método del CTAB y cloroformo, alcohol-isoamílico a partir de tejido muscular de pie. Se amplificaron y secuenciaron regiones de los genes rRNA y Citrocromo C oxidasa subunidad I (COI) del genoma mitocondrial con primers internos y universales, respectivamente. Las secuencias de ADN fueron alineadas, caracterizadas, se determinó la calidad de los datos, distancias genéticas, diversidad genética, se realizó la reconstrucción filogenética con NJ, MP, ML e BI y se analizaron los perfiles de ADN. La tasa de éxito de amplificación del COI fue inferior a la del rRNA. Sorprendentemente, las 31 secuencias de ADN de M. capillaceus no mostraron ninguna variante genética. Los ejemplares de difícil identificación entre M. huascari y M. popelairianus (rotulados como Megalobulimus spp.) mostraron bajos valores de divergencia genética (menores al 2%) con M. huascari, además que formaron grupos monofiléticos estadísticamente bien sustentados con el gen COI con todos los métodos utilizados. Las filogenias con el rRNA fueron poco concluyentes y variaron según las metodologías. Los datos combinados de ambos genes arrojaron árboles filogenéticos no resueltos. La carencia de diversidad genética de M. capillaceus, que muy probablemente haya sido producida por la sobreexplotación, pone en riesgo su supervivencia como especie. / Among the great variety of species from the Peruvian Amazon forest are the land snails of the family Megalobulimidae (Mollusca, Gastropoda), among them are Megalobulimus popelairianus, Megalobulimus huascari y Megalobulimus capillaceus, that have economic importance for both the nutritional properties of their meat and cosmetic properties of their slime. The main goal of this research was to develop DNA profiles of the Megalobulimidae land snails from San Martin, to allow their recognition at specific level, and to study their population genetic health through the genetic diversity, in order to guarantee their sustainable use and eventually to certify these species in Peruvian biotrade. The biological samples were collected in September of 2007 and January, February and March of 2008. The total DNA extraction was carried out by a CTAB protocol, with chloroform-isoamílic alcohol, from foot muscle tissue of 65 snails. Fragments of the genes rRNA and Cytochrome C oxidase subunit I (COI) of the mitochondrial genome were amplified and sequenced, using internal and universal primers, respectively. DNA sequences were aligned, characterized, determined the data quality, genetic distances, genetic diversity; the phylogenetic reconstruction was performed with NJ, MP, ML and BI; DNA profiles were analyzed. COI amplification rate was lower than the rRNA one. Surprisingly, the 31 DNA sequences of M. capillaceus did not show any genetic variant. Low values of genetic divergence (lower than 2%) between M. huascari and Megalobulimus spp. in both genes were found, besides, they were in a monophyletic group, with robust statistical support for the COI marker. 16S rRNA phylogenies were inconclusive and varied according to the methodologies. The combined data showed unresolved phylograms. M. capillaceus did not show genetic diversity, probably as a result of over hunting, which could threaten its survival as a species.
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Diversidad genética y estructura poblacional de Megalobulimus huascari (Gastropoda: megalobulimidae), especie promisoria del biocomercio nacional

Chirinos Saire, Jenny Martha January 2012 (has links)
El estudio de Megalobulimus huascari abarcó diversos distritos de la provincia de Chanchamayo en el departamento de Junín, así como la provincia de Oxapampa en Pasco. Obtiene el perfil genético de M. huascari en base al marcador mitocondrial 16S rRNA, a fin de permitir su certificación molecular en el biocomercio y generar pautas para su conservación. Un segmento del genoma mitocondrial correspondiente al gen ribosomal 16S fue empleado como marcador molecular para realizar análisis filogeográficos y filogenéticos en la especie M. huascari. Se colectó muestras de 29 individuos distribuidos en siete poblaciones de los departamentos de Junín y Pasco en la Selva Central del Perú. Un total de diez haplotipos fueron hallados. Asimismo se pudo detectar niveles relativamente altos de diversidad haplotípica y niveles bajos de diversidad nucleotídica. Dos linajes distintos, A y B, fueron revelados mediante los análisis filogenéticos. La red de haplotipos (network) y el estadístico poblacional Fst indicaron ausencia de estructuración geográfica. Sin embargo, la repartición de la varianza molecular estuvo mejor explicada al hacer la agrupación a priori para los dos linajes observados en la filogenia de M. huascari. Los análisis de mismatch distribution y tests de neutralidad (Fu’Fs y Tajima) indicaron eventos de expansión poblacional para ambos linajes. La estructuración genética y distribución geográfica encontrada en las poblaciones de M. huascari puede ser atribuida a eventos tales como la orogenia de los Andes. Finalmente, el perfil 16S rRNA obtenido para M. huascari resultó ser una herramienta eficaz para la identificación de la especie a nivel molecular, lo cual permitirá optimizar las medidas relacionadas a su conservación y certificar a la especie dentro del comercio nacional. / Tesis

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