La tomate (Solanum lycopersicum) est largement appréciée par les consommateurs. La flaveur distinctive des tomates provient des interactions entre les acides, les sucres et un mélange complexe de composés volatils. Ces substances volatiles sont principalement dérivées de nutriments tels que les caroténoïdes, les acides gras et les acides aminés. Bien que la tomate soit considérée comme un modèle pour le développement des fruits, la plupart des voies métaboliques menant à la synthèse de volatils ne sont pas encore bien comprises. Afin de mieux interpréter les sentiers métaboliques, nous avons quantifié une centaine de composés volatils dans 254 accessions de tomates ancestrales, modernes et sauvages. Nous avons sélectionné 64 de ces cultivars en fonction de leur profil aromatique et réalisé une étude transcriptomique. Nous avons utilisé un modèle de régression linéaire et une étude d'association pangénomique pour évaluer la relation entre les composés volatils et l'expression génique afin de mieux comprendre la régulation génétique des diverses voies métaboliques. L'analyse de la population a démontré que le profil en composés volatils varie considérablement entre les divers cultivars de tomates. Les composés volatils à l'intérieur d'un même sentier métabolique sont par contre fortement corrélés entre eux. La force de ces corrélations diffère considérablement, indiquant la présence d'étapes limitantes. De fortes corrélations entre des composés volatils non apparentés indiquent également des liens possibles entre différentes voies de biosynthèse. L'émission différentielle de plusieurs volatils dans la population de cultivars de tomates corrèle fortement avec l'expression des gènes caractérisés et d'autres gènes candidats. L'étude d'association pangénomique a permis de cibler de courtes régions chromosomiques associées à l'émission de certains groupes de composés volatils dans le fruit. Nos résultats démontrent le potentiel de ces différentes approches pour mieux comprendre les voies métaboliques de biosynthèse des composés volatils et découvrir de nouveaux gènes candidats. / Tomato (Solanum lycopersicum) is widely appreciated by consumers. The distinctive flavor of tomatoes comes from the interactions between acids, sugars and a complex mixture of volatile compounds. These volatiles are mainly derived from nutrients such as carotenoids, fatty acids and amino acids. Although tomato is considered a model for fruit development, most of the metabolic pathways leading to volatiles synthesis are not yet fully understood. In order to better understand these metabolic pathways, we quantified about 100 volatile compounds in 254 accessions of heirloom, modern and wild tomatoes. We selected 64 tomatoes cultivars based on their aroma profile and performed a transcriptomic analysis. We used a linear regression model and a genome-wide association study to evaluate the relationship between volatile compounds and gene expression, in an effort to better understand the genetic regulation of the various metabolic pathways. The volatiles profile varied considerably among tomatoes cultivars. Volatile compounds within the same metabolic pathway were strongly correlated with each other. On the other hand, the strength of these correlations differed considerably, indicating the presence of limiting steps. Strong correlations between unrelated volatile compounds also indicate possible links between different biosynthetic pathways. The differential emission of several volatiles in the tomato cultivar population strongly correlates with the expression of characterized genes and other candidate genes. A genome-wide association study was used to target short chromosomal regions associated with the emission of certain groups of volatiles in the fruits. Our results demonstrate the potential of these different approaches to better understand the metabolic pathways leading to the biosynthesis of volatile compounds and to uncover new candidate genes.

Les systèmes d’aquaculture en recirculation (RAS) possèdent plusieurs avantages comparativement aux systèmes d’élevage ouverts. Parmi ces avantages, notons l’économie d’eau, le contrôle de certains paramètres physico-chimiques et le meilleur traitement des eaux usées. Cependant, les poissons élevés en RAS sont souvent pris avec des problèmes de mauvais goût. Ce mauvais goût chez le poisson est dû à l’accumulation dans les tissus lipidiques de molécules telles que la géosmine et le 2-méthylisobornéol. Les cyanobactéries, les actinomycètes, les myxobactéries, entres autres, sont reconnues comme étant productrices de ces molécules. Lorsque les molécules sont présentes dans les systèmes d’élevage, l’accumulation dans la chair des poissons rend le poisson impropre à la consommation bien que non-toxique. La limite de détection humaine pour ces molécules est de l’ordre du ng/L dans l’eau et du μg/kg dans la chair de poisson. Aucune technologie (ozonation, filtration, etc.) n’est suffisante pour régler complètement ce problème. Cette étude est la première qui étudie l’impact de la moulée utilisée sur l’apparition du mauvais goût chez le poisson élevé en RAS. Comme la moulée a une influence directe sur différents paramètres physico-chimiques de l’eau des bassins, il se pourrait que cela ait un effet sur la quantité de micro-organismes producteurs de molécules du mauvais goût. L’hypothèse de départ était que l’utilisation d’une moulée produisant moins de solides en suspension pourrait limiter l’apparition de mauvais goût dans la chair de truites arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). Pour l’expérience, deux moulées différentes ont été utilisées. La première est reconnue pour produire des fèces compactes tandis que l’autre est reconnue pour produire des fèces plutôt friables. La concentration de géosmine était différente entre les deux unités. Aucune corrélation n’a été observée entre les paramètres physico-chimiques et la concentration de géosmine. Cependant, certains paramètres (concentration de phosphore, quantité de solides en suspension) pourraient avoir un influence dans ce cas-ci. L’apparition du mauvais goût chez le poisson élevé en RAS peut donc être influencée par la moulée utilisée.

Le mauvais goût de "vase" et de "terre" présent chez les poissons élevés en étangs est causé par la présence de géosmine et de 2-méthylisoboméol (MIB) dans leur chair. Ces composés sont semi-volatiles, et lorsque présents dans l'eau, ils sont absorbés et emmagasinés dans les tissus riches en lipides. Les cyanobactéries planctoniques et -benthiques ainsi que les actinomycètes sont des bactéries reconnues comme étant des sources de géosmine et de MIB. Une période d'épuration en eau fraîche est donc nécessaire pour libérer le poisson de ce mauvais goût. La présence de mauvais goût semblable a déjà été documentée chez les poissons élevés dans un système en recirculation (SR). Toutefois, il existe peu d'information disponible sur l'origine du mauvais goût. Les hypothèses de départ étaient que la durée de l'élimination augmente lorsque la température est réduite, que le taux de lipides contenu dans les tissus augmente et que les composés responsables du mauvais goût chez les poissons élevés en étangs sont les mêmes que chez les poissons élevés en SR. Des méthodes quantitatives (micro extraction en phase solide et GCMS) ont été utilisées pour quantifier et déterminer la source du mauvais goût dans l'eau, dans le biofilm et dans les filets. Les cyanobactéries qui pourraient être responsables de la présence de géosmine n'ont pas encore été identifiées.

Dans le Modèle Standard de la physiques des particules, le boson de Higgs permet de générer la masse des particules élémentaires. Les contraintes théoriques et expérimentales actuels imposent au boson de Higgs d'avoir une masse comprise entre 114.4 et 158 GeV à 95% de niveau de confiance. De plus, le Tevatron a récemment exclu la zone de masse entre 100 et 109 GeV, 158 et 175 GeV à 95% de niveau de confiance. Ces résultats confortent la recherche du boson de Higgs à basse masse dans la fenêtre encore ouverte. Le détecteur DØ est situé près de Chicago, au Tevatron, collisionneur protons-antiprotons avec une énergie dans le centre de masse de 1.96 TeV. Le sujet de cette thèse est la recherche du boson de Higgs produit en association avec un boson Z. C'est un canal sensible au boson de Higgs de basse masse (<135 GeV) qui a un rapport de branchement H->bb de l'ordre de 80% dans cette région en masse. Le canal d'étude ZH->nu nu bb a un état final composé de 2 jets de saveurs lourdes et de l'énergie transverse manquante emportée par les neutrinos. L'identification des jets de saveur lourde ("b-tagging") est réalisée à l'aide d'un nouvel algorithme que l'on a développé (SLTNN) : la méthode est basée sur la désintégration semi-leptonique des quarks b. L'analyse de recherche du boson de Higgs a été menée avec 3 fb−1 de données. L'utilisation de SLTNN a permis d'améliorer de 10% l'efficacité d'identification de boson de Higgs. En revanche, la sensibilté globale de l'analyse, une fois les bruits de fond et erreurs systématiques prises en compte, est très peu améliorée (<1%).

La mesure de la phase phis violant la symétrie CP dans les désintégrations Bs -> J/psi phi est une des analyses phares de l'expérience LHCb. Le Modèle Standard prédit cette observable avec une faible incertitude théorique. La présence de Nouvelle Physique notamment dans les diagrammes en boucle de l'oscillation Bs - anti Bs peut significativement modifier la mesure de cette phase. Durant cette thèse, nous avons participé à différents aspects de l'analyse des désintégrations Bs -> J/psi phi. Nous avons proposé une sélection multi-variables, basée sur un algorithme d'arbres de décision boostés. Cette nouvelle sélection augmente le nombre de signal Bs -> J/psi phi de 19% mais nécessite une correction temporelle. Une étude portant sur l'origine des distorsions angulaires caractéristiques des désintégrations Bs -> J/psi phi a aussi été menée. Il s'avère que la principale source de distorsion est la géométrie du détecteur LHCb. Nous avons aussi contribué à un autre élément clef de cette analyse : l'étiquetage de la saveur. Afin de connaître la saveur initiale des mésons B, un algorithme d'étiquetage a été développé. Il exploite les traces chargées provenant du hadron B de côté opposé. Nous avons participé à son optimisation ainsi qu'à son étalonnage en étudiant les désintégrations Bd -> J/psi K*. En utilisant l'intégralité des données enregistrées en 2011, soit 1 fb-1, après optimisation et calibration de cet algorithme, la puissance d'étiquetage dans le canal Bs -> J/psi phi est : (2.29 +- 0.07 +- 0.26) %. La valeur de phis mesurée est alors : \phis = -0.001 +- 0.101 +- 0.027 rad dans les désintégrations Bs -> J/psi phi. L'analyse combinée de Bs -> J/psi phi avec les désintégrations Bs -> J/psi \pi+ \pi- donne la meilleure mesure mondiale de \phis = -0.002 +- 0.083 +- 0.027 rad. Cette mesure est compatible avec le Modèle Standard, mais ses incertitudes laissent possible la présence de Nouvelle Physique.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les sections efficaces de production hadronique de particules supersymétriques ont été largement étudiées par le passé, aussi bien à l'ordre dominant qu'à l'ordre sous-dominant en QCD perturbative. Les corrections radiatives incluent de larges termes logarithmiques qu'il faut resommer à tous les ordres afin d'obtenir des prédictions consistantes. Dans ce travail, nous effectuons une première étude détaillée des effets de resommation pour la production hadronique de particules supersymétriques. Nous nous concentrons sur la production de type Drell-Yan de sleptons et sur la production associée d'un slepton et d'un sneutrino dans des scénarios de supergravité minimale et de brisure de supersymétrie véhiculée par interactions de jauge, et nous présentons des distributions d'impulsion transverse et de masse invariante, ainsi que des sections efficaces totales.<br /><br />Dans les modèles supersymétriques non minimaux, de nouveaux effets de violation de la saveur peuvent avoir lieu. Dans ce cas, la structure de saveur dans le secteur des squarks ne peut pas être déduite directement du couplage trilinéaire entre les supermultiplets de Higgs et de fermions. Nous effectuons une analyse numérique de l'espace des paramètres permis dans le cas de scénarios de supergravité minimale avec violation de la saveur non minimale, cherchant les régions permises par les mesures de précision électrofaibles, les observables à basse énergie et les données cosmologiques. La dépendance des sections efficaces à l'ordre dominant pour la production hadronique de squarks et de jauginos par rapport à la violation de la saveur non minimale est étudiée en détails.

Dans cette thèse sont présentées plusieurs études relatives aux désintégrations de mésons Bd et Bs en trois corps sans charme avec un KS dans l'état final.Ces analyses portent sur des données collectées par l'expérience LHCb durant le Run I du LHC, et qui correspondent à une luminosité intégrée de 3 fb-1.Une première analyse consiste à la mesure des rapports d'embranchements des modes B(d,s) -> KSh+h'-, ou h(') désigne un kaon ou un pion.Les mesures précédemment effectuées par LHCb de ces rapports d'embranchement, relativement à celui du mode Bd->KSpi+pi-, sont actualisées.Le but principal de cette analyse est la recherche du mode Bs -> KSK+K-, qui n'a jamais encore été observé.Les rapports d'embranchements, relativement à celui de Bd -> KSpi+pi-, sont mesurés : B(Bs->KSpi+pi-)/B(Bd->KSpi+pi-) = 0.26 +/- 0.04(stat.) +/- 0.02(syst.) +/- 0.01(f_s/f_d) B(Bd->KSKpi)/B(Bd->KSpi+pi-) = 0.17 +/- 0.02(stat.) +/- 0.00(syst.) B(Bs->KSKpi)/B(Bd->KSpi+pi-) = 1.84 +/- 0.07(stat.) +/- 0.02(syst.) +/- 0.04(f_s/f_d) B(Bd->KSKK)/B(Bd->KSpi+pi-) = 0.59 +/- 0.02(stat.) +/- 0.01(syst.)Une première observation de Bs->KSK+K-, correspondant à une significance globale de 3.7 sigmas, est effectuée.Une analyse du plan de Dalitz indépendante du temps et sans étiquetage de saveur du canal Bd -> KSK+K- est effectuée en utilisant l'approche isobare.Les rapports d'embranchement des désintégration quasi-deux-corps des canaux Bd->KS phi, Bd->KS f'2(1525) et Bd->KS chic0 sont mesurés.Ils sont compatibles avec des mesures précédentes effectuées par Babar. / This dissertation presents several studies of the decays of both Bd and Bs mesons to charmless three-body final states including a KS meson.They use the data recorded by the LHCb experiment during Run I of LHC, corresponding to an integrated luminosity of 3 fb-1.A first analysis consists of the measurement of the branching fractions of B(d,s)->KSh+h'- decays, where h(') designates a kaon or a pion.Preceding LHCb measurements of branching fractions for all decay channels, relative to that of Bd->KSpi+pi-, are updated.Furthermore, the primary goal of this analysis is to search for the, as yet, unobserved decay Bs->KSK+K-.The relative branching fractions are measured to be: B(Bs->KSpi+pi-)/B(Bd->KSpi+pi-) = 0.26 +/- 0.04(stat.) +/- 0.02(syst.) +/- 0.01(f_s/f_d) B(Bd->KSKpi)/B(Bd->KSpi+pi-) = 0.17 +/- 0.02(stat.) +/- 0.00(syst.) B(Bs->KSKpi)/B(Bd->KSpi+pi-) = 1.84 +/- 0.07(stat.) +/- 0.02(syst.) +/- 0.04(f_s/f_d) B(Bd->KSKK)/B(Bd->KSpi+pi-) = 0.59 +/- 0.02(stat.) +/- 0.01(syst.) A first observation of Bs->KSK+K- is reported with a global significance of 3.7 sigmas.A flavour-untagged, time-independent Dalitz-plot analysis of Bd->KSK+K- is presented, using the isobar approach.The quasi-two-body branching fractions of Bd->KS phi, Bd->KS f'2(1525), and Bd->KS chic0 are measured.They are compatible with previous measurements from Babar.

Les courants neutres changeant la saveur b -> sl⁺l⁻ ne sont autorisés dans le Modèle Standard (MS) qu'au niveau des boucles.Par conséquent, ils sont sensibles aux éventuels effets de la Nouvelle Physique (NP) au-delà du MS.Dans le MS, les transitions b -> se⁺e⁻ et b -> sμ⁺μ⁻ ont la même probabilité, cette propriété est appelée l'universalité du couplage aux leptons (UL).Tester l'UL dans les désintégrations de hadrons beaux a récemment été un domaine prometteur pour les recherches de NP. Des tensions par rapport aux prédictions du MS, de l'ordre de 2,5 déviations standards, ont été observées dans les désintégrations rares B -> K(*) l⁺l ⁻. À ce jour, les tests de l'UL ont été effectués uniquement sur des désintégrations de mesons beaux.Cette thèse présente un premier test de la UL dans la désintégration rare du baryon Lambdab -> pK l⁺l⁻ , en utilisant les données collectées par l'expérience LHCb au CERN en 2011, 2012 et 2016. La sensibilité statistique attendue est d'environ 15%, tandis que la valeur centrale reste aveuglée.La première mesure du rapport de branchement de la désintégration Lambdab -> pKμ⁺μ⁻ est effectuée avec une précision statistique de 5,3%.En outre, cette thèse présente la première observation de la désintégration Lambdab -> pKe⁺e ⁻ , ainsi que la mesure de son rapport de branchement.Enfin, la désintégration Xib0 -> pKJ/ψ est observée et étudiée pour la première fois. / Flavor-changing neutral-current b ->sl⁺l⁻ transitions are forbidden at tree level in the Standard Model (SM), and can only occur at loop level. Therefore, they are sensitive to possible New Physics (NP) effects beyond the SM. In the SM, the transitions b ->se⁺e⁻ and b -> sμ⁺μ⁻ have the same probability to happen, this property is called lepton universality (LU). Probing LU in b-hadron decays has been recently a promising area for NP searches. Tensions with respect to the SM predictions at the level of about 2.5 standard deviations have been observed in rare B -> K(*)l⁺l ⁻ decays. To date, tests of LU have been performed only in decays of b-mesons.This thesis presents a first test of the LU in rare b-baryon decays Lambdab -> pK l⁺l⁻ using the data collected by the LHCb experiment at CERN, during 2011, 2012 and 2016 data-taking periods. The expected statistical sensitivity is about 15%, while the central value remains blind at the moment. The first measurement of the branching fraction of the decay Lambdab -> pKμ⁺μ⁻ is performed with the statistical precision of 5.3%.In addition, this thesis presents the first observation of the Lambdab -> pKe⁺e ⁻ decay, and the measurement of its branching fraction.Finally, a suppressed decay Xib0 -> pKJ/ψ is observed and studied for the first time.

Contexte : Les expositions alimentaires durant la première année de vie pourraient jouer un rôle dans le développement des préférences alimentaires chez l’enfant. Objectif : Caractériser les expositions alimentaires au sucre et au gras durant la première année et étudier leurs liens avec l’appréciation de la saveur sucrée et de la sensation de gras chez les enfants d’âge scolaire. Méthodes : Durant la première année, l’exposition alimentaire au sucre et au gras a été analysée selon une approche nutritionnelle dans l’étude EDEN et sensorielle dans l’étude OPALINE. Les facteurs précoces associés à ces expositions ont été analysés. Puis, les liens entre l’exposition nutritionnelle au sucre et au gras et les scores d’appréciation entre neuf et 12 ans de la saveur sucrée et de la sensation de gras ont été étudiés, à l’aide de régressions linéaires ou logistiques multiples. Résultats : L’exposition sensorielle au sucre et au gras augmentait durant la première année alors que l’apport en lipides était inférieur aux recommandations nutritionnelles.Les expositions alimentaires au sucre et au gras étaient marginalement associées aux caractéristiques du nourrisson et de la mère mais principalement aux pratiques d’alimentation du nourrisson. Cependant, selon l’approche, des différences dans les facteurs associés aux expositions alimentaires au sucre et au gras ont été constatées. Enfin, l’exposition nutritionnelle au sucre et au gras du nourrisson n’était pas associée à l’appréciation de la saveur sucrée et de la sensation de gras chez les enfants d’âge scolaire. Conclusion : L’absence d’association entre l’exposition alimentaire au sucre et au gras du nourrisson et l’appréciation de la saveur sucrée et de la sensation de gras chez les enfants nécessite d’être confirmée, notamment en considérant l’exposition sensorielle. / Context : Dietary exposures in the first year of life could play a role in the development of food preferences in children. Aims : To characterize dietary sweet and fat exposures in infancy and to study their links with sweet taste and fat sensation liking in school-aged children. Methods : During the first year, dietary sweet and fat exposures were assessed with a nutritional approach in the EDEN study and with a sensory approach in the OPALINE study. Next, early factors related to these dietary sweet and fat exposures were analyzed. Associations between the nutritional sweet and fat exposure and sweet taste and fat sensation liking scores in 9-to-12 y old children in the EDEN study were studied using multiple linear and logistic regressions. Results : Sweet taste and fat sensation exposure increased during the first year while fat intake was lower than the nutritional recommendations. Whatever the approach, dietary sweet and fat exposures were marginally associated with infant and maternal characteristics but mainly with infant feeding practices. However, some factors were associated differently with dietary sweet and fat exposures depending on the approach. Finally, infant nutritional exposure to sweet and fat were not associated with sweet taste and fat sensation liking in children. Conclusion : The lack of association between infant dietary exposure to sweet and fat and sweet taste and fat sensation liking in preschool children need to be confirmed with the sensory approach.