Cette thèse présente une approche et des outils pour l'annotation de documents en se basant sur des ontologies. Dans notre contexte, ceci se traduit par des documents annotés par un ensemble de concepts clés issus de l'ontologie du domaine. Nous traitons le problème de l'annotation en développant une approche basée sur la relation de citation. Cette relation constitue la base d'une méthode pour affiner la propagation des annotations entre les documents. L'approche est indépendante du contenu et utilise un regroupement thématique des références construit à partir d'une classification floue non-supervisée. L'annotation étant basée sur l'utilisation d'ontologies, nous avons également abordé le problème de l'enrichissement de l'ontologie afin de pouvoir prendre en compte les différentes évolutions des documents et affiner la phase d'annotation. Un outil, nommé RAS, Reference Annotation System, a été développé et des expérimentations ont été réalisées en utilisant la base Citeseer.