Resumo: Os protozoários Giardia duodenalis e Cryptosporidium spp. são comprovadamente patógenos potenciais para bovinos e ovinos (particularmente em bezerros e cordeiros). Recentemente, o uso de técnicas moleculares demonstrou que Giardia duodenalis e Cryptosporidium spp. são espécies compostas de populações morfologicamente indistinguíveis, porém com grande diversidade genética. Os isolados de Giardia duodenalis obtidos de amostras fecais de ruminantes podem pertencer a grupos genéticos hospedeiro-específicos (genótipo E) ou a grupos genéticos potencialmente zoonóticos (genótipo A e B). Quatro espécies/genótipos de Cryptosporidium spp. com diferenças biológicas e genéticas consideráveis, são capazes de infectar bovinos: Cryptosporidium parvum, Cryptosporidium andersoni, Cryptosporidium bovis e Cryptosporidium genótipo deer-like. Em ovinos uma longa lista de espécies/genótipos tem sido identificados, alguns dos quais ainda são descritos como espécies/genótipos desconhecidos. O objetivo desse estudo foi determinar a ocorrência de Giardia duodenalis e Cryptosporidium spp. em 10 propriedades de bovinos leiteiros e 1 propriedade de ovinos no Estado de São Paulo, realizando o diagnóstico por meio das técnicas de microscopia óptica (Centrifugo-flutuação em sulfato de zinco modificada e coloração por fucsina carbólica modificada), Ensaio imunoenzimático (ELISA) e Reação em Cadeia da Polimerase (PCR); e caracterizando geneticamente esses protozoários com o emprego da técnica de polimorfismo no tamanho dos fragmentos de restrição (RFLP). A ocorrência de Giardia duodenalis e Cryptosporidium em 200 bovinos foi de 8 e 14%, respectivamente. O diagnóstico das infecções em bezerros foi significativamente maior do que em animais adultos. A técnica da PCR demonstrou uma sensibilidade diagnóstica superior quando comparada às técnicas de microscopia óptica e ensaio imunoenzimático. / Abstract: Giardia duodenalis and Cryptosporidium spp. are protozoan organisms that can infect the intestinal tract of many animal species including mammals. Clinical signs reported in calves and lambs infected with theses parasites include dullness, lethargy, anorexia, fever, dehydration, gastritis, reduced milk yield and poor weight gain and therefore have a potential clinical and economic impact. Despite morphological uniformity, considerable biotypic and genetic diversity exists within the G. duodenalis and Cryptosporidium species. G. duodenalis is a species complex comprising at least seven major assemblages or genotypes (A, B, C, D, E, F and G). These assemblages, which differ from each other significantly, appear to have distinct host preferences or have a limited host range. Recent studies suggest that cattle are infected with at least four Cryptosporidium parasites: C. parvum, Cryptosporidium bovis, Cryptosporidium andersoni and the Cryptosporidium deer-like genotype . In sheep, however, most prevalence information is based on microscopy and thus there is little information on Cryptosporidium species or genotypes. This study was undertake to determine the occurrence of Giardia and Cryptosporidium infections in dairy cattle and sheep in São Paulo State, Brazil through the use of microscopy, Enzyme Immunoabsorbent assay (EIA) and Polymerase chain Reaction (PCR); and to determine the species/genotypes by PCR-RFLP. Ten dairy farms in Botucatu city region are sampled. At each farm, 20 specimens are randomly collected. Giardia and Cryptosporidium was identified in 80% and 90% of farm locations, respectively. Of the 200 specimens collected, 8% and 14% has Giardia and Cryptosporidium DNA, respectively. Most infections were Giardia duodenalis Assemblage E (87,5%) and Cryptosporidium andersoni (82%) which are not zoonotic; however, one calf was infected with zoonotic Giardia duodenalis Assemblage AII and another with B. / Orientador: João Pessoa Araújo Júnior / Coorientador: Raimundo Souza Lopes / Banca: Alessandro Francisco Talamini do Amarante / Banca: Katia Denise Saraiva Bresciani / Mestre