Le dérangement de l'avifaune fait parti des impacts de la fréquentation humaine. Il est la résultante, d'une part, de la disparition et de la fragmentation des milieux naturels, et, d'autre part de l'augmentation de la fréquentation humaine sur ces derniers. Si la cohabitation entre les hommes et les populations d'oiseaux a été longtemps possible car les milieux naturels étaient suffisamment étendus et la pression anthropique plus faible, elle devient aujourd'hui de plus en plus complexe, parfois problématique, lorsque le dérangement est régulier et qu'il concerne des espèces rares et/ou menacées. La thèse présentée s'attache, dans un premier temps, à réaliser un état des lieux de la problématique du dérangement de l'avifaune en prenant comme cadre d'étude géographique la Bretagne. Ainsi, c'est à partir d'une importante synthèse bibliographique et d'une enquête réalisée à l'échelle régionale qu'il nous a été possible de mettre en lumière toute la complexité de la notion de dérangement, ses caractéristiques biogéographiques mais aussi toutes les difficultés auxquelles sont actuellement confrontés les gestionnaires de sites naturels pour y remédier. A partir de deux sites-ateliers, la thèse vise, dans un deuxième temps, à mener une réflexion méthodologique et pluridisciplinaire sur les interactions hommes/oiseaux en unissant les compétences respectives de géographes et de biologistes. Basé sur une interprétation des textes Natura 2000, nous proposons de déterminer les pertes d'habitat naturel que les hommes génèrent chez les oiseaux d'eau hivernants et ainsi identifier les activités humaines que la loi européenne considère comme des « perturbations significatives ».