Des agents produisant, manipulant et échangeant des connaissances constituent un système complexe socio-sémantique, dont l'étude représente un défi à la fois théorique, dans la perspective d'étendre la naturalisation des sciences sociales, et pratique, avec des applications permettant aux agents de connaître la dynamique du système dans lequel ils évoluent.<br /><br />Cette thèse se situe dans le cadre de ce programme de recherche. Parallèlement et plus largement, nous nous intéressons à la question de la reconstruction en sciences sociales. La reconstruction est un problème inverse comprenant deux volets complémentaires: (i) la déduction d'observations de haut-niveau à partir de phénomènes de bas-niveau; et (ii) la reproduction de l'évolution des observations de haut-niveau à partir de la dynamique des objets de bas-niveau.<br /><br />Nous affirmons que plusieurs aspects significatifs de la structure d'une communauté de savoirs sont principalement produits par la dynamique d'un réseau épistémique où co-évoluent agents et concepts. En particulier, nous résolvons le premier volet du problème de la reconstruction en utilisant des treillis de Galois afin de recréer des taxonomies de communautés de savoirs à partir de simples relations entre agents et concepts; nous obtenons de fait une description historique se rapportant à la progression des champs, leur déclin, leur spécialisation ou leurs interactions (fusion ou scission). Nous micro-fondons ensuite la structure de ces communautés de savoirs en exhibant et en estimant empiriquement des processus d'interaction au niveau des agents, en co-évolution avec les concepts au sein du réseau épistémique, qui rendent compte de la morphogenèse et de l'émergence de plusieurs faits stylisés structurels de haut-niveau - il s'agit là du deuxième volet.<br /><br />Nous défendons finalement un point de vue épistémologique concernant la méthodologique générale de reconstruction d'un système complexe qui appuie notre choix d'un cadre co-évolutionnaire.