The Amazon basin has about 7000 km2 of extension and a vast biodiversity providing an ichthyofauna of approximately 5000 species of fish. Myxozoan parasites cause diseases in fish in both the natural environment and the breeding systemand they are responsible for high mortality rates. Myxozoans show a great diversity of species with some of them, highly pathogenic and, therefore, have been receiving attention of the researchers. In Brazil, due to the great diversity of fish species, the study of these parasites has been gaining the attention of the researchers, focusing on diversity, biology and parasite-host interaction. In this context, the objective of this work was to explore the parasite diversity of the Myxozoa subphylum, through morphological and molecular analyses of myxosporean parasites of Amazonian fish, important for the food market such as Colossoma macropomum (tambaqui) and Piaractus brachypomus (pirapitinga). For the taxonomic study, morphological analyses were performed using light microscopy and molecular analyses using ssrDNA. The fish were captured in the Amazon basin, in the Tapajós and Solimões Rivers, Santarém, PA and Manaus, AM, respectively. Two new myxosporean species, Myxobolus n. sp. 1 and Myxobolus n. sp. 2, were described infecting C. macropomum, based on morphological and molecular data. Myxobolus colossomatis, found infecting C. macropomum, was considered a distinct species of Myxobolus cf. colossomatis described in Piaractus mesopotamicus, through molecular and phylogenetic data. For P. brachypomus four new species were described. Henneguya n. sp. 1 and Myxobolus n. sp. 3, were described through of morphological, histological, ultra-structural and molecular analyses. Henneguya n. sp. 2 and Myxobolus n. sp. 4 were described based in morphological and molecular data. After observing the mitochondrial behavior of myxospores through electron microscopy studies, we performed an experiment of mitochondrial fluorescence microscopy and the results showed that few Henneguya sp. myxospores presented labeling for mitochondrial activity. / A bacia Amazônica tem cerca de 7000 km2 de extensão e uma vasta biodiversidade abrigando uma ictiofauna de, aproximadamente, 5000 espécies de peixes. Parasitos mixozoários são causadores de doenças em peixes de ambiente natural e de sistemas de criação sendo responsáveis por altas taxas de mortalidade. Mixosporídeos apresentam uma grande diversidade de espécies com algumas destas, altamente patogênicas e, por isso, vêm recebendo atenção dos pesquisadores. No Brasil, devido à grande diversidade de espécies de peixes, o estudo destes parasitos vem ganhando cada vez mais destaque, com foco para a diversidade, biologia e a interação parasito-hospedeiro. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi explorar a diversidade de parasitos do subfilo Myxozoa, através de análises morfológicas e moleculares de mixosporídeos parasitos de peixes amazônicos, importantes para o mercado de alimentos como Colossoma macropomum (tambaqui) e Piaractus brachypomus (pirapitinga). Para o estudo taxonômico foram realizadas análises morfológicas, utilizando microscopia de luz, e análises moleculares utilizando o sequenciamento do ssrDNA. Os peixes foram capturados na bacia Amazônica, nos rios Tapajós e Solimões, Santarém, PA e Manaus, AM, respectivamente. Duas novas espécies de mixosporídeos, Myxobolus sp. n. 1 e Myxobolus sp. n. 2, foram descritas infectando C. macropomum, baseado em dados morfológicos e moleculares. Myxobolus colossomatis encontrada infectando C. macropomum foi considerada uma espécie distinta de Myxobolus cf. colossomatis descrita em Piaractus mesopotamicus, através de dados moleculares e filogenéticos. Para P. brachypomus quatro novas espécies foram descritas. Henneguya sp. n. 1 e Myxobolus sp. n. 3 foram descritas através de análises morfológicas, histológicas, ultra-estruturais e moleculares. Henneguya sp. n. 2 e Myxobolus sp. n. 4 foram descritas baseadas em dados morfológicos e moleculares. Após a observação do comportamento mitocondrial de mixosporídeos através de estudos de microscopia eletrônica, nós realizamos um experimento de microscopia de fluorescência mitocondrial e os resultados obtidos demonstraram que poucos mixosporos de Henneguya sp. apresentaram marcação para a atividade mitocondrial.