Les épidémies de méningite sévissent depuis plusieurs décades dans la Ceinture Africaine de la méningite. En 2010, une vaccination de masse avec le vaccin conjugué MenAfriVac® a été entreprise dans la région afin d’éliminer les épidémies dues au méningocoque (Nm) A, principal sérogroupe en cause. L’objectif de cette thèse est de décrire l’épidémiologie des méningites au Niger avant et après l’introduction du vaccin MenAfriVac®; contribuer à une meilleure compréhension des dynamiques des épidémies en comparant les caractéristiques des foyers épidémiques selon le sérogroupe responsable; évaluer l’efficacité et l’efficience des stratégies de surveillance et de réponse vaccinale. Pour cela, nous avons utilisé pour la première fois des donnéesagrégées au niveau géographique de l’aire de santé concernant des cas suspects et des cas confirmés au laboratoire de 2002 à 2015. Nous avonsconsidéré la situation historique d’avant l’introduction du MenAfriVac®, la situation simulant l’élimination du NmA et la situation réelle de réémergence du NmC. La première partie de cette thèse a montré un changement de l’épidémiologie des méningites au Niger, avec l’élimination du NmA à partir de 2011 et la réémergence explosive du NmC en 2015. Les groupes d’âge et les aires du pays les plus affectés depuis 2002 sont également connus. Le pic épidémique était plus précocement détecté au niveau de l’aire de santé. Les incidences annuelles les plus élevées étaient retrouvées dans le sud-est du pays. Nous avons aussi trouvé que les épidémies à NmX présentaient un pic plus élevé que celles à NmA au niveau de l’aire de santé,pendant que le pic du NmW paraissait plus faible. Le sérogroupe C présentait une dynamique épidémique similaire à celle du NmA. Les incidences annuelles montraient des différences moins prononcées, probablement dues auxlongues durées des épidémies à NmA. En simulant l’élimination du NmA, l’efficacité de la réponse était plus importante pour une surveillance au niveau de l’aire de santé et une vaccination du district, alors que l’efficience était optimisée avec la vaccination au niveau de l’aire de santé. Pendant l’épidémie à NmC de 2015, l’efficacité et l’efficience étaient plus élevées pour la stratégie de surveillance au niveau de l’aire de santé et la vaccination du district que pour les autres stratégies. Les stratégies de prévention et de riposte aux épidémies de méningites nécessitent d’être adaptées selon les caractéristiques des sérogroupes de méningocoque prédominant. La surveillance de niveau subdistrict devrait être plus appropriée à la réponse aux épidémies suite à l’élimination des méningites de sérogroupe A et pour l’épidémie à NmC de 2015. / Meningitis epidemics strike since several decades in the African Meningitis Belt. In 2010, a mass vaccination with the conjugate vaccine MenAfriVac® was conducted in the region in order to eliminate epidemics due to meningococcal (Nm) A, the main serogroup in cause. The objective of this thesis is to describe the epidemiology of meningitis in Niger before and after MenAfriVac® introduction; to contribute to a better understanding of epidemics’ dynamics by comparing the characteristics of localized epidemics by serogroup responsible; to evaluate the effectiveness and the efficiency of surveillance and response strategies.For this, we used for the first time data aggregated at the geographical level of health area concerning suspected cases and laboratory confirmed cases from 2002 to 2015.We considered the historical situation of before MenAfriVac® introduction, the situation simulating NmA elimination and the real situation of NmC re-emergence. The first part of this thesis showed a change of meningitis epidemiologyin Niger, with the elimination of NmA from 2011 and the explosive re-emergence of NmC in 2015.The age groups and the country’s area the most affected since 2002 were also known. The epidemic peak was more early detected at the health area level. The highest annual incidences were found in the south eastern part of the country, bordering Nigeria. We also found that epidemics due to NmX tended to have higher peak force at health center level than those due to serogroup A, while the peak force of NmW appeared to be lower. The serogroup C appeared to have epidemic dynamic similar to NmA. Annual incidences showed less pronounced differences, possibly due to the trend for longer duration of NmA epidemics.Whensimulating NmA elimination, effectiveness of the response was highest for health area level surveillance and district level vaccination, while efficiency was optimized with health area level vaccination. For 2015 NmC epidemic, effectiveness and efficiency were higher for health area level surveillance and district level vaccination compared to other strategies. Strategies for prevention and response to meningitis epidemics need to be adapted according to the characteristics of predominant meningococcal serogroups.Subdistrict level surveillance may be most appropriate for meningitis epidemic response following elimination of serogroup A meningitis and for the 2015 NmC epidemic.

La clonalité chez les plantes correspond à la multiplication par voie végétative. Un individu clonal est constitué de l'ensemble de ses descendants, génétiquement identiques et potentiellement indépendants (ramets), généralement reliés entre eux par des connexions. L'intégration clonale confère aux plantes des propriétés particulières dont les principales sont la capacité à coloniser l'espace via différents types d'architectures, le stockage et le partage de ressources entre les ramets. Les plantes clonales dominent la matrice herbacée en prairies pâturées. L'objectif de ce travail de thèse est de tester l'hypothèse selon laquelle le pâturage favorise les traits clonaux conférant aux plantes des capacités de résistance, notamment à la défoliation (i.e. pertes de tissus aériens) qu'il génère. Cette hypothèse a été testée au travers d'une approche pluridisciplinaire, combinant écologie des communautés, écophysiologie et modélisation. Des relevés de terrain réalisés en prairies naturelles ont montré que le pâturage génère une défoliation homogène à l'échelle du fragment clonal (inférieure à un mètre) et agit comme un filtre sur les traits clonaux. L'étude couplée de la composition floristique et des traits clonaux, issus de base de données ou mesurés expérimentalement, suggère que le pâturage favorise les formes stolonifères et cespiteuses, tandis que les formes rhizomateuses dominent en conditions non pâturées. De plus, les coûts associés à la défoliation homogène limitent l'investissement dans la propagation clonale. La plasticité architecturale en réponse à la défoliation expérimentale s'avère néanmoins dépendante de contraintes structurales propres à l'espèce. Par conséquent, il n'y a pas de convergence vers un seul type d'architecture, mais il semble, au contraire, qu'une diversité d'architectures puisse s'exprimer en prairies pâturées. Enfin, bien que le pâturage défavorise les organes souterrains spécialisés dans le stockage (rhizomes), la constitution de réserves carbonées dans la base des tiges des ramets serait impliquée dans la résistance au pâturage. D'après les résultats de simulations numériques, les formes clonales optimales en absence de défoliation et sous défoliation homogène sont similaires et tendent à produire des réseaux agrégés de ramets. Au contraire, des conditions de défoliation hétérogènes favoriseraient la dispersion spatiale des ramets. De manière générale, le pâturage semble favoriser les formes clonales permettant de maximiser l'occupation de l'espace et la constitution de stocks de réserves rapidement mobilisables pour la repousse suite à la défoliation, tout en limitant l'investissement dans les structures clonales coûteuses.