Ce travail étudie l'autonomie professionnelle des médecins du travail en France entre 1970 et 2010. Il explore le sens de l'injonction indigène et règlementaire d'indépendance, alors que ces médecins sont liés aux employeurs par un contrat de travail, c'est-à-dire une relation de subordination. Ce-faisant, il offre un éclairage sur la faillite du système français de prévention des atteintes professionnelles à la santé. La combinaison du dépouillement d'archives inédites et d'une enquête ethnographique multi-sites auprès de praticiens en activité met en évidence les variations de la problématique de l'autonomie selon le contexte d'exercice (forme du service, nature des interlocuteurs). La coexistence apparente de l'autonomie et de la subordination passe toujours par la distinction pratique entre un côté " médical " de l'activité (sur lequel les praticiens disposent en droit d'une indépendance totale), et un côté " administratif " (sur lequel la subordination est légitime). Or, l'enquête montre que cette distinction est le produit instable d'une négociation permanente entre les médecins et leur entourage (autres composantes du service ou de l'entreprise, autres médecins...). Plus encore, la définition même du métier, c'est-à-dire l'ensemble des tâches qui peuvent être exercées de manière légitime au nom de la médecine du travail, apparaît elle aussi comme le résultat précaire de négociations permanentes dans chaque service. La question de l'autonomie se joue non seulement dans le contrôle sur le travail, mais également dans le processus de définition de ce dernier. Cette thèse montre ainsi les limites de la définition classique de l'autonomie professionnelle comme contrôle sur les activités de routine lorsque la nature du travail qu'il y a à faire n'est pas donnée d'avance, mais est l'objet de conflits. Elle donne également à voir la tension entre dépendances légitimes et illégitimes, subordination consentie et abus de pouvoir, qui est au cœur de la relation salariale.