Les toxi-infections dorigine alimentaire ont un impact important sur la santé humaine. Cette étude cible les principaux agents bactériens pathogènes pour lhomme transmis par les denrées alimentaires dorigine animale en Europe et aux USA, à savoir Salmonella et Campylobacter, ainsi que leurs éventuels germes index. Globalement, trois types de surveillance permettent de vérifier lefficacité des mesures prises dans le but de diminuer les zoonoses. La première est le suivi de lhygiène et dindicateurs par le dénombrement des flores indicatrices, surtout de contamination fécale. La deuxième est la surveillance dindex pour certains pathogènes tels que Salmonella et Campylobacter. La troisième est la recherche ou le dénombrement direct des flores pathogènes. Le type de surveillance est déterminé par les objectifs visés. Lobjectif principal de ce travail était de déterminer la pertinence de lutilisation dindicateurs de contamination fécale pour surveiller et maîtriser la contamination des filières belges de production de produits carnés par Salmonella et Campylobacter. Dans un premier temps, un plan de surveillance des filières de production et de transformation des viandes a dû être mis en place et optimisé. Les différents paramètres à préciser étaient le choix des agents pathogènes devant faire lobjet dun monitoring dans chacune des filières, et le choix de la méthodologie déchantillonnage et danalyse. Cette étude a montré la qualité et la représentativité des plans de surveillance mis en place en Belgique pour la production carnée. Ils permettent en effet de nombreux types dinterprétation des résultats et cadrent parfaitement avec les programmes de contrôle intégrés pluriannuels imposés récemment par la Commission européenne. Dans un deuxième temps, une étude spécifique a évalué la pertinence de la méthode belge de prélèvement des carcasses de porc (par écouvillonnage) par rapport à la méthode de référence européenne (destructive), qui a fait lobjet dun nouveau règlement européen fin 2005. Une comparaison entre les deux méthodes pour le dénombrement dE. coli et de germes aérobies totaux ainsi que la recherche de Salmonella et de Campylobacter a montré lefficacité de la méthode belge de prélèvement sur les carcasses de porc. Dans un troisième temps, le plan de surveillance mis en place a permis de suivre lévolution de la contamination par Salmonella et Campylobacter des viandes de bovin, de porc et de volaille depuis 2000. Cette étude a confirmé la forte contamination par Salmonella et Campylobacter des carcasses et viandes de volaille. Elle a également montré la plus faible contamination par Campylobacter et, dans une moindre mesure, par Salmonella, des échantillons issus de bovins et de porcs. Une diminution significative de la contamination par Salmonella de la viande de porc et de la prévalence de Campylobacter sur certains échantillons de volaille a été observée entre 2000 et 2003. Cette étude a également souligné limportance de disposer de données nationales de contamination par les microorganismes pathogènes des aliments. Elles permettent en effet de suivre lévolution et de la comparer dun point de vue international. Ces données pertinentes peuvent être utilisées pour une évaluation quantitative des risques et pour la détermination de critères microbiologiques adaptés. Dans un quatrième temps, cette étude a évalué la pertinence du suivi des principaux indicateurs dhygiène et des bonnes pratiques lors des processus de transformation (les germes aérobies totaux, les entérobactéries et les E. coli ), ainsi que de leur qualité dindex des principaux agents pathogènes non sporulés dorigine digestive. Ce chapitre propose une procédure pour fixer des critères dhygiène des procédés adaptés à la Belgique pour les carcasses et la viande de buf, de porc et de volaille. Cette étude a montré que la situation belge en matière de microorganismes indicateurs est comparable à la situation décrite par plusieurs autres études publiées, et que la méthode de détermination de critères dhygiène des procédés en se basant sur les résultats des plans de surveillance est à privilégier pour aider le secteur de production à améliorer la qualité microbiologique de ses produits. Cette approche peut aider à la diminution de la contamination par les agents pathogènes dorigine digestive mais ne peut, à elle seule, donner des garanties de maîtrise de ces dangers. Enfin, il peut être conclu que le dénombrement dE. coli est très utile pour la détermination de lhygiène des procédés de production de viande en tant quindicateur de contamination fécale et en tant quindex dagents zoonotiques dorigine intestinale tels que Salmonella et Campylobacter. Cependant, la recherche, voire le dénombrement direct des agents pathogènes reste nécessaire pour évaluer le risque et sassurer de lefficacité des mesures de maîtrise. Lensemble des résultats de cette étude et les stratégies appliquées sont également très utiles aux autorités belges dans le cadre de négociations au niveau européen pour la détermination de critères microbiologiques. Il est donc important que des plans de surveillance adaptés aux exigences réglementaires européennes continuent de suivre lévolution des agents pathogènes en Belgique en respectant les objectifs fixés au niveau européen. De plus, les critères dhygiène des procédés doivent être régulièrement revus, sur base des résultats des plans de surveillance. Il faut également tenir compte des indicateurs les plus pertinents pour surveiller et maîtriser la contamination par des microorganismes pathogènes émergents, ou dautres agents pathogènes. Ces critères dhygiène des procédés devraient être repris dans les guides dautocontrôle sectoriels. La méthodologie de détermination de critères de sécurité des aliments en se basant sur une évaluation quantitative du risque, conformément aux directives du Codex Alimentarius, devrait être développée, standardisée et appliquée aux niveaux européen et belge. Dans ce cadre, disposer de plans de surveillance performants et quantitatifs sera essentiel pour alimenter les modèles à léchelle de la Belgique.