La Química Algebraica es un modelo abstracto para la bioquímica. Una Química Algebraica
se compone de una red de reacciones moleculares, prescindiendo de una dinámica que
permita estudiar su evolución, pues el modelo se enfoca en como las moléculas pueden
ser producidas o consumidas por las reacciones. Se ha probado que en una Química
Algebraica, un tipo especial de subredes llamadas organizaciones, son las únicas subredes
que pueden tener estabilidad dinámica.
Este hecho permite simplificar la comprensión de la dinámica de los sistemas
bioquímicos, dado que permite explicar la evolución del sistema como movimientos
entre organizaciones en el espacio de fase. De aquí que el cómputo del conjunto de
organizaciones de una Química Algebraica es una tarea central en la teoría.
Al momento no han hay suficientemente buenos algoritmos para computar
organizaciones, ni hay una comprensión de la estructura que subyace en la definición de
organización (tal vez es esto es la razón de lo anterior).
Esta tesis es un intento por formalizar el trabajo algorítmico en Químicas Algebraicas.
Dicha formalización busca una fertilización cruzada entre modelos de Ciencias de la
computación y Químicas Algebraicas. Es posible enmarcar las Químicas Algebraicas en
algunos conocidos formalismos de la Ciencia de la computación como Sistemas de Adición
de Vectores y Redes de Petri.
Se investiga la equivalencia entre los formalismos mencionados y las Químicas
Algebraicas. Luego algunos conocidos problemas de los Sistemas de Adición de Vectores
y Redes de Petri tales como alcance (reachability), vida (liveness), etc., son estudiados
desde la perspectiva de las Químicas Algebraicas, enfocando el análisis a la relación de
dichos problemas con el problema de computar organizaciones.
De las ideas que surgen del anterior análisis, se hace posible el desarrollo de varios
resultados sobre el cómputo de organizaciones, así como sobre la estructura del conjunto
total de organizaciones de una Química Algebraica. Un teorema para descomponer una
organización, en subsistemas más simples, y sus implicaciones son derivados como los
resultados más importantes de esta tesis.
Los resultados de este trabajo hacen posible además el desarrollo de nuevos y más
eficientes algoritmos para el cómputo de organizaciones y permite separar diferentes
clases de Químicas Algebraicas en términos de la dificultad de computar su conjunto de
organizaciones.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UCHILE/oai:repositorio.uchile.cl:2250/102300 |
| Date | January 2010 |
| Creators | Veloz González, Tomás Igor |
| Contributors | Gutiérrez Gallardo, Claudio, Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas, Departamento de Ciencias de la Computación, Navarro Badino, Gonzalo, Hevia Angulo, Alejandro, Arenas Saavedra, Marcelo |
| Publisher | Universidad de Chile |
| Source Sets | Universidad de Chile |
| Language | Spanish |
| Detected Language | Spanish |
| Type | Tesis |
| Rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Chile, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/cl/ |
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