Résumé : Le Campylobacter est la première cause de gastro-entérites bactériennes dans les pays
industrialisés. La grande majorité des cas sont des infections sporadiques dont la source
est rarement identifiée. Le Campylobacter fait partie de la flore intestinale normale
d’une large diversité d’animaux et peut également se retrouver dans l’eau. Le but de
mon projet de recherche était d’étudier l’épidémiologie clinique et moléculaire des
infections à Campylobacter en Estrie afin de déterminer les principales sources
d’infections sporadiques et de comparer les génotypes des isolats de Campylobacter
selon les différentes niches écologiques. Nous avons déterminé le profil de sensibilité
aux antibiotiques d’isolats de différentes sources. Nous avons observé un haut taux de
résistance à l’érythromycine et à la tétracycline et un faible taux de résistance à la
ciprofloxacine chez les isolats de poulet, pouvant refléter l’utilisation de ces
antibiotiques dans cet élevage. Le fait que le taux de résistance à l’érythromycine parmi
les isolats humains soit significativement moins élevé que chez les isolats de poulet
suggérait l’importance d’autres sources de Campylobacter chez l’humain. Afin de
déterminer quelle méthode de typage moléculaire serait la mieux adaptée pour notre
devis de recherche, nous avons comparé quatre méthodes (AFLP, MLST, typage du
gène fla et EGCP). Seul le MLST a pu attribuer des isolats humains à des niches
écologiques particulières comme le poulet, le lait cru et l’eau. Afin d’optimiser la
technique de MLST, nous avons développé un système complémentaire basé sur le
HRM, qui est beaucoup plus rapide et moins coûteux que le MLST. Nous avons
démontré que le HRM a le potentiel de complémenter les méthodes d’analyses basées
sur du séquençage pour l’étude des mutations ponctuelles et de faciliter une vaste
gamme d’études basées sur des méthodes génotypiques, telle la détection de mutations
ponctuelles qui confèrent de la résistance aux antibiotiques. Nous avons entrepris par la
suite une étude cas-cas et un vaste projet d’isolement et de caractérisation moléculaire
de souches de Campylobacter en Estrie, afin de véritablement cerner les mécanismes de
transmission de la bactérie et de comparer les sources d’infections sporadiques chez les
cas acquis en régions rurales vs urbaines. Nous avons confirmé que le poulet était
responsable de la majorité des cas de campylobactérioses. Cependant, nos résultats
suggèrent que la saisonnalité ainsi que le gradient urbain-rural de la campylobactériose
sont dus à l’exposition aux souches bovines, particulièrement chez le groupe d’âge des
15-34 ans via l’exposition professionnelle. Par la détermination des sources
d’infections, nous avons établi des pistes d’interventions utilisables par les autorités de
santé publique, afin de diminuer l’incidence de la campylobactériose au Québec. / Abstract : Campylobacteriosis is the leading notifiable enteric disease in industrialised countries. It
colonizes a wide range of animal which in turn spread the disease. The majority of
campylobacteriosis cases are sporadic infections for which the source is rarely apparent.
The main goal of my research project is to determine contamination sources of
Campylobacter in the Eastern Townships, to identify the sources and routes of
transmission and to establish the main sources of sporadic infections. We determined
antimicrobial susceptibility profiles of Campylobacter isolates in order to predict which
bacterial population will be resistant, caused by antimicrobial selective pressure
administered to the host. High levels of resistance of chicken isolates to erythromycin
and tetracycline, and low levels of resistance to ciprofloxacin reflect the use of the
former antibiotics in animal husbandry. The fact that the erythromycin and tetracycline
resistance levels were significantly lower among human isolates suggests that other
transmission sources are important for human infection. In order to determine which
molecular typing method will be the most relevant for our research design, we
compared four typing methods (AFLP, MLST,/7a typing and PFGE). Only MLST has
the potential to link isolates to a particular ecological niche, such as chicken, raw milk
and water. In order to optimize MLST, we developed a complementary system based on
HRM. We demonstrated that HRM has the potential to complement the analysis
methods based on sequencing for SNP and facilitate a wide range of studies based on
genotypic methods. We have subsequently undertaken a major project of isolation and
molecular characterization of Campylobacter in the Eastern Townships, in order to truly
understand the mechanisms of transmission of the bacteria and determine the source of
sporadic cases. We confirmed that chicken was responsible for the majority of cases of
campylobacteriosis. However, we have shown that the urban-rural gradient of
campylobacteriosis in the Eastern Townships could be explained by exposure to bovine,
especially for the 15-34 year old age group through occupational exposure. By the
identification of infection sources, we proposed courses of action that could be used by
public health authorities to reduce the incidence of campylobacteriosis in Quebec.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:usherbrooke.ca/oai:savoirs.usherbrooke.ca:11143/6837 |
| Date | January 2013 |
| Creators | Lévesque, Simon |
| Contributors | Michaud, Sophie, Frost, Eric |
| Publisher | Université de Sherbrooke |
| Source Sets | Université de Sherbrooke |
| Language | French, English |
| Detected Language | French |
| Type | Thèse |
| Rights | © Simon Lévesque |
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