Memoria para optar al título profesional de Bioquímico / El objetivo de este trabajo fue identificar genes expresados diferencialmente en
un organismo cuyo genoma no ha sido secuenciado. Investigamos los patrones globales
de expresión en respuesta a cambios en la concentración de Mn2+ en el medio de cultivo,
con el fin de identificar genes involucrados en el metabolismo y homeostasis de este
catión.
El organismo modelo usado fue Ceriporiopsis subvermispora, un hongo
ligninolítico altamente selectivo, el cual posee una maquinaria enzimática compuesta por
peroxidasas dependientes de manganeso y lacasas principalmente. Para lograr el objetivo
propuesto desarrollamos un protocolo de cDNA-AFLP (cDNA- Amplified Fragment
Length Polymorphism) basado en la amplificación de fragmentos derivados de
transcritos, para analizar los patrones de expresión génica en cultivos con diferente
concentración de Mn2+.
Al analizar los patrones generados obtenidos del hongo creciendo en diferentes
concentraciones de manganeso, identificamos 34 fragmentos derivados de transcritos
diferencialmente expresados en respuesta a manganeso. Veintidós de ellos mostraron
homología con genes de función conocida o putativa, mientras que catorce de ellos no
mostraron coincidencias considerables. El resultado más interesante fue identificar dos
fragmentos derivados de transcritos que correspondían a la familia de transportadores
tipo ABC (ATP Binding Cassette) altamente relacionados con la homeostasis de Mn2+ y
Ca2+ / The aim of this work was to identify differentially expressed genes in an
organism whose genome has not been sequenced. We investigated the global gene
expression pattern regulated by manganese, in order to identify genes involved in its
metabolism and homeostasis.
The model organism used was Ceriporiopsis subvermispora, a highly selective
ligninolytic fungus, which possesses an enzymatic machinery composed of manganesedependent
peroxidases and laccase. In order to achieve this objective we developed a
cDNA-AFLP (cDNA- Amplified Fragment Length Polymorphism) protocol based on the
amplification of transcript derived fragments (TDFs) to analyze the gene expression
patterns on different Mn2+ concentration cultures.
When analyzing cDNA-AFLP generated patterns obtained from the fungus
grown on different concentrations of manganese, we identified 34 manganesedifferentially
expressed transcript derived fragments. Twenty of them showed significant
homology to genes with known or putative function, while fourteen fragments did not
show significant matches. Interestingly we identified two TDFs that correspond to
members of the ABC (ATP Binding Cassette) transporter family closely related with
Mn2+/Ca2+homeostasis
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UCHILE/oai:repositorio.uchile.cl:2250/105569 |
| Date | January 2006 |
| Creators | Rojas Soto, Luis Gustavo Alejandro |
| Contributors | Lobos Camus, Sergio, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas, Departamento de Bioquímica y Biología Molecular |
| Publisher | Universidad de Chile |
| Source Sets | Universidad de Chile |
| Language | Spanish |
| Detected Language | Spanish |
| Type | Tesis |
| Rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Chile, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/cl/ |
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