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Previous issue date: 2010-08-20 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The Herpes Simplex Virus type 2 (HSV-2) is a widespread, incurable agent that establishes latency in nervous cells and is responsible for the majority of genital herpes cases. The UL23 is a polymorphic gene, which encodes the viral thymidine kinase (TK) of the Herpes virus. TK has six conserved regions, including two active sites, which plays an important role in acyclovir (ACV) metabolism. Therefore, some mutations in UL23 are implicated with ACV resistance phenoty pe. In this work, we analyzed 67 samples collected between Ap ril 2008 and September 2009 at the STI/STD clinic of “Alfredo da Matta” Foundation, in Manaus, Amazonas, Brazil obtained from HSV-2 genital ulcer patients. In order to characterize polymorphisms, all sp ecimens were processed for total nucleic acid isolation, submitted to PCR amplification targeting the complete ORF of UL23 gene followed by automated nucleotide sequencing with dideoxy chain terminators. Sequences analysis shown that 45 sequences were 100% similar to the reference strain “HG52”. The remaining 22 sequences (32.8%) showed at least one nucleotide substitution; none insertions or deletions were found. Amino acids substitutions were detected in 19 out of 22. The mutation Gly39Glu was the most frequently detected (16/19), followed by Asn78Asp (5/19); Gly39Glu and Asn78Asp were simultaneously found in four samples. Deduced amino acids sequences were aligned with 66 available on GenBank from African and American continents. A total of 23 variable sites were identified and, once more, Gly39Glu mutation was the most frequent found (74/133). Substitutions previously associated with ACV resistance were not detected, however, Gly39Glu was recently described as a probable resistant mutation. Another four mutations observed: His4Tyr, Met70Arg, Asn245Ser and Ala366Val had not been previously
described. The theoretical models of TK’s structure built for seven samples showed that
amino acids substitutions were found away from the conserved and/or catalytic sites of TK, with the exception of Arg338Gln which was nearly from ATP-binding site. Mutations
associated with ACV resistance were not detected. However one of the mutations found,
Gly39Glu, was p reviously associated with this resistance phenoty pe. Another four mutations found in his work: His4Tyr, Met70Arg, Asn245Ser and Ala366Val had not been previously described elsewere. To our knowledge, this is the first study on UL23 polymorphisms on Brazilian HSV-2 samples, a research field considered as a priority by WHO HIV/STI program. / latência em células nervosas sendo responsável pela maioria dos casos de herpes genital. O UL23 é um gene polimórfico que codifica a timidinaquinase viral (TK) do Herpesvírus. A TK possui seis regiões conservadas, incluindo dois sítios ativos; esta enzima desempenha um papel importante no metabolismo do aciclovir (ACV). Consequentemente, algumas mutações no gene UL23 estão relacionadas a fenótipos de resistência ao ACV. Nesta dissertação, analisamos 67 amostras coletadas entre Abril de 2008 e Setembro de 2009 na clínica de DST/IST da Fundação “Alfredo da Matta”, em Manaus, Amazonas, Brasil, obtidas de
pacientes com úlceras genitais por HSV-2. Com o objetivo de se caracterizar polimorfismos, todos os espécimes foram processados para extração total de ácido nucleico e submetidos à amplificação da CDS do gene UL23 pela técnica de PCR, seguida de sequenciamento nucleotídico automatizado utilizando-se terminadores dideóxi. As análises de sequências mostraram que 45 delas foram 100% similares à cepa-referência “HG52”. As 22 sequências restantes (32,8%) mostraram pelo menos uma substituição de nucleotídeo; nenhuma inserção ou deleção foi encontrada. Substituições de aminoácidos foram detectadas em 19 dessas 22 sequências. A mutação Gly39Glu foi a mais frequente (16/19), seguida pela Asn78Asp (5/19); Gly39Glu e Asn78Asp foram encontradas simultaneamente em quatro amostras. Sequências
deduzidas de aminoácidos foram alinhadas com 66 sequências Africanas e Americanas disponíveis no GenBank. Um total de 23 sítios variáveis foram identificados e, mais uma vez, a mutação Gly39Glu foi a mais frequente (74/133). Substituições previamente associadas à resistência ao ACV não foram detectadas, entretanto, a Gly39Glu foi recentemente descrita como uma provável mutação de resistência. Outras quatro mutações observadas, His4Tyr, Met70Arg, Asn245Ser e Ala366Val, foram descritas pela primeira vez por este trabalho. Nos modelos teóricos da estrutura da TK, construídos para sete amostras, foi possível visualizar que as substituições de aminoácidos estavam situadas longe dos sítios ativos/conservados desta enzima, com exceção da mutação Arg338Gln que apresentou maior proximidade com o sítio de ligação de ATP. Não foram detectadas mutações sugestivas de resistência ao ACV. Ao nosso conhecimento, este é o primeiro estudo de polimorfismos do gene UL23 do HSV-2 em amostras brasileiras, um campo considerado prioridade pelo Programa de HIV/IST da OM S.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/4053 |
| Date | 20 August 2010 |
| Creators | Almeida, Tatiana Amaral Pires de |
| Contributors | Naveca, Felipe Gomes, Cunha, Maria da Graça Souza |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde, UFAM, Brasil, Faculdade de Medicina |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -8840929574560075891, 600 |
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