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Previous issue date: 2015-12-11 / Methodologies for molecular analysis population and forensic studies, have been
developed based on microsatellites or STRs. The application of the markers, enhance the PCR
amplification system, utilizing only one pair of primers (monoplex), or several pairs (multiplex).
For human identification by using DNA techniques, the first multiplex system were stabilished
with STRs on autossomal chromosomes followed by using of reduced-size STRs (Mini-STRs).
Then to the Y chromosome, have been developed the Y-STRs, mini–YSTRs and more recently
the rapidly mutating (RM)-YSTRs. However, there are no studies using STRs on Y chromosome
for the population of Manaus city, the objective of this study was developed a multiplex system
Mini-YSTR to evaluate the amplification efficiency of degraded forensic DNA samples. In
addtion, to determine haplotype frequency of the population in Manaus, a commercial Kit
PowerPlex ® Y23 System (Promega) was used. Therefore, was developed a multiplex system
denominated Mini YSTR09, combining nine mini-YSTR markers and (RM)-YSTR (Chapter I).
For validation, tests to evaluate sensbilty, tests of detection sample containing mixtures and
tests of degraded forensic DNA samples (98 samples of bones human) were conducted, by
SWGDAM procedures.The multiplex was able to amplified 09 (100%) in a DNA mixture system
and in 64,4% of degraded forensic DNA samples. For the population studies (chapter II), 214
blood samples were collected of male people, not correlated genetically. All de samples were
extracted by using commercial kits and the amplified PCR products (31 Y-STRs in three dferent
groups) and they are subjected to capillary electrophoresis in ABI 3500, automatic DNA
sequence and analyzing in Genemapper v.4.1 software. 204 DNA samples were typed with the
commercial kit (group I),189 with the Mini YSTR09 (group II) and 168 with the set (Mini YSTR09
more commercial Kit PowerPlex ® Y23 System),(group III). Results demonstrated the existing
unique haplotypes in group I, II e III of the 202, 181 e 168, respectively.The greatest genetic
diversity was found in locos DYS626, DYS570, DYS576, DYS447 (group I); DYS385, DYS570,
DYS458, DYS481 e DYS456 (group II) e DYS385, DYS461, DYS626, DYS458, DYS576,
DYS447 e DYS456 (group III).The locos DYS447, is was most polymorphic of group I and III.
Therefore, the use of multiplex Mini YSTR09 developed made possible the forensic DNA
samples amplification and for population analysis, provided a higher capacity of discrimination,
when it was used in addition with the commercial kit PowerPlex ® Y23 System, highlighting the
locos DYS447, DYS570, DYS576, DYS626. / Metodologias para análise molecular relacionadas com estudos populacional e forense,
têm sido desenvolvidas a partir de marcadores de microssatélites (STRs) e as aplicações
desses marcadores, potencialzam os sistemas de amplificação por PCR, seja utilizando
apenas um par de STRs (monoplex) ou vários STRs (multiplex). Para a identificação humana
por DNA, os primeiros sistemas multiplex foram estabelecidos com STRs de cromossomos
autossomômicos, seguidos do uso de STRs de tamanho reduzido, conhecidos como Mini-
STRs. Posteriormente, para o cromossomo Y, foram desenvolvidos os Y-STRs, os Mini-YSTRs
e mais recentemente o uso dos YSTR de mutação rápida (RM)-YSTR. E por não existirem
dados com STRs do cromossomo Y na população da Cidade de Manaus, o estudo com tais
marcadores torna-se relevante. Assim, os objetivos deste trabalho foram desenvolver um
sistema multiplex do tipo MiniY-STR para avaliar a eficiência na amplificação de amostras de
casos forenses (DNA degradado) e além disso, em conjunto com o Kit comercial
PowerPlex®Y23 System (Promega), determinar a frequência haplotípica da população da
cidade de Manaus. Para tanto, foi construído um sistema multiplex “in house” denominado Mini
YSTR09, contendo 9 locos de Mini-YSTR e (RM)-YSTR (Capítulo I).Para a validação,foram
realizados testes de sensibilidade, de detecção em amostras com misturas e testes em
amostras de DNA degradado (98 amostras de osso humano), conforme recomendação do
SWGDAM. O multiplex foi capaz de amplificar todos os 09 (100%) locos nos sistemas de
mistura de DNA e nos sistemas com amostras de DNA degradado (69,4%). Para o estudo
populacional (capítulo II), as 214 amostras de sangue coletadas de indivíduos do sexo
masculino não relacionados geneticamente, foram extraídas com kits comerciais e os produtos
amplificados por PCR (31 Y-STRs em três grupos), foram submetidos a eletroforese capilar no
sequenciador ABI 3500 e analisados no software Genemapper v. 4,1. 204 amostras foram
tipadas com o kit comercial (grupo I), 189 com o Mini YSTR09 (grupo II) e 168 com o conjunto
desses dois multiplexs, Kit comercial mais o Mini YSTR09 (grupo III). A presença de haplótipos
únicos nos grupos I, II e III foi de 202, 181 e 168, respectivamente. A maior diversidade gênica
foi dos DYS626, DYS570, DYS576 e DYS447, para o grupo I; dos DYS385, DYS570, DYS458,
DYS481 e DYS456 para o grupo II e DYS385, DYS461, DYS626, DYS458, DYS576, DYS447 e
DYS456 para o grupo III, sendo o DYS447, dentre os mais polimórficos quando das análises
no grupo I e III. Portanto, a aplicação do multiplex Mini YSTR09 aqui desenvolvido, possibiltou
a amplificação desse DNA em quantidades mínimas e degradado e além disso, para as análises populaconais proporcionou uma maior capacidade de discriminação quando foi
utilizado em conjunto com o kit comercial PowerPlex® Y23 System, destacando-se os locos
DYS447, DYS570, DYS576 e DYS626
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/5217 |
| Date | 11 December 2015 |
| Creators | Orlando, Larissa Barros Muniz |
| Contributors | Astolfi Filho, Spartaco, Pontes, Isabel da Mota, Silva, Dayse Aparecida da |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFAM, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/embargoedAccess |
| Relation | 32215883775770440, 600, 500, 1984485651082134923 |
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