Water is a fundamental part of life as we know it, and by that also a fundamental for biology, chemistry, and parts of physics. Understanding how water behaves and interacts is key in many fields of all these three branches of science. Numerical simulation using molecular dynamics can aid in building insight in the behavior and interactions of water. In this thesis molecular dynamics is used to simulate common rigid 3 point water models to see how well they replicate certain physical and chemical properties as functions of temperature. This is done with molecular dynamics program GROMACS which offers a complete set of tools to run simulations and analyze results. Everything has been automated to work with a python script and a file of input parameters. Most of the models follow the same trends and are valid within a limited temperature range. / Vatten är en av de fundamentala byggstenarna för liv, därmed är det även fundamentalt för biologi, kemi och delar av fysiken. Att förstå hur vatten beter sig och interagerar är en stor fråga inom dessa tre grenar av vetenskap. Med molekyldynamik går det att utföra numeriska simuleringar som kan användas som hjälpmedel för att bygga en djupare förståelse för riktigt vatten. I den här uppsatsen så har molekyldynamik använts till att simulera vanliga rigida 3 punkts parametiseringar av vatten för att se hur bra de kan replikera vissa egenskaper som funktioner av temperatur. Simuleringen är gjord med hjälp av molekyldynamik programet GROMACS som ger en fullständig uppsättning verktyg för att simulera och analysera molekylsystem. Alla simuleringar och analys är automatiserat med ett pythonprogram och en fil för parametrar. De allra flesta modeller följer liknande trender och är giltiga inom små temperaturintervall.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:uu-388336 |
| Date | January 2019 |
| Creators | André, Tomas |
| Publisher | Uppsala universitet, Molekyl- och kondenserade materiens fysik |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | FYSAST ; FYSKAND1113 |
Page generated in 0.0025 seconds