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Lilian CARLA CARNEIRO Tese.pdf: 936824 bytes, checksum: e49c7ff122a0392ea9e5120fd05064ed (MD5)
Previous issue date: 2010-05-31 / A small cryptic plasmid isolated from Salmonella enterica Enteritidis called pVCM04 was
sequenced and characterizated. pVCM04 is a 3583 pb circle molecule that showed no
homology with other plasmids deposited in the GenBank. 12 ORF with more than 50
aminoacids were predicted using the ORF finder program. ORF1 and ORF2 showed
homology with replication proteins of different plasmids. ORF 3-5 showed homology with
mobilization proteins present in several plasmids; the others seven ORF showed no
homology with genes deposited in GenBank. The pVCM04 possess a region with more
than 500 pb that is not associated with none of the predicted proteins. This region is
organizated in a G+C rich, A+T rich and two repeat direct sequences. The second repeat
direct sequence contains a region of DnaA box connection (TTTACAC). This region is
probably associated to the replication origin theta type. The phylogenetic relationship
among replicase and mobilization deduced protein showed highest similarity of replicase
proteins than mobilization proteins. Conjugation experiments showed that the
pVCM04/pUC18 fusion not have a good ability to transfer, the plasmid stability test
showed that the cells lost 60% of pVCM04/pUC18 on the first day of cultivation. The
characterization suggests that the pVCM04 probably would be a cryptic plasmid from
fusion of different ancestral plasmid. / Um pequeno plasmídeo críptico isolado de Salmonella enterica Enteretidis denominado
pVCM04 foi sequênciado e caracterizado. O pVCM04 é uma molécula circular com 3583
pb a qual não apresenta homologia com outros plasmídeos depositados no GenBank . 12
ORF ( Open Read Frame ) com mais de 50 aminoácidos foram preditas usando o
programa ORFinder. A ORF1 e a ORF2 apresentaram homologia com proteínas de
replicação de diferentes plasmídeos. As ORF 3, 4 e 5 apresentaram homologia com
proteínas de mobilização presente em vários plasmídeos; as outras sete ORF não
apresentaram homologia com genes depositados no GenBank . O pVCM04 possui uma
região, com mais de 500 pb, que não está associada a nenhuma das proteínas preditas. Esta
região está organizada em uma sequência rica em G+C, A+T e duas sequências repetidas
diretas. A segunda sequência repetida direta contém uma sequência de ligação para a
proteína DnaA (TTTACAC). Esta região está provavelmente associada com a origem de
replicação do tipo theta. As relações filogenéticas para as proteínas deduzidas replicase e de
mobilização mostraram maior similaridade para proteínas replicase do que para proteínas
de mobilização. Experimentos de conjugação evidenciaram que a fusão pVCM04⁄pUC18
não possui uma boa capacidade de transferência; o teste de estabilidade plasmidial
demonstrou que as células perdem 60% do pVCM04⁄pUC18 no primeiro dia de cultivo. A
caracterização do pVCM04 sugere que este plasmídeo provavelmente seja um plasmídeo
críptico oriundo de diferentes ancestrais.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.bc.ufg.br:tde/1010 |
| Date | 31 May 2010 |
| Creators | CARNEIRO, Lílian Carla |
| Contributors | BATAUS, Luiz Artur Mendes |
| Publisher | Universidade Federal de Goiás, Doutorado em Biologia, UFG, BR, Ciencias Biologicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFG, instname:Universidade Federal de Goiás, instacron:UFG |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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