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Previous issue date: 2013-09-06 / Humans live in constant association with microorganims. The amount of microorganims
present in the human body exceeds our own cell number. That community of microorganisms
has deep influence in health and disease. The use of high-throughput DNA sequencing
technologies and culture independent approaches have been enlarging the understanding
concerning the communities of microorganisms and the association of these with the host.
The human gastrointestinal tract contains one of the most complex bacterial communities. It
was proposed recently that the microbiome can be classified in three enterotypes. In our
study, we used data metagenomics quantitative search to identify phylogenetic patterns in the
intestinal microbiome to develop prediction models for the enterotypes. To reach this aim,
statistical tests were applied to the data regarding abundance of bacteria in level taxonomic
corresponding to genus. We identified genus significantly with the abundance different and
important correlations. Besides the ratio among genus to be used as parameter bioindicator of
the respectives enterotypes. Through the logistic regression test we identified that the
prediction model for ET1 was influenced significantly by the ratio of Bacteroides /
(Prevotella + Ruminococcus). In the model for prediction of ET2, it was the ratio of
Prevotella / Bacteroides with such as characteristic significance. And for the model of ET3,
we identified the ratio of (Akkermansia + Alistipes) / (Bacteroides + Prevotella) as significant
parameter. These models were assessed against two groups of independent data and
associated with the value of cut-off 5%; 20% and 95% respectively. Besides the value of cutoff
for each models, the crossed validation allowed the association of the model with the
measures of PPV for ET1, specificity for ET2 and PNV for ET3. We propose the
experimental validation of these models for the qPCR technique. And with that methodology
established, it would be possible to do the diagnosis of the enterotype individually. / Humanos vivem em constante associação com microrganismos. A quantidade de
microrganismos presentes no corpo humano ultrapassa o nosso próprio número de células.
Essa comunidade de microrganismos tem profunda influência na saúde e doenças. As
tecnologias de sequenciamento de DNA de alta capacidade e abordagens moleculares
independente de cultura têm ampliado a compreensão acerca das comunidades de
microrganismos e a associação destes com o hospedeiro. O trato gastrointestinal humano
abriga uma das mais complexas comunidades bacterianas. Foi proposto recentemente que o
microbioma pode ser categorizado em três enterotipos. No nosso estudo, utilizamos dados
metagenômicos quantitativos buncando identificar padrões filogenéticos no microbioma
intestinal para desenvolver modelos de predição para os enterotipos. Para alcançar este
objetivo, testes estatísticos foram aplicados aos dados referente a abundância de bactérias em
nível taxonômico correspondente a gênero. Identificamos gêneros com a abundância
significativamente diferente e correlações importantes. Além da razão entre gêneros para ser
utilizada como parâmetro bioindicativo dos respectivos enterotipos. Através do teste de
regressão logística identificamos que o modelo de predição para o ET1 foi influenciado
significativamente pela razão de Bacteroides / (Prevotella + Ruminococcus). No modelo para
predição do ET2, foi a razão de Prevotella / Bacteroides que apresentou significância. E para
o modelo do ET3, identificamos a razão de (Akkermansia + Alistipes) / (Bacteroides +
Prevotella) como parâmetro significativo. Estes modelos foram avaliados contra dois
conjuntos de dados independentes e associados com o valor de cut-off 5%; 20% e; 95%
respectivamente. Além do valor de cut-off para cada modelos, a validação cruzada permitiu a
associação do modelo com as medidas de PPV para o ET1, especificidade para o ET2 e PNV
para o ET3. Propomos a validação experimental destes modelos pela técnica de qPCR. E com
essa metodologia estabelecida, seria possível fazer o diagnóstico do enterotipo
individualmente.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:bdtd.ucb.br:tede/2473 |
| Date | 06 September 2013 |
| Creators | Veras, Henrique César Teixeira |
| Contributors | Fernandes, Gabriel da Rocha, Barreto, Cristine Chaves |
| Publisher | Universidade Católica de Brasília, Programa Stricto Sensu em Ciências Genômicas e Biotecnologia, UCB, Brasil, Escola de Saúde e Medicina |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UCB, instname:Universidade Católica de Brasília, instacron:UCB |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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