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Previous issue date: 2010-08-31 / PEDS can be used in research activities and in the teaching of molecular modeling, being enough flexible to be integrated to other software of molecular docking. The preparation and Execution of Docking Simulation (PEDS), is auxiliary tool in preparation of a set of molecules obtained from the ZINC database, automatically positioning the ligand candidate in a region determined by the specialist using the residues of the ligand candidate to calculate the coordinates to move it to. Based on this information, PEDS can prepare scripts e execute the molecular docking to run with AutoDock 3.0.5. PEDS was validated using InhA as receptor in two conformations, (1ENY e 1BVR), always with same structure as reference and two ligands, TCL and ETH. It was possible to verify that molecular docking moved the ligand near to active site of receptor, using the position calculated by PEDS. PEDS can be enhanced to use another input and output file formats, having its code available for free distribution. / O PEDS pode ser utilizado nas atividades de pesquisa bem como no ensino de modelagem molecular sendo suficientemente flex?vel para ser integrado a outros programas de docagem molecular. O Preparation and Execution of Docking Simulation (PEDS), ? auxiliar na prepara??o de um conjunto de mol?culas obtidas do banco de dados ZINC, posicionando automaticamente os candidatos a ligantes em ?reas determinadas pelo especialista, usando um conjunto de res?duos informados para calculo de coordenadas, e com base nestas informa??es, prepara os scripts de processamento e executa a docagem molecular utilizando o AutoDock 3.0.5. O PEDS foi validado utilizando-se o receptor InhA em duas conforma??es (1ENY e 1BVR), sempre com uma estrutura de refer?ncia e dois ligantes, o TCL e a ETH. Foi poss?vel verificar que a docagem molecular colocou o ligante pr?ximo ao s?tio ativo, partindo da posi??o calculada pelo PEDS. O PEDS pode ser aprimorado para utiliza??o de outros formatos de arquivos de entrada e sa?da, sendo seu c?digo fonte dispon?vel para distribui??o.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede2.pucrs.br:tede/5194 |
| Date | 31 August 2010 |
| Creators | Silva, Andr? Lu?s da |
| Contributors | Souza, Osmar Norberto de |
| Publisher | Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul, Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia da Computa??o, PUCRS, BR, Faculdade de Inform?ca |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS, instname:Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, instacron:PUC_RS |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 1974996533081274470, 500, 600, 1946639708616176246 |
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