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Previous issue date: 2016-12-16 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Cyclin-dependent kinases (CDKs) comprise an interesting biological system for development of docking protocols and scoring functions, due to the abundance of complexed structures for which binding affinity data is available. Here, we report application of an integrated computational approach to carry out docking against a data set composed of 176 structures of CDK in complex with inhibitors. To our knowledge, this is the largest data set of CDK crystallographic structures submitted to molecular docking simulation. Our results indicate that the proposed strategy for docking against CDKs generates poses with docking root-mean square deviation below 2.0 ? for most of the structures in the data set. In addition, we describe the development of scoring functions tailored to CDKs. Statistical analysis of pre-docking and re-docking results, using the proposed scoring functions for CDKs, indicates that these functions are able to predict affinity with better performance when compared with previously reported benchmarks for CDKs. / Quinases dependentes de ciclina (CDKs) s?o sistemas biol?gicos de interesse para o desenvolvimento de protocolos de docking e fun??es escore, devido ? abund?ncia de estruturas cristalogr?ficas complexadas para as quais h? disponibilidade de dados de afinidade de liga??o. Neste trabalho relatamos a aplica??o de uma abordagem computacional integrada para realizar o docking molecular em um conjunto de dados composto por 176 estruturas cristalogr?ficas de CDK em complexo com inibidores. De nosso conhecimento, este ? o maior conjunto de dados de estruturas cristalogr?ficas de CDKs utilizado para simula??o de docking molecular. Nossos resultados indicam que a estrat?gia proposta para docking de CDKs gera poses com desvio m?dio quadr?tico abaixo de 2,0 ? para a maioria das estruturas do conjunto de dados. Al?m disso, descrevemos o desenvolvimento das fun??es escore adaptados ?s CDKs. A an?lise estat?stica dos resultados de pr?-docking e re-docking, empregando as fun??es escore propostas para CDKs, indica que estas fun??es s?o capazes de prever afinidade com o melhor desempenho quando comparado com as fun??es previamente relatadas para CDKs.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede2.pucrs.br:tede/7146 |
| Date | 16 December 2016 |
| Creators | Levin, Nayara Maria Bernhardt |
| Contributors | Azevedo Junior, Walter Filgueira de |
| Publisher | Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul, Programa de P?s-Gradua??o em Biologia Celular e Molecular, PUCRS, Brasil, Faculdade de Bioci?ncias |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS, instname:Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, instacron:PUC_RS |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 8198246930096637360, 600, 600, 600, 600, 36528317262667714, -1634559385931244697, 2075167498588264571 |
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