Omkring 20 miljoner nya cancerfall inträffar över hela världen varje år, och under 2020 uppskattades det att 10 miljoner dödsfall var förknippade med cancer. En av de vanligaste behandlingarna för cancer är cytostatika (cellgifter) som angriper alla snabbväxande celler. Detta kan i sin tur leda till allvarliga biverkningar, exempelvis hematologiska toxicitetsreaktioner som kan vara livshotande och till och med dödliga, men hur allvarligt en patient kommer att reagera på behandlingen är mycket individuellt. För närvarande finns det ingen definitiv förklaring på vad som är den bakom- liggande orsaken till dessa allvarliga toxicitetsreaktioner. Det kan vara en genetisk komponent och det antas att genetiska variationer finns i genomets regulatoriska sekvenser som kan vara bidragande faktorer. För detta examensarbete har det identifierats varianter som finns inom eller nära någon enhancer där motsvarande enhancer kan vara kopplad till gener relevanta för de allvarliga toxicitetsreaktioner som vissa patienter upplever. Syftet är att validera att dessa enhancers faktiskt reglerar genuttrycket av dessa gener genom CRISPR-interferens (CRISPRi). Genom att rikta in sig på de identifierade enhancer-varianterna med CRISPRi-systemet, med hjälp av flera olika sgRNA, skulle en mätbar förändring i genuttryck kunna uppnås. Den slutliga valideringen av dessa enhancers, om de faktiskt modulerar genuttrycket, har inte utförts på grund av tidsbrist. Dock har alla nöd- vändiga komponenter förberetts såsom att integrera de erforderliga sekvenserna för CRISPRi till genomet av cancercellinjen K562 och sorterat ut de celler med framgångsrik integrering, därigenom skapat en stabil cellinje. / Around 20 million new cancer cases occur worldwide every year, and in 2020 alone it was estimated that 10 million deaths were associated with cancer. One of the most common treatments for cancer is the use of chemotherapy drugs which are nonspecific and target all fast dividing cells. This in turn can lead to serious haematological toxicity reactions among other adverse side effects that could be life threatening and even fatal, but how severely a patient will react to the treatment is very individual. As of now there is no definite answer to what the underlying cause for these severe toxicity reactions is. There could be a genetic component and it is hypothesised that there are variants residing in the regulatory sequences of the genome that could be contributing factors. For this degree project, variants that are located within or near an enhancer have been identified where the corresponding enhancer might be linked to genes relevant for why some patients might experience severe toxicity re- actions. The aim is to validate that these enhancers do in fact regulate the gene expression of these genes through the use of CRISPR-interference (CRISPRi). By targeting around the identified enhancer variants with the CRISPRi system, using several different sgRNA, there could be a measur- able change in gene expression. The final validation of the enhancers, if these do in fact modulate the gene expression, was not performed due to lack of time. However, all necessary components were prepared such as integrating the required sequences for CRISPRi into the genome of the cancer cell line K562 and sort for successful integration, thereby creating a stable cell line.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-321598 |
| Date | January 2022 |
| Creators | Norberg, Zandra |
| Publisher | KTH, Proteinvetenskap |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | TRITA-CBH-GRU ; 2022:316 |
Page generated in 0.0021 seconds