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Previous issue date: 2010-09-24 / Financiadora de Estudos e Projetos / There is a large volume of unstructured information (i.e., in text format) being published in electronic media, in digital libraries particularly. Thus, the human being becomes restricted to an amount of text that is able to process and to assimilate over time. In this dissertation is proposed a methodology for textual preprocessing to extract information about disease effects in the biomedical domain papers, in order to identify relevant information from a text, to structure and to store this information in a database to provide a future discovery of interesting relationships between the extracted information. The methodology consists of four steps: Data Entrance (Step 1), Sentence Classification (Step 2), Identification of Relevant Terms (Step 3) and Terms Management (Step 4). This methodology uses three information extraction approaches from the literature: machine learning approach, dictionary-based approach and rule-based approach. The first one is developed in Step 2, in which a supervised machine learning algorithm is responsible for classify the sentences. The second and third ones are developed in Step 3, in which a dictionary of terms validated by an expert and rules developed through regular expressions were used to identify relevant terms in sentences. The methodology validation was carried out through its instantiation to an area of the biomedical domain, more specifically using papers on Sickle Cell Anemia. Accordingly, two case studies were conducted in both Step 2 and in Step 3. The obtained accuracy in the sentence classification was above of 60% and F-measure for the negative effect class was above of 70%. These values correspond to the results achieved with the Support Vector Machine algorithm along with the use of the Noise Removal filter. The obtained F-measure with the identification of relevant terms was above of 85% for the fictitious extraction (i.e., manual classification performed by the expert) and above of 80% for the actual extraction (i.e., automatic classification performed by the classifier). The F-measure of the classifier above of 70% and F-measure of the actual extraction above 80% show the relevance of the sentence classification in the proposed methodology. Importantly to say that many false positives would be identified in full text papers without the sentence classification step. / Existe um grande volume de informação não estruturada (i.e., em formato textual) sendo publicada cada vez mais em meios eletrônicos, particularmente em bibliotecas digitais. Assim, com o passar do tempo, o ser humano fica cada vez mais restringido a uma limitada quantidade de texto que é capaz de processar e assimilar. No sentido de identificar as informações relevantes de um texto e com o objetivo de estruturar e armazenar essas informações em um banco de dados, a fim de propiciar uma futura descoberta de relacionamentos interessantes entre as informações extraídas, nesta dissertação é proposta uma metodologia de pré-processamento textual para extração de informação sobre efeitos de doenças em artigos científicos do domínio biomédico. A metodologia é composta por quatro etapas: Entrada de Dados (Etapa 1), Classificação de Sentenças (Etapa 2), Identificação de Termos Relevantes (Etapa 3) e Gerenciamento de Termos (Etapa 4). Esta metodologia utiliza três abordagens de extração de informação encontradas na literatura: abordagem baseada em aprendizado de máquina, abordagem baseada em dicionário e abordagem baseada em regras. A primeira abordagem é desenvolvida na Etapa 2, na qual um algoritmo de aprendizado de máquina supervisionado é responsável em classificar as sentenças. A segunda e a terceira abordagens são desenvolvidas na Etapa 3, na qual um dicionário de termos validados pelo especialista e regras desenvolvidas por meio de expressões regulares foram utilizados para identificar termos relevantes nas sentenças. A validação da metodologia foi realizada por meio de sua instanciação para uma área do domínio biomédico, mais especificamente usando artigos sobre a doença Anemia Falciforme. Nesse sentido, dois estudos de caso foram realizados tanto na Etapa 2 quanto na Etapa 3. O valor da acurácia obtida na classificação de sentenças foi acima de 60% e o valor da medida-F para a classe efeito negativo foi acima de 70%. Estes valores correspondem aos resultados alcançados com o algoritmo de aprendizado de máquina Support Vector Machine juntamente com a aplicação do filtro Remoção de Ruído. A medida-F obtida com a identificação de termos relevantes foi acima de 85% para a extração fictícia (i.e., classificação manual realizada pelo especialista) e acima de 80% para a extração real (i.e., classificação automática realizada pelo classificador). O valor de medida-F acima de 70% do classificador e o valor de medida-F acima de 80% da extração real mostra a relevância da classificação de sentenças na metodologia proposta. É importante ressaltar que sem a classificação de sentença, muitos falsos positivos seriam identificados nos artigos completos.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/448 |
| Date | 24 September 2010 |
| Creators | Matos, Pablo Freire |
| Contributors | Ciferri, Ricardo Rodrigues |
| Publisher | Universidade Federal de São Carlos, Programa de Pós-graduação em Ciência da Computação, UFSCar, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFSCAR, instname:Universidade Federal de São Carlos, instacron:UFSCAR |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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