The antibody Immunoglobulin G (IgG) main function is to protect and prevent the body from infections, and it is normally found in human serum. This study is about IgG glycosylation, which is associated with different types of diseases such as neurological diseases, cancers and immunodeficiency etc. This study attempts to optimize IgG glycopeptide enrichment in a 100 μL micropipette tip set up, and to separate the enriched glycopeptides using capillary electrophoresis (CE). Matrix-assisted laser desorption/ionization – mass spectrometry (MALDI-MS) was used for data acquisition and glycopeptide profiling. In this study, loading solutions with different combinations of acetonitrile (ACN) and trifluoroacetic acid (TFA), together with various precondition and sample preparation procedures were evaluated on IgG digest samples. Best enrichment performance, particularly regarding the selectivity, was achieved using the parameters as follows: loading solution of 83% ACN/16% H2O/1% TFA, sample solution in H2O containing 83% ACN, using a 100 μL micropipette tip packed with 1 mg cotton wool. A re-enrichment step was carried out on enriched glycopeptide samples, and improved selectivity of glycopeptides could be observed. Enriched glycopeptides could be separated into three major groups by CE using an acidic background electrolyte of 50 mM formic acid and 50 mM acetic acid, pH 2.5. / Huvudfunktionen för antikroppen Immunoglobulin G (IgG) är att skydda kroppen och förhindra infektioner och det finns normalt i mänskligt serum. Denna studie handlar om glykosylering, som är kopplad till olika typer av sjukdomar såsom neurologiska sjukdomar, cancer och immunbrist etc, och är en potentiell biomarkör för sjukdomar. Denna studie försöker optimera en IgG glycopeptidanrikningsmetod i en 100 μL mikropipettspets och separera de anrikade och intakta glycopeptiderna med hjälp av kapillärelektrofores (CE). Matrisassisterad laserdesorption/jonisering – masspektrometri (MALDI-MS) användes för datainsamling och glykopeptidprofilering I denna studie utvärderades lösningar med olika kombinationer av acetonitril (ACN) och trifluororättiksyra (TFA) tillsammans med olika föberedelseförfaranden och provberedningsprocedurer på IgG prover. Anrikningsprestanda, särskilt selektiviteten, uppnåddes bäst med användning av följande parametrar: lösningen av 83% ACN / 16% H2O / 1% TFA, provlösning i H2O innehållande 83% ACN, med användning av en 100 mikroliter mikropipettspets fylld med 1 mg bomull. Återreningssteget genomfördes på anrikade glykopeptidprover och förbättrad selektivitet för glykopeptider kunde observeras. Anrikade glykopeptider kunde separeras i tre huvudgrupper med CE med användning av sur bakgrundselektrolyt med 50 mM myrsyra och 50 mM ättiksyra, pH 2,5.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-290235 |
| Date | January 2020 |
| Creators | Singh, Jessica |
| Publisher | KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH) |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | TRITA-CBH-GRU ; 2020:314 |
Page generated in 0.0228 seconds