O emprego de \"Total Genome Scan\" em modelos genéticos de doenças complexas tem sido fundamental para seleção de regiões cromossômicas envolvidas com traços complexos. Em nosso laboratório, identificamos cinco regiões cromossômicas associadas ao traço quantitativo pressão arterial (BP-QTL) que explicam 43% da variação da pressão arterial numa progênie obtida a partir de animais espontaneamente hipertensos (SHR) e \"Brown Norway\" (BN). Os BP-QTLs foram, então, validados por desenvolvimento de linhagens congênicas, incluindo uma para o cromossomo 4 (SHR.BN4) cuja substituição das sequências SHR pelo do animal BN levou a redução da pressão arterial sistólica basal (~14 mm Hg). O objetivo deste trabalho foi identificar as variantes genéticas candidatas neste intervalo cromossômico com base em diferenças no padrão de expressão gênica e na presença de alterações genéticas não sinônimas \"missense\" ou em regiões regulatórias conservadas que possam estar envolvidas na gênese da hipertensão. Identificamos 533 genes com expressão renal, dentre os 682 do intervalo, sendo que 28 apresentaram padrão de expressão diferente entre amostras de animais adultos (congênico vs. SHR) e seis apresentaram alterações não sinônimas \"missense\". É importante salientar que dos genes diferentemente expressos, encontramos alterações estruturais em regiões conservadas com potencial de participar na regulação em 11. Em conjunto, utilizamos uma plataforma integrada para selecionar 34 genes candidatos no cromossomo 4, dos quais 17 genes serão priorizados, para ser investigados quanto sua contribuição na hipertensão arterial do SHR e na hipertensão primária humana / Total genome scan in genetic models of complex diseases have been instrumental to select candidate genes underlying complex traits. We previously mapped 5 blood pressure related quantitative trait loci (BP-QTLs) that explain about 43% of the BP variance in a progeny derived from Spontaneous Hypertensive Rat (SHR) and Brown Norway (BN) rats. The BP-QTLs were then validated by derivation of congenic strains, including one for chromosome 4 (SHR.BN4) in which a segment from BN replaced the SHR sequences reducing basal systolic BP (~14 mm Hg). The aim of this project is to identify the candidate genetic variants within the chromosome interval based on differences in renal gene expression patterns and structural changes in both non-synonymous missense or within adjacent regulatory sequences that may contribute to hypertension. We identified 533 genes with renal expression, out of 682 in the interval, in which 28 presented differences in expression pattern in adult samples (congenic vs. SHR) and six presented non-synonymous missense alterations. In addition, 11 out of 28 differentially expressed genes showed structural alterations in adjacent conserved regions that potentially contribute to gene regulation. Taken together, using the proposed combination of strategies, we selected 34 hypertensive candidate genes in chromosome 4, in which 17 will be prioritized, to be further explored to assess their contribution to hypertension in the SHR and to essential hypertension in humans
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:teses.usp.br:tde-10052016-122534 |
| Date | 10 December 2013 |
| Creators | Samantha Kuwada Teixeira |
| Contributors | Jose Eduardo Krieger |
| Publisher | Universidade de São Paulo, Ciências Médicas, USP, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP, instname:Universidade de São Paulo, instacron:USP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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