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Identificação e análise estrutural e funcional de genes candidatos do cromossomo 4 de ratos SHR que possam influenciar a hipertensão essencial / Identification and structural and functional analysis of candidate genes on chromosome 4 in SHR that may influence essential hypertension

Teixeira, Samantha Kuwada 10 December 2013 (has links)
O emprego de \"Total Genome Scan\" em modelos genéticos de doenças complexas tem sido fundamental para seleção de regiões cromossômicas envolvidas com traços complexos. Em nosso laboratório, identificamos cinco regiões cromossômicas associadas ao traço quantitativo pressão arterial (BP-QTL) que explicam 43% da variação da pressão arterial numa progênie obtida a partir de animais espontaneamente hipertensos (SHR) e \"Brown Norway\" (BN). Os BP-QTLs foram, então, validados por desenvolvimento de linhagens congênicas, incluindo uma para o cromossomo 4 (SHR.BN4) cuja substituição das sequências SHR pelo do animal BN levou a redução da pressão arterial sistólica basal (~14 mm Hg). O objetivo deste trabalho foi identificar as variantes genéticas candidatas neste intervalo cromossômico com base em diferenças no padrão de expressão gênica e na presença de alterações genéticas não sinônimas \"missense\" ou em regiões regulatórias conservadas que possam estar envolvidas na gênese da hipertensão. Identificamos 533 genes com expressão renal, dentre os 682 do intervalo, sendo que 28 apresentaram padrão de expressão diferente entre amostras de animais adultos (congênico vs. SHR) e seis apresentaram alterações não sinônimas \"missense\". É importante salientar que dos genes diferentemente expressos, encontramos alterações estruturais em regiões conservadas com potencial de participar na regulação em 11. Em conjunto, utilizamos uma plataforma integrada para selecionar 34 genes candidatos no cromossomo 4, dos quais 17 genes serão priorizados, para ser investigados quanto sua contribuição na hipertensão arterial do SHR e na hipertensão primária humana / Total genome scan in genetic models of complex diseases have been instrumental to select candidate genes underlying complex traits. We previously mapped 5 blood pressure related quantitative trait loci (BP-QTLs) that explain about 43% of the BP variance in a progeny derived from Spontaneous Hypertensive Rat (SHR) and Brown Norway (BN) rats. The BP-QTLs were then validated by derivation of congenic strains, including one for chromosome 4 (SHR.BN4) in which a segment from BN replaced the SHR sequences reducing basal systolic BP (~14 mm Hg). The aim of this project is to identify the candidate genetic variants within the chromosome interval based on differences in renal gene expression patterns and structural changes in both non-synonymous missense or within adjacent regulatory sequences that may contribute to hypertension. We identified 533 genes with renal expression, out of 682 in the interval, in which 28 presented differences in expression pattern in adult samples (congenic vs. SHR) and six presented non-synonymous missense alterations. In addition, 11 out of 28 differentially expressed genes showed structural alterations in adjacent conserved regions that potentially contribute to gene regulation. Taken together, using the proposed combination of strategies, we selected 34 hypertensive candidate genes in chromosome 4, in which 17 will be prioritized, to be further explored to assess their contribution to hypertension in the SHR and to essential hypertension in humans
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Marcadores de risco cardiovascular em indivíduos com infarto do miocárdio precoce e em seus familiares de primeiro grau / Cardiovascular risk factors in patients with premature myocardial infarction and in their first-degree relatives[

Gurgel, Maria Helane Costa 01 October 2015 (has links)
INTRODUÇÃO: O Infarto agudo do miocárdio (IAM) é infrequente em indivíduos jovens (<45 anos) e está associado à história familiar precoce de doença cardiovascular.OBJETIVO: O presente estudo descreveu o perfil sócio-demográfico e os fatores de risco cardiovascular de indivíduos com diagnóstico de IAM < 45 anos de idade e seus familiares de primeiro grau. Avaliou-se também a relação de parâmetros clínico-laboratoriais de acordo com a extensão angiográfica da doença arterial coronária (DAC) dos casos índices (doença uniarterial vs. multiarterial) e dos seus respectivos familiares.MÉTODOS: Estudo transversal realizado de novembro de 2010 a janeiro de 2015 em hospital terciário em Fortaleza, Ceará. Foram incluídos 103 casos índices e 166 familiares de primeiro grau que não apresentavam suspeita de hipercolesterolemia familiar. Estes foram comparados com 111 indivíduos assintomáticos e sem história familiar de DAC pareados para sexo e idade. Foram avaliados os parâmetros clínicos e laboratoriais dos 3 grupos. Os dados foram estudados por análises uni e multivariadas. RESULTADOS:O grupo casos apresentou maior prevalência de tabagismo (57,3 vs. 28,6%, p < 0,001), diabete melito tipo 2 - DM2 (43,4 vs. 19,5%, p < 0,001) e hipertensão arterial sistêmica - HAS (42,7 vs. 19%, p < 0,001) quando comparado aos familiares pareados para sexo e idade. Da mesma forma, os casos, quando comparados ao grupo controle, apresentaram, além destes fatores, concentrações mais elevadas de triglicerídeos (192 ± 75 vs. 140±74mg/dL, p < 0,001), menores concentrações de HDL-c (36 ± 12 vs. 48 ± 14mg/dL, p < 0,001) e uma maior prevalência de síndrome metabólica -SM (82,2 vs. 36%, p<0,001). Observou-se que 50,5% dos casos tinham acometimento multiarterial. Após análise multivariada, a HAS (p=0,030) e o DM2 (p=0,028) associaram-se de forma independente à DAC multiarterial. Quando comparados ao grupo controle, os familiares apresentaram maior prevalência de tabagismo (29,5 vs. 6,3%, p < 0,001), DM2 (19,9 vs. 1,8%, p < 0,001), pré-diabetes (40,4 vs. 27%, p < 0,024) e SM (64,7 vs. 36% p < 0,001). Foram observadas aindaconcentrações mais baixas de HDL-c (39±10 vs. 48 ± 14mg/dL, p < 0,001), valores mais elevados de triglicerídeos (179 ± 71 vs. 140 ± 74mg/dL, p = 0,002), LDL-c (122±37 vs. 113±36mg/dL, p = 0,031) e colesterol não-HDL (157 ± 43 vs. 141 ± 41mg/dL, p = 0,004) nos familiares. Não houve diferenças entre familiares e controles quanto ao IMC (p=0,051). Os familiares também apresentaram maior prevalência do risco calculado como alto/intermediário de acordo com o escore de Framingham (82,7 vs. 2,6%, p < 0,001) em relação aos controles. Os valores de TSH foram maiores, mesmo dentro do valor de referência do método, no grupo de casos (2,6 ± 1,6 vs. 1,9 ± 1,0 mUI/L, p < 0,001) e familiare (2,4±1,6 vs. 1,9 ± 1,0 mUI/L, p=0,002) em relação aos controles. CONCLUSÃO: Evidenciou-seelevada prevalência de fatores de risco cardiovascular, principalmente a SM, dislipidemia aterogênica, DM2, HAS e tabagismo em casos e familiares de primeiro grau de indivíduos com IAM < 45 anos. A HAS e o DM2 associaram-se à maior extensão angiográfica da DAC / BACKGROUND: The acute myocardial infarction (AMI) is uncommon in young individuals ( < 45 years), and is associated with premature family history of cardiovascular disease. OBJECTIVE: This study described the socio-demographic and cardiovascular risk factors of both subjects with AMI < 45 years of age and their first-degree relatives. The association of clinical and laboratory parameters with the angiographic extension of coronary artery disease (CAD) of index cases (single-vessel vs. multivessel disease) and in their respective relatives was also evaluated. METHODS: Cross-sectional study conducted from November 2010 to January 2015 in a tertiary hospital in Fortaleza, Ceara. One hundred and three index cases and 166 first-degree relatives without suspicion of familial hypercholesterolemia were included. These were compared with 111 asymptomatic individuals without family history of CAD matched for sex and age. Clinical and laboratory parameters of the 3 groups were evaluated. Associations were tested by univariate and multivariate analysis. RESULTS: AMI cases presented a higher prevalence of smoking (57.3% vs. 28.6%, p < 0.001), type 2 diabetes mellitus -DM2 (43.4 vs. 19.5%, p < 0.001), and hypertension (42.7 vs. 19%, p < 0.001) when compared to relatives matched for sex and age. Likewise cases, when compared to controls showed in addition higher triglycerides (192 ± 75mg/dL vs. 140 ± 74mg/dL, p < 0.001), lower HDL-C (36 ± 12mg/dL vs. 48±14mg/dL, p < 0.001), and a greater prevalence of the metabolic syndrome-MS (82.2% vs. 36%, p < 0.001). Multivessel disease was found in 50.5% of cases. After multivariate analysis, hypertension (p=0.030), and DM2 (p=0.028) were independently associated with multivessel disease. First-degree relatives showed a greater prevalence of smoking (29.5% vs. 6.3%, p < 0.001), DM2 (19.9% vs. 1.8%, p < 0.001), pre-diabetes (40.4 % vs. 27%, p < 0.024) and MS (64.7% vs. 36%, p < 0.001), when compared to controls. Lower HDL-c (39±10mg/dL vs. 48 ± 14mg/dL, p < 0.001), higher triglycerides (179±71mg/dL vs. 140±74mg/dL, p=0.002), higher LDL-C (122 ± 37mg/dL vs. 113 ± 36mg/dL, p=0.031) and non-HDL cholesterol (157 ± 43 vs. 141±41mg/dL, p=0.004) were found in relatives than controls. There was no difference in BMI (p=0.051) between the groups. Relatives also showed a higher prevalence of high/intermediate calculated coronary heart disease risk according to the Framingham risk score (82.7% vs. 2.6%, p < 0.001). TSH levels even within the reference value method were higher in AMI patients (2.6 ± 1.6mUI/mL, p < 0.001) and relatives (2.4 ± 1.6mUI/mL, p=0.002) in comparison with controls 1.9±1.0mUI/mL). CONCLUSION: A high prevalence of risk factors mainly MS, atherogenic dyslipidemia, type 2 DM, hypertension and smoking were encountered in cases and first-degree relatives of individuals with AMI < 45 years. Hypertension and DM2 were associated with greater angiographic extent of coronary artery disease
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Identificação e análise estrutural e funcional de genes candidatos do cromossomo 4 de ratos SHR que possam influenciar a hipertensão essencial / Identification and structural and functional analysis of candidate genes on chromosome 4 in SHR that may influence essential hypertension

Samantha Kuwada Teixeira 10 December 2013 (has links)
O emprego de \"Total Genome Scan\" em modelos genéticos de doenças complexas tem sido fundamental para seleção de regiões cromossômicas envolvidas com traços complexos. Em nosso laboratório, identificamos cinco regiões cromossômicas associadas ao traço quantitativo pressão arterial (BP-QTL) que explicam 43% da variação da pressão arterial numa progênie obtida a partir de animais espontaneamente hipertensos (SHR) e \"Brown Norway\" (BN). Os BP-QTLs foram, então, validados por desenvolvimento de linhagens congênicas, incluindo uma para o cromossomo 4 (SHR.BN4) cuja substituição das sequências SHR pelo do animal BN levou a redução da pressão arterial sistólica basal (~14 mm Hg). O objetivo deste trabalho foi identificar as variantes genéticas candidatas neste intervalo cromossômico com base em diferenças no padrão de expressão gênica e na presença de alterações genéticas não sinônimas \"missense\" ou em regiões regulatórias conservadas que possam estar envolvidas na gênese da hipertensão. Identificamos 533 genes com expressão renal, dentre os 682 do intervalo, sendo que 28 apresentaram padrão de expressão diferente entre amostras de animais adultos (congênico vs. SHR) e seis apresentaram alterações não sinônimas \"missense\". É importante salientar que dos genes diferentemente expressos, encontramos alterações estruturais em regiões conservadas com potencial de participar na regulação em 11. Em conjunto, utilizamos uma plataforma integrada para selecionar 34 genes candidatos no cromossomo 4, dos quais 17 genes serão priorizados, para ser investigados quanto sua contribuição na hipertensão arterial do SHR e na hipertensão primária humana / Total genome scan in genetic models of complex diseases have been instrumental to select candidate genes underlying complex traits. We previously mapped 5 blood pressure related quantitative trait loci (BP-QTLs) that explain about 43% of the BP variance in a progeny derived from Spontaneous Hypertensive Rat (SHR) and Brown Norway (BN) rats. The BP-QTLs were then validated by derivation of congenic strains, including one for chromosome 4 (SHR.BN4) in which a segment from BN replaced the SHR sequences reducing basal systolic BP (~14 mm Hg). The aim of this project is to identify the candidate genetic variants within the chromosome interval based on differences in renal gene expression patterns and structural changes in both non-synonymous missense or within adjacent regulatory sequences that may contribute to hypertension. We identified 533 genes with renal expression, out of 682 in the interval, in which 28 presented differences in expression pattern in adult samples (congenic vs. SHR) and six presented non-synonymous missense alterations. In addition, 11 out of 28 differentially expressed genes showed structural alterations in adjacent conserved regions that potentially contribute to gene regulation. Taken together, using the proposed combination of strategies, we selected 34 hypertensive candidate genes in chromosome 4, in which 17 will be prioritized, to be further explored to assess their contribution to hypertension in the SHR and to essential hypertension in humans
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Marcadores de risco cardiovascular em indivíduos com infarto do miocárdio precoce e em seus familiares de primeiro grau / Cardiovascular risk factors in patients with premature myocardial infarction and in their first-degree relatives[

Maria Helane Costa Gurgel 01 October 2015 (has links)
INTRODUÇÃO: O Infarto agudo do miocárdio (IAM) é infrequente em indivíduos jovens (<45 anos) e está associado à história familiar precoce de doença cardiovascular.OBJETIVO: O presente estudo descreveu o perfil sócio-demográfico e os fatores de risco cardiovascular de indivíduos com diagnóstico de IAM < 45 anos de idade e seus familiares de primeiro grau. Avaliou-se também a relação de parâmetros clínico-laboratoriais de acordo com a extensão angiográfica da doença arterial coronária (DAC) dos casos índices (doença uniarterial vs. multiarterial) e dos seus respectivos familiares.MÉTODOS: Estudo transversal realizado de novembro de 2010 a janeiro de 2015 em hospital terciário em Fortaleza, Ceará. Foram incluídos 103 casos índices e 166 familiares de primeiro grau que não apresentavam suspeita de hipercolesterolemia familiar. Estes foram comparados com 111 indivíduos assintomáticos e sem história familiar de DAC pareados para sexo e idade. Foram avaliados os parâmetros clínicos e laboratoriais dos 3 grupos. Os dados foram estudados por análises uni e multivariadas. RESULTADOS:O grupo casos apresentou maior prevalência de tabagismo (57,3 vs. 28,6%, p < 0,001), diabete melito tipo 2 - DM2 (43,4 vs. 19,5%, p < 0,001) e hipertensão arterial sistêmica - HAS (42,7 vs. 19%, p < 0,001) quando comparado aos familiares pareados para sexo e idade. Da mesma forma, os casos, quando comparados ao grupo controle, apresentaram, além destes fatores, concentrações mais elevadas de triglicerídeos (192 ± 75 vs. 140±74mg/dL, p < 0,001), menores concentrações de HDL-c (36 ± 12 vs. 48 ± 14mg/dL, p < 0,001) e uma maior prevalência de síndrome metabólica -SM (82,2 vs. 36%, p<0,001). Observou-se que 50,5% dos casos tinham acometimento multiarterial. Após análise multivariada, a HAS (p=0,030) e o DM2 (p=0,028) associaram-se de forma independente à DAC multiarterial. Quando comparados ao grupo controle, os familiares apresentaram maior prevalência de tabagismo (29,5 vs. 6,3%, p < 0,001), DM2 (19,9 vs. 1,8%, p < 0,001), pré-diabetes (40,4 vs. 27%, p < 0,024) e SM (64,7 vs. 36% p < 0,001). Foram observadas aindaconcentrações mais baixas de HDL-c (39±10 vs. 48 ± 14mg/dL, p < 0,001), valores mais elevados de triglicerídeos (179 ± 71 vs. 140 ± 74mg/dL, p = 0,002), LDL-c (122±37 vs. 113±36mg/dL, p = 0,031) e colesterol não-HDL (157 ± 43 vs. 141 ± 41mg/dL, p = 0,004) nos familiares. Não houve diferenças entre familiares e controles quanto ao IMC (p=0,051). Os familiares também apresentaram maior prevalência do risco calculado como alto/intermediário de acordo com o escore de Framingham (82,7 vs. 2,6%, p < 0,001) em relação aos controles. Os valores de TSH foram maiores, mesmo dentro do valor de referência do método, no grupo de casos (2,6 ± 1,6 vs. 1,9 ± 1,0 mUI/L, p < 0,001) e familiare (2,4±1,6 vs. 1,9 ± 1,0 mUI/L, p=0,002) em relação aos controles. CONCLUSÃO: Evidenciou-seelevada prevalência de fatores de risco cardiovascular, principalmente a SM, dislipidemia aterogênica, DM2, HAS e tabagismo em casos e familiares de primeiro grau de indivíduos com IAM < 45 anos. A HAS e o DM2 associaram-se à maior extensão angiográfica da DAC / BACKGROUND: The acute myocardial infarction (AMI) is uncommon in young individuals ( < 45 years), and is associated with premature family history of cardiovascular disease. OBJECTIVE: This study described the socio-demographic and cardiovascular risk factors of both subjects with AMI < 45 years of age and their first-degree relatives. The association of clinical and laboratory parameters with the angiographic extension of coronary artery disease (CAD) of index cases (single-vessel vs. multivessel disease) and in their respective relatives was also evaluated. METHODS: Cross-sectional study conducted from November 2010 to January 2015 in a tertiary hospital in Fortaleza, Ceara. One hundred and three index cases and 166 first-degree relatives without suspicion of familial hypercholesterolemia were included. These were compared with 111 asymptomatic individuals without family history of CAD matched for sex and age. Clinical and laboratory parameters of the 3 groups were evaluated. Associations were tested by univariate and multivariate analysis. RESULTS: AMI cases presented a higher prevalence of smoking (57.3% vs. 28.6%, p < 0.001), type 2 diabetes mellitus -DM2 (43.4 vs. 19.5%, p < 0.001), and hypertension (42.7 vs. 19%, p < 0.001) when compared to relatives matched for sex and age. Likewise cases, when compared to controls showed in addition higher triglycerides (192 ± 75mg/dL vs. 140 ± 74mg/dL, p < 0.001), lower HDL-C (36 ± 12mg/dL vs. 48±14mg/dL, p < 0.001), and a greater prevalence of the metabolic syndrome-MS (82.2% vs. 36%, p < 0.001). Multivessel disease was found in 50.5% of cases. After multivariate analysis, hypertension (p=0.030), and DM2 (p=0.028) were independently associated with multivessel disease. First-degree relatives showed a greater prevalence of smoking (29.5% vs. 6.3%, p < 0.001), DM2 (19.9% vs. 1.8%, p < 0.001), pre-diabetes (40.4 % vs. 27%, p < 0.024) and MS (64.7% vs. 36%, p < 0.001), when compared to controls. Lower HDL-c (39±10mg/dL vs. 48 ± 14mg/dL, p < 0.001), higher triglycerides (179±71mg/dL vs. 140±74mg/dL, p=0.002), higher LDL-C (122 ± 37mg/dL vs. 113 ± 36mg/dL, p=0.031) and non-HDL cholesterol (157 ± 43 vs. 141±41mg/dL, p=0.004) were found in relatives than controls. There was no difference in BMI (p=0.051) between the groups. Relatives also showed a higher prevalence of high/intermediate calculated coronary heart disease risk according to the Framingham risk score (82.7% vs. 2.6%, p < 0.001). TSH levels even within the reference value method were higher in AMI patients (2.6 ± 1.6mUI/mL, p < 0.001) and relatives (2.4 ± 1.6mUI/mL, p=0.002) in comparison with controls 1.9±1.0mUI/mL). CONCLUSION: A high prevalence of risk factors mainly MS, atherogenic dyslipidemia, type 2 DM, hypertension and smoking were encountered in cases and first-degree relatives of individuals with AMI < 45 years. Hypertension and DM2 were associated with greater angiographic extent of coronary artery disease
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Rastreamento de variantes de significado desconhecido (VUS) no gene RET em indivíduos-controle e em pacientes com carcinoma medular de tireoide / Screening of variants unknown significance (VUS) in the RET gene in control individuals and patients with medullary thyroid carcinoma

Hatanaka, Roxanne 03 December 2015 (has links)
Introdução: A Neoplasia endócrina múltipla do tipo 2 (NEM-2) é uma síndrome tumoral de herança autossômica dominante, na qual os tumores associados são carcinoma medular de tireoide (CMT), feocromocitoma (FEO) e hiperparatireoidismo primário (HPT). Esta síndrome ocorre devido a mutações ativadoras no proto-oncogene RET que alteram a via do receptor tirosina quinase RET. Essas mutações levam à ativação constitutiva de vias de sinalização desregulando o ciclo celular. Segundo os Consensos Internacionais de 2001 e 2009 sobre CMT/NEM-2, portadores de mutações no gene RET, inclusive indivíduos assintomáticos, devem ser submetidos a tireoidectomia total (TT) preventiva, aumentando a chance de cura da doença. Não é recomendado rastreamento clínico em portadores que apresentem somente polimorfismos isolados (variante não patogênica). No entanto, existem indivíduos que carregam variantes genéticas de significado clínico desconhecido (VUS), gerando dúvida quanto à conduta clínica. Atualmente, não se tem conhecimento se essas variantes podem ou não estar envolvidas no aumento do risco ao desenvolvimento de CMT. Dessa forma, o presente projeto analisou diversos aspectos como frequência alélica, estudo in silico, dados na literatura e nos bancos genéticos com o intuito de abranger o entendimento dessas variantes e auxiliar na indicação de conduta clínica adequada aos portadores de RET VUS. Objetivo: Expandir o conhecimento do potencial patogênico das VUS do gene RET, focando na classificação controversa da variante p.Y791F. Métodos: Foi realizado o rastreamento dos exons hotspots do gene RET em indivíduos adultos/idosos-controle e em pacientes com CMT através da técnica de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) e Sequenciamento de Sanger. Foi também analisada a predição computacional da patogenicidade dessas variantes em seis diferentes programas preditivos. Foi feito o levantamento de dados em diversos bancos genéticos. Resultados: As variantes p.Y791N, p.Y791F e p.E511K foram encontradas no rastreamento genético das amostras-controle sequenciadas. Além dessas variantes, foram identificadas e estudadas famílias de pacientes com CMT portadoras das variantes p.V648I e p.K666N. A variante p.Y791F foi identificada em um novo caso somente com FEO. A análise in silico demonstrou que 4/6 programas foram mais informativos, e que 25/48 VUS demonstram alterar a estrutura físico-química da proteína RET. A frequência alélica encontrada nos bancos de dados de indivíduos-controle e indivíduos com tumores foram bastante baixas. Apenas 15/48 VUS possuem dados sobre estudos in vitro. Conclusão: Nossos dados sugerem que a variante RET p.Y791F, quando isolada e sem coocorrência com mutações conhecidas RET, se comporta como um polimorfismo benigno raro, sem associação do aumento do risco ao CMT. Já a associação de p.Y791F com mutações conhecidas RET, como a C634Y, pode levar ao desenvolvimento de fenótipos atípicos, como maior risco ao feocromocitoma. A variante p.V648I é provavelmente um polimorfismo benigno raro, evidenciado pelo seguimento clínico de aproximadamente 15 anos de uma família portadora dessa variante, sem evidências de CMT, FEO ou HPT. Há necessidade de mais dados para classificar apropriadamente as demais VUS; no entanto, devido a possibilidade das variantes p.E511K, K666N e Y791N poderem ser patogênicas, portadores devem ser monitorados clinicamente / Introduction: Multiple endocrine neoplasia type 2 (MEN-2) is a tumor syndrome with autosomal dominant inheritance, in which tumors are associated with medullary thyroid carcinoma (MTC), pheochromocytoma (FEO) and primary hyperparathyroidism (HPT). This syndrome occurs due to activating mutations in the RET proto-oncogene, which lead to constitutive activation of tyrosine kinase signaling pathways that deregulate the cell cycle. According to the International Consensus on MTC/MEN-2 of 2001 and 2009 one should recommend that RET mutation carriers, including asymptomatic individuals, should undergo prophylactic total thyroidectomy (TT), increasing the chance of cure of the disease. It is not recommended clinical screening in patients that show only isolated polymorphisms (non-pathogenic variant). However, there are individuals who carry genetic variants of unknown clinical significance (VUS), generating doubt about the best clinical management. Currently, there is no consistent knowledge whether these variants may or may not be involved with the increased risk to MTC. The present project has approached the several aspects of these VUS, such as the allele frequency, in silico pathogenic prediction, published data and public databases, in order to increase our knowledge about VUS, in an attempt to contribute by offering appropriate clinical management to VUS carriers. Objective: To expand the knowledge of the pathogenic potential of some of the VUS of the RET gene, focusing especially on the controversial genetic variant p.Y791F. Methods: We performed the mutation screening of hotspots exons of the RET gene of DNA samples of 2061 adult/elderly healthy individuals and of patients with CMT by Sanger sequencing and Next Generation Sequencing (NGS) techniques. Pathogenic predictions of the studied variants were generated using six genetic softwares. Allelic frequency of RET VUS was assessed in different public databanks. Results: Genetic screening of control samples identified the presence of p.Y791N, p.Y791F and p.E511K germline variants. Patients with MTC carrying p.V648I and p.K666N germline variants were localized and family members were screened and clinically investigated. In addition, a new case with pheochromocytoma was found to carry the p.Y791F germline variant. The in silico analyses showed that 4 out of 6 packages were more informative, suggesting physico-chemical structure alteration caused by 25 out of 48 RET VUS. Very low allele frequencies were found in the public databases including healthy individuals and tumor samples. In vitro studies have been performed only for 15 out of 48 RET VUS. Conclusion: Our data strongly suggest that the p.Y791F variant, when occurring in an isolated form, is a benign polymorphism not associated with increased risk of MTC. Conversely, its co-occurrence with bona fide RET mutations as C634Y may lead to modulation of the phenotype, as increasing the frequencies of large and bilateral pheochromocytomas in MEN2A families. Family members carrying the p.V648I variant isolate have been followed clinically for approximately 15 years. As no indication of MCT, pheochromocytoma or hyperparathyroidism development has been documented, we conclude that this variant is a rare RET benign polymorphism. More information is needed to a better characterization of other VUS as E511K, K666N and Y791N. Thus, carriers with these variants should be necessarily examined through a periodic clinical follow up
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Rastreamento de variantes de significado desconhecido (VUS) no gene RET em indivíduos-controle e em pacientes com carcinoma medular de tireoide / Screening of variants unknown significance (VUS) in the RET gene in control individuals and patients with medullary thyroid carcinoma

Roxanne Hatanaka 03 December 2015 (has links)
Introdução: A Neoplasia endócrina múltipla do tipo 2 (NEM-2) é uma síndrome tumoral de herança autossômica dominante, na qual os tumores associados são carcinoma medular de tireoide (CMT), feocromocitoma (FEO) e hiperparatireoidismo primário (HPT). Esta síndrome ocorre devido a mutações ativadoras no proto-oncogene RET que alteram a via do receptor tirosina quinase RET. Essas mutações levam à ativação constitutiva de vias de sinalização desregulando o ciclo celular. Segundo os Consensos Internacionais de 2001 e 2009 sobre CMT/NEM-2, portadores de mutações no gene RET, inclusive indivíduos assintomáticos, devem ser submetidos a tireoidectomia total (TT) preventiva, aumentando a chance de cura da doença. Não é recomendado rastreamento clínico em portadores que apresentem somente polimorfismos isolados (variante não patogênica). No entanto, existem indivíduos que carregam variantes genéticas de significado clínico desconhecido (VUS), gerando dúvida quanto à conduta clínica. Atualmente, não se tem conhecimento se essas variantes podem ou não estar envolvidas no aumento do risco ao desenvolvimento de CMT. Dessa forma, o presente projeto analisou diversos aspectos como frequência alélica, estudo in silico, dados na literatura e nos bancos genéticos com o intuito de abranger o entendimento dessas variantes e auxiliar na indicação de conduta clínica adequada aos portadores de RET VUS. Objetivo: Expandir o conhecimento do potencial patogênico das VUS do gene RET, focando na classificação controversa da variante p.Y791F. Métodos: Foi realizado o rastreamento dos exons hotspots do gene RET em indivíduos adultos/idosos-controle e em pacientes com CMT através da técnica de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) e Sequenciamento de Sanger. Foi também analisada a predição computacional da patogenicidade dessas variantes em seis diferentes programas preditivos. Foi feito o levantamento de dados em diversos bancos genéticos. Resultados: As variantes p.Y791N, p.Y791F e p.E511K foram encontradas no rastreamento genético das amostras-controle sequenciadas. Além dessas variantes, foram identificadas e estudadas famílias de pacientes com CMT portadoras das variantes p.V648I e p.K666N. A variante p.Y791F foi identificada em um novo caso somente com FEO. A análise in silico demonstrou que 4/6 programas foram mais informativos, e que 25/48 VUS demonstram alterar a estrutura físico-química da proteína RET. A frequência alélica encontrada nos bancos de dados de indivíduos-controle e indivíduos com tumores foram bastante baixas. Apenas 15/48 VUS possuem dados sobre estudos in vitro. Conclusão: Nossos dados sugerem que a variante RET p.Y791F, quando isolada e sem coocorrência com mutações conhecidas RET, se comporta como um polimorfismo benigno raro, sem associação do aumento do risco ao CMT. Já a associação de p.Y791F com mutações conhecidas RET, como a C634Y, pode levar ao desenvolvimento de fenótipos atípicos, como maior risco ao feocromocitoma. A variante p.V648I é provavelmente um polimorfismo benigno raro, evidenciado pelo seguimento clínico de aproximadamente 15 anos de uma família portadora dessa variante, sem evidências de CMT, FEO ou HPT. Há necessidade de mais dados para classificar apropriadamente as demais VUS; no entanto, devido a possibilidade das variantes p.E511K, K666N e Y791N poderem ser patogênicas, portadores devem ser monitorados clinicamente / Introduction: Multiple endocrine neoplasia type 2 (MEN-2) is a tumor syndrome with autosomal dominant inheritance, in which tumors are associated with medullary thyroid carcinoma (MTC), pheochromocytoma (FEO) and primary hyperparathyroidism (HPT). This syndrome occurs due to activating mutations in the RET proto-oncogene, which lead to constitutive activation of tyrosine kinase signaling pathways that deregulate the cell cycle. According to the International Consensus on MTC/MEN-2 of 2001 and 2009 one should recommend that RET mutation carriers, including asymptomatic individuals, should undergo prophylactic total thyroidectomy (TT), increasing the chance of cure of the disease. It is not recommended clinical screening in patients that show only isolated polymorphisms (non-pathogenic variant). However, there are individuals who carry genetic variants of unknown clinical significance (VUS), generating doubt about the best clinical management. Currently, there is no consistent knowledge whether these variants may or may not be involved with the increased risk to MTC. The present project has approached the several aspects of these VUS, such as the allele frequency, in silico pathogenic prediction, published data and public databases, in order to increase our knowledge about VUS, in an attempt to contribute by offering appropriate clinical management to VUS carriers. Objective: To expand the knowledge of the pathogenic potential of some of the VUS of the RET gene, focusing especially on the controversial genetic variant p.Y791F. Methods: We performed the mutation screening of hotspots exons of the RET gene of DNA samples of 2061 adult/elderly healthy individuals and of patients with CMT by Sanger sequencing and Next Generation Sequencing (NGS) techniques. Pathogenic predictions of the studied variants were generated using six genetic softwares. Allelic frequency of RET VUS was assessed in different public databanks. Results: Genetic screening of control samples identified the presence of p.Y791N, p.Y791F and p.E511K germline variants. Patients with MTC carrying p.V648I and p.K666N germline variants were localized and family members were screened and clinically investigated. In addition, a new case with pheochromocytoma was found to carry the p.Y791F germline variant. The in silico analyses showed that 4 out of 6 packages were more informative, suggesting physico-chemical structure alteration caused by 25 out of 48 RET VUS. Very low allele frequencies were found in the public databases including healthy individuals and tumor samples. In vitro studies have been performed only for 15 out of 48 RET VUS. Conclusion: Our data strongly suggest that the p.Y791F variant, when occurring in an isolated form, is a benign polymorphism not associated with increased risk of MTC. Conversely, its co-occurrence with bona fide RET mutations as C634Y may lead to modulation of the phenotype, as increasing the frequencies of large and bilateral pheochromocytomas in MEN2A families. Family members carrying the p.V648I variant isolate have been followed clinically for approximately 15 years. As no indication of MCT, pheochromocytoma or hyperparathyroidism development has been documented, we conclude that this variant is a rare RET benign polymorphism. More information is needed to a better characterization of other VUS as E511K, K666N and Y791N. Thus, carriers with these variants should be necessarily examined through a periodic clinical follow up

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