Le gène L1 encode pour la protéine majeure de la capside des papillomavirus humains
(VPH). L’information relative au polymorphisme de L1 pour les types autres que VPH-
16 est jusqu’ici limitée. Cet ouvrage explore le polymorphisme de L1 en comparant les
séquences des types phylogénétiquement apparentés VPH-31, -33, -35 à VPH-16. Des
spécimens génitaux recueillis de 732 femmes VIH-séropositives et 323 VIHséronégatives
ont été criblés à le recherche d’ADN de VPH par PCR consensus au niveau
du gène L1. Les échantillons positifs pour VPH-16 (n=74), -31 (n=74), -33 (n=37) et -35
(n=58) étaient analysés par PCR-séquençage pour la totalité du gène L1. Le nombre de
nucléotides substitués pour L1 variait de 19 pour VPH-33 à 52 pour VPH-31. Le rapport
du nombre de variantes sur le nombre d’isolats testés était plus élevé pour VPH-31
(56.4%, p=0.05) et VPH-35 (60.3%, p=0.04) comparativement à VPH-16 (40.5%), alors
que ce ratio était inférieur pour VPH-33 mais sans différence statistiquement significative
(24.3%, p=0.14). La distance entre les variantes était plus grande à l’intérieur des cinq
boucles présumément exposées à la surface de la protéine L1 que dans la séquence à
l’extérieur (p<0.01) Des variations synonymes étaient observées chez 1.7% (95% CI 1.1-
2.3) des nucléotides intra-boucles et 2.4% (95% CI 1.2-3.7) de ceux extra-boucles. Les
variations non-synonymes étaient rencontrées pour 1.8% (95% CI 1.1-2.5) des
nucléotides intra-boucles et 0.2% (95% CI 0-0.4) pour les nucléotides extra-boucles. Les
ratios dN/dS étaient inférieurs à 1.0 pour les régions extra-boucles et encore davantage
pour les régions intra-boucles. Ces résultats suggèrent que les séquences des régions
hypervariables de L1 ont été sélectionnées positivement. / The L1 gene encodes for the major capsid protein of human papillomaviruses (HPV).
There is limited information on the polymorphism of L1 for types related to HPV-16.
This report explores the polymorphism of L1 in phylogenetically-related types 31, 33,
and 35 compared to HPV-16. Genital specimens collected from 732 HIV-seropositive
and 323 HIV-seronegative women were screened for HPV DNA with consensus L1 PCR.
Cervical samples positive for HPV-16 (n=74), -31 (n=78), -33 (n=37), and -35 (n=58)
were further characterized by PCR-sequencing of the complete L1 gene. The number of
nucleotide substitutions within L1 ranged from 19 for HPV-33 to 52 for HPV-31. The
ratio of the number of variants/number of isolates tested was higher for HPV31 (56.4%,
p=0.05) and HPV-35 (60.3%, p=0.04) compared to HPV-16 (40.5%), while this ratio was
lower for HPV-33 (24.3%), although not significantly (p=0.14). The maximal distance
between HPV variants was greater in the five putative surface-exposed loops of L1 than
in sequences outside the loops (p<0.01). Synonymous variations were encountered in
1.7% (95% CI 1.1-2.3) of nucleotides inside the L1 loops and 2.4% (95% CI 1.2-3.7) of
nucleotides outside the L1 loops. Non-synonymous variations were encountered in 1.8%
(95% CI 1.1-2.5) of nucleotides within the L1 loops and 0.2% (95% CI 0-0.4) of
nucleotides outside the loops. dN/dS ratios were below 1.0 in extra-loop and intra-loop
regions, but they were lower in extra-loop regions. These results suggest that sequences
within and outside the hypervariable loops of L1 were under selective constraint.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:umontreal.ca/oai:papyrus.bib.umontreal.ca:1866/3959 |
| Date | 08 1900 |
| Creators | Cornut, Gilbert |
| Contributors | Coutlée, François, Soulières, Denis |
| Source Sets | Université de Montréal |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | Thèse ou Mémoire numérique / Electronic Thesis or Dissertation |
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