La prima parte del nostro studio riguarda la tecnica LAMP (Loop-mediated isothermal amplification), una tecnica di amplificazione isotermica recentemente inventata (Notomi et al., 2000). Essa presenta notevoli vantaggi rispetto alle tradizionali PCR: non necessita di strumentazioni sofisticate come i termociclatori, può essere eseguita da personale non specializzato, è una tecnica altamente sensibile e specifica ed è molto tollerante agli inibitori.
Tutte queste caratteristiche fanno sì che essa possa essere utilizzata al di fuori dei laboratori diagnostici, come POCT (Point of care testing), con il vantaggio di non dover gestire la spedizione del campione e di avere in tempi molto brevi risultati paragonabili a quelli ottenuti con la tradizionale PCR.
Sono state prese in considerazione malattie infettive sostenute da batteri che richiedono tempi molto lunghi per la coltivazione o che non sono addirittura coltivabili. Sono stati disegnati dei saggi per la diagnosi di patologie virali che necessitano di diagnosi tempestiva. Altri test messi a punto riguardano malattie genetiche del cane e due batteri d’interesse agro-alimentare.
Tutte le prove sono state condotte con tecnica real-time per diminuire il rischio di cross-contaminazione pur riuscendo a comprendere in maniera approfondita l’andamento delle reazioni.
Infine è stato messo a punto un metodo di visualizzazione colorimetrico utilizzabile con tutti i saggi messi a punto, che svincola completamente la reazione LAMP dall’esecuzione in un laboratorio specializzato.
Il secondo capitolo riguarda lo studio dal punto di vista molecolare di un soggetto che presenza totale assenza di attività mieloperossidasica all’analisi di citochimica automatica (ADVIA® 2120 Hematology System).
Lo studio è stato condotto attraverso amplificazione e confronto dei prodotti di PCR ottenuti sul soggetto patologico e su due soggetti con fenotipo wild-type. Si è poi provveduto al sequenziamento dei prodotti di PCR su sequenziatore automatico al fine di ricercare la mutazione responsabile della carenza di MPO nel soggetto indicato. / The first part of the present study concerns the LAMP technique (Loop-Mediated Isothermal Amplification), an isothermal amplification technique recently developed (Notomi et al., 2000). LAMP has many advantages over traditional PCR: it doesn’t require sophisticated instruments like thermal cyclers, it can be performed by unskilled staff, it is a highly sensitive and specific technique and it is very tolerant to inhibitors.
All these characteristics make it suitable to be used outside diagnostic laboratories, as POCT (Point-of-care testing), with the advantage of not having to send the sample and obtaining results as accurate as PCR tests and in very short times.
We designed and optimized assays to detect bacteria that require a very long time for cultivation or that are not even cultivable. We drew assays for the diagnosis of viral diseases that require to be diagnosed as soon as possible. We developed a test to assess two genetic diseases of the dog and two food contaminating bacteria.
All tests were carried out using real-time technique to decrease the risk of cross-contamination. Finally, we developed a colorimetric method for showing results which can be applied to all of the assays we optimized.
The second section presents the molecular study of a subject who had myeloperoxidase deficiency at the automated cytochemistry analysis (ADVIA ® 2120 Hematology System).
The study was conducted through amplification and comparison of the PCR products obtained from the pathological subject and on two subjects with wild-type phenotype. The products were sequenced using an automated sequencer in order to find the responsible mutation for the MPO deficiency in the indicated subject.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:unibo.it/oai:amsdottorato.cib.unibo.it:7007 |
| Date | 08 May 2015 |
| Creators | Zambon, Elisa <1985> |
| Contributors | Gentilini, Fabio |
| Publisher | Alma Mater Studiorum - Università di Bologna |
| Source Sets | Università di Bologna |
| Language | Italian |
| Detected Language | Italian |
| Type | Doctoral Thesis, PeerReviewed |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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