Return to search

Semi-automated annotation of histology images : Development and evaluation of a user friendly toolbox / Semi-automatisk uppmärkning av histologibilder : Utveckling och utvärdering av en användarvänlig verktygslåda

Image segmentation has many areas of application, one of them being in medical science. When segmenting an image, there are many automatic approaches that generally do not let the user change the outcome. This is a problem if the segmentation is badly done. On the other hand there is the manual approach which is slow and cumbersome since it relies heavily on the users effort. This thesis presents a semi-automated approach that allow user interaction and computer assisted segmentation, which was realized in a hi-fi prototype. The prototype made use of SLIC superpixels which the user could combine with interactions to create segments. The prototype was iteratively developed and tested to ensure high usability and user satisfaction. The final prototype was also tested quantitatively to examine if the process of segmenting images had been made more efficient, compared to a manual approach. It was found that the users got a better result in the prototype than the manual if the same time was spent segmenting. Although it was found that the users could not segment images faster by using the prototype than the manual process, it was believed that it could be made more efficient with superpixels that followed the natural border of the image better. / Bildsegmentering har många användningsområden, där ett av dem är inom medicinsk foskning. Det finns många automatiska algoritmer för att segmentera bilder som generellt inte låter användaren ändra resultatet av segmenteringen. Detta är problematiskt när segmenteringen blir dåligt gjord. Däremot finns det helt manuella tillvägagångssätt som är mer besvärliga och tidskrävande eftersom de kräver mer utav användaren. Det här arbetet presenterar ett semi-automatiskt tillvägagångssätt som tillåter användarinteraktion tillsammans med dator-assistans för att segmentera bilder. Det semi-automatiska tillvägagångsättet realiserades i en hi-fi prototyp som använder SLIC superpixlar. Superpixlarna kan slås samman genom användarinteraktion där de sammanslagna superpixlarna utgör segmenten. Prototypen utvecklades och testades iterativt för att uppnå hög användbarhet och nöjda användare. Prototypen testades även kvantitativt för att undersöka om segmenteringsprocessen hade effektiviserats tidsmässigt jämfört med redan existerande mjukvaran. Det visade sig att användarena fick högre precision i segmenteringen vid användning av prototypen jämfört med den existerande mjukvaran när samma tid lades. Även om det visades att segmenteringen inte var mer tidseffektiv så troddes det att tidseffektiviteten i prototypen kunde ökas genom att superpixlarna föjde de naturliga områdena bättre i bilden.

Identiferoai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:liu-129303
Date January 2016
CreatorsSanner, Alexander, Petré, Fredrik
PublisherLinköpings universitet, Institutionen för datavetenskap, Linköpings universitet, Institutionen för datavetenskap
Source SetsDiVA Archive at Upsalla University
LanguageEnglish
Detected LanguageSwedish
TypeStudent thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text
Formatapplication/pdf
Rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess

Page generated in 0.0017 seconds