Experimentally determining protein structure is a hard problem, with applications in both medicine and industry. Predicting protein structure is also difficult. Predicted contacts between residues within a protein is helpful during protein structure prediction. Recent state-of-the-art models have used deep learning to improve protein contact prediction. This thesis presents a new deep learning model for protein contact prediction, TiramiProt. It is based on the Tiramisu deep learning architecture, and trained and evaluated on the same data as the PconsC4 protein contact prediction model. 228 models using different combinations of hyperparameters were trained until convergence. The final TiramiProt model performs on par with two current state-of-the-art protein contact prediction models, PconsC4 and RaptorX-Contact, across a range of different metrics. A Python package and a Singularity container for running TiramiProt are available at https://gitlab.com/nikos.t.renhuldt/TiramiProt. / Att kunna bestämma proteiners struktur har tillämpningar inom både medicin och industri. Såväl experimentell bestämning av proteinstruktur som prediktion av densamma är svårt. Predicerad kontakt mellan olika delar av ett protein underlättar prediktion av proteinstruktur. Under senare tid har djupinlärning använts för att bygga bättre modeller för kontaktprediktion. Den här uppsatsen beskriver en ny djupinlärningsmodell för prediktion av proteinkontakter, TiramiProt. Modellen bygger på djupinlärningsarkitekturen Tiramisu. TiramiProt tränas och utvärderas på samma data som kontaktprediktionsmodellen PconsC4. Totalt tränades modeller med 228 olika hyperparameterkombinationer till konvergens. Mätt över ett flertal olika parametrar presterar den färdiga TiramiProt-modellen resultat i klass med state-of-the-art-modellerna PconsC4 och RaptorX-Contact. TiramiProt finns tillgängligt som ett Python-paket samt en Singularity-container via https://gitlab.com/nikos.t.renhuldt/TiramiProt.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-231494 |
| Date | January 2018 |
| Creators | Tsardakas Renhuldt, Nikos |
| Publisher | KTH, Skolan för elektroteknik och datavetenskap (EECS) |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | TRITA-EECS-EX ; 2018:360 |
Page generated in 0.0018 seconds