Ce travail a permis d’étudier la dynamique saisonnière des communautés microbiennes (cytométrie en flux et MiSeq ADNr16S) d'un étang sursalé thalassohalin. Malgré les variations de salinité (15,5 à 32 %), un core microbiome hautement stable (97,2± 2,1%) et dominé par Haloquadratum (40,3 à 57,4%) et Salinibacter (4,9 à 21,8%) a été décrit. De plus, des populations halotolérantes, capables de croitre rapidement, ont été détectées durant les épisodes de dilution des eaux. Dans un contexte physico-chimique contraignant où la biodégradation des hydrocarbures (HC) reste controversée, une première étude a été réalisée afin de comprendre le devenir d’un pétrole et son effet sur les communautés microbiennes actives de saumures proches de la saturation en sels (31%). Après biostimulation de ces communautés par l’ajout de matière organique labile et d'une température favorable (40°C), des phytolyptes actifs appartenant aux genres Haloarcula, Halobacterium et Halorubrum ont été détectés dans les microcosmes présentant de la biodégradation (12,8%) après 30 jours. Face aux limitations des processus d'autoépuration en contexte naturel (température plus faible), plusieurs approches de biostimulation testées (i.e. fertilisation minérale –NS ou organique –DS ; dilution) ont permis de forts taux d'atténuation des HC aliphatiques (97,8% et 54,5%) dans des saumures diluées (27,7 à 14%) et fertilisées (-DS et -NS). Dans ces mêmes microcosmes, des phylotypes actifs majoritaires appartenant aux genres Marinobacter et à la famille des Flavobacteriaceae (dont Psychroflexus) ont été détectés (MiSeq ADNr16S). L'opérabilité de ces traitements mériterait d'être testée à une plus large échelle. / This work performed on a thalassohaline hypersaline lake firstly considered seasonal dynamics of microbial communities (flow cytometry and MiSeq on 16S rRNA). Despite salinity fluctuations (15.5-32 %), a microbiome core highly stable at the genus level (97.2 ± 2.1 %) and dominated by Haloquadratum (40.3-57.4 %) and Salinibacter (4.9-21.8 %) was described. Interestingly, some halotolerant phylotypes exhibited rapid growths during dilutions episodes. In a controversial context concerning high salinity effects on hydrocarbons (HC) biodegradation, a study was conducted on close to salts-saturation brines (31 %) to gain insight into the fate of oil and it effects on active microbial communities after 15- and 30-days incubations. Significant oil biodegradation (12.8 %) was detected only after a 30-days incubation in LOM-amended microcosms while phylotypes belonging to Halobacteriaceae (Haloarcula, Halobacterium and Halorubrum) appeared as major active phylotypes. However, these low rates suggested that oil biodegradation should be lower under in situ conditions (lower temperature). Thus, among biostimulation approaches (mineral (-NS) or organic (-DS) amendments; dilution) used to improve self-cleaning processus, DS- or NS-amendments added to diluted brines (27.7 % to 14.0 %) allowed high attenuation rates of aliphatic HC with 97.8 % and 54.5 % respectively. Bacterial phylotypes belonging to Marinobacter and Flavobacteriaceae (e.g. Psychroflexus) were detected in NS- and DS-amended microcosms in which petroleum biodegradation occurred. This strategy will have, however, to be tested in other hypersaline systems (natural or industrial) in order to test its operational efficiency.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2017AIXM0077 |
| Date | 07 April 2017 |
| Creators | Corsellis, Yannick |
| Contributors | Aix-Marseille, Cuny, Philippe, Militon, Cécile |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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