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Previous issue date: 2015-03-30 / CAPES / Uma grande heterogeneidade da epidemia pelo HIV-1 é observada no Brasil, onde prevalecem os subtipos B, F1 e C e os recombinantes BF e BC. O objetivo principal deste estudo foi caracterizar as cepas do HIV-1 circulantes no estado de Pernambuco, Nordeste do Brasil, através de análises filogenéticas, avaliando-se as características sociodemográficas, laboratoriais e evolutivas entre os subtipos B e não-B. As sequências da região pol do HIV-1, que totalizaram 169 amostras, foram obtidas de dois estudos anteriores. Todos os pacientes eram maiores de 18 anos e virgens de terapia antirretroviral. O Alinhamento e a edição manual das sequências foram realizados pelo CLUSTAL X e BioEdit software, respectivamente. Para as inferências filogenéticas e de recombinação gênica foram utilizados os softwares MEGA 5 e SIMPLOT, respectivamente. Pesquisas sorológicas para determinação das co-infecções foram realizadas para os seguintes agentes infecciosos: HBV, HCV, HTLV e sífilis, pelo método de quimiluminescência. Na região analisada (pol), os resultados mostraram uma grande frequência do subtipo F do HIV-1 (31.4%) e a circulação de uma cepa H e AG. As frequências dos subtipos B e C foram 60.9% e 1.2%, respectivamente. Foram identificados um recombinante BC e 8 recombinantes BF (4.7%), com estruturas genômicas diferenciadas. Co-infecção HIV-HBV foi mais frequente entre homens que fazem sexo com homens (HSH) portadores do subtipo B do HIV-1, enquanto que co-infecção HIV-sífilis foi associado a HSH com subtipos não-B. O subtipo B foi associado ao sexo masculino, a uma maior carga vira, maior escolaridade e menor contagem de células T CD4+. Houve uma baixa frequência de mutações de resistência transmitidas (2.96%). Códons sob pressão seletiva positiva são mais frequentes em contagem de células T CD4+ ≥ 200 e em mulheres heterossexuais. Nossos resultados demonstram que a epidemia do HIV-1 em Pernambuco se caracteriza por uma alta proporção de subtipos não-B circulantes, o que revela a importância no monitoramento e melhor conhecimento do papel destas variantes na epidemia, no tratamento antirretroviral, formulação de vacinas, progressão à doença e transmissibilidade. / A great heterogeneity of HIV-1 epidemic is observed in Brazil, where subtypes B, F1 and C and recombinant forms BF prevails and BC. The aim of study was to characterize HIV-1 strains circulating in the state of Pernambuco, northeastern Brazil, through phylogenetic analysis, evaluating also the socio-demographic, laboratory and evolutionary characteristics between subtypes B and non-B. The sequences with pol region of HIV-1, totaling 169 samples were obtained from two previous studies. All patients were over 18 year old and antiretroviral naïve therapy. The alignment and manual editing of the sequences were performed by CLUSTAL X and BioEdit software, respectively. For the phylogenetic and genetic recombination inferences were used MEGA 5 and SIMPLOT software, respectively. Serological assaus of co-infections were performed for the following infectious agents: HBV, HCV, HTLV, and syphilis by chemiluminescence. In the analyzed region (pol), the results showed a high frequency of the HIV-1 subtype F (31.4%) and a strain H and AG. The frequency of the subtypes B and C were 60.9% and 1.2%, respectively. They identified a recombinant BC and eight BF recombinant (4.7%) with different genomic structures. Co-infection HIV-HBV was more frequent among men who have sex with men (MSM) with HIV-1 subtype B, while co-infection HIV-syphilis was associated with MSM with subtypes non-B. The subtype B was associated with male gender, higher viral load, higher education and lower T cells count. There was a low frequency of transmitted resistance mutations (2.96%). Codons under positive selection pressure are more common in T cells count ≥ 200 and heterosexual women. Our results demonstrate that the HIV-1 epidemic in Pernambuco is characterized by a high proportion of circulating non-B subtypes, which shows the importance of monitoring and better understanding of the role of these variants in epidemic in antiretroviral therapy, vaccine formulation, disease progression and transmissibility.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpe.br:123456789/15666 |
| Date | 30 March 2015 |
| Creators | LIMA, Kledoaldo Oliveira De |
| Contributors | MELO, Heloísa Ramos Lacerda de, LEAL, Élcio de Souza |
| Publisher | Universidade Federal de Pernambuco, Programa de Pos Graduacao em Medicina Tropical, UFPE, Brasil |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Breton |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPE, instname:Universidade Federal de Pernambuco, instacron:UFPE |
| Rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
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