Le homard d’Amérique, Homarus americanus, supporte la pêche commerciale la plus importante dans l’Est du Canada et est donc devenue une espèce prioritaire en terme de gestion et de conservation. Cette thèse vise à acquérir des connaissances importantes sur la reproduction et l’adaptation locale des populations de H. americanus à l’aide d’une approche pluridisplinaire alliant génomique des populations et écologie marine. Dans un premier temps, nous avons cherché à définir des unités génétiques et évaluer leur correspondance avec les 41 unités de gestion actuelles. Nos résultats ont révélé la présence de deux entités régionales (nord/sud) composées de 11 populations génétiquement distinctes à plus fine échelle. Nous avons aussi démontré qu’il était possible d’obtenir de fort succès d’assignation à l’échelle régionale, ce qui permet d’envisager un outil de traçabilité. Ensuite, nous avons évalué l’impact des facteurs environnementaux tels que la distribution spatiale, la circulation océanique et la température de surface de la mer sur la distribution des unités génétiques précédemment définies. Nous avons alors démontré que les courants océaniques avaient une plus forte influence sur la divergence neutre des populations que la distribution spatiale. D’autre part, nous avons découvert que la température minimale annuelle avait une influence significative sur la divergence adaptative, et que ce signal persistait même après avoir soustrait l’influence de la distribution spatiale à cette relation. Finalement, nous avons exploré l’influence du sexe ratio et des marqueurs sexuels sur les analyses de structuration génétique d’une espèce marine faiblement structurée, ici le homard d’Amérique. Grâce aux 12 marqueurs sexuels identifiés, nous avons pu révéler le système de détermination sexuelle présent chez cette espèce et caractériser les bases moléculaires de ce déterminisme. Dans l’ensemble, les résultats de cette thèse illustrent le potentiel des outils génomiques dans la mise en place d’une gestion durable du homard d’Amérique dans les eaux canadiennes. / The American lobster, Homarus americanus, supports the largest commercial fishery in Eastern Canada and has therefore become a priority species in terms of conservation and management. This thesis aimed to gain important knowledge about the genetic structure and adaptive potential of H. americanus using a multidisciplinary approach, combining population genomics and marine ecology. Our first goal was to identify genetic units and assess their correspondence to the 41 management units presently in use. Our results revealed the presence of two regional entities (north/south), with at a finer scale, 11 genetically distinguishable populations. We also demonstrated that it was possible to identify the origin of individuals blindly, with an average of 90% individuals correctly reassigned to the regional genetic unit where they were sampled. This high assignment success, unexpected for a marine species, could be used as a relevant traceability tool. Next, we assessed the impacts of environmental factors such as spatial distribution, ocean circulation and sea surface temperature on the previously identified genetic structure. We showed that ocean currents had a greater effect on the putatively neutral genetic structure than spatial distribution. On the other hand, annual minimum temperature appeared to explain a significant portion of the putatively adaptive genetic variation, and this signal persisted even after subtracting the influence of the spatial distribution. Finally, we explored the influence of sex ratio and sex-linked markers on the analyses of genetic structure of high gene flow species, here the American lobster. We found 12 sex-linked markers from which we inferred a probable genetic mechanism of sex determination of the American lobster and characterized its molecular basis. Overall, the results of this thesis illustrate the potential of a genomic approach as a new tool for the sustainable management of American lobster in Canadian waters.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LAVAL/oai:corpus.ulaval.ca:20.500.11794/27624 |
| Date | 24 April 2018 |
| Creators | Benestan, Laura |
| Contributors | Bernatchez, Louis, Rochette, Rémy |
| Source Sets | Université Laval |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | thèse de doctorat, COAR1_1::Texte::Thèse::Thèse de doctorat |
| Format | 1 ressource en ligne (xv, 164pages), application/pdf |
| Coverage | Canada (Est) |
| Rights | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
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