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Previous issue date: 2012-02-27 / CNPQ / No gênero Phaseolus (Fabaceae) os estudos abordando a fração repetitiva de DNA do genoma ainda são poucos. A caracterização do DNA satélite khipu, inicialmente realizada no feijão comum (P. vulgaris), demonstrou que o mesmo poderia estar presente em outras espécies do gênero, provavelmente com bastante variação entre elas. Nesse trabalho, uma análise mais detalhada deste DNA satélite foi realizada, envolvendo o isolamento da sequência presente em diferentes espécies (P. leptostachyus, P. lunatus e P. microcarpus), mapeamento por hibridização in situ fluorescente (FISH) e Southern blot. Um coquetel de clones de khipu do feijão comum (khipu mix) hibridizados in situ sob 40% de estringência demonstrou a presença de sequências relacionadas a khipu na região subterminal dos cromossomos das outras espécies, com variação na quantidade e intensidade de terminais hibridizados. Fragmentos da sequência foram amplificados dos DNAs genômicos das três espécies utilizando primers específicos de regiões mais conservadas e ligados a vetores de clonagem. Quando mapeados por FISH, os clones obtidos demonstraram diferenças na marcação dependendo da espécie utilizada. O clone de P. lunatus (Plukhipu1), por exemplo, foi localizado em um par cromossômico em P. lunatus e P. leptostachyus, enquanto que em P. vulgaris o mesmo hibridizou em diversos pares. Análise baseada em máxima verossimilhança incluindo 68 clones de P. vulgaris, 30 de P. leptostachyus, nove de P. lunatus e 21 de P. microcarpus revelou um grande clado contendo a maioria dos clones de P. vulgaris e todos de P. lunatus. Enquanto as unidades de P. microcarpus e P. leptostachyus foram mais divergentes e ficaram separadas em diversos outros ramos. A hibridização Southern blot revelou uma unidade de repetição de 500 pb, com multímeros presentes em todas espécies. Em conjunto, os dados confirmam khipu como uma família diversa de DNA satélite subtelomérico presente em diversas espécies de Phaseolus. As diferenças observadas nos padrões de hibridização e tamanhos das unidades de repetição sugerem a presença de diferenças significativas desta sequência entre diferentes espécies do gênero. / In the genus Phaseolus (Fabaceae), studies about the repetitive fraction of its genome are still scarce. The characterization of the satellite DNA khipu, performed for the common bean (P. vulgaris), showed that it might be present in other species of the genus, probably with large variation among them. In the present work, a more detailed analysis of this satellite DNA was performed, including the isolation of this sequence from different species (P. leptostachyus, P. lunatus and P. microcarpus), localization by fluorescent in situ hybridization (FISH) and Southern blot hybridization. A mix of khipu clones from common bean hybridized in situ at low stringency (40%) showed the presence of khipu-like sequences on the subterminal region of the chromosomes from the three species, with variation in intensity and number of signals. Fragments of the sequence were amplified and cloned from P. leptostachyus, P. lunatus and P. microcarpus genomic DNAs using specific primers for more conserved regions. The obtained clones demonstrated differences in respect to their FISH patterns depending on the species. The clone from P. lunatus (khipuPlu1), for example, was only located on a chromosome pair in P. lunatus and P. leptostachyus, while in P. vulgaris the same clone hybridized to several chromosome pairs. Maximum likelihood unrooted dendogram including 68 clones from P. vulgaris, 30 from P. leptostachyus, nine from P. lunatus and 21 from P. microcarpus showed most of the clones from P. vulgaris and all from P. lunatus grouping in one larger clade. While those unit from P. microcarpus and P. leptostachyus were more divergent and split in several other branches. Southern blot pattern showed a khipu unit of ~ 500 bp, with presence of multimers in all species. Taken together, the present data confirm khipu as a diverse subtelomeric satellite DNA family present in several Phaseolus species. Differences in hybridization patterns and repeat unit sizes suggest the presence of relevant differences in this sequence among different species of the genus.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpe.br:123456789/17224 |
| Date | 27 February 2012 |
| Creators | SANTOS, Tiago Ribeiro Barros dos |
| Contributors | HARAND, Andrea Pedrosa |
| Publisher | Universidade Federal de Pernambuco, Programa de Pos Graduacao em Biologia Vegetal, UFPE, Brasil |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Breton |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPE, instname:Universidade Federal de Pernambuco, instacron:UFPE |
| Rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
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