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Previous issue date: 2013 / Os vírus do gênero Norovirus pertencem à família Caliciviridae e são divididos em cinco genogrupos (G) e 35 genótipos, sendo GI, GII e GIV capazes de infectar humanos e o genótipo GII.4 com suas variantes o de maior impacto epidemiológico. Os norovirus (NoV) são os principais agentes de surtos de gastroenterite aguda (GA) em todo o mundo, infectando indivíduos de todos os grupos etários. No Brasil, a importância destes vírus em casos esporádicos e de surtos de GA tem sido demonstrada pela prevalência e diversidade dos vírus circulantes em alguns estados, embora ainda não exista um sistema de vigilância rotineiro que investigue a prevalência desses vírus em todo o país. A ausência de dados sobre a caracterização molecular dos NoV no estado do Rio Grande do Sul (RS) chama atenção pelo número de surtos de GA relatados nos últimos anos. O objetivo desta dissertação foi realizar um estudo de epidemiologia e caraterização molecular de NoV provenientes de casos de GA decorrentes de surtos ocorridos no RS no período de 2004 a 2011, contribuindo para o estabelecimento da vigilância epidemiológica e molecular desses vírus. Com esta finalidade, foram analisadas 2265 amostras de fezes enviadas pelo Laboratório Central do Rio Grande do Sul (LACEN-RS) do estado ao Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental (LVCA) provenientes de 741 surtos ocorridos neste período. Para detecção simultânea dos NoV GI e GII foi realizada a reação em cadeia da polimerase precedida de transcrição reversa (RT-PCR), tendo como alvo de amplificação a região da RNA polimerase viral RNA dependente (RdRp), conhecida como região B
NoV foi detectado em 36,1% (817/2265) das amostras estudadas, sendo associado a 327 (44,1%) surtos, dos quais 60,5% (109/180) ocorridos no ano de 2006. A analise dos aspectos epidemiológicos revelou uma tendência no aumento da taxa de infecção de acordo com o aumento do grupo etário, assim como uma sazonalidade dos virus nos meses de primavera e inverno, com taxas de detecção de 41,9% e 43%, respectivamente. Em relação aos aspectos clinicos, vômito e dor abdominal foram as manifestações mais observadas nos indivíduos infectados. Para a caracterização molecular dos vírus, de cada um dos oito anos de estudo, foram selecionados aleatoriamente 142 vírus representativos das sete mesorregiões que compõem o estado. A caracterização em GI e GII foi realizada pelo seqüenciamento parcial dos nucleotideos pela amplificação genomica de duas regiões que codificam a proteína do capsideo viral (VP1), denominadas região C e D. Deste total, 110 vírus foram caracterizados como GII (77,4%) e duas como GI (1,4%), sendo o GII.4 (72,3%) o genótipo mais detectado, seguido pelo GII.6 (9,8%). Em menor número também foram caracterizados GII.2, GII.3, GII.4, GII.6, GII.12, GII.13, GII.14, GII.15, GII.17, GII.21, GI.1 e GI.3. Com o subsequente sequenciamento da região P2, também localizada na VP1, foram identificadas cinco variantes do GII.4 circulando no estado, nomeadas: 2003, 2004, 2006a, 2006b e 2010. A variante 2006b foi detectada em 47,8% (22/46) das amostras, seguida da variante 2010 com 41,3% (19/46) de detecção entre os GII.4. A grande diversidade de genótipos encontrados e alta prevalência do genótipo GII.4 e suas variantes corrobora a necessidade de se manter uma vigilância epidemiológica e molecular desses vírus no país, principalmente devido a associação do surgimento de novas variantes a surtos de de NoV de dimensões globalizadas / Viruses of the genus Norovirus belongs to the family Caliciviridae and are divided into five genogroups (G) and 35 genotypes, GI, GII and GIV able to infect humans and the genotype GII.4 and its variants has the highest epidemiological impact. The norovirus (NoV) are the main agents of outbreaks of acute gastroenteritis (AG) worldwide, infecting individuals of all age groups. In Brazil, the importance of these viruses in sporadic cases and outbreaks of AG has been demonstrated by the prevalence and diversity of circulating viruses in some states, although there is no system of routine surveillance to investigate the prevalence of these viruses across the country. The absence of data on the molecular characterization of NoV in the state of Rio Grande do Sul (RS) stands out by the number of outbreaks of AG reported in recent years. The aim of this dissertation was perform a study of the epidemiology and molecular characterization of NoV from cases of AG due to outbreaks in the RS state from 2004 to 2011, contributing to the establishment of epidemiological and molecular surveillance of these viruses. For this purpose, we analyzed 2265 stool samples sent by the Central Laboratory of RS (LACEN-RS) of the state to Virology Laboratory Comparative and Environmental (LVCA) from 741 outbreaks in this period. For simultaneous detection of GI and GII NoV was performed polymerase chain reaction reverse transcription (RT-PCR), aiming the target amplification the region of viral RNA dependent RNA polymerase (RdRp), known as Region B. NoV was detected in 36,1% (817/2265) of the samples studied, and linked to 327 (44,1%) outbreaks, of which 60,5% (109/180) occurred in 2006
The analysis of epidemiological revealed a tendency in the increased rate of infection in accordance with increasing in the age, as well as seasonality of virus in the months of spring and winter, with detection rates of 41,9% and 43%, respectively. Regarding clinical aspects, vomiting and abdominal pain were the most observed manifestations in infected individuals. For the molecular characterization of the viruses, each of the eight years of the study, were randomly selected 142 representative viruses of the seven mesoregions belonging to state. The characterization in GI and GII was performed by partial sequencing of genomic amplification of nucleotides by two regions that encodes viral capsid protein (VP1), termed region C and D. Of this total, 110 viruses were characterized as GII (77,4%) and two as GI (1,4%), being the GII.4 (72,3%) genotype mostly detected, followed by GII.6 (9,8%). In lower number were also characterized GII.2, GII.3, GII.4, GII.6, GII.12, GII.13, GII.14, GII.15, GII.17, GII.21, and GI.1 GI.3. With the subsequent sequencing of the P2 region, also located in VP1, we identified five variants of GII.4 circulating in the state, namely: 2003, 2004, 2006a, 2006b and 2010. The variant 2006b was detected in 47,8% (22/46) samples, then the variant 2010 with 41,3% (19/46) between the GII.4 detection. The great diversity of genotypes found and high prevalence of genotype GII.4 and its variants supports the need to maintain a molecular and epidemiological surveillance of these viruses in the country, mainly due to the association of the emergence of new variants of NoV with outbreaks of globalized dimensions
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.arca.fiocruz.br:icict/13809 |
| Date | January 2013 |
| Creators | Andrade, Juliana da Silva Ribeiro de |
| Contributors | Souza, Márcia Terezinha Baroni de Moraes e, Castro, Tatiana Xavier, Gabbay, Yvone Benchimol, Lopes, Debora Regina dos Santos, Motta, Fernando do Couto, Miagostovich, Marize Pereira |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, instname:Fundação Oswaldo Cruz, instacron:FIOCRUZ |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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