PANKOV, R. C. Caracterização molecular e análise filogenética de rotavírus a em população infantil com e sem diarreia no semiárido brasileiro. 2017. 92 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Carolinda Oliveira (ppgmm@ufc.br) on 2017-08-24T12:14:58Z No. of bitstreams: 1 2017_dis_rcpankov.pdf: 2843113 bytes, checksum: 03c6ef7228c8dec520ff5ebcbd35d154 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-08-24T13:24:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_dis_rcpankov.pdf: 2843113 bytes, checksum: 03c6ef7228c8dec520ff5ebcbd35d154 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-24T13:24:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_dis_rcpankov.pdf: 2843113 bytes, checksum: 03c6ef7228c8dec520ff5ebcbd35d154 (MD5) Previous issue date: 2017-07-26 / Rotavirus A (RVA) is the major cause of infantile acute gastroenteritis, being responsible for approximately 40% of all diarrhea cases in children younger than 5 years of age worldwide. After the Rotarix vaccine (RV1) introduction in Brazil, the rates of childhood gastroenteritis-related deaths decreased, however, morbidity rates are still high. This study aimedto investigate the epidemiology, clinical features, vaccination impact and genetic diversity of circulating RVA strains associated with acute gastroenteritis, in children from Semiarid region in northeastern Brazil. As part of the Recodisaproject was included 1200 children in the age group 2-36 months, whereas cases were children with an episode of diarrhea in the last 14 days, and was recruited participants from the cities of Crato (CE), Picos (PI), Ouricuri (PE), Cajazeiras (PB), Souza (PB) and Patos (PB) during the years 2009 to 2011. The initial clinical diagnosis showed RVA prevalence of 7.1% (86/1200) using Luminex. Subsequently, 291 samples were selected for analysis by real-time PCR (qRT-PCR), to detection of the gene coding for VP6 and sequence analyses of the genes encoding VP4 and VP7. By using qRT-PCR, the detection rate of RVA was 10.65% positive, which was associated with infantile diarrhea (P = 0.0472). In addition,RVA infections was related to the male gender (P = 0.0216). The absence of RVA was associated with the first one (P = 0.0001) and the third year of life (P = 0.0190), corroborating with the vaccination rates, where 89,3% of the children in the study received the two doses of the vaccine. Exclusive breastfeeding was also associated with the absence of RVA (P = 0.0012). The majority of children with RVA were observed slightly reduced symptoms of acute gastroenteritis and 80.7% presented a good nutritional status. The genotypes G1, G2 and G3 and P[4], P[8] and P[9] were detected, and the most prevalent combination was G1P[8] (57%). Rare combinations were also detected, such as G1P[4], G2P[8] and G3P[9]. The phylogenetic analysis of the strains shows that the genotype samples as P[8] belong to the lineage P[8]-1, this is the same lineage of RV1 and have nucleotide similarity ranging from 98 to 100%. It is suggested that samples G1 and P[8] show evidence of vaccine shedding. Thus, the vaccine’s virus excreted into the environment, is linked to direct protection of unvaccinated children, consequently the effect of herd immunity provides a measure of protection for populations with low vaccine coverage. In conclusion, this study observed that after the introduction of RV1 and other preventive measures, there was a reduction in cases of RVA, besides the results contribute to the understanding of the genetic diversity of RVA in children from Semiarid region in northeastern Brazil. / O Rotavírus A (RVA) é um dos principais agentes etiológicos da gastroenterite aguda (GA) infantil e é responsável por aproximadamente 40% dos casos de diarreia em crianças com até 5 anos de idade em todo o mundo. Após a introdução da vacina Rotarix® (RV1) no Brasil houve uma redução da taxa de mortalidade infantil por GA, contudo ainda há altos índices de morbidade. Este estudo tem como objetivo a caracterização epidemiológica, molecular e análise filogenética das cepas de RVA circulantes na população infantil do Semiárido Brasileiro. Como parte do projeto Recodisa,foram incluídas 1200 crianças entre 2 e 36 meses de idade, sendo considerado casos as crianças que apresentaram pelo menos um episódio de diarreia nos 14 dias anteriores a coleta de fezes, e foram recrutados participantes das cidades de Crato (CE), Picos (PI), Ouricuri (PE), Cajazeira (PB), Souza (PB) e Patos (PB) durante os anos de 2009 a 2011. Após o diagnóstico por Luminex, foi verificada uma prevalência de 7,1% (86/1200) de positividade para RVA. A partir deste diagnóstico, 291 amostras, foram selecionadas para análise por PCR em tempo real (qRT-PCR), detecção do gene que codifica a VP6, além do sequenciamento dos genes que codificam para as proteínas VP4 e VP7. Através do qRT-PCR, foi demonstrado positividade de 10,65% para RVA associada a diarreia infantil (P= 0,0472). Ademais, a presença de RVA foi relacionada ao gênero masculino (P=0,0216). Já a ausência de RVA foi associada ao primeiro (P=0,0001) e ao terceiro ano de vida (P=0,0190), corroborando com as taxas de vacinação, onde 89,3% das crianças do estudo receberam as duas doses da vacina. O aleitamento materno exclusivo também foi associado com a ausência de RVA (P=0,0012). Grande parte das crianças com RVA apresentaram diminuição dos sintomas e 80,7% estado nutricional normal. Através da análise dos genes que codificam a VP7 e VP4, foram detectados os genótipos G1, G2 e G3 e P[4], P[8] e P[9], respectivamente, sendo G1P[8] a combinação mais prevalente (57%). Combinações menos comuns também foram detectadas, como G1P[4], G2P[8] e G3P[9]. A análise filogenética das cepas mostra que as amostras genotipadas como P[8] pertencem à linhagem P[8]-1, esta é a mesma linhagem da RV1 e possuem similaridade nucleotídica variando entre 98 e 100%. Sugere-se que as amostras G1 e P[8], evidenciam casos de “shedding” vacinal. Dessa forma, com o vírus da vacina excretado no meio ambiente, uma proteção direta é oferecida as crianças não vacinadas, consequentemente o efeito de vacinação por rebanho, pode ser benéfico para populações com baixa cobertura vacinal. Assim é possível concluir que após a introdução de RV1 e outras medidas preventivas, houve uma redução nos casos deRVA, além de os resultados contribuírem para o entendimento da diversidade genética de RVA em crianças carentes do Semiárido Brasileiro.

JIMENEZ, George Chaves. Mecanismo de transporte iônico, em íleo de coêlho, induzido por mecrocistina_LR de microcystis aeruginosa : participação de macrófagos, IL 1 ß, TNF a e mediadores pro-inflamatórios. 2003. 272 f. Tese (Doutorado em Farmacologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2003. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-06-08T16:13:42Z No. of bitstreams: 1 2003_tese_gcjimenez.pdf: 958050 bytes, checksum: 12018b1ac13a63aec89d109a96da8e92 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-06-11T15:31:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2003_tese_gcjimenez.pdf: 958050 bytes, checksum: 12018b1ac13a63aec89d109a96da8e92 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-11T15:31:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2003_tese_gcjimenez.pdf: 958050 bytes, checksum: 12018b1ac13a63aec89d109a96da8e92 (MD5) Previous issue date: 2003 / This work as main objective to evaluate the eletrogenic effect in preparations of íleum of rabbit fixes in chambers of Üssing, in presence of supernatant of macrophages (S.MfS), stimulated with microcistin-LR (MCLR), of Microcystis aeruginosa. S.MfS estimulated with MCLR (3,2.10-7M; 9,6.10-7M e 3,2.10-6M), produces effect secretion, of the form dose-dependent; being that short circuit current (Isc), the secular chain variation (t) can be described for an equation of the type Isc = a . ekt for a correlation coefficient r = 0,9988 and Iscmaximo = 128,16 ± 14,54 µA . cm-2. Later, was observed that the metabolic processes associates’ geneses of the FSI, from stimulated macrophages, require the participation of a protein G, sensible pertussis active toxin. It was also verified that inhibing of protéic synthesis, proteases, phosfolipase A2, ciclooxigenases, lipoxigenases, synthesis TNF-a, and antagonists of the PAF, they had reduced the FSI synthesis. With the application of monoclonal antibodies, it was verified that interleukin-b (IL-1b), was the main FSI; as also, that macrophages stimulated with MCLR, in the concentrations above, produced IL-1b and TNF-a, of form dose-dependent. The pay-treatment of the ileum mucosal with bumetanide, indomethacin, tetrodotoxin and HOE, disclosed that the secretory effect, by means of stimulated action of the S.MfS with MCLR is dependent of the secretion of ions chloride, with the participation of PAF, prostaglandins and mediators of the enteric nervous system. With this effect, it associates reduction of the transepitelial resistance (Rte), also mediated for prostaglandins, TNF-a, and indirectly IL-1b. The analysis of the coefficient of Hurst, disclosed that these effect had not occurred of random form, but had involved significant alterations in the kinetic parameters of the eletrogênic effect, to the level of the ileum mucosal. Macrophages stimulated for MCLR, produces and liberate more TNF-a of that IL-1b, to the Constant taxes, being this a linked characteristic to the type of employed stimulation. It is concluded, therefore, that MCLR stimulates macrophages to produce substances that can act as intestinal secretion factor, to the level of the ileum mucosal, involving chloride canals, reduction of the Rte, requesting for this, the participation of pro-inflammatory mediators and the enteric nervous system. / Este trabalho teve-se como principal objetivo, avaliar os efeitos eletrogênicos em preparações de íleo de coelho fixadas em câmaras de Üssing, em presença de sobrenadante de macrófagos (S.MfS) estimulados com microcistina-LR MCLR de Microcystis aeruginosa. S.MfS estimulados com MCLR (3,2.10-7M; 9,6.10-7M e 3,2.10-6M), produz, de forma dose-dependente; sendo que a variação temporal (t) da corrente de curto-circuito (Isc), pode ser descrita por uma equação do tipo Isc = a . ekt; para um coeficiente de correlação r = 0,9988 e Iscmaximo = 128,16 ± 14,54 µªcm-2. Posteriormente, observou-se que os processos metabólicos associados à gênese do fator de” secreção intestinal” (FSI), a partir de macrófagos estimulados, requer a participação de uma proteína G sensível à toxina pertusis ativa. Verificou-se também que inibidores de síntese protéica, proteases, fosfolipase A2, cicloxigenases, lipoxigenases,; síntese de TNF-a e antagonista do PAF, reduziram a síntese de FSI. Com o emprego de anticorpos monoclonais, verificou-se que IL-1b era o principal FSI; como também, que macrófagos estimulados com MCLR, nas concentrações acima, reduziu IL-1b e TNF-a, de forma dose-dependente. O pré-tratamento da mucosa ileal com bumetanida, indometacina, tetrodotoxina e HOE, revelou que o efeito secretório mediante ação do S.MfS estimulados com MCLR, é dependente da secreção de íons cloreto, com a participação de PAF, prostaglandinas e mediadores do sistema nervoso entérico. A este efeito associa-se a diminuição da resistência transepitelial (Rte), também mediada por, prostaglandinas, PAF, TNF-a e, indiretamente, IL-1b. A análise do coeficiente de Hurst (H), revelou que estes efeitos não ocorreram ao acaso, mas envolveram alterações significativas nos parâmetros cinéticos dos efeitos eletrogênicos, ao nível da mucosa ileal. Macrófagos estimulados com MCLR produz e libera mais TNFa do que IL-1b, à taxas constantes ; sendo esta uma característica atrelada ao tipo de estímulo empregado. Conclui-se, portanto, que MCLR estimula macrófagos a produzir substâncias que podem atuar como fator de “secreção intestinal” ao nível da mucosa ileal, envolvendo canais de cloreto, diminuição de Rte; requisitando para isto, a participação de mediadores pró-inflamatórios e do sistema nervoso entérico.

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Submitted by Tatiana Silva (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2013-01-24T18:26:35Z No. of bitstreams: 1 maria_e_g_dinatale_ioc_bcm_0039_2011.pdf: 1829421 bytes, checksum: 07e12e4a4d6ba086b729d30c6266b189 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-24T18:26:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 maria_e_g_dinatale_ioc_bcm_0039_2011.pdf: 1829421 bytes, checksum: 07e12e4a4d6ba086b729d30c6266b189 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A gastrenterite aguda (GA) é uma causa importante de morbidade e mortalidade infantil, no mundo. Segundo a OMS, as gastrenterites são, junto às infecções respiratórias agudas, os mais importantes agravos à saúde das crianças <5 anos, sendo responsáveis por 17% das 10,4 milhões de mortes a cada ano. No Paraguai, a GA constitui a terceira causa de mortalidade em crianças menores de 5 anos, para as quais a importância epidemiológica e filogenia dos rotavírus A (RV-A) tem sido amplamente descritas. No entanto, pouco se sabe sobre a importância epidemiológica de outros vírus na etiologia da doença. Os norovírus (NoV), gênero Norovirus da família Caliciviridae, são amplamente reconhecidos como os principais agentes causadores de surtos de GA não bacteriana e como o segundo vírus mais prevalente em infecções esporádicas. Neste estudo foi analisada a presença de NoVs em 378 amostras de fezes, negativas para bactérias patogênicas e RV-A, coletadas de crianças ≤ 5 anos de idade atendidas em ambulatórios ou hospitalizadas em Assunção, capital do Departamento Central e do país, Paraguai, no período de 2004/2005. Cento e sessenta e uma amostras (42,6%) foram positivas para NoVs através de ensaio para amplificação parcial do gene da polimerase viral. Nenhum pico sazonal ou diferença na incidência entre faixas etárias foi identificado. NoVs dos genogrupos I e II foram detectados em 42% e 58% das amostras positivas, respectivamente. Os genótipos encontrados foram: GII.4 (18%), GII.17 (18%), mais prevalentes; GII.6 (14%), GII.7 (14%), GII.3 (10%), GII.5 (3%), GII.8 (3%), GII.16 (3%), GI.3 (14%) e GI.8 (3%); e as relações filogenéticas com as estirpes da região e o mundo sao apresentadas no presente estudo. Os genótipos GII.5 e GI.8, identificados no mesmo, são descritos pela primeira vez na América do Sul. Os resultados aqui apresentados mostram que NoVs são uma causa importante de GA no Paraguai e seu acompanhamento contínuo será essencial para determinar o impacto real das infecções por estes vírus. / Acute gastroenteritis (AGE) is an important cause of infantile morbidity and mortality worldwide. According to WHO, AGE and the acute respiratory infections are the most important health problems in <5-year-old children, being responsible of 17% of 10.4 million of death every year. In Paraguay, AGE is the third cause of mortality in children <5 years old, for which the epidemiological importance of group A rotaviruses (RV-A) has been extensively described; however, little is known about the importance of other viruses. Noroviruses (NoVs), genus Norovirus from the Caliciviridae family, are widely recognized as the most important causative agents of non-bacterial AGE outbreaks and the second most prevalent viruses in sporadic infections. In this study we screened the presence of NoVs in 378 fecal samples, negative for pathogenic bacteria and rotavirus group A (RV-A), collected from children ≤5 years old with AGE, admitted as out- or in-patients in Asuncion, the capital of the Central State and the country, Paraguay, during 2004–2005. One hundred and sixty-one samples (42.6%) were positive for NoVs by partial gene amplification of the viral polimerase. No seasonality or differences in the incidence of the different age-groups were detected. NoV GII and GI were detected in 58% and 42% of the positive samples, respectively. The frequencies of genotypes detected were: GII.4 (18%), GII.17 (18%), the more prevalent; GII.6 (14%), GII.7 (14%), GII.3 (10%), GII.5 (3%), GII.8 (3%), GII.16 (3%), GI.3 (14%) and GI.8 (3%); the phylogenetic relationships among these strains and the ones that circulated in the region and around the world is shown in this study. Genotypes GII.5 and GI.8 are described here for the first time in South America. The results presented here show that NoVs are an important cause of AGE in Paraguay and its continuous monitoring will be essential to determine the real impact in AGE infections.

Made available in DSpace on 2015-10-21T12:19:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 ana_sa_ ioc_mest_2012.pdf: 3171036 bytes, checksum: cd95297b24f95941e437fe4f73f068f1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-05-21 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A gastronterite aguda (GA) é uma causa importante de morbidade e mortalidade entre crianças com menos de cinco anos no mundo. Segundo a Organização Mundial de Saúde, a GA e as infecções respiratórias agudas são os mais importantes agravos à saúde das crianças \2264 5 anos, responsáveis por 17% das 10,4 milhões de mortes a cada ano. As GA causadas por rotavírus da espécie A (RVA) são responsáveis por aproximadamente 390.000 mortes ao ano, 80% dessas nos países em desenvolvimento, principalmente na Ásia e na África. Os rotavírus são classificados em cinco espécies (A-E), sendo os da espécie A os principais agentes etiológicos da diarreia aguda em crianças menores de 5 anos. Pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus. Baseando-se nas proteínas de superfície, VP4 e VP7, os RVA são classificados em genótipos P e G, respectivamente. Estudos de epidemiologia molecular demonstraram que, mundialmente, cinco genótipos G são prevalentes: G1-4 e 9; em associação com os genótipos P[8], P[4] ou P[6]. Os norovírus (NoV), gênero Norovirus da família Caliciviridae, são amplamente reconhecidos como os principais agentes causadores de surtos de GA não bacteriana e como o segundo vírus mais prevalente em infecções esporádicas. Neste estudo, foi analisada a presença de RVA e NoV em 200 espécimes clínicos coletados de maio de 2008 a abril de 2009, em Fortaleza, Ceará. Os resultados revelaram 12% e 17% de prevalência para RVA e NoV, respectivamente. Todas as amostras positivas para RVA pertencem ao genótipo G2P[4], sugerindo a predominância deste genótipo Diferentes estudos realizados em vários Estados brasileiros revelaram que o genótipo G2P[4] é o mais prevalente desde 2005. Entretanto, foi demonstrado que existem flutuações, tanto temporais quanto geográficas, das combinações G-P de RVA circulantes. As análises filogenéticas permitiram identificar 3 variantes do gene que codifica para a proteína VP7, 2 variantes do gene que codifica a proteína VP4, 3 variantes do gene que codifica para a proteína NSP4, demonstrando a segregação independente dos genes de RV-A analisados. Em 2009, uma nova variante foi identificada. Dos mecanismos de geração de diversidade em RVA, foi possível evidenciar a ocorrência de: i) mutações pontuais; ii) reassortment entre amostras humanas; iii) reassortment entre amostras humanas e amostras bovinas para o gene que codifica para a proteína NSP4. Dentre os NoV, foram detectados os seguintes genótipos GII.4 (59%), GII.12 (17%), GII.6 (9%), GII.3 (6%) e GII.? (9%). O genótipo GII.4 foi predominante, seguido de GII.12, corroborando o fenômeno de emergência deste, descrito mundialmente a partir de 2008. Os resultados aqui apresentados mostram que os RVA e os NoV são importantes causas de GA no Estado do Ceará e o acompanhamento contínuo da epidemiologia destes vírus, em diferentes regiões do Brasil, será essencial para determinar o impacto real destas infecções no país / Acute gastroenteritis (AGE) is an important cause of morbidity and mortality of children <5 years old worldwide. According to WHO, AGE and the acute respiratory infections are the most important health problems in 5 - year - old children, being responsible of 17% of 10.4 million of death e very year. AGE caused by Rotavirus species A (RVA) are responsible for approximately 390,000 deaths annually, 80% of those in developing countries, mainly in Asia and Africa. Rotav iruses are classified into five species (A - E ) and species A constitute the m ost important etiological agent of acute diarrhea in children with less than 5 years old. Based on surface proteins, VP4 and VP7, R VA are classified as genotype P and G, respectively. Molecular epidemiology studies have shown that five G genotypes are prev alent worldwide: G1, G2, G3, G4 and G9, in association with the genotypes P[8], P[4] or P[6]. Noroviruses (NoV), gender Norovirus from the Caliciviridae family, are widely recognized as the most important causative agents of non - bacterial AGE outbreaks and the second most prevalent viruses in sporadic infections. In this study, we screened the presence of RVA and NoV in 200 fecal samples originated from clinical specimens in Fortaleza, Ceará collected from May 2008 to April 2009. The results obtained reveal ed prevalence of 12% and 17% for RVA and NoV, respectively. All positive samples for RVA belong to P[4]G2 genotype, suggesting the predominance of this genotype. Studies in various Brazilian states showed that the genotype P[4]G2 is the most prevalent sinc e 2005 . However, it was shown that there are fluctuations, both temporal and geographic, on the circulating RVA genotypes. Phylogenetic analyzes have identified 3 variants of the VP7, 2 variants of the VP4 gene, 3 variants of the NSP4 gene, demonstrating the independent assortment of the RVA genes analyzed. In 2009, a new variant was identified. Between the mechanisms of diversity generation in RVA, it was possible to demonstrate the occurrence of: i ) mutations ii ) reassortment between human samples iii ) r eassortment between human and bovine samples, regarding NSP4 gene analysis. Among NoV, t he following genotypes were detected: GII.4 (59%), GII.12 (17%), GII.6 (9%), GII.3 (6%) and GII.? (9%). The genotype GII.4 was predominant, followed by GII.12, corrobor ating its global emergency, described since 2008. The results presented here show that RVA and NoV are important causes of AGE in Ceará State and its continuous monitoring in different regions of Brazil will be essential to determine their real impact in A GE infections in Brazil .

Made available in DSpace on 2016-04-15T12:56:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 juliana_andrade_ioc_mest_2013.pdf: 2734146 bytes, checksum: 7430ee31960a9248ee0ab399f4659502 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Os vírus do gênero Norovirus pertencem à família Caliciviridae e são divididos em cinco genogrupos (G) e 35 genótipos, sendo GI, GII e GIV capazes de infectar humanos e o genótipo GII.4 com suas variantes o de maior impacto epidemiológico. Os norovirus (NoV) são os principais agentes de surtos de gastroenterite aguda (GA) em todo o mundo, infectando indivíduos de todos os grupos etários. No Brasil, a importância destes vírus em casos esporádicos e de surtos de GA tem sido demonstrada pela prevalência e diversidade dos vírus circulantes em alguns estados, embora ainda não exista um sistema de vigilância rotineiro que investigue a prevalência desses vírus em todo o país. A ausência de dados sobre a caracterização molecular dos NoV no estado do Rio Grande do Sul (RS) chama atenção pelo número de surtos de GA relatados nos últimos anos. O objetivo desta dissertação foi realizar um estudo de epidemiologia e caraterização molecular de NoV provenientes de casos de GA decorrentes de surtos ocorridos no RS no período de 2004 a 2011, contribuindo para o estabelecimento da vigilância epidemiológica e molecular desses vírus. Com esta finalidade, foram analisadas 2265 amostras de fezes enviadas pelo Laboratório Central do Rio Grande do Sul (LACEN-RS) do estado ao Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental (LVCA) provenientes de 741 surtos ocorridos neste período. Para detecção simultânea dos NoV GI e GII foi realizada a reação em cadeia da polimerase precedida de transcrição reversa (RT-PCR), tendo como alvo de amplificação a região da RNA polimerase viral RNA dependente (RdRp), conhecida como região B NoV foi detectado em 36,1% (817/2265) das amostras estudadas, sendo associado a 327 (44,1%) surtos, dos quais 60,5% (109/180) ocorridos no ano de 2006. A analise dos aspectos epidemiológicos revelou uma tendência no aumento da taxa de infecção de acordo com o aumento do grupo etário, assim como uma sazonalidade dos virus nos meses de primavera e inverno, com taxas de detecção de 41,9% e 43%, respectivamente. Em relação aos aspectos clinicos, vômito e dor abdominal foram as manifestações mais observadas nos indivíduos infectados. Para a caracterização molecular dos vírus, de cada um dos oito anos de estudo, foram selecionados aleatoriamente 142 vírus representativos das sete mesorregiões que compõem o estado. A caracterização em GI e GII foi realizada pelo seqüenciamento parcial dos nucleotideos pela amplificação genomica de duas regiões que codificam a proteína do capsideo viral (VP1), denominadas região C e D. Deste total, 110 vírus foram caracterizados como GII (77,4%) e duas como GI (1,4%), sendo o GII.4 (72,3%) o genótipo mais detectado, seguido pelo GII.6 (9,8%). Em menor número também foram caracterizados GII.2, GII.3, GII.4, GII.6, GII.12, GII.13, GII.14, GII.15, GII.17, GII.21, GI.1 e GI.3. Com o subsequente sequenciamento da região P2, também localizada na VP1, foram identificadas cinco variantes do GII.4 circulando no estado, nomeadas: 2003, 2004, 2006a, 2006b e 2010. A variante 2006b foi detectada em 47,8% (22/46) das amostras, seguida da variante 2010 com 41,3% (19/46) de detecção entre os GII.4. A grande diversidade de genótipos encontrados e alta prevalência do genótipo GII.4 e suas variantes corrobora a necessidade de se manter uma vigilância epidemiológica e molecular desses vírus no país, principalmente devido a associação do surgimento de novas variantes a surtos de de NoV de dimensões globalizadas / Viruses of the genus Norovirus belongs to the family Caliciviridae and are divided into five genogroups (G) and 35 genotypes, GI, GII and GIV able to infect humans and the genotype GII.4 and its variants has the highest epidemiological impact. The norovirus (NoV) are the main agents of outbreaks of acute gastroenteritis (AG) worldwide, infecting individuals of all age groups. In Brazil, the importance of these viruses in sporadic cases and outbreaks of AG has been demonstrated by the prevalence and diversity of circulating viruses in some states, although there is no system of routine surveillance to investigate the prevalence of these viruses across the country. The absence of data on the molecular characterization of NoV in the state of Rio Grande do Sul (RS) stands out by the number of outbreaks of AG reported in recent years. The aim of this dissertation was perform a study of the epidemiology and molecular characterization of NoV from cases of AG due to outbreaks in the RS state from 2004 to 2011, contributing to the establishment of epidemiological and molecular surveillance of these viruses. For this purpose, we analyzed 2265 stool samples sent by the Central Laboratory of RS (LACEN-RS) of the state to Virology Laboratory Comparative and Environmental (LVCA) from 741 outbreaks in this period. For simultaneous detection of GI and GII NoV was performed polymerase chain reaction reverse transcription (RT-PCR), aiming the target amplification the region of viral RNA dependent RNA polymerase (RdRp), known as Region B. NoV was detected in 36,1% (817/2265) of the samples studied, and linked to 327 (44,1%) outbreaks, of which 60,5% (109/180) occurred in 2006 The analysis of epidemiological revealed a tendency in the increased rate of infection in accordance with increasing in the age, as well as seasonality of virus in the months of spring and winter, with detection rates of 41,9% and 43%, respectively. Regarding clinical aspects, vomiting and abdominal pain were the most observed manifestations in infected individuals. For the molecular characterization of the viruses, each of the eight years of the study, were randomly selected 142 representative viruses of the seven mesoregions belonging to state. The characterization in GI and GII was performed by partial sequencing of genomic amplification of nucleotides by two regions that encodes viral capsid protein (VP1), termed region C and D. Of this total, 110 viruses were characterized as GII (77,4%) and two as GI (1,4%), being the GII.4 (72,3%) genotype mostly detected, followed by GII.6 (9,8%). In lower number were also characterized GII.2, GII.3, GII.4, GII.6, GII.12, GII.13, GII.14, GII.15, GII.17, GII.21, and GI.1 GI.3. With the subsequent sequencing of the P2 region, also located in VP1, we identified five variants of GII.4 circulating in the state, namely: 2003, 2004, 2006a, 2006b and 2010. The variant 2006b was detected in 47,8% (22/46) samples, then the variant 2010 with 41,3% (19/46) between the GII.4 detection. The great diversity of genotypes found and high prevalence of genotype GII.4 and its variants supports the need to maintain a molecular and epidemiological surveillance of these viruses in the country, mainly due to the association of the emergence of new variants of NoV with outbreaks of globalized dimensions

Submitted by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-09-25T19:28:09Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-09-25T20:01:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-25T20:01:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Departamento de Virologia / Estudos baseados em comunidades fornecem informações que representam geograficamente o perfil das doenças diarreicas infantil. Entretanto, nos países em desenvolvimento são poucos os estudos que relatam a circulação das principais viroses gastrentéricas em uma mesma comunidade. Este estudo apresenta dos dados da investigação da frequência da infecção dos norovírus e sapovírus em crianças com gastrenterite aguda participantes de um estudo longitudinal em comunidades carentes da cidade de Salvador, BA, Brasil. A caracterização molecular de outros vírus entéricos previamente detectados nesta mesma população também foi realizada. Este estudo representa a continuidade de um projeto anterior desenhado para estabelecer o perfil dos patógenos entéricos mais prevalentes nessas comunidades. Neste estudo, 139 amostras fecais coletadas no período de julho de 2001 a janeiro de 2002 foram analisadas por RT-PCR usando inicialmente um conjunto de oligonucleotídeos para detecção de calicivírus (norovirus e sapovirus) e um específico para norovírus. Sete amostras (5,0%) foram positivas para calcivírus e 11 amostras (7,9%) foram para norovírus. Uma amostra foi caracterizada como SaV e sete amostras como genovírus do grupo GII, por sequenciamento de nucleotídeos. A caracterização molecular do rotavírus do grupo A (RV-A) e astrovírus (HAstV) previamente detectados, revelou a circulação do RV-A genótipos G1P[8] e G9P[8] e HAstV genótipos 6, 7 e 8. Não foram observadas infecções mistas. Estes achados apontam para a grande diversidade dos genótipos dos mais importantes vírus associados às gastrenterites agudas circulando em comunidades carentes / Community-based studies provide information geographically representing the profile of childhood diarrheal diseases. However, in the developing countries there are few studies that report the circulation of the main gastro-enteric viruses in the same community. This study presents data from the investigation of the frequency of norovirus and sapovirus infection in children with acute gastroenteritis who participated in a longitudinal study in poor communities in the city of Salvador, BA, Brazil. The molecular characterization of other enteric viruses previously detected in this same population was also performed. This study represents the continuity of an earlier project designed to establish the profile of the most prevalent enteric pathogens in these communities. In this study, 139 fecal samples collected from July 2001 to January 2002 were analyzed by RT-PCR using a set of oligonucleotides for the detection of calicivirus (norovirus and sapovirus) and one specific for norovirus. Seven samples (5.0%) were positive for calcivirus and 11 samples (7.9%) were for norovirus. One sample was characterized as SaV and seven samples as genovirus of group GII, by nucleotide sequencing. The molecular characterization of the rotavirus group A (RV-A) and astrovirus (HAstV) previously detected, revealed the circulation of the RV-A genotypes G1P [8] and G9P [8] and HAstV genotypes 6, 7 and 8. They were not observed infections. These findings point to the great diversity of genotypes of the most important viruses associated with acute gastroenteritis circulating in poor communities

Orientador: Cristiano Gallina Moreira / Banca: Ana Marisa Fusco Almeida / Banca: Samar Freschi de Barros / Resumo: Salmonella Typhimurium é um patógeno causador de gastroenterite em humanos e outros mamíferos, e sua habilidade de invadir as células epiteliais e replicar-se dentro de macrófagos a torna um importante modelo de estudo de mecanismos de virulência e interação patógeno-hospedeiro. O estudo desta interação baseia-se na sinalização química via hormônios do hospedeiro e do patógeno, e durante a investigação destes processos foi detectada uma nova proteína denominada VisP, relacionada a funções celulares diversas como manutenção de membrana, metabolismo, virulência bacteriana e resposta ao estresse. A motilidade via flagelos, importante na colonização e exploração de novos nichos, é um dos importantes mecanismos de patogenicidade bacteriana durante o processo de infecção. O objetivo deste trabalho foi investigar a motilidade mediada por flagelos e seu funcionamento em S. Typhimurium, bem como a participação de VisP durante o processo. Para isso, foram feitos ensaios de motilidade, análise da expressão gênica de genes alvos importantes para a patogênese, expressão da flagelina FliC e microscopia em cada um dos mutantes isogênicos comparados à cepa selvagem. Foi evidenciado que a retirada do gene visP afeta a motilidade de S. Typhimurium, bem como promove um desequilíbrio na homeostase da membrana celular, gerando um aumento exacerbado de flagelina através de um mecanismo ainda não elucidado. A compreensão destes processos é essencial para o entendimento da relação patógeno-hospedeir... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Salmonella Typhimurium is a pathogen that promotes gastroenteritis in humans and mammals, and its ability to invade epithelial cells and replicate inside macrophages makes Salmonella an important model for the study of virulence and host-pathogen interactions. This interaction is based on chemical signaling via host and pathogen hormones, and during this investigation a novel protein named VisP was described. This protein is related to diverse cell processes as membrane maintenance, metabolism, virulence and stress response. Flagellar motility, which is important for colonization and exploration of new niches, is one of the bacterial pathogenicity mechanisms that occurs during infection. The aim of the study was to investigate flagellar motility and its operation in S. Typhimurium and verify the participation of VisP protein during this process. Motility assays, gene expression analysis of target genes important for pathogenesis, expression of FliC protein and microscopy were performed with the isogenic mutants comparative to the wild type. The results demonstrated that the visP gene impacts motility in S. Typhimurium, promoting a misbalance in cellular membrane and increasing levels of flagellin via an unknown mechanism. The elucidation of these processes is essential to understanding host-pathogen associations, and contributes to the development of novel technologies and therapies. / Mestre

Made available in DSpace on 2014-08-11T12:37:23Z (GMT). No. of bitstreams: 4 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) suzana_mulatinho_ipec_mest_2012.pdf: 3844426 bytes, checksum: 1bdc718fa6600199bcc9d79245a7a37b (MD5) suzana_mulatinho_ipec_mest_2012.pdf.txt: 76691 bytes, checksum: 23d6117cebef370cd21ccda6b1a48160 (MD5) suzana_mulatinho_ipec_mest_2012.pdf.jpg: 1319 bytes, checksum: 6857e4f3de76f9a7d7f6209a54113eb0 (MD5) Previous issue date: 2014-05-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro,RJ,Brasil / Introdução: O rotavírus é o principal causador de diarreia aguda na infância, representando cerca de 50% dos casos de gastroenterite que necessitam de internação. Desde 2006, muitos países incluíram a imunização para rotavírus no calendário nacional de vacinação. O objetivo desse estudo é avaliar a efetividade das vacinas para rotavírus em comercialização, Rotarix® e Rotateq®. Metodologia: A estratégia de busca utilizou as bases de dados SCOPUS, WEB OF SCIENCE, PUBMED, LILACS E EMBASE e incluiu artigos de jan/2004 a jan/2012 que avaliassem a efetividade de uma ou de outra vacina. Os resultados extraídos de forma independente por dois pares de revisores foram organizados em uma ficha padronizada para cada artigo. A avaliação de qualidade foi mensurada e confeccionada uma tabela com os dados extraídos Resultados: Dos 101 artigos aprovados, foram incluídos 30, entre os quais havia estudos seccionais, ecológicos, coorte e caso-controle. Entre os estudos ecológicos observou-se faixa de redução da hospitalização específica por rotavírus de 29,4 a 82,1% (Rotarix®) e de 9 a 96% (Rotateq®). A mortalidade por diarreia reduziu 4 a 68% (Rotarix®) e 20,4% (Rotateq®). O grau de efetividade variou de acordo com a faixa etária, cobertura vacinal, sazonalidade do rotavírus, ano avaliado e número de doses recebidas. A mortalidade por rotavírus não foi avaliada. Os resultados de efetividade comparativos do quarto ano de vacinação foram inferiores em relação ao terceiro, com variação de 9 a -136%. Conclusão: Outros estudos de efetividade das vacinas contra formas graves de gastroenterite aguda são necessários para confirmar os efeitos benéficos de ambas em longo prazo / Introduction: Rotavirus is the major cause of acute diarrhea in children , representing 50 % of severe cases of gastroenteritis requiring hospitalization . Since 2006, many countries have included immunization against rotavirus vaccination in the national calendar . The aim of this study is to evaluate the effectiveness of rotavirus vaccines currently in use, Rotarix ® and Rotateq ® . Methods: The search strat egy used the databases SCOPUS , WEB OF SCIENCE , PUBMED , LILACS and EMBASE and included articles from January 2004 to January 2012 to assess the effectiveness of one or another vaccine . The results obtained independently by two pairs of reviewers were organi zed in a standardized form for each article . The quality evaluation was performed and made a table with t he extracted data. Results: Among the 101 articles aproved, w ere included 30 , cross - sectional , ecological, cohort and case - control studies. Among the e cological studies was observed reduction in rotavirus - specific hospitalization from 29.4 to 82.1% ( Rotarix ®) and from 9 to 96% ( Rotateq ®). Mortality due to diarrhea decreased 4 to 68 % ( Rotarix ® ) and 20.4 % ( Rotateq ® ). The degree of effectiveness varied according to age, vaccine’s coverage , rotavirus season , the year assessed and number of doses received . The m ortality due to rotavirus was not evaluated. The comparative effectiveness results of the fourth year were lower than the third year of immunizatio n , ranging from 9 to - 136 %. Conclusion : Further studies on the effectiveness of vaccines against seriou s acute gastroenteritis are needed to confirm the long - term effects of both vaccines .

Made available in DSpace on 2016-03-28T12:39:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 mariela_gomez_ioc_mest_2009.pdf: 2281409 bytes, checksum: f9b9a1b11805beacdb9238a9bda6a0ef (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Segundo a OMS, as gastrenterites são, após as infecções respiratorias agudas, os mais importantes agravos à saúde em crianças ≤ anos. Devido à complexidade da epidemiologia dos rotativos do grupo A (RV-A), particularmente em países em desenvolvimento, torna-se fundamental o conhecimento dos genótipos das amostras circulantes, principalmente a partir da introdução da vacina monovalente Rotarix® (G1P[8] pela Programa Nacional de Imunizações no Brasil em março de 2006. Nos estudos de Fase III realizados com a Rotarix® a prevalência do RV-A genótipo G2P[4] foi extremamente baixa e a avaliação de imunização heterotípica contra este genótipo foi realizada através de estudos de metanálises estatísticas. Este genótipo, em geral, está associado às manifestações clínicas mais graves. Diferentes estudos evidenciaram a re-emergência do genótipo G2P[4] no Brasil a partir de 2005, e em outros países, sugerindo que seria um fenômeno continental relacionado à variabilidade temporal da distribuição de genótipos qu ocorre naturalmente. Porém, uma mudança na epidemiologia e distribuição deste genótipo relacionada à introdução da vacina Rotarix® no Brasil não pode ser descartada e necessita ser investigada. Deve-se considerar que o genótipo G2P[4] não compartilha antígenos VP4 ou VP7 com a amostra vacinal Rotarix®. Os dados obtidos neste estudo revelaram a circulação de diferentes variantes de RV-A genótipo G2P[4] no período de 1996 a 2009 no Brasil. Além das variantes genotípicas, também foi possível identificar variantes genéticas do genes VP7, VP4, VP6 e NSP4, mostrando a segregação independente dos mesmos. As análises filogenéticas baseadas nos genes que codificam para as proteínas VP7 e VP4, permitiram inferir a ocorrência de múltiplas introduções do genótipo G2P[4] no Brasil. Evidenciando o fluxo de variantes genéticas que ocorre em nível global para este genótipo. Também foi possível evidenciar a ocorrência de mutações pontuais e reassortment entre amostras humanas, para os quatro genes analisado; e entre amostras humanas e amostra bovinas para o gene que codifica para a proteína NSP4. Os resultados do presente estudo são fundamentais na tentativa de se ter uma melhor entendimento da epidemiologia e a evolução dos RV-A genótipo G2P[4] e demonstra a importância do monitoramento contínuo e a caracterização molecular das amostras de RV-A circulantes, tanto em humanos quanto em animais / According to the World Health Organization (WHO), a cute gastroenteritis are the major cause of gastroenteritis in children ≤ 5 years old, after acute respiratory infections. Due to the epidemiology complexity of rotavirus-A (RV-A), especially in developing countries, it is important to determinate which are the genotypes of the circulating strains, principally after the introduction of the monovalent vaccine Rotarix ® (G1P[8]) in Brazil by the National Immunization Program. In Phase III trials with Rotarix®, the prevalence of genotype G2P[4] was extremely low, and therefore, evaluation of heterotypic immunization against this genotype was performed by meta-analysis statistics tests. This genotype, in general, is associated with more severe clinical manifestations. Different studies have showed the re-emergence of genotype G2P[4] in Brazil, since 2005, and in other countries, suggesting that it would be a continental phenomenon related to the temporal variability in the genotypes distribution that occur naturally. However, changes in the epidemiology and distribution of this genotype related to the introduction of the vaccine Rotarix® in Brazil can not be excluded and needs to be investigated. Should be considered that genotype G2P[4] does not share VP4 or VP7 antigens with the Rotarix® vaccine strain. Data obtained in this study revealed the circulation of different variants of RV-A genotype G2P [4] in the period of 1996 to 2009 in Brazil. In addition to genotypic variants, was also possible to identify genetics variants of the genes: VP7, VP4, VP6 and NSP4, showing independent segregation. The phylogenetic analysis based on the genes that code proteins VP7 and VP4, allowed to infer the ccurrence of multiple introductions of genotype G2P[4] in Brazil. It was possible to identify the occurrence of point mutations and reassortment events between human strains for the four genes studied, and between human and bovine strains for NSP4 gen. The results obtained in this study are fundamental in our attempt to gain a better understanding of epidemiology and evolution of RV-A genotype G2P[4] and demonstrates the importance of continuous monitoring and molecular characterization of RV-A strains circulating in human and animal populations.