As gastroenterites ainda são um importante problema de saúde pública nos países em desenvolvimento e as Escherichia colí são as principais causas de diarréias. Adultos brasileiros apresentam anticorpos reativos com E. colí enteropatogênica (EPEC), que apresenta muitas semelhanças com E. colí enterohemorágica (EHEC) e pode ser responsável por complicações como a síndrome hemolítica urêmica e a colite hemorrágica. Ambas as bactérias apresentam um mecanismo patogênico comum: a formação da lesão \"attaching and effacing\" nos microvilus dos enterócitos, mediadas por fatores de virulência, como Intimina, Tir e as Esps. Os lipopolissacarídeos (LPS) são componentes da membrana externa das bactérias gram-negativas, incluindo E. colí. A infecção por EHEC 0157 resulta na produção de anticorpos séricos antiLPS 0157, que geralmente são indicativos de infecção recente. Neste trabalho, nós investigamos a presença de anticorpos séricos IgG e IgM anti-EHEC 0157:H7, EHEC 0111:H- e EPEC 0111:H- em adultos brasileiros, da Grande São Paulo. Amostras de soro foram coletadas de 200 adultos saudáveis, doadores de sangue, e um pool foi formado com 100 amostras. Anticorpos foram determinados em 100 amostras individuais por ELlSA com bactérias íntegras e anti-LPS para a determinação de anticorpos específicos anti-LPS 0111 e 0157 com o \"pool\" de soro como controle, em relação às concentrações de IgG e IgM totais determinadas simultaneamente. Os resultados foram submetidos a análise estatística. O repertório de anticorpos IgG e IgM para as três bactérias foi investigado por \"immunoblotting\" (18). A presença de anticorpos anti-bacterianos e anti-LPS foi confirmada. Existe uma correlação positiva entre os anticorpos reativos com as três bactérias, e entre os anticorpos anti-bactéria e anti-LPS. As concentrações de IgM anti-LPSs foi mais alta que IgG, o que está de acordo com o mecanismo imune esperado para um antígeno timo-independente. As concentrações de anti-LPS 0157 foram altas, apesar da baixa freqüência da bactéria 0157 em nosso meio. Os ensaios de 18 mostraram anticorpos reativos com bandas antigênicas sugestivas de fatores de virulência. A origem destes em nossa população poderia ser o contato com bactérias da microbiota ou do ambiente, de animais ou alimentos. Alternativamente, nossa população pode estar exposta à EHEC mais freqüentemente do que imaginado até agora. / Gastroenteritis is still an important public health problem in developing countries and Escherichia coli are frequent agents of diarrhea. Brazilian adults present antibodies reactive with the principal virulence factors of enteropathogenic E. coli (EPEC), which have many genetic and antigenic similarities with enterohemorrhagic E. coli (EHEC), that may be responsible for complications following diarrhea, as haemolytic uremic syndrome (HUS) and hemorrhagic colitis (HC). Both bacteria present a common pathogenic mechanism, with the formation of “attaching and effacing" lesion in microvilis’ enterocytes, mediated by virulence factors codified by the patogenicity island LEE, as Intimin, Tir e Esps. Lipopolysaccharides (LPS) are components of outer membrane and important virulence factors of Gram-negative bacteria including E. coli. The infection with EHEC O157 results in the production of serum antibodies to the O157 LPS antigens, and usually they are indicators of recent infection. In this work we investigated IgG and IgM serum antibodies reactive with EHEC O157:H7, EHEC O111:H- and EPEC O111:H- antigens in healthy Brazilian adults, living in São Paulo. Serum samples were collected from 200 healthy adults (blood donors) and a pool was formed with 100 samples. The antibody levels were determined by ELISA for 100 individual serum samples by means of a whole cell ELISA with the three bacteria and an anti-LPS ELISA for the determination of the concentrations of specific antibodies anti-LPS O111 and O157, using the serum pool as control, in relation to the total IgG and IgM concentrations determined simultaneously. The results were submitted to statistical analysis. The repertoire of IgG and IgM antibodies to the three bacteria was investigated by immunoblotting (IB). The presence of anti-bacterial and anti-LPS seric antibodies was confirmed. There is a positive correlation between the titers of antibodies reactive with the three bacteria and between anti-bacteria and anti-LPS antibodies. The concentrations of IgM anti-LPSs were significantly higher than IgG, which is in accordance with the immune mechanism expected to a thymus-independent antigen. Surprisingly the concentrations of anti-LPS O157 were high taking into account the low frequency of O157 bacteria isolation in our country. The IB assays showed the presence of antibodies, mainly IgG, reactive with many antigenic bands suggestive of virulence factors. The origin of anti-EHEC antibodies in our population could be the contact with microbiota or environment bacteria, and animal or human E. coli strains, pathogenic or not. Alternatively, our people may be exposed to EHEC more frequently than previously thought.

De um total de 187 amostras fecais coletadas no ambulatório do Hospital Universitário/USP, entre 1994 a 1996, 54 (28,9%) foram positivas para rotavírus. Entre as amostras caracterizadas por EGPA foram identificados nove perfis eletroforéticos longos, dois curtos e um tipo não usual. O subgrupo II e o sorotipo G2 foram os mais freqüentemente identificados. Foram caracterizadas três amostras com misturas de sorotipos. As amostras positivas e mais 163 amostras, coletadas em um laboratório particular, em 2000, foram genotipadas. Os genótipos G2P[4] e G1P[8] foram os mais freqüentes nos anos de 1994-1996 e G1P[8] e G9P[8], os mais freqüentes em 2000. Os genótipos G3 e G4 foram detectado em menor freqüência. No HU, 20 (38,5%) amostras foram caracterizadas como misturas de genótipos G e 16 (29,6%), como misturas de genótipos P; não foram identificadas misturas em 2000. Dezoito amostras foram caracterizadas como P[10] por RT-PCR mas a análise da seqüência de nucleotídeos mostrou uma homologia de 90,7 a 98,0% com a amostra padrão P[8]. / From 187 fecal samples collected from outpatients at Hospital Universitário (HU)/ USP, between 1994 to 1996, 54 (28,9%) were positive for rotavirus. Positive samples were submitted to electropherotyping, subgrouping, and G serotype. Electropherotypes were characterized as nine different long genome profiles, one short and one unusual profile. Subgroup II and G2 serotype were the most frequently found and three samples showed mixed serotypes. Rotavirus samples and an additional 163 positive fecal samples, collected in a private laboratory in 2000, were G and P genotyped. Genotypes G2P[4] and G1P[8] were the most frequently found in 1994-1996 and, in 2000, G1P[8] and G9P[8] were the most frequent. Genotype G3 and G4 were detected as minor strains in both years. For HU, G genotype mixtures were found in 20 (38.5%) samples and P mixtures were found in 16 (29.6%). No mixtures were identified in 2000. Nucleotide sequencing and phylogenetic analysis of 18 P[10] samples by RT-PCR showed 90.7 to 98.0% homology with the P[8] prototype.

FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / As doenÃas de veiculaÃÃo hÃdrica sÃo consideradas surtos caracterÃsticos de regiÃes, em que o abastecimento de Ãgua potÃvel e a estrutura sanitÃria encontram-se desorganizados e atà mesmo inexistentes. Objetivou-se traÃar um diagnÃstico das doenÃas de veiculaÃÃo hÃdrica prevalentes em crianÃas (na faixa etÃria de 0 a 4 anos) na cidade de Crato/CE. Trata-se de uma pesquisa quantitativa, do tipo documental, desenvolvida no municÃpio de Crato - CE. Com relaÃÃo ao nÃmero de crianÃas atendidas pelas Equipes de SaÃde da FamÃlia viu-se que na zona rural, no ano de 2010, 2096 crianÃas e na zona urbana 4812, jà no ano de 2011 na zona rural, 2012 crianÃas e na zona urbana 4319. A coleta pÃblica passou a atender 78,7% das famÃlias, com reduÃÃo na dispersÃo do resÃduo sÃlido em cÃu aberto para 10%. Houve um aumento das canalizaÃÃes das residÃncias passando para 35,6% das famÃlias, bem como um aumento do acesso à Ãgua prÃpria para consumo humano passando em mÃdia para 83,4% das famÃlias. Percebe-se que a Zona Rural, nos distritos de Campo Alegre, Monte Alverne e Dom Quintino, encontra-se recebendo Ãgua de outras fontes que nÃo a Rede PÃblica o que compromete a qualidade da saÃde. No ano de 2010, ocorreram 55 casos de dengue, com um de FHD, 6 casos de Leishmaniose Tegumentar, um caso de Hepatite A. No ano de 2011 foi possÃvel evidenciar 21 casos de Dengue, um caso de FHD, 4 casos de Leishmaniose Tegumentar, e uma notificaÃÃo de Hepatite A. Quanto a Gastroenterite, no ano de 2010 e 2011, foram acometidas 1039 e 930 crianÃas respectivamente, jà no HMSFA nos respectivos anos, foram atendidas 1043 e 766 crianÃas. Percebe-se que as DVH sÃo encontradas em regiÃes em que nÃo hà planejamento urbano, acesso à Ãgua de qualidade, distribuiÃÃo desigual de renda, ausÃncia de saneamento bÃsico, bem como, estÃo relacionadas com o desenvolvimento In-SustentÃvel. Dessa maneira, todas as suas formas de transmissÃo e contÃgio poderiam ser quebradas melhorando a renda, a moradia, o saneamento, serviÃos essenciais que possibilitam a qualidade de vida da populaÃÃo. Cabe, assim, aos gestores, observar a cadeia das DVH e trabalhar para que as comunidades recebam a assistÃncia com acesso igual e de qualidade, favorecendo a saÃde. / The water-borne diseases are considered outbreaks from regions in which the drinking water supply and sanitary conditions are unorganized or even inexistent. The main aim of this work was to raise up a diagnosis about the water-borne diseases from Crato, CE. The documental quantitative research observed that in 2010 there were 2096 children attended by the Family health team in the countryside of the city, while there were 4812 in the urban area. In 2011, 2012 and 4319 children were attended in the countryside and urban area, respectively. The garbage gathering attended 78.9% with a reduction of the waste open to 10%. There was an increasing in the houses with sewage up to 36.5% with the families being attended, as well as there was an increasing of the access to own water to human consumption getting 83.4% of the families in average. It was observed the districts of Campo Alegre, Monte Alverne and Dom Quintino, in the countryside, get water from other sources than the public one. This implicates the health quality. Thus, it was observed that in 2010 it occuried 55 cases of dengue, being one of FHD; 6 cases of Cutaneous Leishmaniasis and one of Hepatitis A. In 2011, occurred 21 cases of dengue, being one of FHD; 4 cases of Cutaneous Leishmaniasis and one of Hepatitis A. It was registered 1039 and 930 cases of children with gastroenteritis in 2010 and 2011, respectively. In the same period, 1043 and 766 children were attended in the HMSFA. We can observe that the water-borne diseases are really related to regions that have not urban planning, access to good quality water, income distribution, sanitation, as well as they are related with the non- sustainable development. Thus, all the transmission and contamination ways could be pull out getting improvements in the conditions cite above. Therefore, it is up to managers observe the water-borne diseases chain and to work to pull out this conditions to improve the health conditions.

De um total de 187 amostras fecais coletadas no ambulatório do Hospital Universitário/USP, entre 1994 a 1996, 54 (28,9%) foram positivas para rotavírus. Entre as amostras caracterizadas por EGPA foram identificados nove perfis eletroforéticos longos, dois curtos e um tipo não usual. O subgrupo II e o sorotipo G2 foram os mais freqüentemente identificados. Foram caracterizadas três amostras com misturas de sorotipos. As amostras positivas e mais 163 amostras, coletadas em um laboratório particular, em 2000, foram genotipadas. Os genótipos G2P[4] e G1P[8] foram os mais freqüentes nos anos de 1994-1996 e G1P[8] e G9P[8], os mais freqüentes em 2000. Os genótipos G3 e G4 foram detectado em menor freqüência. No HU, 20 (38,5%) amostras foram caracterizadas como misturas de genótipos G e 16 (29,6%), como misturas de genótipos P; não foram identificadas misturas em 2000. Dezoito amostras foram caracterizadas como P[10] por RT-PCR mas a análise da seqüência de nucleotídeos mostrou uma homologia de 90,7 a 98,0% com a amostra padrão P[8]. / From 187 fecal samples collected from outpatients at Hospital Universitário (HU)/ USP, between 1994 to 1996, 54 (28,9%) were positive for rotavirus. Positive samples were submitted to electropherotyping, subgrouping, and G serotype. Electropherotypes were characterized as nine different long genome profiles, one short and one unusual profile. Subgroup II and G2 serotype were the most frequently found and three samples showed mixed serotypes. Rotavirus samples and an additional 163 positive fecal samples, collected in a private laboratory in 2000, were G and P genotyped. Genotypes G2P[4] and G1P[8] were the most frequently found in 1994-1996 and, in 2000, G1P[8] and G9P[8] were the most frequent. Genotype G3 and G4 were detected as minor strains in both years. For HU, G genotype mixtures were found in 20 (38.5%) samples and P mixtures were found in 16 (29.6%). No mixtures were identified in 2000. Nucleotide sequencing and phylogenetic analysis of 18 P[10] samples by RT-PCR showed 90.7 to 98.0% homology with the P[8] prototype.

As gastroenterites ainda são um importante problema de saúde pública nos países em desenvolvimento e as Escherichia colí são as principais causas de diarréias. Adultos brasileiros apresentam anticorpos reativos com E. colí enteropatogênica (EPEC), que apresenta muitas semelhanças com E. colí enterohemorágica (EHEC) e pode ser responsável por complicações como a síndrome hemolítica urêmica e a colite hemorrágica. Ambas as bactérias apresentam um mecanismo patogênico comum: a formação da lesão \"attaching and effacing\" nos microvilus dos enterócitos, mediadas por fatores de virulência, como Intimina, Tir e as Esps. Os lipopolissacarídeos (LPS) são componentes da membrana externa das bactérias gram-negativas, incluindo E. colí. A infecção por EHEC 0157 resulta na produção de anticorpos séricos antiLPS 0157, que geralmente são indicativos de infecção recente. Neste trabalho, nós investigamos a presença de anticorpos séricos IgG e IgM anti-EHEC 0157:H7, EHEC 0111:H- e EPEC 0111:H- em adultos brasileiros, da Grande São Paulo. Amostras de soro foram coletadas de 200 adultos saudáveis, doadores de sangue, e um pool foi formado com 100 amostras. Anticorpos foram determinados em 100 amostras individuais por ELlSA com bactérias íntegras e anti-LPS para a determinação de anticorpos específicos anti-LPS 0111 e 0157 com o \"pool\" de soro como controle, em relação às concentrações de IgG e IgM totais determinadas simultaneamente. Os resultados foram submetidos a análise estatística. O repertório de anticorpos IgG e IgM para as três bactérias foi investigado por \"immunoblotting\" (18). A presença de anticorpos anti-bacterianos e anti-LPS foi confirmada. Existe uma correlação positiva entre os anticorpos reativos com as três bactérias, e entre os anticorpos anti-bactéria e anti-LPS. As concentrações de IgM anti-LPSs foi mais alta que IgG, o que está de acordo com o mecanismo imune esperado para um antígeno timo-independente. As concentrações de anti-LPS 0157 foram altas, apesar da baixa freqüência da bactéria 0157 em nosso meio. Os ensaios de 18 mostraram anticorpos reativos com bandas antigênicas sugestivas de fatores de virulência. A origem destes em nossa população poderia ser o contato com bactérias da microbiota ou do ambiente, de animais ou alimentos. Alternativamente, nossa população pode estar exposta à EHEC mais freqüentemente do que imaginado até agora. / Gastroenteritis is still an important public health problem in developing countries and Escherichia coli are frequent agents of diarrhea. Brazilian adults present antibodies reactive with the principal virulence factors of enteropathogenic E. coli (EPEC), which have many genetic and antigenic similarities with enterohemorrhagic E. coli (EHEC), that may be responsible for complications following diarrhea, as haemolytic uremic syndrome (HUS) and hemorrhagic colitis (HC). Both bacteria present a common pathogenic mechanism, with the formation of “attaching and effacing” lesion in microvilis’ enterocytes, mediated by virulence factors codified by the patogenicity island LEE, as Intimin, Tir e Esps. Lipopolysaccharides (LPS) are components of outer membrane and important virulence factors of Gram-negative bacteria including E. coli. The infection with EHEC O157 results in the production of serum antibodies to the O157 LPS antigens, and usually they are indicators of recent infection. In this work we investigated IgG and IgM serum antibodies reactive with EHEC O157:H7, EHEC O111:H- and EPEC O111:H- antigens in healthy Brazilian adults, living in São Paulo. Serum samples were collected from 200 healthy adults (blood donors) and a pool was formed with 100 samples. The antibody levels were determined by ELISA for 100 individual serum samples by means of a whole cell ELISA with the three bacteria and an anti-LPS ELISA for the determination of the concentrations of specific antibodies anti-LPS O111 and O157, using the serum pool as control, in relation to the total IgG and IgM concentrations determined simultaneously. The results were submitted to statistical analysis. The repertoire of IgG and IgM antibodies to the three bacteria was investigated by immunoblotting (IB). The presence of anti-bacterial and anti-LPS seric antibodies was confirmed. There is a positive correlation between the titers of antibodies reactive with the three bacteria and between anti-bacteria and anti-LPS antibodies. The concentrations of IgM anti-LPSs were significantly higher than IgG, which is in accordance with the immune mechanism expected to a thymus-independent antigen. Surprisingly the concentrations of anti-LPS O157 were high taking into account the low frequency of O157 bacteria isolation in our country. The IB assays showed the presence of antibodies, mainly IgG, reactive with many antigenic bands suggestive of virulence factors. The origin of anti-EHEC antibodies in our population could be the contact with microbiota or environment bacteria, and animal or human E. coli strains, pathogenic or not. Alternatively, our people may be exposed to EHEC more frequently than previously thought.

O parvovírus canino (CPV-2) e o coronavírus canino (CCoV-II) são considerados os principais patógenos responsáveis pela gastroenterite viral aguda em cães filhotes, causando, em alguns casos a alta morbidade e mortalidade, sobretudo em função da capacidade de potencializar infecções por outros agentes. Esses vírus estão distribuídos mundialmente na população canina, sendo responsáveis por diversos surtos em muitos países, sobretudo onde ocorre grande concentração de animais, como em abrigos e canis. O CPV-2 e o CCoV-II foram identificados a partir da década de 1970 e desde então, têm sido detectados em animais clinicamente saudáveis, assim como em cães que apresentam vômitos e diarreia severa. A presente tese tem como objetivo a identificação desses agentes na população canina do Brasil, sendo constituída de dois capítulos distintos: Capítulo 1- Caracterização de cepas de parvovírus canino circulantes no Brasil entre 2008 e 2010 e o Capítulo 2 - Caracterização do coronavírus canino pantrópico no Brasil. No Capítulo 1, foram analisadas amostras de fezes de 144 cães pela reação em cadeia da polimerase (PCR) para CPV-2, 29,2% (42/144) das amostras foram positivos. Das 42 amostras positivas, 71,4% (30) dos cães tinham sinais de gastroenterite hemorrágica. O sequenciamento de 583 pb do gene VP2 das amostras positivas, identificaram 78,6% (33/42) como CPV-2c, 19% (8/42) como CPV-2b e 2,4% (1/42) como tipo de 2a. A análise filogenética dos CPV-2 encontrados nas amostras brasileiras mostrou que elas são muito semelhantes às de outros países e o CPV-2c tornou-se predominante no Brasil. No Capítulo 2, foram analisadas amostras de órgãos de cinco cães jovens pela transcrição reversa (RT-PCR) para os genes M e S de CCoV-II, sendo que três cães foram positivos para CCoV-II e CPV-2, um foi positivo apenas para CCoV-II e um para o CPV-2 e o outro foi negativo para todos os agentes pesquisados. O sequenciamento dos produtos de amplificação identificou que eles eram CPV-2c e CCoV-IIa. A análise filogenética dos CCoV-IIa circulantes na população canina da região Sul do Brasil mostrou que são semelhantes aos encontrados em outros países. No entanto, os espécimes brasileiros tendem a agrupar-se em um único clado, sugerindo um ancestral comum. Os sinais clínicos e lesões causados pela nova variante de CPV-2 e do subtipo pantrópico CCoV-II foram muito semelhantes entre si, sendo de grande importância a inclusão do diagnóstico diferencial entre esses dois agente virais. Esta foi a primeira caracterização do subtipo CCoV-IIa em cães no Brasil. A detecção e caracterização do CPV-2 e do CCoV-II, que estão circulando atualmente, são essenciais para o entendimento da evolução viral e para o desenvolvimento de medidas de controle e prevenção. / Canine parvovirus (CPV-2) and canine coronavirus (CCoV-II) are considered the major pathogens causing acute viral gastroenteritis in puppies, in some cases with high morbidity and mortality, especially in terms of ability to potentiate infections by other agents. These viruses are distributed worldwide being responsible for outbreaks in many countries, especially where there is high concentration of animals, such as shelters and kennels. The CPV-2 and CCoV-II were identified from the late 1970 and since then have been detected in clinically healthy animals, as well as in dogs with vomiting and severe diarrhea. This work aims the identification of these agents in the canine population of Brazil, comprised by two distinct chapters: Chapter 1- Typing of canine parvovirus strains circulating in Brazil between 2008 and 2010, and Chapter 2- Characterization of pantropic canine coronavirus in Brazil. In chapter 1, stool samples of 144 dogs were analyzed by polymerase chain reaction (PCR) for CPV-2, 29,2% (42/144) of them were positive. Of the 42 positive samples, 7,4% (30) of the dogs had signs of hemorrhagic gastroenteritis. The sequencing of 583 bp VP2 gene of the positive samples identified 78,6% (33/42) as CPV-2c, 19% (8/42) as CPV-2b and 2,4% (1/42) as type 2a. Phylogenetic analysis of CPV-2 found in the canine population of Brazil, has shown that they are very similar to those of other countries and CPV-2c has become prevalent in Brazil. In Chapter 2 organ samples of five puppies were analyzed by reverse transcription (RT-PCR) for CCoV-II M and S genes, of wich three dogs were positive to CCoV-II and CPV-2, one was positive only to CCoV-II and one for CPV-2 and the other was negative for all the agents searched. The sequencing of the amplification products identified that they were CPV-2c and CCoV-IIa. Phylogenetic analysis of circulating CCoV-IIa in canine population in southern Brazil showed that they are similar to those found in other countries. However, the Brazilian specimens tend to group together in a single clade, suggesting a common ancestor. Clinical signs and injuries caused by the new CPV-2 variant and of pantropic subtype of CCoV-II are very similar to each other, being of great importance for the diagnosis including the differential diagnosis of these two viral agents. This was the first characterization of subtype CCoV-IIa in dogs in Brazil. The detection and characterization of CPV-2 and CCoV-II, that are currently circulating, are essential to understanding the viral evolution and to the development of more effective control and prevention measures.

O parvovírus canino (CPV-2) e o coronavírus canino (CCoV-II) são considerados os principais patógenos responsáveis pela gastroenterite viral aguda em cães filhotes, causando, em alguns casos a alta morbidade e mortalidade, sobretudo em função da capacidade de potencializar infecções por outros agentes. Esses vírus estão distribuídos mundialmente na população canina, sendo responsáveis por diversos surtos em muitos países, sobretudo onde ocorre grande concentração de animais, como em abrigos e canis. O CPV-2 e o CCoV-II foram identificados a partir da década de 1970 e desde então, têm sido detectados em animais clinicamente saudáveis, assim como em cães que apresentam vômitos e diarreia severa. A presente tese tem como objetivo a identificação desses agentes na população canina do Brasil, sendo constituída de dois capítulos distintos: Capítulo 1- Caracterização de cepas de parvovírus canino circulantes no Brasil entre 2008 e 2010 e o Capítulo 2 - Caracterização do coronavírus canino pantrópico no Brasil. No Capítulo 1, foram analisadas amostras de fezes de 144 cães pela reação em cadeia da polimerase (PCR) para CPV-2, 29,2% (42/144) das amostras foram positivos. Das 42 amostras positivas, 71,4% (30) dos cães tinham sinais de gastroenterite hemorrágica. O sequenciamento de 583 pb do gene VP2 das amostras positivas, identificaram 78,6% (33/42) como CPV-2c, 19% (8/42) como CPV-2b e 2,4% (1/42) como tipo de 2a. A análise filogenética dos CPV-2 encontrados nas amostras brasileiras mostrou que elas são muito semelhantes às de outros países e o CPV-2c tornou-se predominante no Brasil. No Capítulo 2, foram analisadas amostras de órgãos de cinco cães jovens pela transcrição reversa (RT-PCR) para os genes M e S de CCoV-II, sendo que três cães foram positivos para CCoV-II e CPV-2, um foi positivo apenas para CCoV-II e um para o CPV-2 e o outro foi negativo para todos os agentes pesquisados. O sequenciamento dos produtos de amplificação identificou que eles eram CPV-2c e CCoV-IIa. A análise filogenética dos CCoV-IIa circulantes na população canina da região Sul do Brasil mostrou que são semelhantes aos encontrados em outros países. No entanto, os espécimes brasileiros tendem a agrupar-se em um único clado, sugerindo um ancestral comum. Os sinais clínicos e lesões causados pela nova variante de CPV-2 e do subtipo pantrópico CCoV-II foram muito semelhantes entre si, sendo de grande importância a inclusão do diagnóstico diferencial entre esses dois agente virais. Esta foi a primeira caracterização do subtipo CCoV-IIa em cães no Brasil. A detecção e caracterização do CPV-2 e do CCoV-II, que estão circulando atualmente, são essenciais para o entendimento da evolução viral e para o desenvolvimento de medidas de controle e prevenção. / Canine parvovirus (CPV-2) and canine coronavirus (CCoV-II) are considered the major pathogens causing acute viral gastroenteritis in puppies, in some cases with high morbidity and mortality, especially in terms of ability to potentiate infections by other agents. These viruses are distributed worldwide being responsible for outbreaks in many countries, especially where there is high concentration of animals, such as shelters and kennels. The CPV-2 and CCoV-II were identified from the late 1970 and since then have been detected in clinically healthy animals, as well as in dogs with vomiting and severe diarrhea. This work aims the identification of these agents in the canine population of Brazil, comprised by two distinct chapters: Chapter 1- Typing of canine parvovirus strains circulating in Brazil between 2008 and 2010, and Chapter 2- Characterization of pantropic canine coronavirus in Brazil. In chapter 1, stool samples of 144 dogs were analyzed by polymerase chain reaction (PCR) for CPV-2, 29,2% (42/144) of them were positive. Of the 42 positive samples, 7,4% (30) of the dogs had signs of hemorrhagic gastroenteritis. The sequencing of 583 bp VP2 gene of the positive samples identified 78,6% (33/42) as CPV-2c, 19% (8/42) as CPV-2b and 2,4% (1/42) as type 2a. Phylogenetic analysis of CPV-2 found in the canine population of Brazil, has shown that they are very similar to those of other countries and CPV-2c has become prevalent in Brazil. In Chapter 2 organ samples of five puppies were analyzed by reverse transcription (RT-PCR) for CCoV-II M and S genes, of wich three dogs were positive to CCoV-II and CPV-2, one was positive only to CCoV-II and one for CPV-2 and the other was negative for all the agents searched. The sequencing of the amplification products identified that they were CPV-2c and CCoV-IIa. Phylogenetic analysis of circulating CCoV-IIa in canine population in southern Brazil showed that they are similar to those found in other countries. However, the Brazilian specimens tend to group together in a single clade, suggesting a common ancestor. Clinical signs and injuries caused by the new CPV-2 variant and of pantropic subtype of CCoV-II are very similar to each other, being of great importance for the diagnosis including the differential diagnosis of these two viral agents. This was the first characterization of subtype CCoV-IIa in dogs in Brazil. The detection and characterization of CPV-2 and CCoV-II, that are currently circulating, are essential to understanding the viral evolution and to the development of more effective control and prevention measures.

O mamastrovirus 5 (MAstV5) é classificado no gênero Mamastrovirus da família Astroviridae, sendo associado com surtos agudos de gastroenterite transitória em filhotes de cães ao redor do mundo. O objetivo desta dissertação foi detectar e analisar a variabilidade genética dos MAstV5 circulantes em cães no Brasil. Para isto, amostras de suabe retal foram coletadas de 269 cães de diferentes regiões do Brasil no período de 2008-2014, dos quais 26,39% foram positivos para MAstV5 através de RT-PCR convencional e de RT-Hemi-nested PCR, amplificando porção conservada do gene do capsídeo e do gene da polimerase, respectivamente. Quatro destas cepas tiveram seu genoma parcialmente sequenciado, caracterizado e analisado filogeneticamente. A caracterização dessas amostras revelou uma notável heterogeneidade genética entre as cepas de MAstV5. A baixa identidade entre as sequências do gene do capsídeo (<85%) indicaria uma possível nova classificação entre a espécie MAstV5 em dois genótipos. Conclue-se que o MAstV5 ocorre em cães no Brasil e as cepas circulantes possuem uma grande diversidade genética. / The Mamastrovirus 5 (MAstV5) is classified in the genus Mamastrovirus of the Astroviridae family, being associated with acute episodes of transient gastroenteritis in puppies around the world. The aim of this work was to detect and analyze the genetic variability of circulating MAstV5 in dogs in Brazil. For this, rectal swab samples were collected from 269 dogs from different regions of Brazil in the 2008-2014 period, of which 26.39% were positive for MAstV5 by conventional RT-PCR and RT-Hemi-nested PCR, amplifying conserved portion of the capsid gene and polymerase gene, respectively. Four of these strains had its genome sequenced partially characterized and analyzed phylogenetically. The characterization of these samples revealed a remarkable genetic heterogeneity among strains of MAstV5. The low identity between the sequences of capsid gene (<85%) indicate a possible new classification between the two genotypes MAstV5 species. We conclude that the MAstV5 occurs in dogs in Brazil and circulating strains have a high genetic diversity.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-06-04T18:27:54Z No. of bitstreams: 1 ludmila_n_rocha_ioc_bp_0020_2010.pdf: 2174715 bytes, checksum: ebf8bfd1505512fa4a3904c3dc6b97f6 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-04T18:27:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ludmila_n_rocha_ioc_bp_0020_2010.pdf: 2174715 bytes, checksum: ebf8bfd1505512fa4a3904c3dc6b97f6 (MD5) Previous issue date: 2010 / Instituto Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Em todo o mundo as gastroenterites infantis agudas causadas por rotavírus do grupo A (RV-A) estão associadas a cerca de 611.000 mortes por ano. RV-A pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus, e são constituídos de onze segmentos de RNA dupla-fita que codificam para seis proteínas estruturais (VPs) e seis proteínas não-estruturais (NSPs). Os genótipos de RV-A são definidos por dois genes que codificam para as duas proteínas do capsídeo externo, VP4 (P) e VP7 (G). Estudos epidemiológicos demonstraram que mundialmente cinco genótipos G são mais frequentes: G1-G4 e G9; em associação com os genótipos P [8], P [4] ou P [6]. Em 2005 houve a re-emergência do genótipo G3 em crianças internadas em um hospital público no Rio de Janeiro, em concordância com a emergência desse genótipo em diversas partes do mundo, principalmente nos países asiáticos. O objetivo do presente estudo é determinar a relação entre os genes VP4, VP7 e NSP4 de RV-A genótipo G3 isoladas no Rio de Janeiro entre 1996 e 2009. A análise filogenética realizada a partir das seqüências de nucleotídeos dos genes do VP7, VP4 e NSP4 demonstrou que as amostras que circularam em 1996 e 1997 no Rio de Janeiro são distintas daquelas que foram isoladas em 2005 e 2006, sugerindo uma possível introdução deste genótipo no Rio de Janeiro. Em 2009, mais amostras de RV-A G3 foram detectadas no Rio Grande do Sul. A análise dos três genes estudados demonstrou estreita relação genética com as amostras isoladas em 2005. Recentemente, um novo sistema de classificação de rotavírus foi proposto, em que todos os 11 segmentos do genoma de RNA são utilizados e valores de cut-off foram determinados para diferenciar os genótipos. Segundo essa nova classificação, todas as amostras desse estudo foram classificadas como pertencentes aos genótipos G3 – P[8] – E1 para VP7, VP4 e NSP4, respectivamente. Em todos os genes estudados foram observadas mutações pontuais em regiões antigênicas, porém são necessários mais estudos para avaliar a importância na estrutura e função das proteínas. Foram evidenciados eventos de reestruturação genômica entre amostras humanas para o gene que codifica para VP4 (VP8*), os quais podem estar relacionados a uma vantagem adaptativa para o vírus. Os resultados do presente estudo confirmam a importância do monitoramento contínuo e da caracterização molecular das amostras de RV-A a fim de obter melhor entendimento da epidemiologia e a evolução dos RV-A genótipo G3. / Acute gastroenteritis caused by group A rotaviruses (RV-A) are associated to nearly 611,000 deaths of children worldwide per year. RV-A belong to the family Reoviridae, genus Rotavirus, and are characterized by having a segmented genome, composed of 11 segments of double-stranded RNA that encodes six structural proteins (VPs) and six non-structural proteins (NSPs). The genotypes of RV-A are defined by two genes that codify the two outer proteins, VP4 (P) and VP7 (G). Epidemiological studies in several parts of the world have indicated that there are five most common G genotypes: G1-G4 and G9; in association with P [8], P [4] or P [6] genotypes. In 2005, genotype G3 has emerged in hospitalized children in a public hospital in Rio de Janeiro, corroborating the global emergence of this genotype, especially in Asian countries. The present study aims to determine the relationship between the genes VP4, VP7 and NSP4 of stool samples positive for RV-A genotype G3 isolated in Rio de Janeiro between 1996 and 2006. Phylogenetic analyses carried out on the VP7, VP4 and NSP4 genes demonstrated that the samples that circulated in 1996 and 1997 in Rio de Janeiro are distinct from those that were detected in 2005 and 2006, which suggests a possible entering of a new G3 variant in Rio de Janeiro. In 2009, new samples of G3 were detected in Rio Grande do Sul. The analysis of the three studied genes demonstrated a straight genetic relation with the samples identified in 2005. A new rotavirus classification system has been recently proposed, in which all the 11 RNA genome segments are utilized and cut-off values were determinated to differ the genotypes. According to this new classification, all the samples in this study were characterized as genotypes G3 – P[8] – E1 to VP7, VP4 and NSP4, respectively. In all studied genes there were amino acids substitutions in antigenic regions, although more studies are necessary to evaluate the importance in the structure and protein functions. Genomic restructuration events in the VP4 (VP8*) codifying gene between human samples have been been described, which might be related to an adaptive advantage for the virus. The results of the current study confirm the importance of continuous monitoring and molecular characterization of RV-A samples with the purpose of a better understanding of RV epidemiology and evolution.

O parvovírus canino (CPV-2) e o coronavírus canino (CCoV-II) são considerados os principais patógenos responsáveis pela gastroenterite viral aguda em cães filhotes, causando, em alguns casos a alta morbidade e mortalidade, sobretudo em função da capacidade de potencializar infecções por outros agentes. Esses vírus estão distribuídos mundialmente na população canina, sendo responsáveis por diversos surtos em muitos países, sobretudo onde ocorre grande concentração de animais, como em abrigos e canis. O CPV-2 e o CCoV-II foram identificados a partir da década de 1970 e desde então, têm sido detectados em animais clinicamente saudáveis, assim como em cães que apresentam vômitos e diarreia severa. A presente tese tem como objetivo a identificação desses agentes na população canina do Brasil, sendo constituída de dois capítulos distintos: Capítulo 1- Caracterização de cepas de parvovírus canino circulantes no Brasil entre 2008 e 2010 e o Capítulo 2 - Caracterização do coronavírus canino pantrópico no Brasil. No Capítulo 1, foram analisadas amostras de fezes de 144 cães pela reação em cadeia da polimerase (PCR) para CPV-2, 29,2% (42/144) das amostras foram positivos. Das 42 amostras positivas, 71,4% (30) dos cães tinham sinais de gastroenterite hemorrágica. O sequenciamento de 583 pb do gene VP2 das amostras positivas, identificaram 78,6% (33/42) como CPV-2c, 19% (8/42) como CPV-2b e 2,4% (1/42) como tipo de 2a. A análise filogenética dos CPV-2 encontrados nas amostras brasileiras mostrou que elas são muito semelhantes às de outros países e o CPV-2c tornou-se predominante no Brasil. No Capítulo 2, foram analisadas amostras de órgãos de cinco cães jovens pela transcrição reversa (RT-PCR) para os genes M e S de CCoV-II, sendo que três cães foram positivos para CCoV-II e CPV-2, um foi positivo apenas para CCoV-II e um para o CPV-2 e o outro foi negativo para todos os agentes pesquisados. O sequenciamento dos produtos de amplificação identificou que eles eram CPV-2c e CCoV-IIa. A análise filogenética dos CCoV-IIa circulantes na população canina da região Sul do Brasil mostrou que são semelhantes aos encontrados em outros países. No entanto, os espécimes brasileiros tendem a agrupar-se em um único clado, sugerindo um ancestral comum. Os sinais clínicos e lesões causados pela nova variante de CPV-2 e do subtipo pantrópico CCoV-II foram muito semelhantes entre si, sendo de grande importância a inclusão do diagnóstico diferencial entre esses dois agente virais. Esta foi a primeira caracterização do subtipo CCoV-IIa em cães no Brasil. A detecção e caracterização do CPV-2 e do CCoV-II, que estão circulando atualmente, são essenciais para o entendimento da evolução viral e para o desenvolvimento de medidas de controle e prevenção. / Canine parvovirus (CPV-2) and canine coronavirus (CCoV-II) are considered the major pathogens causing acute viral gastroenteritis in puppies, in some cases with high morbidity and mortality, especially in terms of ability to potentiate infections by other agents. These viruses are distributed worldwide being responsible for outbreaks in many countries, especially where there is high concentration of animals, such as shelters and kennels. The CPV-2 and CCoV-II were identified from the late 1970 and since then have been detected in clinically healthy animals, as well as in dogs with vomiting and severe diarrhea. This work aims the identification of these agents in the canine population of Brazil, comprised by two distinct chapters: Chapter 1- Typing of canine parvovirus strains circulating in Brazil between 2008 and 2010, and Chapter 2- Characterization of pantropic canine coronavirus in Brazil. In chapter 1, stool samples of 144 dogs were analyzed by polymerase chain reaction (PCR) for CPV-2, 29,2% (42/144) of them were positive. Of the 42 positive samples, 7,4% (30) of the dogs had signs of hemorrhagic gastroenteritis. The sequencing of 583 bp VP2 gene of the positive samples identified 78,6% (33/42) as CPV-2c, 19% (8/42) as CPV-2b and 2,4% (1/42) as type 2a. Phylogenetic analysis of CPV-2 found in the canine population of Brazil, has shown that they are very similar to those of other countries and CPV-2c has become prevalent in Brazil. In Chapter 2 organ samples of five puppies were analyzed by reverse transcription (RT-PCR) for CCoV-II M and S genes, of wich three dogs were positive to CCoV-II and CPV-2, one was positive only to CCoV-II and one for CPV-2 and the other was negative for all the agents searched. The sequencing of the amplification products identified that they were CPV-2c and CCoV-IIa. Phylogenetic analysis of circulating CCoV-IIa in canine population in southern Brazil showed that they are similar to those found in other countries. However, the Brazilian specimens tend to group together in a single clade, suggesting a common ancestor. Clinical signs and injuries caused by the new CPV-2 variant and of pantropic subtype of CCoV-II are very similar to each other, being of great importance for the diagnosis including the differential diagnosis of these two viral agents. This was the first characterization of subtype CCoV-IIa in dogs in Brazil. The detection and characterization of CPV-2 and CCoV-II, that are currently circulating, are essential to understanding the viral evolution and to the development of more effective control and prevention measures.