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Relações filogenéticas entre as espécies de roedores sul-americanos da tribo Oryzomyini analisadas pelos genes citocromo B e IRBP

Miranda, Gustavo Borba de January 2007 (has links)
Os roedores compõem a mais numerosa ordem dos mamíferos com, aproximadamente, 43 famílias, 354 gêneros e 1.700 espécies vivas. São membros importantes de quase todas as faunas, sendo cosmopolitas e nativos na maioria das áreas terrestres, exceto em algumas ilhas árticas e oceânicas, Nova Zelândia e Antártica. Possuem hábitos terrestres, fossorial, (semi) arborícola, semi-aquático ou palustre. Usualmente herbívoros, mas podem ser insetívoros, piscívoros ou carnívoros. A enorme variação na morfologia, nos hábitos de vida e alimentar são atributos que fizeram da ordem um dos grupos de mamíferos com maior sucesso evolutivo. Em nosso continente a ordem apresenta enorme importância na composição de sua fauna, pois perfaz, aproximadamente, 42% das espécies de mamíferos que aqui habitam. Entre os roedores sul-americanos, mais de 50% das espécies pertencem à família Cricetidae, distribuídos em apenas uma subfamília, Sigmodontinae, com aproximadamente 80 gêneros e 370 espécies. Oryzomyini é uma das sete tribos reconhecidas de Sigmodontinae, compreendendo cerca de 35% das espécies descritas para esta subfamília. Atualmente são descritos 27 gêneros e cerca de 120 espécies para esta tribo, incluindo propostas atuais que envolvem a descrição de novas espécies e, até mesmo, de novos gêneros.Os oryzomyinos habitam florestas, savanas, banhados, campos e ambientes semi-áridos, além de serem, na maioria das vezes, os mais abundantes pequenos mamíferos destes habitats. Seus hábitos alimentar vão de onívoros a insetívoros. A maioria possui hábito escansorial, mas alguns podem desenvolver hábitos arbóreos (Oecomys) ou até semiaquáticos (Nectomys), constituindo um dos mais claramente definidos grupos multigenéricos de muróides. A distribuição geográfica desta tribo é a mais ampla dentro dos Sigmodontinae, desde o extremo sul da América do Sul (Terra do Fogo) até o sudoeste dos Estados Unidos. Os objetivos desta tese, além de analisar as relações filogenéticas da tribo Oryzomyini com diferentes marcadores moleculares (citocromo b e IRBP), foi comprovar a validades das recentes mudanças propostas na classificação da tribo. Esta validação passa pela observação do caráter monofilético de cada um dos novos gêneros, bem como a comprovação da monofilia dos gêneros previamente reconhecidos. Também tivemos como objetivos estudar a filogenia e a filogeografia de um dos táxons da tribo, o gênero Oligoryzomys e traçar a rota de ocupação deste táxon nos ambientes sul-americanos. Além disto, foram examinadas a filogeografia e as estruturas genéticasdas populações de seis espécies da tribo Oryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes e Sooretamys angouya). Com relação à análise filogenética da tribo Oryzomyini, observamos que esta se comporta de forma monofilética tanto nos resultados com o gene citocromo b, como com o gene IRBP. Além disso, os resultados encontrados neste trabalho dão suporte às reformulações na classificação ocorrida na tribo Oryzomyini, com a proposição de 10 novos gêneros, onde a maioria dos gêneros da tribo Oryzomyini, tanto os antigos como os novos, são monofiléticos. A exceção foi o novo gênero Hylaeamys que se mostrou polifilético na análise com o gene citocromo b, em que cinco espécies se reuniram em um único agrupamento e a espécie H. yunganus se posicionou em um outro agrupamento. Todavia, Hylaeamys apresentou-se monofilético nas análises com o gene IRBP isolado e citocromo b e IRBP concatenados. As análises com o gênero Oligoryzomys mostraram que este táxon se apresenta de forma monofilética e com suas espécies distribuídas em dois grupos denominados, de acordo com suas origens geográficas, de grupo “Amazônico-Cerrado” e clado “Andino- Pampiano”. Estas espécies também apresentaram um gradiente geográfico no sentido norte-sul que fortemente suporta a hipótese de que o gênero iniciou sua ocupação no continente sul-americano a partir da Amazônia. Estudos filogeográficos e das estruturas genéticas das populações de seis espécies da tribo Oryzomyini observou-se a falta de diferenciação populacional, através da ausência de associação entre os haplótipos e suas distribuições geográficas, em duas das três espécies do gênero Oligoryzomys (O. flavescens e O. moojeni) analisadas. Estes resultados sugerem que a ausência intraespecíficas de populações pode ser um padrão geral do gênero. Já as outras três espécies analisadas apresentaram estruturação populacional e geográfica, além de estarem em equilíbrio demográfico. Nas análises filogenéticas realizadas, E. russatus e H. megacephalus mostraram seus espécimes agrupados em três clados distintos distribuídos em gradientes geográficos, sendo que o gradiente geográfico de H. megacephalus ocorre no sentido Norte-Sul. A divergência genética intraespecífica foi maior em H. megacephalus, seguida de E. russatus e sendo menor em S. angouya. Estes resultados podem fornecer subsídios para a elaboração de programas de conservação e manejo destas espécies e dos respectivos biomas que habitam, se necessário. / Rodents constitute the most numerous order of mammals with approximately 43 families, 354 genera and 1,700 living species. They are important members of almost all faunas, cosmopolitan and native to most terrestrial areas, except a few arctic and oceanic islands, New Zealand and Antarctica. They have terrestrial, fossorial, (semi) arboreal, semi-aquatic or palustrial habits. They are usually herbivore, but they may be insectivore, piscivore or carnivore. The huge variation in morphology, life and feeding habits are attributes that have made the order one of the mammal groups with the greatest success in evolution. On our continent, the order is very important as to fauna composition, because it makes up about 42% of the mammal species that inhabit here. Among the South American rodents, more than 50% of the species belong to the Cricetidae family, distributed into only a single subfamily, Sigmodontinae, with approximately 80 genera and 370 species. Oryzomyini is one of the seven acknowledged Sigmodontinae tribes, consisting of about 35% of the species described for this subfamily. Currently, 27 genera and about 120 species are described for this tribe, including current proposals that involve the description of new species and even new genera. The oryzomyines inhabit forests, savannahs, swamps, fields and semi-arid environments, besides often being the most abundant small mammals in these habitats. Their feeding habits range from omnivorous to insectivorous. Most of them have a scansorial habit, but some of them may develop arboreous habits (Oecomys) or even semi-aquatic habits (Nectomys), constituting one of the most clearly defined multigenera groups of muroids. The geographical distribution of this tribe is the broadest within the Sigmodontinae, from the far south of South American (Tierra del Fuego) to the southwest of the United States. The objective of this thesis, besides analyzing the phylogenetic relations of the tribe Oryzomyini with different molecular markers (cytochrome b and IRBP), was to prove the validities of the recent changes proposed in the classification of the tribe. This validation includes the observation of the monophyletic character of each of the new genera, as well as proving the monophyly of previously recognized genera. Our objectives were also to study the phylogeny and phylogeography of one of the taxa of the tribe, genus Oligoryzomys, and to trace the occupation route of this taxon in the South American environments. The phylogeography and genetic structures of the populations of six species of the tribeOryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes and Sooretamys angouya) were also examined. As to the phylogenetic analysis of the tribe Oryzomyini, we observed that the latter behaves in a monophyletic form, both in the results with the cytochrome b gene, and with gene IRBP. In addition the results found in this study support the reformulations in the classification that occurred for the tribe Oryzomyini, with the proposition of 10 new genera, where most of the genera of the tribe Oryzomyini both the old and the new, are monophyletic. The exception was the new genus Hylaeamys which proved be polyphyletic in the analysis with the cytochrome b gene, in which five species assembled in a single group and the species H. yunganus took a position in another group. However, Hylaeamys was monophyletic in the analyses with the isolated gene IRBP and cytochrome b and IRBP genes concatenated.The analyses of genus Oligoryzomys showed that this taxon was monophyletic and with its species distributed in two groups named, according to their geographic origins, the “Amazon-Cerrado” group and the “Pampa-Andean” clade. These species also presented a geographical gradient in the North-South direction which strongly supports the hypothesis that the genus began its occupation of the South American continent in the Amazon. Studies of phylogeography and of the genetic structures of the populations of six species of the tribe Oryzomyini showed a lack of population differentiation in two of the three species of genus Oligoryzomys (O. flavescens and O. moojeni) analyzed by the absence of association between the haplotypes and their geographic distributions. These results suggest that the intraspecific absence of populations may be a general pattern of the genus. On the other hand the three other species analyzed presented a population and geographic structuring, besides being in demographic equilibrium. In the phylogenetic analyses performed, E. russatus and H. megacephalus showed their specimens grouped in three distinct clades, distributed in geographic gradients, in which the geographic gradient of H. megacephalus occurs in the North-South direction. The intraspecific genetic divergence was greater in H. megacephalus, followed by E. russatus and smaller in S. angouya. These can aid to the elaboration of conservation and management programs of these species and biomes studied which they inhabit, if necessary.
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Relações filogenéticas entre as espécies de roedores sul-americanos da tribo Oryzomyini analisadas pelos genes citocromo B e IRBP

Miranda, Gustavo Borba de January 2007 (has links)
Os roedores compõem a mais numerosa ordem dos mamíferos com, aproximadamente, 43 famílias, 354 gêneros e 1.700 espécies vivas. São membros importantes de quase todas as faunas, sendo cosmopolitas e nativos na maioria das áreas terrestres, exceto em algumas ilhas árticas e oceânicas, Nova Zelândia e Antártica. Possuem hábitos terrestres, fossorial, (semi) arborícola, semi-aquático ou palustre. Usualmente herbívoros, mas podem ser insetívoros, piscívoros ou carnívoros. A enorme variação na morfologia, nos hábitos de vida e alimentar são atributos que fizeram da ordem um dos grupos de mamíferos com maior sucesso evolutivo. Em nosso continente a ordem apresenta enorme importância na composição de sua fauna, pois perfaz, aproximadamente, 42% das espécies de mamíferos que aqui habitam. Entre os roedores sul-americanos, mais de 50% das espécies pertencem à família Cricetidae, distribuídos em apenas uma subfamília, Sigmodontinae, com aproximadamente 80 gêneros e 370 espécies. Oryzomyini é uma das sete tribos reconhecidas de Sigmodontinae, compreendendo cerca de 35% das espécies descritas para esta subfamília. Atualmente são descritos 27 gêneros e cerca de 120 espécies para esta tribo, incluindo propostas atuais que envolvem a descrição de novas espécies e, até mesmo, de novos gêneros.Os oryzomyinos habitam florestas, savanas, banhados, campos e ambientes semi-áridos, além de serem, na maioria das vezes, os mais abundantes pequenos mamíferos destes habitats. Seus hábitos alimentar vão de onívoros a insetívoros. A maioria possui hábito escansorial, mas alguns podem desenvolver hábitos arbóreos (Oecomys) ou até semiaquáticos (Nectomys), constituindo um dos mais claramente definidos grupos multigenéricos de muróides. A distribuição geográfica desta tribo é a mais ampla dentro dos Sigmodontinae, desde o extremo sul da América do Sul (Terra do Fogo) até o sudoeste dos Estados Unidos. Os objetivos desta tese, além de analisar as relações filogenéticas da tribo Oryzomyini com diferentes marcadores moleculares (citocromo b e IRBP), foi comprovar a validades das recentes mudanças propostas na classificação da tribo. Esta validação passa pela observação do caráter monofilético de cada um dos novos gêneros, bem como a comprovação da monofilia dos gêneros previamente reconhecidos. Também tivemos como objetivos estudar a filogenia e a filogeografia de um dos táxons da tribo, o gênero Oligoryzomys e traçar a rota de ocupação deste táxon nos ambientes sul-americanos. Além disto, foram examinadas a filogeografia e as estruturas genéticasdas populações de seis espécies da tribo Oryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes e Sooretamys angouya). Com relação à análise filogenética da tribo Oryzomyini, observamos que esta se comporta de forma monofilética tanto nos resultados com o gene citocromo b, como com o gene IRBP. Além disso, os resultados encontrados neste trabalho dão suporte às reformulações na classificação ocorrida na tribo Oryzomyini, com a proposição de 10 novos gêneros, onde a maioria dos gêneros da tribo Oryzomyini, tanto os antigos como os novos, são monofiléticos. A exceção foi o novo gênero Hylaeamys que se mostrou polifilético na análise com o gene citocromo b, em que cinco espécies se reuniram em um único agrupamento e a espécie H. yunganus se posicionou em um outro agrupamento. Todavia, Hylaeamys apresentou-se monofilético nas análises com o gene IRBP isolado e citocromo b e IRBP concatenados. As análises com o gênero Oligoryzomys mostraram que este táxon se apresenta de forma monofilética e com suas espécies distribuídas em dois grupos denominados, de acordo com suas origens geográficas, de grupo “Amazônico-Cerrado” e clado “Andino- Pampiano”. Estas espécies também apresentaram um gradiente geográfico no sentido norte-sul que fortemente suporta a hipótese de que o gênero iniciou sua ocupação no continente sul-americano a partir da Amazônia. Estudos filogeográficos e das estruturas genéticas das populações de seis espécies da tribo Oryzomyini observou-se a falta de diferenciação populacional, através da ausência de associação entre os haplótipos e suas distribuições geográficas, em duas das três espécies do gênero Oligoryzomys (O. flavescens e O. moojeni) analisadas. Estes resultados sugerem que a ausência intraespecíficas de populações pode ser um padrão geral do gênero. Já as outras três espécies analisadas apresentaram estruturação populacional e geográfica, além de estarem em equilíbrio demográfico. Nas análises filogenéticas realizadas, E. russatus e H. megacephalus mostraram seus espécimes agrupados em três clados distintos distribuídos em gradientes geográficos, sendo que o gradiente geográfico de H. megacephalus ocorre no sentido Norte-Sul. A divergência genética intraespecífica foi maior em H. megacephalus, seguida de E. russatus e sendo menor em S. angouya. Estes resultados podem fornecer subsídios para a elaboração de programas de conservação e manejo destas espécies e dos respectivos biomas que habitam, se necessário. / Rodents constitute the most numerous order of mammals with approximately 43 families, 354 genera and 1,700 living species. They are important members of almost all faunas, cosmopolitan and native to most terrestrial areas, except a few arctic and oceanic islands, New Zealand and Antarctica. They have terrestrial, fossorial, (semi) arboreal, semi-aquatic or palustrial habits. They are usually herbivore, but they may be insectivore, piscivore or carnivore. The huge variation in morphology, life and feeding habits are attributes that have made the order one of the mammal groups with the greatest success in evolution. On our continent, the order is very important as to fauna composition, because it makes up about 42% of the mammal species that inhabit here. Among the South American rodents, more than 50% of the species belong to the Cricetidae family, distributed into only a single subfamily, Sigmodontinae, with approximately 80 genera and 370 species. Oryzomyini is one of the seven acknowledged Sigmodontinae tribes, consisting of about 35% of the species described for this subfamily. Currently, 27 genera and about 120 species are described for this tribe, including current proposals that involve the description of new species and even new genera. The oryzomyines inhabit forests, savannahs, swamps, fields and semi-arid environments, besides often being the most abundant small mammals in these habitats. Their feeding habits range from omnivorous to insectivorous. Most of them have a scansorial habit, but some of them may develop arboreous habits (Oecomys) or even semi-aquatic habits (Nectomys), constituting one of the most clearly defined multigenera groups of muroids. The geographical distribution of this tribe is the broadest within the Sigmodontinae, from the far south of South American (Tierra del Fuego) to the southwest of the United States. The objective of this thesis, besides analyzing the phylogenetic relations of the tribe Oryzomyini with different molecular markers (cytochrome b and IRBP), was to prove the validities of the recent changes proposed in the classification of the tribe. This validation includes the observation of the monophyletic character of each of the new genera, as well as proving the monophyly of previously recognized genera. Our objectives were also to study the phylogeny and phylogeography of one of the taxa of the tribe, genus Oligoryzomys, and to trace the occupation route of this taxon in the South American environments. The phylogeography and genetic structures of the populations of six species of the tribeOryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes and Sooretamys angouya) were also examined. As to the phylogenetic analysis of the tribe Oryzomyini, we observed that the latter behaves in a monophyletic form, both in the results with the cytochrome b gene, and with gene IRBP. In addition the results found in this study support the reformulations in the classification that occurred for the tribe Oryzomyini, with the proposition of 10 new genera, where most of the genera of the tribe Oryzomyini both the old and the new, are monophyletic. The exception was the new genus Hylaeamys which proved be polyphyletic in the analysis with the cytochrome b gene, in which five species assembled in a single group and the species H. yunganus took a position in another group. However, Hylaeamys was monophyletic in the analyses with the isolated gene IRBP and cytochrome b and IRBP genes concatenated.The analyses of genus Oligoryzomys showed that this taxon was monophyletic and with its species distributed in two groups named, according to their geographic origins, the “Amazon-Cerrado” group and the “Pampa-Andean” clade. These species also presented a geographical gradient in the North-South direction which strongly supports the hypothesis that the genus began its occupation of the South American continent in the Amazon. Studies of phylogeography and of the genetic structures of the populations of six species of the tribe Oryzomyini showed a lack of population differentiation in two of the three species of genus Oligoryzomys (O. flavescens and O. moojeni) analyzed by the absence of association between the haplotypes and their geographic distributions. These results suggest that the intraspecific absence of populations may be a general pattern of the genus. On the other hand the three other species analyzed presented a population and geographic structuring, besides being in demographic equilibrium. In the phylogenetic analyses performed, E. russatus and H. megacephalus showed their specimens grouped in three distinct clades, distributed in geographic gradients, in which the geographic gradient of H. megacephalus occurs in the North-South direction. The intraspecific genetic divergence was greater in H. megacephalus, followed by E. russatus and smaller in S. angouya. These can aid to the elaboration of conservation and management programs of these species and biomes studied which they inhabit, if necessary.
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Análise filogenética e revisão de Sphaerocysta (Hemiptera, Heteroptera, Tingidae)

Soares, Marcus Rodrigo Guidoti January 2014 (has links)
O gênero de percevejo de renda Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae), é composto por 12 espécies com distribuição exclusiva para a América do Sul, sendo que apenas S. nosella não é registrada para o Brasil. Ele pode ser caracterizado por: capuz esférico; presença de carenas pronotais (uma ou três); cisto na projeção posterior do pronoto (com exceção de S. egregia); área discoidal com a parte posterior elevada. Somente duas espécies possuem informações sobre imaturos, S. angulata e S. inflata, e somente o quinto ínstar destes táxons foram descritos. O histórico taxonômico do gênero não possui muitos atos nomenclaturais, contando com apenas 4 sinonímias. Duas novas espécies foram aqui propostas, S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., sendo a última descrita junto com sua ninfa de quinto ínstar. As informações dos imaturos das espécies de Sphaerocysta foram adicionadas a uma matriz morfológica previamente publicada (Guilbert, 2004), para o teste das hipóteses de evolução de caracteres ninfais propostas pelo autor da matriz. Com a adição destes novos táxons à matriz, as hipóteses defendidas na literatura não foram corroboradas. A marcante diferença intragenérica observada na morfologia das ninfas de quinto ínstar das espécies de Sphaerocysta, após a descrição do imaturo de S. costai n. sp., foi jamais observada em outro gênero da família. A análise filogenética do gênero recuperou a monofilia do mesmo, sendo este grupo irmão de Dicysta, um gênero majoritariamente Neotropical. O grupo irmão de ambos foi Galeatus spinifrons, uma espécie Paleártica. A revisão taxonônima resultou na proposição de uma sinonimia (S. maculata como sinônimo júnior de S. propria), com discussão sobre o status taxonômico de S. propria e S. brasiliensis, e também S. globifera e S. stali. Os novos dados de ocorrência reportados no trabalho permitiram a expansão do registro geográfico do gênero para a América Central (S. fumosa, registrado pela primeira vez no Panamá) e computou novos registros para cinco espécies, sendo elas: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata e S. nosella. Sphaerocysta fumosa e S. nosella tiveram primeiros registros para, respectivamente: Panamá e Venezuela; Brasil. Com este novo dado geográfico de S. nosella, todas as espécies do gênero ocorrem no Brasil, com exceção de S. costai n. sp., exclusiva da Argentina. / The lacebug genus Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae comprises twelve species, exclusive to South America, all registered to Brazil with the exception of S. nosella. Sphaerocysta can be identified by the following characters: spherical hood; presence of pronotal carina (one or three); presence of a cyst on the pronotal posterior projetion (except S. egregia); posterior region of discoidal area elevated. Immatures were described for only two species, S. angulata and S. inflata, both fifth instar nymphs. The taxonomic history has only a few taxonomic acts, including four synonymies. Two new species are here described: S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., the last described together with its fifth instar nymph. These immature data of the species of Sphaerocysta were added to a matrix used in a phylogenetic analysis (Guilbert, 2004), to test the hypoteses regarding the evolution of the morphological immature features proposed by the matrix author. The analyses after the addition of these new data do not corroborate with those hypotheses. The remarkable morphological difference observed within the Sphaerocysta immatures described so far was never noticed in any other Tingidae genera. The phylogenetic analysis recovered the genus as monophyletic, with Dicysta, a mostly Neotropical genus, as its sister-group. The sister-group of this clade was Galeatus spinifrons, a Paleartic species. The taxonomic review led to a synonomy: S. maculata is now considered junior synonym of S. propria. Besides this nomenclatural act, comments on the status of S. propria and S. brasiliensis, as well as on the status of S. globifera and S. stali are available. The new geographical data presented in this work expands the distributional range of the genus to the Central America (S. fumosa, reported for the first time in Panama). A total of five species have new distributional records: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata and S. nosella. Sphaerocysta fumosa and S. nosella have some first country records, as follows: Panama and Venezuela; Brazil, respectively. With this new geographical data of S. nosella, all the species of Sphaerocysta occur in Brazil, with the only exception of S. costai n. sp., exclusive to Argentina.
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Relações filogenéticas entre as espécies de roedores sul-americanos da tribo Oryzomyini analisadas pelos genes citocromo B e IRBP

Miranda, Gustavo Borba de January 2007 (has links)
Os roedores compõem a mais numerosa ordem dos mamíferos com, aproximadamente, 43 famílias, 354 gêneros e 1.700 espécies vivas. São membros importantes de quase todas as faunas, sendo cosmopolitas e nativos na maioria das áreas terrestres, exceto em algumas ilhas árticas e oceânicas, Nova Zelândia e Antártica. Possuem hábitos terrestres, fossorial, (semi) arborícola, semi-aquático ou palustre. Usualmente herbívoros, mas podem ser insetívoros, piscívoros ou carnívoros. A enorme variação na morfologia, nos hábitos de vida e alimentar são atributos que fizeram da ordem um dos grupos de mamíferos com maior sucesso evolutivo. Em nosso continente a ordem apresenta enorme importância na composição de sua fauna, pois perfaz, aproximadamente, 42% das espécies de mamíferos que aqui habitam. Entre os roedores sul-americanos, mais de 50% das espécies pertencem à família Cricetidae, distribuídos em apenas uma subfamília, Sigmodontinae, com aproximadamente 80 gêneros e 370 espécies. Oryzomyini é uma das sete tribos reconhecidas de Sigmodontinae, compreendendo cerca de 35% das espécies descritas para esta subfamília. Atualmente são descritos 27 gêneros e cerca de 120 espécies para esta tribo, incluindo propostas atuais que envolvem a descrição de novas espécies e, até mesmo, de novos gêneros.Os oryzomyinos habitam florestas, savanas, banhados, campos e ambientes semi-áridos, além de serem, na maioria das vezes, os mais abundantes pequenos mamíferos destes habitats. Seus hábitos alimentar vão de onívoros a insetívoros. A maioria possui hábito escansorial, mas alguns podem desenvolver hábitos arbóreos (Oecomys) ou até semiaquáticos (Nectomys), constituindo um dos mais claramente definidos grupos multigenéricos de muróides. A distribuição geográfica desta tribo é a mais ampla dentro dos Sigmodontinae, desde o extremo sul da América do Sul (Terra do Fogo) até o sudoeste dos Estados Unidos. Os objetivos desta tese, além de analisar as relações filogenéticas da tribo Oryzomyini com diferentes marcadores moleculares (citocromo b e IRBP), foi comprovar a validades das recentes mudanças propostas na classificação da tribo. Esta validação passa pela observação do caráter monofilético de cada um dos novos gêneros, bem como a comprovação da monofilia dos gêneros previamente reconhecidos. Também tivemos como objetivos estudar a filogenia e a filogeografia de um dos táxons da tribo, o gênero Oligoryzomys e traçar a rota de ocupação deste táxon nos ambientes sul-americanos. Além disto, foram examinadas a filogeografia e as estruturas genéticasdas populações de seis espécies da tribo Oryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes e Sooretamys angouya). Com relação à análise filogenética da tribo Oryzomyini, observamos que esta se comporta de forma monofilética tanto nos resultados com o gene citocromo b, como com o gene IRBP. Além disso, os resultados encontrados neste trabalho dão suporte às reformulações na classificação ocorrida na tribo Oryzomyini, com a proposição de 10 novos gêneros, onde a maioria dos gêneros da tribo Oryzomyini, tanto os antigos como os novos, são monofiléticos. A exceção foi o novo gênero Hylaeamys que se mostrou polifilético na análise com o gene citocromo b, em que cinco espécies se reuniram em um único agrupamento e a espécie H. yunganus se posicionou em um outro agrupamento. Todavia, Hylaeamys apresentou-se monofilético nas análises com o gene IRBP isolado e citocromo b e IRBP concatenados. As análises com o gênero Oligoryzomys mostraram que este táxon se apresenta de forma monofilética e com suas espécies distribuídas em dois grupos denominados, de acordo com suas origens geográficas, de grupo “Amazônico-Cerrado” e clado “Andino- Pampiano”. Estas espécies também apresentaram um gradiente geográfico no sentido norte-sul que fortemente suporta a hipótese de que o gênero iniciou sua ocupação no continente sul-americano a partir da Amazônia. Estudos filogeográficos e das estruturas genéticas das populações de seis espécies da tribo Oryzomyini observou-se a falta de diferenciação populacional, através da ausência de associação entre os haplótipos e suas distribuições geográficas, em duas das três espécies do gênero Oligoryzomys (O. flavescens e O. moojeni) analisadas. Estes resultados sugerem que a ausência intraespecíficas de populações pode ser um padrão geral do gênero. Já as outras três espécies analisadas apresentaram estruturação populacional e geográfica, além de estarem em equilíbrio demográfico. Nas análises filogenéticas realizadas, E. russatus e H. megacephalus mostraram seus espécimes agrupados em três clados distintos distribuídos em gradientes geográficos, sendo que o gradiente geográfico de H. megacephalus ocorre no sentido Norte-Sul. A divergência genética intraespecífica foi maior em H. megacephalus, seguida de E. russatus e sendo menor em S. angouya. Estes resultados podem fornecer subsídios para a elaboração de programas de conservação e manejo destas espécies e dos respectivos biomas que habitam, se necessário. / Rodents constitute the most numerous order of mammals with approximately 43 families, 354 genera and 1,700 living species. They are important members of almost all faunas, cosmopolitan and native to most terrestrial areas, except a few arctic and oceanic islands, New Zealand and Antarctica. They have terrestrial, fossorial, (semi) arboreal, semi-aquatic or palustrial habits. They are usually herbivore, but they may be insectivore, piscivore or carnivore. The huge variation in morphology, life and feeding habits are attributes that have made the order one of the mammal groups with the greatest success in evolution. On our continent, the order is very important as to fauna composition, because it makes up about 42% of the mammal species that inhabit here. Among the South American rodents, more than 50% of the species belong to the Cricetidae family, distributed into only a single subfamily, Sigmodontinae, with approximately 80 genera and 370 species. Oryzomyini is one of the seven acknowledged Sigmodontinae tribes, consisting of about 35% of the species described for this subfamily. Currently, 27 genera and about 120 species are described for this tribe, including current proposals that involve the description of new species and even new genera. The oryzomyines inhabit forests, savannahs, swamps, fields and semi-arid environments, besides often being the most abundant small mammals in these habitats. Their feeding habits range from omnivorous to insectivorous. Most of them have a scansorial habit, but some of them may develop arboreous habits (Oecomys) or even semi-aquatic habits (Nectomys), constituting one of the most clearly defined multigenera groups of muroids. The geographical distribution of this tribe is the broadest within the Sigmodontinae, from the far south of South American (Tierra del Fuego) to the southwest of the United States. The objective of this thesis, besides analyzing the phylogenetic relations of the tribe Oryzomyini with different molecular markers (cytochrome b and IRBP), was to prove the validities of the recent changes proposed in the classification of the tribe. This validation includes the observation of the monophyletic character of each of the new genera, as well as proving the monophyly of previously recognized genera. Our objectives were also to study the phylogeny and phylogeography of one of the taxa of the tribe, genus Oligoryzomys, and to trace the occupation route of this taxon in the South American environments. The phylogeography and genetic structures of the populations of six species of the tribeOryzomyini (Euryoryzomys russatus, Hylaeamys megacephalus, Oligoryzomys flavescens, O. moojeni, O. nigripes and Sooretamys angouya) were also examined. As to the phylogenetic analysis of the tribe Oryzomyini, we observed that the latter behaves in a monophyletic form, both in the results with the cytochrome b gene, and with gene IRBP. In addition the results found in this study support the reformulations in the classification that occurred for the tribe Oryzomyini, with the proposition of 10 new genera, where most of the genera of the tribe Oryzomyini both the old and the new, are monophyletic. The exception was the new genus Hylaeamys which proved be polyphyletic in the analysis with the cytochrome b gene, in which five species assembled in a single group and the species H. yunganus took a position in another group. However, Hylaeamys was monophyletic in the analyses with the isolated gene IRBP and cytochrome b and IRBP genes concatenated.The analyses of genus Oligoryzomys showed that this taxon was monophyletic and with its species distributed in two groups named, according to their geographic origins, the “Amazon-Cerrado” group and the “Pampa-Andean” clade. These species also presented a geographical gradient in the North-South direction which strongly supports the hypothesis that the genus began its occupation of the South American continent in the Amazon. Studies of phylogeography and of the genetic structures of the populations of six species of the tribe Oryzomyini showed a lack of population differentiation in two of the three species of genus Oligoryzomys (O. flavescens and O. moojeni) analyzed by the absence of association between the haplotypes and their geographic distributions. These results suggest that the intraspecific absence of populations may be a general pattern of the genus. On the other hand the three other species analyzed presented a population and geographic structuring, besides being in demographic equilibrium. In the phylogenetic analyses performed, E. russatus and H. megacephalus showed their specimens grouped in three distinct clades, distributed in geographic gradients, in which the geographic gradient of H. megacephalus occurs in the North-South direction. The intraspecific genetic divergence was greater in H. megacephalus, followed by E. russatus and smaller in S. angouya. These can aid to the elaboration of conservation and management programs of these species and biomes studied which they inhabit, if necessary.
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Análise filogenética e revisão de Sphaerocysta (Hemiptera, Heteroptera, Tingidae)

Soares, Marcus Rodrigo Guidoti January 2014 (has links)
O gênero de percevejo de renda Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae), é composto por 12 espécies com distribuição exclusiva para a América do Sul, sendo que apenas S. nosella não é registrada para o Brasil. Ele pode ser caracterizado por: capuz esférico; presença de carenas pronotais (uma ou três); cisto na projeção posterior do pronoto (com exceção de S. egregia); área discoidal com a parte posterior elevada. Somente duas espécies possuem informações sobre imaturos, S. angulata e S. inflata, e somente o quinto ínstar destes táxons foram descritos. O histórico taxonômico do gênero não possui muitos atos nomenclaturais, contando com apenas 4 sinonímias. Duas novas espécies foram aqui propostas, S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., sendo a última descrita junto com sua ninfa de quinto ínstar. As informações dos imaturos das espécies de Sphaerocysta foram adicionadas a uma matriz morfológica previamente publicada (Guilbert, 2004), para o teste das hipóteses de evolução de caracteres ninfais propostas pelo autor da matriz. Com a adição destes novos táxons à matriz, as hipóteses defendidas na literatura não foram corroboradas. A marcante diferença intragenérica observada na morfologia das ninfas de quinto ínstar das espécies de Sphaerocysta, após a descrição do imaturo de S. costai n. sp., foi jamais observada em outro gênero da família. A análise filogenética do gênero recuperou a monofilia do mesmo, sendo este grupo irmão de Dicysta, um gênero majoritariamente Neotropical. O grupo irmão de ambos foi Galeatus spinifrons, uma espécie Paleártica. A revisão taxonônima resultou na proposição de uma sinonimia (S. maculata como sinônimo júnior de S. propria), com discussão sobre o status taxonômico de S. propria e S. brasiliensis, e também S. globifera e S. stali. Os novos dados de ocorrência reportados no trabalho permitiram a expansão do registro geográfico do gênero para a América Central (S. fumosa, registrado pela primeira vez no Panamá) e computou novos registros para cinco espécies, sendo elas: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata e S. nosella. Sphaerocysta fumosa e S. nosella tiveram primeiros registros para, respectivamente: Panamá e Venezuela; Brasil. Com este novo dado geográfico de S. nosella, todas as espécies do gênero ocorrem no Brasil, com exceção de S. costai n. sp., exclusiva da Argentina. / The lacebug genus Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae comprises twelve species, exclusive to South America, all registered to Brazil with the exception of S. nosella. Sphaerocysta can be identified by the following characters: spherical hood; presence of pronotal carina (one or three); presence of a cyst on the pronotal posterior projetion (except S. egregia); posterior region of discoidal area elevated. Immatures were described for only two species, S. angulata and S. inflata, both fifth instar nymphs. The taxonomic history has only a few taxonomic acts, including four synonymies. Two new species are here described: S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., the last described together with its fifth instar nymph. These immature data of the species of Sphaerocysta were added to a matrix used in a phylogenetic analysis (Guilbert, 2004), to test the hypoteses regarding the evolution of the morphological immature features proposed by the matrix author. The analyses after the addition of these new data do not corroborate with those hypotheses. The remarkable morphological difference observed within the Sphaerocysta immatures described so far was never noticed in any other Tingidae genera. The phylogenetic analysis recovered the genus as monophyletic, with Dicysta, a mostly Neotropical genus, as its sister-group. The sister-group of this clade was Galeatus spinifrons, a Paleartic species. The taxonomic review led to a synonomy: S. maculata is now considered junior synonym of S. propria. Besides this nomenclatural act, comments on the status of S. propria and S. brasiliensis, as well as on the status of S. globifera and S. stali are available. The new geographical data presented in this work expands the distributional range of the genus to the Central America (S. fumosa, reported for the first time in Panama). A total of five species have new distributional records: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata and S. nosella. Sphaerocysta fumosa and S. nosella have some first country records, as follows: Panama and Venezuela; Brazil, respectively. With this new geographical data of S. nosella, all the species of Sphaerocysta occur in Brazil, with the only exception of S. costai n. sp., exclusive to Argentina.
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Análise filogenética e revisão de Sphaerocysta (Hemiptera, Heteroptera, Tingidae)

Soares, Marcus Rodrigo Guidoti January 2014 (has links)
O gênero de percevejo de renda Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae), é composto por 12 espécies com distribuição exclusiva para a América do Sul, sendo que apenas S. nosella não é registrada para o Brasil. Ele pode ser caracterizado por: capuz esférico; presença de carenas pronotais (uma ou três); cisto na projeção posterior do pronoto (com exceção de S. egregia); área discoidal com a parte posterior elevada. Somente duas espécies possuem informações sobre imaturos, S. angulata e S. inflata, e somente o quinto ínstar destes táxons foram descritos. O histórico taxonômico do gênero não possui muitos atos nomenclaturais, contando com apenas 4 sinonímias. Duas novas espécies foram aqui propostas, S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., sendo a última descrita junto com sua ninfa de quinto ínstar. As informações dos imaturos das espécies de Sphaerocysta foram adicionadas a uma matriz morfológica previamente publicada (Guilbert, 2004), para o teste das hipóteses de evolução de caracteres ninfais propostas pelo autor da matriz. Com a adição destes novos táxons à matriz, as hipóteses defendidas na literatura não foram corroboradas. A marcante diferença intragenérica observada na morfologia das ninfas de quinto ínstar das espécies de Sphaerocysta, após a descrição do imaturo de S. costai n. sp., foi jamais observada em outro gênero da família. A análise filogenética do gênero recuperou a monofilia do mesmo, sendo este grupo irmão de Dicysta, um gênero majoritariamente Neotropical. O grupo irmão de ambos foi Galeatus spinifrons, uma espécie Paleártica. A revisão taxonônima resultou na proposição de uma sinonimia (S. maculata como sinônimo júnior de S. propria), com discussão sobre o status taxonômico de S. propria e S. brasiliensis, e também S. globifera e S. stali. Os novos dados de ocorrência reportados no trabalho permitiram a expansão do registro geográfico do gênero para a América Central (S. fumosa, registrado pela primeira vez no Panamá) e computou novos registros para cinco espécies, sendo elas: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata e S. nosella. Sphaerocysta fumosa e S. nosella tiveram primeiros registros para, respectivamente: Panamá e Venezuela; Brasil. Com este novo dado geográfico de S. nosella, todas as espécies do gênero ocorrem no Brasil, com exceção de S. costai n. sp., exclusiva da Argentina. / The lacebug genus Sphaerocysta (Heteroptera, Tingidae comprises twelve species, exclusive to South America, all registered to Brazil with the exception of S. nosella. Sphaerocysta can be identified by the following characters: spherical hood; presence of pronotal carina (one or three); presence of a cyst on the pronotal posterior projetion (except S. egregia); posterior region of discoidal area elevated. Immatures were described for only two species, S. angulata and S. inflata, both fifth instar nymphs. The taxonomic history has only a few taxonomic acts, including four synonymies. Two new species are here described: S. ruthae n. sp. e S. costai n. sp., the last described together with its fifth instar nymph. These immature data of the species of Sphaerocysta were added to a matrix used in a phylogenetic analysis (Guilbert, 2004), to test the hypoteses regarding the evolution of the morphological immature features proposed by the matrix author. The analyses after the addition of these new data do not corroborate with those hypotheses. The remarkable morphological difference observed within the Sphaerocysta immatures described so far was never noticed in any other Tingidae genera. The phylogenetic analysis recovered the genus as monophyletic, with Dicysta, a mostly Neotropical genus, as its sister-group. The sister-group of this clade was Galeatus spinifrons, a Paleartic species. The taxonomic review led to a synonomy: S. maculata is now considered junior synonym of S. propria. Besides this nomenclatural act, comments on the status of S. propria and S. brasiliensis, as well as on the status of S. globifera and S. stali are available. The new geographical data presented in this work expands the distributional range of the genus to the Central America (S. fumosa, reported for the first time in Panama). A total of five species have new distributional records: S. angulata, S. fumosa, S. globifera, S. inflata and S. nosella. Sphaerocysta fumosa and S. nosella have some first country records, as follows: Panama and Venezuela; Brazil, respectively. With this new geographical data of S. nosella, all the species of Sphaerocysta occur in Brazil, with the only exception of S. costai n. sp., exclusive to Argentina.
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Estudos filogenéticos e filogeográficos nos gêneros Athenaea sendtn. e Aureliana sendtn. (Solanaceae)

Zamberlan, Priscilla Mena January 2012 (has links)
Os gêneros Athenaea e Aureliana (Solanaceae) são compostos por sete e oito espécies, respectivamente, e os mesmo são distintos pela presença do cálice acrescente, que envolve o fruto, nas espécies de Athenaea. Suas plantas são arbustos com flores brancas com máculas esverdeadas ou roxas. A espécie mais abundante do grupo é Aureliana fasciculata, que ocorre ao longo de toda a Mata Atlântica. As demais espécies são raras. Athenaea e Aureliana são considerados gêneros irmãos, de acordo com a mais recente análise filogenética da família Solanaceae, e pertencem à subtribo Withaninae. Esta subtribo apresenta uma distribuição intrigante, pois é composta por apenas sete gêneros que ocorrem na América do Sul, Eurásia, norte da África e Ásia, além do arquipélago do Havaí, da Ilha de Santa Helena e das Ilhas Canárias. O objetivo geral deste trabalho foi contribuir para o conhecimento das relações evolutivas entre as espécies dos gêneros Aureliana e Athenaea. Para isso, foram realizadas a análise filogenética e a datação a partir de dados moleculares dos gêneros Athenaea e Aureliana, incluindo os demais gêneros da subtribo Withaninae, além da análise filogeográfica de Aureliana fasciculata. Para as análises filogenéticas foram sequenciadas cinco regiões do genoma plastidial (gene ndhF, intron trnL e os espaçadores plastidiais trnL-trnF, psaI-accD e trnC-ycf6). Os resultados obtidos indicam que a diversificação das espécies dos gêneros Athenaea e Aureliana a partir de um ancestral comum ocorreu cerca de 3,9 milhões de anos atrás. Não foram detectados clados correspondentes a cada um dos gêneros. Para a análise filogeográfica de Aureliana fasciculata foram sequenciados os espaçadores plastidiais trnH-psbA e trnS-trnG. Foram detectados quatorze haplótipos em 112 indivíduos da espécie, que também apresentou sinais de estruturação geográfica, com moderado isolamento por distância. Uma putativa barreira Norte/Sul entre os haplótipos, localizada ao sul do rio Doce (Espírito Santo, Brasil) também foi inferida. Uma expansão populacional há cerca de 50–60 mil anos atrás foi detectada, o que coincide com registros palinológicos de expansão da área florestal na Mata Atlântica. Os eventos históricos que moldaram a distribuição e demografia atual de Aureliana fasiculata são anteriores ao último máximo glacial e parecem estar relacionados a eventos climáticos do Pleistoceno. Por último, foi construída e validada uma biblioteca enriquecida em microssatélites de Aureliana fasciculata. Foram descritos sete pares de ―primers‖ polimórficos, com três alelos por locus, em média, e 6 heterozigosidade observada entre 0,05 e 1,00. A ampliação da amostragem e a utilização de marcadores moleculares de evolução mais rápida poderão trazer informações ainda mais completas sobre a taxonomia e história evolutiva dos gêneros Athenaea e Aureliana. / Athenaea and Aureliana (Solanaceae) genera are composed by seven and eight species, respectively. The character that distinguishes both genera is the presence of acrescent calyx, which involves the fruit, in Athenaea species. The plants are shrubs with white flowers and green or purple stains. The most abundant species of the group is Aureliana fasciculata, which occurs along the Atlantic Rainforest. All remaining species are rare. Both genera are considered as sister groups, according to the most recent phylogenetic analysis of Solanaceae family, and they both belong to subtribe . This group presents a puzzling distribution. It is composed by seven genera that occur in South America, Eurasia, North of Africa and Asia, plus Hawaiian Archipelago and St. Helena and Canary Islands. The main goal of the present study is to contribute to the knowledge of the evolutive relationship among the species of Athenaea and Aureliana. In order to do this, a phylogenetic analysis and molecular dating based on molecular data was performed, including Athenaea and Aureliana species, plus subtribe Withaninae representatives. The phylogeography of Aureliana fasiculata was also investigated. Five plastidial genomic regions (ndhF gene, trnL intron, and trnL-trnF, psaI-accD and trnC-ycf6 intergenic spacers) were employed to the phylogenetic analysis. The obtained result indicates that the diversification of Athenaea and Aureliana species from their common ancestor occurred circa 3.9 million years ago. Clades corresponding to each genus were not detected. The trnH-psbA and trnS-trnG plastidial spacers were employed to perform phylogeographic analysis of Aureliana fasciculata. Fourteen haplotypes were detected among 112 individuals. The species displayed signs of geographic structure and moderate isolation by distance. A putative barrier among North/South haplotypes, located south of the Doce River (Espírito Santo, Brazil), was also inferred. A populational expansion circa 50 – 60 thousand years ago was detected, which agrees with palinological information regarding forest area expansion at the same period at the Atlantic Rainforest. The historical events that shaped the present geographic pattern and domography are older than the Last Glacial Maximum, and they seem to be related to Pleistocene climatic events. At last, a microsatellite-enriched library was constructed and validated to Aureliana fasciculata. Seven pairs of polymorphic microsatellite primers were described, which displayed three alleles per locus, on average, and observed heterozygosity that ranged from 0.05 to 1.00. A broader sampling and the use of rapdly evolving molecular markers may provide more 8 complete information about the taxonomy and evolutive history of Athenaea and Aureliana genera.
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Local biodiversity erosion in south brazilian grasslands even with slight landscape habitat loss

Staude, Ingmar René January 2017 (has links)
Resumo não disponíveis
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A família Pso2/Snm1 e suas possíveis funções na reparação de DNA e na manutenção genômica dos cromossomos

Bonatto, Diego January 2005 (has links)
O genoma das células eucarióticas é um dos principais alvos para danos induzidos por inúmeros fatores ambientes, sejam estes de origem biótica ou abiótica. Considerando a complexidade da molécula de DNA, não é supreendente que existam diferentes tipos de lesões com os mais variados graus de severidade. Dentre todas as lesões que podem ser induzidas no DNA, as pontes intercadeias (ICLs) estão entre as mais graves. Se não forem reparadas, a presença de apenas um ICL pode ser letal para a célula. Além disso, as lesões do tipo ICLs são quimicamente heterogêneas, podendo modificar a estrutura do DNA de forma permanente ou temporária. Os mecanismos relacionados à reparação de ICLs ainda são pouco conhecidos em eucariotos. Apesar de várias proteínas terem sido descritas como essenciais ao processo, não há um modelo único que explique esta reparação. Contudo, dentre as diferentes proteínas que participam na reparação de ICLs, destacam-se as nucleases Pso2/Snm1. A forma de atuação das proteínas Pso2/Snm1 não é conhecida, mas inúmeros dados obtidos com mutantes de Saccharomyces cerevisiae e, recentemente, com células de mamífero, mostram que a ausência de Pso2p/Snm1p bloqueia a restituição do DNA de alta massa molecular. Por outro lado, tem sido mostrado que o Pso2p/Snm1p provavelmente atua na manutenção da cromatina, mas de uma forma ainda não completamente esclarecida. Uma das proteínas pertencentes à família Pso2p/Snm1p, Ártemis, possui um papel importante no desenvolvimento do sistema imunológico adaptativo de metazoários e parece ser essencial para outros processos relacionados ao metabolismo de DNA eucariótico. Desta maneira, este trabalho teve como objetivo principal o estudo da família Pso2p/Snm1p por meio da análise filogenética e de seqüências, comparando-a com proteínas homólogas já descritas em outros organismos. Além disso, esta comparação XVII permitiu estabelecer uma correlação funcional entre as proteínas em termos de reparação de DNA e manutenção da cromatina eucariótica. As análises de filogenia e de seqüências claramente demonstraram que as proteínas Pso2/Snm1 podem ser agrupadas em quatro grupos principais ao invés de três, ao contrário do que se conhecia previamente. Três destes grupos, por sua vez, são formados por subgrupos específicos, que possivelmente atuam de forma diferenciada na reparação de DNA, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica. Por outro lado, os estudos das seqüências Pso2/Snm1, baseados principalmente na técnica de análises de agrupamentos hidrofóbicos (HCA), revelaram um alto grau de similaridade de estruturas primárias e secundárias entre os diferentes grupos, um indicativo da importância estrutural para a função destas proteínas no metabolismo de DNA. A técnica de HCA permitiu mapear regiões conservadas (CRs) em todas as seqüências estudadas, compondo o chamado domínio Pso2p/Snm1p. Em alguns casos, o domínio Pso2p/Snm1p encontra-se fusionado a outros domínios catalíticos. Neste caso, destaca-se o estudo de uma nova família de DNA ligases dependentes de ATP que são exclusivas de plantas. Esta nova família, denominada de Lig6p, parece ter funções importantes no metabolismo do DNA de plantas, sendo esta a primeira DNA ligase eucariótica com função nucleásica identificada. Usando os dados obtidos neste trabalho em conjunto com os resultados de outros autores, é sugerido um possível modo de atuação das proteínas Pso2p/Snm1p na reparação de danos do tipo ICL, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica.
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Divergência funcional da família gênica da álcool desidrogenase em plantas

Thompson, Claudia Elizabeth January 2006 (has links)
As proteínas glicolíticas em plantas são codificadas por pequenas famílias multigênicas, que fornecem um interessante contraste às famílias multigênicas com um grande número de cópias estudadas até o momento. Os genes Adh codificam enzimas glicolíticas, conhecidas como álcool desidrogenase, as quais têm sido caracterizadas em várias famílias de plantas. Embora as seqüências de aminoácios das cadeias longas de ADH, que contêm zinco como cofator, sejam altamente conservadas, a função metabólica dessa enzima é variável. Além disso, elas têm diferentes padrões de expressão e estão submetidas a diferentes taxas não-sinônimas entre as diferentes cópias gênicas. É possível que as cópias de Adh tenham sido mantidas como conseqüência da substituição adaptativa de aminoácidos que conferiu uma mudança em sua função. Neste estudo, estendemos análises prévias dessa família gênica, utilizando técnicas de filogenia e modelagem molecular, com o objetivo de entender o processo de diversificação envolvido na evolução dessa família multigênica. As análises filogenéticas indicaram que têm havido eventos separados de duplicação dentro de angiospermas, ou seja, genes identificados como Adh1, Adh2 e Adh3 em diferentes grupos podem não ser homólogos. Nenhuma indicação de seleção positiva foi encontrada para a família gênica Adh em plantas. Entretanto, os coeficientes de divergência funcional ( ) estimados entre os grupos de genes Adh1 e Adh2 indicaram mudanças sítio-específicas, estatisticamente significativas, na taxa evolutiva entre os mesmos, bem como entre aqueles genes Adh de diferentes famílias botânicas, sugerindo que alterações nas restrições funcionais podem ter ocorrido em alguns resíduos de aminoácidos depois da especiação. Modelos teóricos da estrutura tridimensional da enzima álcool desidrogenase de 17 espécies de plantas foram construídos e validados estereoquimicamente. Os resíduos de aminoácidos importantes para a divergência funcional dessa enzima foram identificados na estrutura tridimensional da mesma. / The glycolytic proteins in plants are coded by small multigene families, which provide an interesting contrast to the high copy number gene families studied to date. The alcohol dehydrogenase (Adh) genes encode glycolytic enzymes that have been characterized in some plant families. Although the amino acid sequences of zinccontaining long-chain (LC) ADHs are highly conserved, the metabolic function of this enzyme is variable. Besides this, they have different patterns of expression and are submitted to differences in nonsynonymous substitution rates between gene copies. It is possible that the Adh copies have been retained as a consequence of adaptative amino acid replacement which has conferred a subtle change in function. We extend previous studies of this gene family, with the goal of using phylogenetic approach and molecular modeling tools to understand the process of diversification involved in the evolutionary process of this multigene family. The phylogenetic analysis indicate that there have been a number of separate duplication events within angiosperms, that is to say genes labeled Adh1, Adh2 and Adh3 in different groups may not be homologous. No indication of positive selection was encountered for the plant Adh gene family. However, the coefficients of functional divergence ( ) estimated between the Adh1 and Adh2 gene groups indicate statistically significant site-specific shift of evolutionary rate between them, as well as between those of different botanical families, suggesting that altered functional constraints may take place at some amino acid residues after speciation. Theoretical tridimensional models of seventeen plant alcohol dehydrogenase were constructed and verified to be stereochemically valid. The amino acids residues important for the functional divergence of this enzyme were identified in the ADH tridimensional structure.

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